淳化战祸，只能算一次小的损失，大慈寺的基本规模并没有改变。但到了政和二年（1112）冬天的大火后，大慈寺就发生了规模性的变化。宋人郭印说：“政和二年冬，火其旁小院十有六。府帅席公，改建三刹，使学禅者居超悟，学律者居宣梵，学讲者居严净。”（《超悟院记》）96院烧掉了16院，在被烧的这16院空地上，是北宋末期守蜀的席益主持重修了3院。也就是说席益守成都时除了承其先人席旦，对疏导成都水渠，注重民众饮水和消防、卫生以外（见其所写《淘渠记》），还对名刹大慈寺部分毁损的进行了重建，作出了非常实在的贡献。烧了16院后，而重修的这3院是大慈寺得以薪火相传，得以继续执成都禅林牛耳的精髓之所在。因为学律、学禅、学讲这三者是大慈寺传统的强项，也是大慈寺对整个四川及周边寺庙的和尚进行培训、传播佛法的重中之重。
蒙古与南宋的战争，四川军民抗击51年之久，在南宋朝廷投降后才没有继续抵抗。在如此惨烈的战祸面前，成都在1236年和1241年两遭血洗，城毁人亡，贺靖权之《成都录》甚至说，“城中骸骨百四十万，城外不计”（见赵汸《史母程氏传》）。对于大慈寺遭遇的毁损，史无明载，只有费著所写的《岁华纪丽谱》和《蜀名画记》里还说到大慈寺的游宴和壁画情况，好像大慈寺毁损得并不厉害。依我之见，这应是费著的回忆之辞或者是从史料中传抄出来的，因为你从他的记载里面，没有看到他所给出的准确属于他新见的史料。也就是说，大慈寺不可能在那样惨烈的战火中，毫发无损，即使大慈寺未遭全毁，那么被毁的细节也应该写出来，才能让大家信服费著在《岁华纪丽谱》和《蜀画名记》里面的记载是出自其亲眼所见，但目前没有任何资料可以旁证费著所记就是元朝时大慈寺的面目。
大慈寺的情况在元朝缺乏史料可查，在明朝，史料也不富裕。现在能查到的最早的记录是明代史料，即1481年释口量撰述的《多宝寺石幢记》：“宣德乙卯，大慈寺遭遇回禄，殿阁廊庑，荡然荒墟。正统丙寅，其寺一新。”其实关于大慈寺的史料，从南宋过后就已鲜见，为什么呢？那是因为南宋时四川已成为抗蒙前线，阀阅望族、有产之家都逐渐东移到江南，文化的衰落必然使大慈寺这样的寺庙记载偏少，甚至于无。从1112年到1481年之间，达370年之久，中间除了费著《岁华纪丽谱》和《蜀名画记》二书有些传抄性的史料，没有什么关于大慈寺的新史料。这与人口的锐减、文化和经济的衰败有非常大的关系，除了临时抱佛脚之外，大部分人的信仰，都必须以吃饱了饭作为前提。因此大慈寺的衰败是必然的，这与四川在全国的地位从宋代的高峰往下坡走是同步的。
1435年的一场大火，将已在宋元之战中受到破坏，在元朝根本不可能有什么发展的大慈寺，烧得荡然无存。但即便如此，在1446年大慈寺还是进行了重修，不过重修的规模可能相当小，且没有任何的文字记载，也要到30多年后的1481年才有个简略粗糙的记录。回望唐宋达官贵人、文人学士、高僧大德、画家闻人频频与大慈寺发生诸种关系的历史，真如南柯一梦。但大慈寺的噩梦远没有结束，要等以杀人为乐的张献忠屠蜀，我们才能从史料中看到有关大慈寺自建立以来最黑暗的一页——四川抗击蒙古时，大慈寺也许非常惨烈，但史料乏载，我们不能凭想象填补其惨烈，所以只好将大慈寺最黑暗的一页让给明末清初长达51年的兵燹。
明末清初遭遇四川有史以来的大毁灭，当然不只是张献忠一人的“功劳”，明军、清军、张献忠军及所部、李自成军及所部、吴三桂军等互相攻伐，长达51年的拉锯战，使得四川成为焦土尸国，人物、文化均被扫荡一光。其他军队对大慈寺的毁灭，文献记录得不多，但在提及张献忠屠蜀且毁大慈寺上，文献却不少。大慈寺经1481年后陆续修建，过了160多年的安稳日子，僧众渐多，因此当张献忠1644年攻占成都，于1646年离开成都并破坏大慈寺时，遭遇大慈寺僧众的抵抗。彭遵泗在《蜀碧》中说：“大慈寺僧众近千人，初因藏一宗室，阖寺俱斩。至是，并拘会城内外寺院僧道戮之。”现在成都的地名猛追湾就被民间说成是大慈寺僧众抵抗张献忠军队，与其展开血战的地方。不特此也，大慈寺由于其占地较广，成了张献忠幽禁明朝官员和士子的地方。如华阳知县沈云祚，“城陷，献忠欲用之，幽之大慈寺。而遣其党馈食，以刃胁迫。不屈，遂遇害。”（《明史·忠义传》）同时陈鼎的《东林列传》也载沈云祚被幽禁于大慈寺。不特此也，张献忠还以开科取士的方式陷害四川士子，先聚玉局观用兵剿杀，再移入城中大慈寺关押，“迟数月，照牌点名出，杀之，人为之泣牌”（费密《荒书》），大慈寺应是明末大屠杀见证之地。
当1646年张献忠快要离开成都的时候，他更是大肆烧杀掳掠，无恶不作。正如彭遵泗所言：“尽毁宫殿，坠砌堙井，焚肆而逃。”（《蜀碧》）而其他军队在战火中也一样为恶，因之清初成都人迹寥寥，可见老虎从青羊宫到浣花溪喝水。直到全蜀平定两年后的1683年，方象瑛在其《使蜀日记》里说：“今通衢瓦屋百十所，余皆诛茅编竹为之。西北隅则颓墉败砾，萧然惨人。其民多江楚、陕西流寓，土著仅十之二耳。”这就像清末的一首竹枝词所说：“大姨嫁陕二姨苏，大嫂江西二嫂湖。戚友初逢问原籍，现无十世老成都。”这说明明末清初51年的拉锯战，给整个四川包括成都带来了毁灭性的打击。从历史上来看，清军全取成都应是在顺治十年亦即1653年，但整个四川完全战乱平息要到康熙二十年亦1681年，所以即便如《大清一统志》的“本朝顺治年间修”，《华阳县旧志》里说“国朝顺治间重修，成都知府冀应熊书大慈寺三字额”，也只相当于插标草建以备遗忘，以免他人侵占而已，并不表明大慈寺能建得多么有规模。全川拉锯战尚待平息，官方和民间都没有心思来协助寺院完成其相应的建设工作，这是情理之中的事。
清初大慈寺的重建，是昭觉寺的名僧丈雪和尚和懒石觉聆1675年带领一干人完成的。他在《康熙乙卯经修大慈寺工竣》一诗中写道：“俄乘愿海到蚕丛，瓦砾翻成释梵宫。只为聚沙为佛塔，常伸只手撮虚空。长裙扫地山河动，短杖支云日月红。工竣正拟垂帘卧，殊期外有扣门翁。”艰难地将大慈寺重新修建后，丈雪和尚的弟子懒石觉聆成为清代有记录以来，大慈寺第一代住持。曾两次到过四川的诗人王士禛，在1696年的《秦蜀后记》中写道：“大慈废寺在东城之内，不见所谓玉溪者何在。入东门，遂至大慈寺。毁于献贼，懒石禅师甫构大士殿、达摩殿数楹，具体而微。有一版书东坡阁记。”“数楹”而至“具体而微”，真是遭重创后的草创。对此情形，彭县康熙朝丙午（1666）举人杨岱也写过一首名叫《大慈寺》的诗，就叙述了清初大慈寺的萧瑟荒凉，盛筵不再的情景：“久废先朝榜，何人礼大慈。青苔荒石马，昏月宿寒鸱。不见张玭咏，空留孟昶碑。年年春草绿，古迹问谁知。”（孙桐生辑《国朝全蜀诗钞》卷五）
人为侵占
宋末元初的战争、明末清初的屠杀，使整个四川自此以后再也没有恢复到唐宋时的荣耀，自然大慈寺你无论怎么重建，也已不复昔日荣光。何况除了战祸、火灾之外，还有许多因素制约着大慈寺的发展，如人口的极速增长，对于曾经基本成为废寺的大慈寺来说，也是一个极大的威胁。众所周知，明末清初由于战乱，使四川人口锐减，因此官方采取一切实惠的手段移民，一时间插坡占土的“圈地运动”成为移民浪潮的主题，大慈寺这样还没有人来认领的废寺，在丈雪和尚等人没重修以前，是否有些土地因此被人占领，史无明载，不能确定。但我们看大慈寺在清末与市民的一系列纠纷，恐怕也是其来有自。
我分析解玉溪的湮塞、金河的开凿，特别是府河流经大慈寺的东面与南河交汇，形成两江环抱的城市格局，既是大慈寺兴盛的因由，也是它埋下隐忧之所在。因为这样的交通要冲和水陆辐辏之地，其便利的生活和较高的商业价值都是人所共知的，加之其所处的东大街、总府街周围逐渐成为商业中心，所以大慈寺必成达官贵人的肥肉。火灾之劫后，往往伴随着打劫之人，1435年宣德大火使大慈寺成为“荡然荒墟”，直到1481年这几十年间大慈寺都荒废而空着，即便是重修了，规模也非常小，这就给成化、弘治两朝的奸相万安以可乘之机。作为眉山人，万安当政20年，曾权倾朝野，侵占大慈寺紧邻明代都指挥司亦即总府街旁边的一块地，自然不费吹灰之力。
万安强占大慈寺的空地所建成的私宅，是今天邻总府路的红星路二段及步行街一带——此街前名为书院正街，街南口栅子横匾有“王道正直”四字——这自然是1952年街道被改造后的格局。万安建宅几十年后，由于激起民愤，加以在他死后子、孙相继皆殁，再也无后，所以1536年他的私宅被拆而建成大益书院。陆琛在《大益书院记》里说：“盖自正德戊寅，实始共事，即故少师万文成公之旧寓。……历二十年，经营数公，前此所未有也。”由1518年开始，到1536年才建成，可见其规模不小。可惜的是，40年不到，张居正当朝为相，于1579年尽废全国书院，但大益书院实在1570年已经废除。“治东书院街，旧为大益书院。明代张江陵当国，尽革宇内书院，大益遂废。万历丁亥，学使郭相奎改名大儒祠，耿定力有记。”（《华阳县志·古迹四》）这大儒祠此前叫濂洛祠，祀宋代理学家周敦颐、程颢、程颐，在明末清初的战乱中被毁掉。
大慈寺被人为侵占的情形，万安之类并非孤例，我们可以从大慈寺同光之间的再一次重建中，得以窥一斑而见全豹。书法名家、丁宝桢幕僚顾复初说大慈寺：“遭张献忠之乱，毁于兵燹，百不存一。佛像皆陷土中，大者露处巍然。国朝康熙间，或覆以屋，卑漏湫隘。其他或夷为路径，或废为农圃。其有屋者，或割为编户，或改为他庙宇。余昔尝至其处，则委巷短街，逼灶溷厕，龌龊污秽，交错其间，几无置足处。”（《重建大慈寺记》）所谓夷为路径、废为农圃，都是土地被占的佐证。更有甚者，大慈寺的空地上还有普通民众的不动产房屋，或者其他寺庙——惜字宫南街这样的街道决不是无缘无故地取出来的。虽然说中国一向儒释道容易相处，但在佛寺里修道教的“宫”，多少还是有点鸠占鹊巢的意味。正是有这么多麻烦，所以顾复初说“尝有宰官居士，欲谋恢复，卒以难而止，为拊心浩叹者久矣”。有权有势甚至有钱，但其间的烦琐渎神、利益纷争，就是“宰官居士”也未必能一蹴而就。
宰官怕麻烦的事，还是得佛教界人士依信仰的力量来身体力行，新都宝光寺的真印禅师就是这样一位力任肩扛的人。但此时的大慈寺已是四处被人侵占，而收赎回来，所费不赀。“禅师昔立志愿，誓兴此寺。锱铢积累，聚积数十年，蓄有白镪二万金，已而尽糜于是焉。既已收赎接引殿，价逾三倍。而居主犹婪索不已，屡爽厥约。诸无赖助之，遂至构讼。叶州牧庆荣、李大令希邺、叶观察毓荣，与予商，乞完毅公勤公平其事，且蠲赀焉。”（顾复初《重建大慈寺记》）虽然有这么多官员的帮助，但大慈寺方面与侵占其地其房的居主之间，仍不能达成真正的谅解和契约。必须得有一场颇为戏剧性的大火，才能解决此一问题，亦可以想见寺庙被侵占要想恢复是一件多么困难的事。“四邻不戒于火，延烧百家。火及寺垣，辄反风旁煽，寸椽片瓦无伤者。先是奸民悍夫，多方
龁，蜚语狎至。逮睹斯异，翕然悚惕，咸息厥喙，且以焦土尽归之寺。”（顾复初《重建大慈寺记》）“奸民悍夫”不怕世俗惩处，只怕偶尔的风向所就的“斯异”，也算是佛教因果报应给大慈寺带来的功德吧。
1958年的市政道路改造，是继1925年的市政道路改造后，对大慈寺的寺庙范围影响更为深远的一次。大慈寺周围许多街道如湖广馆街、金玉街、棉花街、长胜街（原名福寿街）均已消失。大慈寺接引殿等被拆除，其中的一些土地被占来修成东风路（今蜀都大道）。不久，铜像也被拆除，反右、四清等，寺僧开会学习，接受改造，使大慈寺处于半废状态。迨至“文化大革命”来临，寺庙驻着“野鸭子造反队”，佛寺工作完全废弃。后来成为成都市博物馆的工作场所，直至2004年大慈寺重光。
