在宋徽宗、宋钦宗被俘后，女真贵族要宋朝遗臣推立张邦昌为傀儡皇帝，秦桧持反对态度。他认为张邦昌过去趋炎附势，干的是有损国家利益的事。大宋江山倾危，人民苦不堪言，尽管这不是一个人造成的，但张邦昌是无法推卸责任的。而且，人民群众痛恨他像痛恨仇敌似的，如果给他地盘，又让他主宰人民，那么，各地的英雄豪杰定会联合起来讨伐，张邦昌最后也成不了大金的重臣。秦桧认为：“则京师之民可服，天下之民不可服，京师之宗子可灭，天下之宗子不可灭”。从秦桧提出的对金的意见和在割地问题上的主张以及反对立张邦昌为帝来看，还没有发现他这时有投降活动的迹象。他的官位已提到了御史中丞，威权颇重了。
靖康二年（公元1127年），金人以秦桧反对立张邦昌为借口，将他捉去，同去的还有他的妻子王氏及侍从。这时宋徽宗得知康王赵构即位，就致书金帅粘罕，与约和议，叫秦桧将和议书修改加工润色。秦桧还以厚礼贿赂粘罕。后来金太宗把秦桧送给他弟弟挞懒任用。从此，秦桧亦步亦趋地追随着挞懒，逐渐成为他的亲信。
秦桧南归后，自称是杀死监视他们的金兵夺船而来的。臣僚们随即提出一连串的问题：孙傅、何粟、司马朴是同秦桧一起被俘的，为什么只有秦桧独回？从燕山府（今北京城西南）到楚州有2800里，须要爬山涉水，难道路上没有碰上盘查询问而一帆风顾地南归？就算他是跟着金将挞懒军队南下，金人有意释放他，也要把他的家眷作为人质扣留，为什么能与王氏偕行而南呢？这些疑问只有秦桧的密友、宰相范宗尹和李回为他辩解，并竭力声称他忠于赵家皇朝，但疑团并没有完全消除。
《金史》中记载，金宣宗贞佑二年（公元1214年），中书舍人孙大鼎上书追述秦桧被女真贵族纵归南宋的事说，金太宗天会八年（公元1130年），大臣们在黑龙江柳林集会，担心宋朝复兴。宋臣赵鼎、张浚志在复仇，宋将韩世忠、吴阶知于兵事。这样既不可威取，又要看到与宋结仇已深，势难使南宋人民屈服，还是暗中先放纵为好。另在《金国南迁录》中记载，金国大臣考虑南宋复仇事，议及放纵秦桧归国，鲁王说，只有放宋臣先回，才能使他“顺我”。忠献王粘罕说，这件事在我心里已酝酿3年了，只有一个秦桧可用，我喜欢这个人。“置之军前，试之以事”，表面上虽然拒绝，而内心中经常能“委曲顺从”，秦桧始终主张“南人归南，北人归北”的政策，今天如能放他回南宋，他必得志。就这样金人决定放秦桧南归。结果不出粘罕所料，秦桧回到临安就力主和议，窃踞相位，专权擅国，残杀抗金将领。其后，南北对峙局势基本形成。
南宋政权虽数次派代表与金朝谈判，但仍是一边防守，一边议和。而专与金人解仇议和，实际是从秦桧开始的。因为秦桧在金朝时，首倡和议，所以他南归后，就成为女真贵族的奸细。秦桧南归后，送给赵构的第一件“见面礼”就是，要想天下无事，就得“南人归南，北人归北”。南宋的军队和将领主要是由西北、河北和山东等地的人组成的，如果照秦桧“北人归北”的主张去办，就等于把北方土地全部奉献给女真贵族，而且大批不愿降金而南下的北方人士，都得回去受金人统治，这就等于南宋自毁长城，自己解除武装，表明对金放弃武力抵抗。秦桧奉送赵构的第二件“见面礼”，是他首先递上一份致女真军事贵族挞懒的“求和书”。赵构感到秦桧“忠朴过人”，得到秦桧高兴得连觉也睡不着，说“又得一佳士也”。秦桧得到赵构如此赏识，迅速地爬上了宰相的位置。
秦桧的两件“礼物”摆在赵构面前，又使赵构担心得“睡不着”。他不得不考虑，秦桧说“南人归南，北人归北”，赵构是北方人，该到哪里去呢？秦桧又说，有“二策”，即以河北人归还金国，中原人送给刘豫（南宋初年金统治者扶植的傀儡，当了几个月宰相），这“二策”顿时轰动天下。而赵构说，自己并没有听到什么震撼性的消息。大臣綦崇礼把赵构的这些意思通告朝廷内外。从此，人们开始认识到秦桧的奸邪了。秦桧的主张引起朝野上下的强烈不满。赵构出于自身利害的考虑，又慑于抗战派和人民抗金、反对议和的形势，不得不罢去秦桧宰相的职务。后来证实，金朝使节到南宋，要求全部归还北方人，恰与秦桧“北人归北”的主张相吻合。有识之士进一步认识到这正是秦桧与金人合谋的结果，秦桧的面目又被看清楚了一些。
秦桧被罢官，失去权位。他求和投降的政策，一时难以实现，只得忍受着暂时的挫折，静观宋金政治风云的变幻，伺机东山再起。绍兴五年（公元1135年）粘罕死，挞懒得势。绍兴八年（公元1138年），赵构又起用秦桧为相。吏部大臣晏敦复忧虑地说，秦桧是“奸人相”。挞懒是秦桧的老主子，这个老主子是主张用诱降议和的策略来促使赵构上钩的。秦桧、赵构和挞懒内外勾结，不愁南宋不亡。
秦桧看到宋金形势在不断地向有利于自己推行的乞和求降政策的方向发展，认为此其机也。于是在宋金谈判前夕，他以女真贵族代理人的身份，对赵构进行反复地试探和考察，增强其求和信心，坚定其投降立场。
南宋大臣在朝见赵构之后，只有秦桧留下面奏。秦桧说：“臣僚们对议和畏首畏尾，首鼠两端，这就不能够决断大事。如果陛下决心想讲和，请专与我讨论，不要允许群臣干预。”赵构说：“我只委派你主持。”秦桧说：“我恐怕有不方便之处，希望陛下认真考虑3天，允许我向您另作报告。”过了3天，秦桧又留在赵构身边奏事，赵构想讲和的思想已经很坚定了，但秦桧认为还没有到火候，他说：“我恐怕别的方面还有不方便，想请陛下再认真考虑3天，容我向您另作报告。”赵构说：“好吧！”又过了3天，秦桧就像前两次一样，独自留在赵构身边奏事。他清楚地确定了赵构坚定不移要讲和之后，才拿出早已草拟好的向金的求和书，并声称不许群臣干预。
我们从秦桧和赵构的对话中可以看得出，赵构已经完全被秦桧抓在手里了。绍兴九年（公元1139年），秦桧不顾赵鼎、胡铨、韩世忠、张浚、王庶、岳飞、李纲等反对议和的上书，与金签订了第一个宋金和约。赵构怕事，装病躲进宫中，由秦桧代行皇帝职权，跪拜在金使面前，签字画押。从此，秦桧在朝廷中的身价提高了，宋金战和问题开始由他左右。
◎ 陷害岳飞 诛戮忠良
秦桧是中国历史上最著名的小人，在他所做的所有坏事中，最广为人知，也最令人痛恨的一件事就是陷害忠良岳飞。宋金第一个和约签订不到一年，金统治集团内部就发生了政变，对南宋主张用诱降讲和策略的挞懒被杀，宗弼（兀术）上台。绍兴十年（公元1140年），金撕毁和约，以宗弼为统帅，挥师直取河南、陕西。南宋抗金将领岳飞、刘琦在人民群众的支持下，痛击金兵，开创了一个大好局面。金兵将校纷纷准备投降，甚至素以狡猾剽悍著称的金帅乌陵思谋，也控制不了部下，只能下令待岳家军到即降，金将军韩常更是想以五万骑兵归附。岳飞看着胜利的形势，非常高兴，对部将们说：“直抵黄龙府（今吉林农安，女真族根据地），与诸公痛饮耳！”岳飞正待不日渡河，而秦桧却命岳飞退兵，秦桧想把淮河以北的土地送给金朝。
岳飞报告朝廷说：“金人锐气丧失，气节败坏，把装备粮草全部丢弃，疾走渡河。而我军将士听命效劳，所向披靡。时不再来，机难轻失。要求乘胜进军。”秦桧深知岳飞抗金意志不可夺，就先撤回张浚、杨沂中的军队，而后说岳飞孤军不可久留，严令迅速退兵。赵构、秦桧一天之内连下12道金字牌，紧催岳飞撤军，岳飞愤慨惋惜地哭着说：“十年之功，废于一旦！”忍痛下令退兵。人民拦马痛哭，岳飞悲泣。以赵构、秦桧为代表的南宋投降派是实权派，他们既担心抗金战争的顺利发展会激起女真贵族的不满，也忧虑岳家军的迅速壮大会威胁他们的统治地位，因此，胜利在望之际，迫令岳飞撤退。
绍兴十一年（公元1141年）四月，秦桧唯恐重要将领难以驾驭，就想法收回他们的兵权，以扫除不利于他投降活动的障碍。秦桧密奏召三大将韩世忠、张浚、岳飞入朝，“论功行赏”。三将到临安后，韩世忠、张浚被任命为枢密使，岳飞为副使。明升官职，实解兵权。同时还撤销了专为对金作战而设置的三个宣抚司。
宗弼得知秦桧解除三大将兵权、自毁长城的消息后，就乘机一再对南宋进行军事威胁。他通知赵构说，金国各路大军将水陆并进，南下问罪，如肯顺降，须以淮水为界，把淮水以北的土地和人民割让给金国。同时，金朝派人指使秦桧，必须杀掉抗金战争中最出力的岳飞，才可议和。
绍兴十一年（公元1141年）九、十月间，秦桧派谏官万俟炆收集伪证，组织供词，罗织罪名，又串通张俊，收买、勾结岳家军重要将领张宪的部将王贵、王俊等人，诬告张宪欲据襄阳为变，以谋恢复岳飞兵权。张宪遂被捕入狱，岳飞、岳云父子也被送到大理寺（南宋最高审判机关）。岳飞被捕后，秦桧加紧进行投降活动。十一月，宗弼派萧毅到临安，提出“划淮为界，岁币银绢各二十五万，割唐、邓二州”为议和条件。这就是宋金第二个和约，史称“绍兴和议”。
和约签订后，秦桧按照女真贵族的意图，变本加厉地迫害岳飞等人。岳飞被捕已两月有余，“罪状”还没编造好。一天，秦桧独居书室，吃着柑子，并用手指划柑皮，若有所思。秦桧妻王氏素来阴险，看见秦桧的动作就讪笑着说：“老汉怎么一直没有决断呢？捉虎容易，放虎难哪！”秦桧听懂了王氏的意思，便写了一张小纸片送给狱吏。岳飞当天就死在狱中，岳云、张宪被杀于市，这一天正是绍兴十一年十二月二十九日（公元1142年1月27日）。
秦桧深恨岳飞。因为岳飞曾多次声称和议失策，而且上书赵构要求制定国家大政方针，这都与秦桧的投降政策相违背，所以秦桧总想杀掉他。岳飞被捕，有正义感的臣民愤愤不平。岳飞被害前，韩世忠十分气愤，质问秦桧：“岳飞父子究竟犯了多大罪，事实如何，有什么证据？”秦桧说：“莫须有。”韩世忠说：“‘莫须有’三字，何以服天下？”这时韩世忠已被罢免枢密使之职，他满腔愤懑，只得骑驴载酒绕西湖了。岳飞被害后，家属流放岭南，被株连者或坐牢，或流放，或死于狱中。相反，凡跟着秦桧陷害岳飞的，都各有升迁。
◎ 总揽大权 排除异己
秦桧除了将岳飞等杀害外，对南宋其他忠臣良将，也不放过。迫害手法花样繁多。
秦桧的一种手法是背后拨弄是非，造谣离间，出卖同他共事的大臣。绍兴七年（公元1137年），张浚要求离开右相的职位。宋高宗赵构问他：“谁可代替你呢？”张浚不答。赵构又问：“秦桧怎么样？”张浚说：“与他共事，才知他不光明磊落。”赵构说：“那就用赵鼎。”赵鼎接替了张浚的宰相职务。后来张浚受到迫害，赵构要把他安置在岭南，赵鼎就约同事解救，与大臣张守面奏赵构，每人都千言万语为张浚求情，唯独秦桧一言不发。原来赵鼎、张浚很合得来，张浚先任宰相，竭力引荐赵鼎。
他们曾讨论过人才问题。张浚激动地谈秦桧“善良”。赵鼎说：“此人得志，我们就无所措手足了。”张浚不以为然，所以也引荐过秦桧。后来知他不光明正大，就不再推荐他了。秦桧因此怀恨张浚，用挑拨离间的手法告诉赵鼎说：“皇上想召用你，而张浚拖延扣留。”这就激怒了赵鼎去排挤张浚。秦桧在枢密院只听张浚的指使，而赵鼎素来就讨厌秦桧，经他这一拨弄，赵鼎反而对他深信不疑，最后赵鼎与张浚都被秦桧所排挤。赵鼎与张浚晚年在福州相遇，谈及此事，才知都被秦桧出卖了。
秦桧的第二种手法是言语不多，却极其狠毒，甚至以一语害人。正如《宋史》中所说，秦桧阴险如悬崖陷阱，深不可测。群臣讨论政事，还没有据理力辩，他用一两句话就否定了。李光曾与秦桧争论，发言稍微触犯了秦桧，秦桧就不说话了。等李光说完，秦桧慢慢地说：“李光没有遵守做大臣的礼法。”赵构听后，对李光十分不满。所以史书上指出秦桧凡陷害忠良，一般是用这种手段。
秦桧的第三种手法是一意孤行，排除异己，必置反对者于死地而后快。枢密院编修官胡铨上书，愿斩秦桧以谢天下。立即受到秦桧打击，把胡铨贬往昭州（今广西乎乐）“编管”。
胡铨因妻临产，想稍晚几天再走，结果秦桧派人给他戴上刑具，押送昭州。秦桧还觉得对胡铨处理过轻，不足以“贬一儆百”，使反对议和的人从此俯首帖耳，因而迫使赵构下了一道诏令，说胡铨上书是放肆称凶，倡导犯上之风，告诫朝廷内外，不得效法。大臣陈刚中支持胡铨上书，秦桧大怒，把他弄到赣州安远县。安远县地处偏远山区，条件极差，瘴气很盛，当地谚语说：“龙南、安远，一去不转。”意思是说，到安远是一去不复返了，必然死在那里。陈刚中果然死在安远。
秦桧的第四种手法是屡兴大狱，株连无辜，迫害与他有些微异意的人。秦桧晚年更为凶残，绍兴二十二年（公元1152年），又兴起王庶二子（王之奇、王之荀）、叶三省、杨炜、袁敏求四大狱，诬陷他们有“诽谤罪”。绍兴二十五年（公元1155年），赵令衿看秦桧的《家庙记》，口念“君子之泽，五世而斩”，结果被告。有人又告赵鼎的儿子赵汾同赵令衿在宴会结束后互赠礼物，“必有奸谋”，秦桧就送赵汾入狱。
秦桧在他的一德格天阁里写上赵鼎、李光、胡铨的姓名，“必欲杀之而后快”。此时赵鼎已死，恨不能处置，就想捕杀他的儿子赵汾。秦桧尤恨张浚，将他“编管”零陵（今湖南永州），指使其死党张柄坐镇潭州（今湖南长沙），与郡丞汪召锡共同监视张浚。秦桧甚至要赵汾捏造事实，诬陷赵汾与张浚、李光、胡铨“谋大逆”，这次株连贤士53人。兴起这个大狱之时，秦桧已是奄奄一息了。
秦桧对反对过他的人，即使是平民百姓也决不放过。听到赵鼎死讯而叹息的人也被治罪。有人写诗送别胡铨也遭“编管”。一次，秦桧举行家宴，叫戏子演戏，一个扮演小官的戏子头发上的大环掉落在地。另一戏子问：“这是什么环？”小官说：“二胜环（谐音为‘二圣还’，二圣指宋徽宗、宋钦宗，均被金俘去）。”戏子说：“你坐太师（无意中涉及秦桧，因他称秦太师）椅，为什么把‘二胜环’丢在脑后！”意思是说坐上太师椅，就把二圣南还的事置之度外了。顿时人人皆失色，秦桧大怒。第二天就把戏子关在牢里，这个可怜的戏子最后在狱中死去。
自“绍兴和议”签订后，秦桧就总揽了南宋的军政大权，他以是否赞同求和乞降为分水岭。赞成者，可步步升迁；反对者，不论是忠臣良将，还是普通百姓，一概被划入打击剪除之列。
◎ 钉在耻辱柱上的秦桧
