超新星基地很快沦陷，病毒感染人数从十几亿迅速上升到了几十亿，遍布两个星球和一个太空基地。为了防止病毒的扩散，超新星基地管理下的星系开始封闭并且实时严格的监管程序。病毒的死亡人数已经无法控制，病毒的感染和传播也达到了让人绝望的地步，不过超新星基地的技术还是在病毒扩散的几个小时内了解到了病毒的传播途径。虽然暂时还没有有效的疫苗来预防这种死神一样的病毒的肆虐，但是他们已经有了一个还算有效的延缓病毒扩散速度的程序，在强制性实施管理程序下，感染死亡人数从每小时几百万迅速下降到了每小时几万，病毒的控制成效显而易见。只是对于已经感染了病毒的人只能够等待死亡，或者是被军队亲手杀死。
屠杀，是超新星舰队控制病毒传播的主要手段。一旦有人出现身体不适，不管是否感染病毒，都会被强制隔离出来，然后通过飞船把感染者扔到恒星上，被恒星的高温烧成灰烬。
超新星舰队对于病毒的出手还算及时，只是在这个时候，整个星系中的幸存者也仅仅剩下了五十亿，这是两个星球加舰队基地的所有人数。在那个蓝色的星球上，绿真和伊娃亲眼见到了地狱才有的景象。不管这些人是来自哪一个星球，不管他们外貌怎样，他们全部成为了炮口的亡魂。
外星人的尸骸堆积成山，被一艘艘飞船运走，然后扔向恒星。绿真看到了上万人整齐排列，然后被一艘战舰的能量光束轰成粉末。她看到了士兵们穿着生化服手拿着枪械，进入城市，不由分说，将城市中的幸存者杀害，凡是活着的，无一例外全被超新星基地的士兵杀害。一座城市，几十万人口，在几分钟的时间内被屠戮一空，他们的鲜血将城市浸染，然后在一艘战舰强大的炮口下消失。
超新星基地的血腥屠杀，让看在眼中的绿真久久难以忘记那个场景，外星人们的呼喊和惨叫在她的耳边经久不息。
超新星基地应对神秘病毒的侵害的时候，在藏有神王号的那颗流浪行星上。张青青和尤杜拉正在为如何进入这个星球内部而发愁的时候，却想不到这个星球上竟然发生了猛烈的地震，好像要把这个星球给撕碎一样，剧烈的震动连站都难以站稳。地面隆起、破碎、开裂，一块块碎片岩石被抛入太空，幽深的裂缝闪电一样在星球上迅速出现。向裂缝中望去，看到上百个灯笼一样大的橘色灯光幽幽地亮了起来。
这个星球的异动，让张青青和尤杜拉不得不逃回生物飞船中。只见生物飞船一拍自己两侧鱼鳍一样的结构，腾地离开了这里，向上一窜，便进入了宇宙，离开了这个星球。
生物飞船在距离流浪星球十万公里的地方才停下来。她们看到那颗流浪星球的地壳正大块大块地向宇宙中脱离。橘色的灯光从脱落的部分中亮起，好像是眼睛一样，直勾勾的看着这边。
“怎么回事？”张青青紧绷着神经，万一有什么异动，生物飞船会立即逃离这里。
“该不会是他们要和我们开战吧？”尤杜拉双手搓来搓去，显得十分慌乱。
两人谈话之间，流浪星球的地壳完全脱离，展现在他们面前的是一艘黑色的飞船。飞船上布满了橘色的灯笼一样大的光点。
这艘飞船辐射出一道能量波，震碎了还留在上面的石头和尘土，然后向着宇宙的深处便飞了过去，消失在宇宙黑色的幕布之中。
“我们怎么办？”尤杜拉问张青青。
“跟上去！”张青青没有犹豫，驾驶着生物飞船便紧紧跟随了过去。
在白矮星基地中，从外面看起来，这里平静如常，白矮星基地的总部与几个舰队分基地和防御平台围绕着一颗白矮星运行。但是在白矮星基地总部的内部，却已经陷入了一片混乱之中。
舰队的强大之处就在于强大的飞船战舰上，但是现在他们的战斗却不得不抛弃战舰，在舰队总部的太空基地进行战斗，而他们战斗的对象，是舰队基地的电脑。舰队基地的防御平台，以及各个飞船的检修维护等等工作，不可能单纯依靠人力完成，因此为了方便，这些工作便交给了电脑处理。基地百分之六十都需要通过电脑集中控制，这已经成为了三大基地，特别是白矮星基地的最大弱点。大概是因为自恃力量强大，没有任何人能够通过白矮星基地的防御，也没有异族人能够接触到基地的核心，因此对于这个摆在明面上的弱点，联盟总没有进行处理和更正。直到现在，这个弱点终于被敌对势力利用了起来。
这大概是对于联盟所有人来说是最意想不到的事情了，因为管理严密的白矮星基地主电脑竟然成为了充满敌意的机器人，几乎将基地完全控制，对所有的舰队士兵展开了攻击。当电脑控制着太空基地对他们发动袭击的时候，那个时间正是他们的用餐时间，结果有一队士兵刚刚进入餐厅，还没有填饱肚子，便成为了十几具尸体。这只是一个开始，很快的，在基地的各个地方，在分基地的各个地方，相继爆发了机器人的“反抗运动”。
如果说电脑与他们为敌这也可以在预料之中的话，那么有一件事情是他们想破脑袋也想不到的事情。
联盟直到三大基地的弱点，虽然并没有进行弥补，但是也对这个弱点进行了严格的控制。舰队基地的高层全部与联盟高层一样来自同一个星球，但凡异种族，不论他能力再强都只能够当一个小小的队长，最高也不过是小小的舰长，控制一艘飞船。对于基地的主电脑，只能够由本种族的人接触并控制，而且只能够是舰队基地的高层。但是他们绝对想不到，与自己同一个种族的人竟然会选择与他们为敌，并且将构造者碎片安装在基地的主电脑上。同种族的背叛，这是他们绝对想不到的事情。
不过，不管他们有没有想到，白矮星基地都已经陷入了混战之中。舰队士兵匆忙拿起武器，匆忙聚集在一起，匆忙展开了攻击。对那些本应该服务自己的机器人以及其他的机器装置展开战斗。
飞船战，这才是他们的主战场。而现在他们打的也是这个主意，在保留实力的情况下撤退，控制飞船，在外面与主电脑控制下的整个白矮星基地展开战斗。
分基地中，当一队士兵终于赶到了战舰停泊处后，舱门刚刚打开，火焰瞬间爆发，将这一队士兵吞没，将他们烧成了灰烬。分基地的停泊舱发生爆炸，上千艘飞船全部报废，成为太空垃圾进入了宇宙。通过基地的舷窗，很多人都看到了宇宙中那突然绽放的火焰，还有在那个分基地旁边，好像绿豆一样大的小小飞船。那是卡丘控制的飞船，他们的任务就是毁灭停泊舱的战舰，将舰队的士兵留在基地内部。只要不乘上战舰，那么卡丘便有胜利的可能。
与超新星基地的恐慌和白矮星基地的混乱比起来，红巨星基地才是真正的战斗。
在这里，双方上万艘各种型号的飞船进行猛烈的攻击。能量光束来回射击，各种导弹想着锁定的敌人飞射而去。
防御平台展开护盾，将主基地保护起来，上面的炮口不断宣泄能量，加上红巨星基地上万艘战舰，这场战斗显得尤为艰难。
反抗同盟军在战舰数量上大大超过基地的战舰数量，但是红巨星基地的战舰加上防御平台，让这场战斗成为了一场攻坚战。反抗同盟军依靠数量上的优势才勉强压过红巨星基地，但是这也已经达到了反抗同盟军的极限。反抗同盟军将自己的舰队分为了四分，主要兵力集中攻打红巨星基地，其他三支舰队分别牵制来自联盟总部的援军。
一艘百米长的飞船被防御平台的炮火打穿了推进器，这艘飞船的舰长努力控制着飞船，一边倾泻自己的能量，一边向主基地的护盾上撞去。护盾的弱点就是能量消耗极大，这艘飞船的舰长为了能够消耗护盾的能量，不惜放弃了逃生的希望，将自己珍爱的飞船狠狠往主基地的护盾撞去。与这位舰长有着同样目的的飞船不在少数，每时每刻，主基地的护盾都会迎接上万次的炮火和上百次的飞船撞击。
在这个战场中，无人战斗机俨然成为了这个战场的一道别样景色。无人战斗机的攻击力和防御力虽然很弱，但是它们所却是有着其他飞船无法比拟的作用。
反抗同盟军直到自己的舰队在质量上远远不能够与红巨星基地的舰队质量相比，因为为了弥补质量上的差距，他们一直在扩充军力，大量制造战舰，以及大批量制造无人战斗机。
无人战斗机主要作用便是骚扰，还有一定的作用是阻挡敌舰炮火，削弱敌舰能量供给的威力。由于无人战斗机，反抗同盟军的战舰真正收到炮火百分之百威力的仅仅占了百分之六十三，也就是说，在相同的条件下，敌舰一百次的攻击，仅仅有六十三次命中目标，而且这六十三次的命中，真正实现百分百全力打击的仅有大约四十次攻击。这样的数字看似虽多，但是在瞬息万变的战场上，这已经成为了反抗同盟军压制红巨星基地的重要原因。由此也可以看出，无人战斗机虽然攻击力和防御力远远不如常规战舰，无法成为太空战的主力，但是作为辅助，它们也有着无法忽视的作用。
