明智光秀受命于十七日离开安土城，回到自己属地坂本城准备领军出征。五月二十六日，一万三千名明智军进入丹波龟山城（京都府龟冈市）。次日，光秀带著十四岁嫡子和少数随从登上险峻的爱宕山，闭居爱宕神社祈求战胜。二十八日，光秀邀请九名当代一流歌人在爱宕山寺院举行连歌会。
当然，这样大规模的决战，织田信长本人是不可能不出场，亲自莅临前线指挥的。五月二十九日，德川家康一行前往堺游览，织田信忠没有陪同前往，因为他听说父亲信长将在数日内上洛，因此决定留在京都等候。二十九日，信长从安土出发前往京都，随同的不过“小姓众百五六十骑”，他将在觐见天皇后，即亲自领兵前往仲国（日本一个藩国）地区。
信长一行在雨中缓缓进发，朝廷的公卿们在山科栗田口恭候他的到来。信长的小姓（年轻侍从）森兰丸首先驰马来到山科，告知公卿们不必远迎。下午四时许，信长进入京都，下榻于四条坊门的本能寺，而信忠则住在相隔不远的妙觉寺中。次日，信长在本能寺举行茶会，展示了三十八种名器茶具。嫡子信忠傍晚也前来参加酒宴，夜深后才返回妙觉寺。信长打算在京都逗留至六月三日，四日出征。
六月一日，信长援军35000人出战，其中包括明智光秀军。而此时织田信长还在京都本能寺，正和棋道国手日海和尚（即本因坊算砂）和鹿盐利玄对弈为戏。据说此局下出了罕见的三劫连环无胜负局，包括信长在内，观者皆惊。
当日晚间，信长召来长男信忠欢宴，宴后信忠返回妙觉寺就寝。而此时，因为接待德川家康不周而受到信长当面训斥的明智光秀收到了丰臣秀吉的一封信。
“光秀君，你我皆为大人（指信长）麾下干臣。光秀君之能尤在秀吉之上。大人对君信赖有加，令秀吉十分羡慕。光秀君战功卓著，才智过人。大人能君临天下光秀君当居首功。近闻，大人命君主持款待德川大人，本来光秀君做得很好，只是因为秀吉未料到毛利家大军倾巢来袭，所以不得已向大人求援。大人命光秀君前来支援秀吉，秀吉感激不尽，惊喜莫名。只是因为秀吉导致光秀君在众人面前受到大人训斥，这都是秀吉的过错。还请光秀君不要怨恨大人，待打败毛利家之后，秀吉当面向光秀君谢罪。不过，秀吉觉得，大人出现很豪门世家，本就看不上我等微末之人。即便我等功劳再大，也不过是大人的奴仆，大人的训斥不论对错我等都应该附耳恭听。秀吉没什么，只可惜光秀君如此出色，却也是这个境地。大明圣人有言：王侯将相宁有种乎？光秀君若有想法，秀吉必定竭力支持。”
本来就极好面子又自居功劳卓著的明智光秀，因为一件不来不是他的过错的小事，而受到织田信长的训斥，还是当着德川家康的面。这让一向心高气傲的明智光秀很是恼怒，如今秀吉这封信明着是劝导实际上是挑拨。早已有不臣之心的明智光秀心中那团烈火瞬间被点燃，明智光秀烧掉秀吉的信，他从心里相信丰臣秀吉这个和他一样出身贫贱的人的话。而且秀吉和光秀两人的私交堪称莫逆，屡次大战中哥俩都是相互支援，稳操胜券，被称作是织田信长的左膀右臂。
如今光秀受辱，秀吉的这番话引起了光秀的共鸣，也明白了秀吉的意思。
明智光秀：“王侯将相宁有种乎，这句话说的太对了。秀吉最了解我，最懂得我的心思。大人一同日本，未必不想取天皇而代之，我又为何不能取而代之呢？哼！”
明智光秀回到居城和手下重臣斋藤内藏介利三、明智左马介光春等商议，认为自己取代信长的时机已经成熟。
当夜，明智军13000余人出动。第一队由大将明智左马介光春率领，计有四天王但马、村上和泉、三宅式部、妻木主等3700人；第二队由大将明智治左卫门率领，计有藤田伝五郎、并河扫部介、伊势与三郎、松田太郎左卫门约4000人；本队总大将明智光秀、明智十郎左卫门、荒木山城守、荒木友之丞、诹访飞騨守、斋藤内藏介、奥田宫内、御牧三左卫门等3200余人。于六月一日半夜到达京都。
按照明智光秀的计划由明智左马介光春攻织田信长住宿的本能寺，明智治左卫门攻二条城和织田信忠泊住宿的妙觉寺，明智光秀坐镇三条堀河。
在不知不觉的情况下，本能寺被重重包围，明智光秀布置了三重包围圈。第一重四天王但马，第二重村上和泉，第三重三宅式部。除此之外，本能寺周围所有的出口都有二三百人负责把守。
六月一日子时，明智军完成了对本能寺的包围。这么大的军事行动，不可能不被人察觉。听到四周的动静后，信长所带来的小姓们开始骚乱。如此一来惊动了织田信长，信长最初还以为是侍卫们吵架，刚才爬起身准备斥责，就在这时传来铁炮（老式火铳）发射的声音。
久经战阵的织田信长立即就判断出这是针对自己的，他招手叫过来一个叫森兰丸的小姓（年轻侍从）命令道：“这一定是有人反叛我，你去看看是谁。”
森兰丸领命而去，他爬到本能寺的院墙上往外一看，之间到处都是黑压压的部队。森兰丸看清楚对方旗号之后，跳下院墙跑到信长身边禀报：“大人，是桔梗旗印，像是惟任日向守的部队！”
信长大惊：“明智光秀！他怎么会背叛我？哼，定是因为被我训斥几句怀恨在心，这个阴险小人，他是不会成功的。叫上我们的人拼死抵抗，只要不让他们攻进来，信忠的部队就会来救我们。”
“嗨衣！”
森兰丸说的“惟任日向守”，正是信长麾下大将明智光秀，他当时官位为正六位下日向守，因曾通过信长向朝廷求得“惟任”的古老姓氏，因此习惯被称为“惟任日向守”。
知道明智光秀谋反后，织田信长亲自上阵率领小姓们拼死抵抗，但是他太自负也太大意了，这次来京都信长只带了百十个人，和明智光秀的万余大军相比，简直连个泡都打不起来。
激战过程之中，在本能寺御马屋附近，有马郎、藤八、新六、彦一、弥六、熊、小驹若、虎若等二十四人战死；御殿内有小姓森乱、森力、森坊兄弟三人、小河爱平、高桥虎松、金森义入、菅屋角藏、鱼住胜七、武田喜太郎、大冢又一郎、狩野又九郎、蒲田与五郎、今川孙二郎、落合小八郎、伊藤彦作、久々利龟、种田龟、针阿弥、饭河宫松、山田弥太郎、祖父江孙、柏原锅兄弟、平尾久助、大冢孙三、汤浅甚介、小仓松寿等战死。
明智军没用多长时间就攻入本能寺，织田信长只能在残存的小姓保护下且战且退，最后退入大殿之内。
