《易》则贯穿群经，虽旁涉天官、分野、气侯，而非如诸儒之专衍术数，比附史事耶；《春秋》则主《公羊》、董子，略采《左氏》、《穀梁氏》及宋元诸儒之说，而非如何邵公所讥背经任意，反传违戾也；《尚书》则不分今古文异同，而剖析疑义，深得夫子序《书》、孟子论世之意；《诗》则详于变雅，发挥大义，多可陈之讲筵；《周官》则博考载籍有道术之文，为之补其亡阙，多可取法致用；《乐》则谱其声，论其理，可补古乐之阙；《四书说》敷畅本旨，可作考亭诤友，而非如姚江王氏、萧山毛氏之自辟门户，轻肆诋诘也。（阮元：《庄方耕宗伯经说序》，《味经斋遗书》卷首。）
阮元这两段话分别从总体特征与具体著作两个方面，对庄存与的经学做出了说明。他强调了庄存与经学所具有的二个特点，一是以六经为宗，不守门户，贯穿群经，博采群籍，超越汉宋，不分今古文；二是专明微言大义，其发挥深得孔子、孟子之意，而所言多可陈之讲筵，取法致用。
对于阮元所说庄存与以微言大义为宗的观点，应该有所辨析。所谓微言大义既可笼统为说，也可以分开来说。笼统为说指的是经学所言的义理，以与经学的文字名物相区别；分开来说，微言与大义又是有区别的。皮锡瑞说：“《春秋》有大义，有微言。所谓大义者，诛讨乱贼，以戒后世是也；所谓微言者，改制立法，以致太平是也。”（皮锡瑞：《春秋通论》，《经学通论》，中华书局，1982年，第1页。）大义就是君臣上下的等级之分，即儒学所说的政治伦理原则；而微言则是《公羊》学所说的素王改制说，即以三科九旨为内容的孔子改制说。故皮氏接着说：“孔子惧弑君弑父，而作《春秋》，《春秋》成而乱臣贼子惧，是《春秋》大义；天子之事，知我罪我，其义窃取，是《春秋》微言。”大义可以公开大肆宣扬，微言则隐寓于《春秋》的文字里，不可公开宣讲。所以，皮锡瑞又说：“大义显而易见，微言隐而难明。”（皮锡瑞：《春秋通论》，《经学通论》，第2页。）在庄存与的著作中，既有对大义的阐发，也有对微言的论说，如庄存与讲孔子改制说：“《春秋》应天，受命作制，孟子舆有言，天子之事，以托王法，鲁无愒焉；以治万世，汉曷观焉”（庄存与：《春秋正辞·奉天辞第一》卷一，《清经解·续清经解》，凤凰出版社，2005年。）。但是，微言与大义在庄存与的经学中是具有不同地位的。在庄存与的经学中，大义是根本，是中心，是宗旨，而微言只是大义成立的依凭。庄存与对于微言主要是引已有之说以为说，而绝少他自己的发挥；相反，他对大义则处处阐发，竭尽发挥之能事。因此，阮元说庄存与的经学虽然讲微言大义，其实是以大义为主，实际上可以用以“六经为宗，不守门户；专明大义，以求致用”这两大特点来归纳其经学特色。考察庄存与的经学，可以看出阮元的归纳是合理的。
庄存与经学的这两大特点正好与乾隆时期的汉学形成极其鲜明的对比。董士锡说：“方乾隆时，学者莫不由《说文》、《尔雅》入，醰深于汉经师之言，而无涃以游杂，其门人为之，莫不以门户自守，深疾宋以后之空言。固其艺精，抑示术峻。”（董士锡：《易说序》，《味经斋遗书》卷首，《味经斋遗书》，清光绪八年。）当时的汉学家无不以《说文》、《尔雅》为据，以东汉的贾马许郑为宗，固守东汉之学；而庄存与于《春秋》三传却以西汉盛行的《公羊春秋》为主，并对六经、四书皆有所研究，且皆有所论著。他论学不仅取汉学家之说，而且也取宋学家之说；既取今文经学之说，又取古文经学甚至是伪古文经学之说。不分今古文经学，不分汉学与宋学，不分陆王与陈朱，并不是说庄存与对历史上的经学都是毫无保留地一概吸收。相反，庄存与对历史上的经学派别更多的是批评。他对一切经学派别既有所取，又有所批评，经学历史上的今古之争、汉宋之别等一切门户之分，在他那里都荡然无存。而无论是他对历史上的经学派别的肯定还是批评，都是以是否合于圣人之道为判定标准的。
在对以往经学的取舍中，庄存与主要对七十子、孟子与两汉经学多有肯定。他说：
（孔子）据鲁史以作《春秋》未尝不审其本末，而以已意约文立意者。删《诗》序《书》，其所论著详矣。见于《孟子》，则若汤事葛、太王事獯鬻、尧舜授受、禹益辟位，其文尽出孔氏。伏生《尚书大传》、大小《戴记》皆出孔氏；贾谊、董仲舒所著及《盐铁论》贤良文学所称引、《白虎通德论》多三代遗言；毛公《诗》、何休《公羊传》，学有三代礼可考，无不自七十子所传。（庄存与：《四书说》，光绪八年阳湖庄氏藏本，第69-70页。）
由此可以清楚看出，庄存与对于孔子之后这些人的肯定，乃是因为他们或得圣人之论，或得三代遗言、三代之礼，就是说他们都有合于圣人之道的地方。
而庄存与对历史上各种经学派别的严厉批评，也是以此为标准的：
大体不存，经文不玩，而日竞于“繁言碎辞”，末师口说，拟而僭者有之，更定其篇章，变乱其诂训，改读其书名，侮慢自贤而告天下曰：此圣人之糟粕也。圣人复生，亦无以难之。（庄存与：《四书说》，第47页。）
在这段话中，包含着对历史上的主要经学派别的批评。“繁言碎辞”本指汉代的经学中那些只知道解说经典文字，却不知其大义的章句之儒，而清代的汉学也有此弊，所以，实际上包含着汉代古文经学与清代汉学；“末师口说”则是对汉代今文经学流弊的批评，汉代有人曾指责今文经学的《公羊传》非载籍之典，而是口说流传，不足为信；“拟经而僭之”则指汉代扬雄的仿《周易》、《论语》著《太玄》、《法言》，隋代的王通仿《春秋》著《元经》等拟经之作；“更定其篇章，变乱其诂训，改读其书名”，甚至以为六经是“圣人之糟粕”等，则指魏晋、宋代以后的经学家对六经的主观肆意解说及其疑经改经之风。在庄存与看来，虽然他们中许多人自诩得圣人之道的精华，其实都不足为据。历史上的经学家不仅没有加以正确地阐明，反而多对圣人之道有所蒙蔽。所以，庄存与对历史上的经学派别尤其是主要代表人物，如汉学的偶像郑玄、宋学的集大成者朱熹皆有所批评。他曾有一段批评历史上经学的话：
新声代变，古乐所以亡；新说代兴，古经不几于丧乎！虽然，孔子曰：天之未丧斯文也，则凡汉季、魏晋、唐元和以后文士，宋进士科出身人，其好为新说者，亦如孔子之六艺何……彼非圣人而作经，若扬子云、王仲淹，妄人也；新说自郑康成始，莫巧于魏晋人。《五经正义》所笃信，实非《儒林传》诸老先生古义也。若《正义》之变为新经，萌芽于元和，波涛于北宋熙、丰、元祐。大抵南人倡之，北人从而和之，卒成于南宋孝、光、宁之世。朱子之学，宋之郑公也，皆非七十子所受之大义，况微言乎？（庄存与：《四书说》，第48-50页。）
在清代以前，经学主要有汉代经学与宋代经学两大派别。郑玄是汉代经学的集大成者，朱熹则代表着宋代经学的最高成就，这里在批评扬雄、王通与魏晋经学家之外，重点批评郑玄与朱熹，以为宋代的朱熹就是汉代的郑玄，一个是破坏经学微言大义的“新说”的创始人，一个是完成者，这无疑带有否定清代以前一切经学的意义。接着庄存与还指责“新说”的“七失”：
综而论之，新说再兴，其失有七焉：删乱古今，一也；私易故训，二也；分文析字，三也；援其所不及，烦其所不知，四也；圣人罕言，今童子能言之，五也；自谓笃信圣人，而实疑谤圣人者之说，六也；自谓推原天命，而实则命于天者之辞，七也。凡此七失，皆在新说中。（庄存与：《四书说》，第50页。）
所谓“七失”，归结起来就是用各种异端邪说或是个人私意来变乱圣人之道，危害经学的纯正性。庄存与用所谓“新说"指代自汉以后以郑玄、朱熹为代表的各种经学，指斥其有“七失”，实为晚清经学中廖平、康有为以“新学伪经”之名，否定古文经学的****。
无论是庄存与对七十子之学的肯定，还是对所谓“新说”的各种经学派别的批评，其中都贯穿着对圣人之道的追求。庄存与认为圣人之道存在于六经之中，所以，他对各种经学派别的超越，最终都要归结到以六经为宗，他说：
《诗》、《书》、《礼》、《乐》，文王、周公之《易》，孔子之《春秋》，宗庙百官具在……圣人往矣，舍六艺则不可得见圣人矣。六艺在是，尽古今天下能言者且难为言，而况明经、学究、进士出身之人乎？（庄存与：《四书说》，第47页。）
孔子去世后，圣人之道就只存在于六经中。舍六经，就无从见圣人之道。而六经中的圣人之道是不可穷尽的，人们只能究其“大体”。尤其是六经中的圣人之道经过历代各种“新说”的破坏，其真义多已模糊不清。那么，如何从六经以求圣人之道呢？他说：
六艺之文，正名为先。自分文析字，繁言碎辞日以益滋，圣人大训若存若亡。道不足而强言，似是而非；习以为常，而不知其倍；以过言谓己当然，而不知其诬；近古之言不合于六艺者，不可胜正，必以六艺正之，以六艺之名，正天下之析言乱名者。（庄存与：《四书说》，第75页。）
孔子讲正名，是要以君君、臣臣、父父、子子之名，正天下礼崩乐坏之实，使社会秩序合于礼的规范。庄存与讲正名，是要用六经之名，来矫正历史上一切“不合于六艺者”的理论，使经学所言完全合于六经的圣人之道。他主张经学一定要“治孔子之六艺，守孔子之训”。（庄存与：《系辞传论》，光绪八年，阳湖庄氏藏本，第48页。）他的不守门户，以六经为宗，带有超越历史上的一切经学派别，回复到孔子与六经原典的意义。
而六经有文字与义理之分。是重六经的文字，还是义理，不仅体现各经学派别对六经的不同认识与价值取向，也表现了他们各自治学方法的不同。在庄存与看来，学习六经应该重视的是其中的义理，因为圣人之道就体现于经典的义理中。所以，他在其经学著作中都是以明圣人之道的大义为中心。他之所以一再地批评历代经学，指斥“分文析字”对圣人之道的危害，最根本的原因就在于此。龚自珍说：
大儒庄君，讳存与，江南武进人也。幼诵六经，尤长于《书》……传山右阎氏之绪学，求二帝三王之微言大指，闵秦火之郁伊，悼孔泽之不完具，悲汉学官之寡立而多废，惩晋代之作僭与伪，耻唐儒之不学见绐大笑（上海人民出版社1975版的《龚自珍全集》第141页，此条的标点作“耻唐儒之不学见绐，大笑悼唐以还学者之不审是非”，据姜光辉先生说，“大笑”疑当作“大方”，而应标点为“耻唐儒之不学见绐大笑，悼唐以还学者之不审是非”，其说可从。），悼唐以还学者之不审是非，杂金玉败革于一衍，而不知贱贵，其罪至于亵帝王，诬周孔，而莫之或御。（龚自珍：《资政大夫礼部侍郎武进庄公神道碑铭》，《龚自珍全集》第二辑。）
阎若璩是清代汉学的重要代表人物，其主要代表作是《古文尚书疏证》，其书列举128条证据，考辨《古文尚书》二十五篇为伪书，龚自珍说庄存与传阎氏之绪学，乃是因汉学在他的时代仍是社会的主导意识而采取的一种婉转之说。其实，庄存与在经学上与阎氏走的是不同的道路，阎氏的学术在于典籍考辨，庄存与的经学在于对尧舜二帝三代圣王的大义的追求。而尧舜二帝三代圣王的大义存在于孔子所定的六经中，所谓“子以文教，实文、武、周公经纬天地之文”（庄存与：《四书说》，第49页。）。所以，庄存与的由六经所求的圣人之道，也就是尧舜二帝三代圣王的大义。在他看来，这一圣人之道自秦以后就被淹没了，无论是汉唐的经学，还是唐以后的经学都不仅没有得到圣人之道的真传，反而有害于圣人之道。因此，他的探求大义带有清理近二千年的经学，而直接承接孔孟，发明尧舜三代的沉重历史责任感。因之，庄存与在经学上，走的是专求大义的道路，而与当时重名物训诂的汉学正好完全相反。在汉学如日中天之时，庄存与对其表现出极大的不满，甚至将重名物训诂的清代汉学斥为不足以知圣人之道的肤与末，他说：“征事实，传故训者，为肤为末，岂足以知之于是乎？”（庄存与：《四书说》，第3页。）在汉学一统天下，以《说文》为其话语标准的时代，庄存与敢于如此激烈地指责汉学，实是以维护圣人之道的自许与自信为基础的。
为了维护六经的圣人之道，庄存与甚至不惜对阎若璩已经定性的伪《古文尚书》予以大力维护。龚自珍说：
（庄存与）既壮，成进士。阎氏所廓清，已信于海内。江左束发子弟，皆知助阎氏，言官学臣则议上言于朝，重写二十八篇于学官，颁赐天下，考官命题，学童讽颂，伪书毋得与。将上矣，公以翰林学士值上书房为师傅，闻之，忽然起，逌然思，郁然叹，忾然而寤谋。……自语曰：“辨古籍真伪，为术浅且近也，且天下学僮尽明之矣，魁硕当弗复言。”古籍坠湮十之八，颇籍伪书存者十之二。……昔《大禹谟》废，“人心道心”之旨、“杀不辜宁失不经”之诫亡矣；《太甲》废，“俭德永图”之训坠矣；《仲虺之诰》废，“谓人莫己若”之诫亡矣；《说命》废，“股耾良臣启沃”之谊丧矣；《旅獒》废，“不宝异物贱用物”之诫亡矣；《冏命》废，“左右前后皆正人”之美失矣。今数言幸而存，皆圣人之真言，言尤疴养关后世，仪贬须臾之道，以授肄业者。公乃计其委屈，思自晦其学，欲以借援古今之事势，退值上书房，日著书，曰《尚书既见》如干卷，数数称《禹谟》、《虺诰》、《伊训》；而晋代掇拾百一之罪，功罪且互见。公是书颇为承学者诟病，而古文竟获仍学官不废。（龚自珍：《资政大夫礼部侍郎武进庄公神道碑铭》，《龚自珍全集》第二辑。）
在汉学家的眼中，考辨的证据、训诂的得失是判断一切的准则，而庄存与则不管训诂考据如何说，他所肯定的只是合不合乎圣人之道，只要保存有尧舜三代的大义，即使是已被论定的伪《古文尚书》，也不失其价值，更不能因其伪，而给以否定。他为此竟提出，考辨典籍的真伪不过是“浅近”之术，是学童都可以知晓的，绝不是魁硕大师所追求的。这实带有轻视与否定当时所有汉学家的意味，大有冒天下之大不韪的极大勇气。而在这背后，是以他维护圣人之道的大无畏精神为支柱的。
庄存与这种勇敢追求经学大义的行为，被龚自珍誉为百千年难有的“自韬污受不学之名”，是行权“以求济天下”的壮举，他本人也因此被龚自珍许为百千年之“一人”的“史之大隐”：
卿大夫能以学术开帝者，下究乎群士，俾知今古之故，其泽五世；学足以开天下，为有所权缓急轻重，以求其实之阴济天下，其泽将不惟十世；以学术自任，开天下古籍之故，百年一人而已矣。若乃受不学之名，为有所权以求济天下，其人之难，或百年而一有，或千载而不一有，亦或百年数数有。虽有矣，史氏不能推其迹，门生、学徒、愚子孙不能宣其道，若是，谓之史之大隐。有史之大隐，于是奋起不为史，而能立言者，表其灼然之意，钓日于虞渊，而悬之九天之上，俾不能终隐焉而已矣。（龚自珍：《资政大夫礼部侍郎武进庄公神道碑铭》，《龚自珍全集》第二辑。）
