黑田长政回到居城后亲自召集天下一流的画师，绘制了一副“大坂夏之阵图屏风”，至今还收藏在大坂城的天守阁，作为日本的重要文化财产保存。其中左半部分画出了德川军的士兵袭击大坂城老百姓，将他们的首级作为讨取丰臣士兵的首级冒领战功的情景。大坂城内，无论男女老幼都遭到了屠杀，哀嚎震天，在向德川家康请功的15000首级中，很多是老百姓的。
丰臣秀赖的儿子年仅8岁的国松被幕府抓捕后处以极刑，6岁的女儿出家化名天秀尼逃过一劫。之后德川家康下令，将之前的大坂城全部掩埋，重新再建德川氏的大坂城。同时废去丰臣秀吉死后追授的丰国大明神的神号，并关闭全国的丰国神社和庙宇。追随丰臣方的长宗我部盛亲于5月11日被捕，5月15日跟丰臣国松一起被斩。细川兴秋被父亲细川忠兴下令切腹，增田长胜因为儿子盛次受到牵连被发配到岩槻，古田织部被怀疑内通丰臣而被下令切腹，明石全登行踪不明，但其子于1633年在萨摩被捕。丰臣方的残党，在之后的10年里还一直在背地里从事着推翻幕府的活动（据说企图颠覆德川幕府的由井正雪的得力助手丸桥忠弥就是长宗我部盛亲的次男）。
另一方面，伊达政宗对在大坂城夏之阵攻击水野胜成部下神保相茂队的行为作出了解释。5月7日在天王寺，迟到的明石全登队与神保相茂交战。眼看神保相茂不敌，败军要冲入伊达军的队伍中了，政宗怕败军影响自军士气，下令向神保队射击，导致包括神保相茂在内的300余人死亡。对此德川家康虽心有余悸，但也没对伊达政宗做出惩罚。之后伊达政宗的仙台藩还相继收留并任用了真田幸村次子真田守信（片仓守信），长宗我部家臣佐竹亲直的遗孤等。德川家康的剿灭丰臣残党计划，根据各藩主的态度的不同，响应程度也大不相同。
战后，家康命养子松平忠明（奥平信昌四子）负责修复大坂城，这一决定遭到了首先攻入大坂城的松平忠直的不满。因为对于战功第一的他来说，家康只赏赐了一个茶器“初花肩冲”和从三位参议左近卫权中将的官职，并没有给新的领地。关于大坂城的城主，包括松平忠直在内的家康的儿子们纷纷请缨，让德川家康很是头疼。重修完工的松平忠明言道：“大坂是一个让人充满野心的地方，无论是谁，在那待时间长了都会滋生出对抗江户幕府的野心。”家康无奈的摇了摇头，最终决定还由将军直辖管理大坂城，将松平忠明转封到了大和郡山。另一方面，家康的六子松平忠辉（伊达政宗的女婿）由于在天王寺合战中参战迟到，遭到了改易的处理。1615年7月，德川家康下令改年号为“元和”，宣布天下正式平定，史称元和偃武。从此之后一直到幕末的200多年时间里，日本再也没有发生过大规模的战争（岛原之乱和庆安之变这样的暴乱事件除外）。
1616年6月28日，后阳成天皇把第八位皇子八宫良纯亲王过继给德川家康。9月9日，家康联名将军德川秀忠、关白二条昭实发布“禁中并公家诸法度”明确天皇和朝廷的权利与责任。之后又相继发布“武家诸法度”、“一国一城令”明确了藩主、武士的权利与责任、拆除战争中废弃的城池。通过这三项制度，奠定了德川氏264年的天下。同年，为了真正的过上隐居生活，家康命令在骏府修建新的城池，但家康于第二年病倒，死前一直住在家臣竹腰正信改筑后的屋子里。
1616年1月，德川家康在猎鹰活动中病倒。3月21日，朝廷加封病中的德川家康为太政大臣（武家出身担任太政大臣的，之前只有平清盛、足利义满、丰臣秀吉三人）。弥留之际，家康只在枕边接见了秀忠、义直、赖宣、赖房四人。松平忠辉亲自跑到骏府想见父亲最后一面，但遭到了家康的拒绝。这跟打败了大久保长安的本多正信、正纯父子有很大关系。家康最后接见的就是伊达政宗，不禁让他想起了当初丰臣秀吉死前接见自己的情景。“政宗啊，我死后天下就全靠你了。”伊达政宗跪在床前，紧紧拉住了家康的手，顿时热泪盈眶：“大御所请放心，我一定守住这来之不易的和平。”德川家康微笑的点了点头，之后与世长辞，享年75岁。辞世句：“人的一生有如负重致远，不可急躁，以不自由为常事，则不觉不足，心生欲望之时，当回顾贫困之日，可无事长久。”之后，伊达政宗勤于内政，一直默默地支持着德川幕府，鼎盛时期，江户收藏的米粮有三分之一来自仙台。
1618年，由于德川家康颁布的一国一城令，接替有马晴信旧领的松仓重政开始了在岛原建筑新城的计划。原有的岛原城和日野江城被废弃，松仓重政只有4万3千石的俸禄，但想把岛原城建成与10万石俸禄的大名一样的规模。结果领内的百姓遭了殃，很多因交不起年贡而遭到逮捕和惩罚，加之领内的百姓大多是基督徒，所以松仓重政还借着幕府的基督弹压政策鱼肉乡里、横行霸道。而且为了向幕府表示忠心，松仓重政不管领内的财政状况接受了改建江户城的工作。为了筹集资金，还派遣部队想远征吕宋岛。终于1637年10月25日，在天草四郎时贞（益田时贞）的带领下，数名基督信徒一起杀害了有马村的代官，举兵起义。义军足有30000人马，短期内连下数城。11月14日，富冈城守将三宅重利（明智秀满之子）不敌城破被杀。这时，岛原城的百姓也响应起义，加入了义军，兵力规模扩大到37000人。幕府派遣松平信纲为总大将率领户田氏铁、细川忠利（细川忠兴三男）、锅岛胜茂、松仓胜家、寺沢坚高、黑田忠之（黑田长政之子）、有马直纯、水野胜成等将出兵125800人进行围剿。最后37000人不是战死就是自杀殉教，岛原之乱成为了日本历史上规模最大的一次暴动。
第三代将军德川家光时，有一名优秀的军事学者叫由井正雪。许多大名推荐其到江户任职却遭到了拒绝。正雪在各地开始军事学堂，广集生源。这时，由于德川家光继续执行武断政治（重武轻文），减封、改易了不少之前关原、大坂之战的大名，导致社会上浪人激增，很多人没有机会就业。正雪趁机拉拢浪人，并在学堂上批评幕府的政治策略。1651年4月，德川家光病死，享年48岁，由只有11岁的德川家纲继位。由井正雪与丸桥忠弥、金井半兵卫暗地谋划准备颠覆幕府政权。首先由丸桥在江户放火，趁乱杀死老中以下的幕府重臣和旗本。同时正雪在京都、半兵卫在大坂起兵响应，直接逼迫天皇下达敕命讨伐德川氏，宣布德川氏为朝敌。但是计划被同伙的奥村八左卫门揭发，告诉了幕府。7月23日丸桥忠弥在江户被捕，26日由井正雪在骏府被捕自杀。30日金井半兵卫得知正雪已死，在大坂自杀。8月10日，幕府将丸桥忠弥凌迟处死。但1年之后，又发生了浪人别木庄左卫门策划袭击幕府重臣的事件，和之前一样也因为同伙告密，而宣告失败，史称“承应之变”。之后，身为老中的幕府重臣阿部忠秋与中根正盛开始认识到政治策略的失误，开始从武断政治向文治政治改革。最后，各藩开始优先录用浪人，并培训浪人们弃武从文，学习法律，研究学问。文治政治开始盛行，然而讽刺的是，这正是由井正雪的政治理想。
后来直到1853年，美国的黑船驶入日本，开始了“明治维新”，德川幕府才正式灭亡。明治维新后，日本政府恢复了丰臣秀吉的丰国大明神的神号，并允许在埋葬德川家康的东照宫内同时祭祀织田信长和丰臣秀吉。在江户后期平户藩主松浦清的随笔《甲子夜话》中，一则杜鹃不鸣的故事仅用三句话就概括了三人的性格，织田信长：“杜鹃不鸣，既当杀之。”，丰臣秀吉：“杜鹃不鸣，试使其鸣。”，德川家康：“杜鹃不鸣，静待其鸣。”性格完全不同的三人被时代选择，又被时代抛弃，但我们从他们身上能学到的东西却有很多很多，以上就是被后世称为“日本战国三英杰”的故事，感谢观看，全书，完！
