其次，按张法顺的计策，假如刘牢之不杀桓谦，就得杀掉刘牢之，这就更麻烦了：一、刘牢之是想杀就杀得掉的吗？二、退一步说，就算刘牢之麻痹大意，当真被杀掉了，你就不怕北府军造反？三、再退一步说，就算北府军不造反，还能指望他们替你对抗桓玄吗？现在桓玄与司马元显的力量对比中，荆州方面几乎占尽了优势，司马元显唯一可以倚仗的力量就是刘牢之和他的北府军，所以对司马元显来说，此时杀刘牢之和自杀基本上没太大差别。
再从另一方面来想，刘牢之虽然不可靠，但也得“利令”才能“智昏”吧？凡是桓玄可能给他的好处，司马元显都已经给他了，而司马元显不能给他的好处，桓玄也不可能给！只要他能够理性地评判得失，就没有甘冒骂名，背弃朝廷投靠桓玄的理由。
本来司马元显的想法基本是没错的，假如此时北府军的首领是刘裕，他多半就成功了（虽然只是暂时的成功）。奈何历史不是数学公式，促使人们作出选择的动机不一定出自理性判断，因为一些很蠢的想法而作出重大决策在历史上屡见不鲜。这大概也是历史之所以丰富多彩的原因之一吧。
原本桓玄认为朝廷处境如此困难，应该没有余力远征，待得到他的堂兄——太傅长史桓石生从建康给他秘密送来的朝廷讨伐令时，不禁大吃一惊。桓玄这个人平常似乎英明果断智计百出，往往一到关键时刻就掉链子，竟打算收缩兵力，退保江陵。桓玄夺取荆、雍的时间还不长，控制的地域虽大，但这些地域的官吏士民主要是畏惧他的强大而归附，诚心投靠者并不多。如果他一仗不打就退保江陵，示弱于天下，对这些人的心理示范作用可想而知，那时难保不发生属下叛投中央的事，司马元显也就有了取胜的可能性。
幸亏此时长史卞范之一语点醒了桓玄：“桓公您的英武之名早已天下传扬，而司马元显不过一个乳臭未干的小毛孩子，刘牢之在三吴也早已丧尽人心，哪里值得桓公畏惧？我方只要点起大军，直接挺进京都，展示我军的强大，让天下人知道顺公者昌，逆公者亡，他们马上就会土崩瓦解！岂能反而让敌深入，自寻死路？”桓玄听罢大悟，于是改变了主意，发出檄文，声讨司马元显的罪行，同时集结大军，顺江东下。
桓玄与司马元显的此次对决，正应了那句俗语“麻秆打狼，两头害怕”。司马元显得知桓玄主动东进迎敌，万丈雄心化成了绕指柔。二月七日，晋安帝司马德宗与文武官员在西池设宴为即将出征的大将军司马元显饯行，等宴席结束后，司马元显登上战船，却不敢下令开船，结果朝廷的讨伐大军一直待在建康郊外无所事事；桓玄的大军沿江东下，行动也不迅速。桓玄总想着事若不成当如何，如果遇上朝廷的讨伐军是否应该撤退，谁知一路风平浪静，直到过了寻阳（今江西九江），仍然见不到朝廷军队的影子，大喜过望，士气方才振作，果然不出卞范之所料啊。
没过几天，司马元显又接到一个坏消息：原本答应做内应的庾楷阴谋败露，被桓玄逮捕囚禁。司马元显心更虚了，有了凶多吉少的预感，深悔发动这次战争。于是在二月十八日，他让晋安帝下诏，派宗室司马柔之带着驺虞幡去阻止桓玄军东进，企图和解。
驺虞是古代传说中的一种仁兽，吃荤但不杀生，只吃自然死亡的动物（估计它经常饿肚子），其原形一说为白虎，即得了白化病的亚健康老虎，另一说为大熊猫。晋朝时，将驺虞绣在长条形的旗帜上，叫做驺虞幡，是神圣不可侵犯的和解象征，常用于阻止战争（注：尽管驺虞的原形可能是白虎，但晋朝同时也有白虎幡，两者是完全不同的）。
这玩意儿在晋朝初年还很有威力，如在公元291年，楚王司马玮起兵作乱，杀死汝南王司马亮和太保卫瓘，少傅张华奏明晋惠帝，让人手持驺虞幡前往阻止，司马玮的部下兵士见到驺虞幡竟放下武器，一哄而散，司马玮遂束手就擒。
但时至今日，中央权威早已衰落，驺虞幡在大无畏的无神论者桓玄眼中，如同一块破布。不过这块破布的到来，也不是没有意义，这让他清楚地看出司马元显已经胆怯了！因此，桓玄不但没对驺虞幡有丝毫的敬畏，反而连司马柔之都被他下令斩首！杀人之后，桓玄军继续东进，没因为这件事稍有延滞。至于那块驺虞幡，后来究竟是当了地毯，还是做了铺盖，就不得而知了。
二月二十八日，桓玄大军抵达姑孰（今安徽当涂），命部将冯该进攻历阳（今安徽和县，当时豫州治所）。豫州刺史司马尚之命弟弟司马休之守城，自率九千精兵列阵于洞浦（历阳之南），另命部将杨秋驻军横江（今安徽和县东南长江北岸）。没想到桓玄军一到，杨秋就投降了。接着，桓玄派兵切断历阳和洞浦之间的联系，纵火焚烧豫州军战船，豫州军心浮动，遂全军崩溃，司马尚之也在逃亡中被桓玄军队擒获。司马休之开城出战，再败，只得弃城逃走，比他哥幸运一点，他没被抓住。这样，道子党阵营中忠诚度最高的豫州军轻而易举就被桓玄消灭了。
翻开地图册，按照比例尺简单计算一下，就可以发现：从历阳到建康的直线距离已经不足五十公里，如果走今天的高速公路，只是半个小时的车程，而且连接两者的长江航道宽阔笔直。但尽管距离如此之近，在历阳会战打响的时候，朝廷的讨伐大军不论是主帅司马元显还是前锋都督刘牢之都按兵不动，坐视司马尚之被消灭！
司马元显不去，是因为他不敢去，他自受命出征那一天起，就把战船当成了颐和园中的石枋，一直停在码头上一动不动。虽然身边的人把他吹捧成天纵英杰，但自去年与孙恩交手之后，他对自己这方面的能力还是有自知之明的。说实在的，他既缺少将才，手下也无精兵，真去救援历阳，只怕要早两天当桓玄的俘虏。本来嘛，大家都清楚：要对付桓玄，真正能指望的只有刘牢之了。可那个该死的刘牢之怎么了？他怎么也不动呢？司马元显失眠了……
【北府倒戈】
镇北将军刘牢之此时正率数万大军驻防在潥洲（又名洌洲，在今江苏南京市西南的江宁区以西，为长江中的一个小岛，距离历阳不到二十公里）。正在军中的刘裕看得出来，这几天这位老帅一直是一副心事重重、患得患失的样子，劝他迅速出击桓玄，他也置若罔闻。刘裕可能不知道的是：就在前不久，刘牢之的一个堂舅何穆，悄悄从西边来到了潥洲。
何穆是带着桓玄的口信来的，他对刘牢之说：“自古以来，人臣握震主之威，建不赏之功者，谁有过好下场？如当年越国的文种、秦国的白起、汉朝的韩信，他们侍奉的都是英明之主，也都竭力尽忠，但大功告成之日，尚且都不免一死。何况你现在那个顶头上司，只是个既凶暴愚昧又骄傲自大的小毛孩子。所以你今天的处境，已经是进退失据，如与桓公交战，胜了，司马元显要杀你！败了，桓公要杀你！能不慎重选择么？如想长保荣华富贵，不如彻底改变立场，倒向桓公！桓公是大度之人，必不追究。古时管仲曾射中齐桓公的带钩，寺人披曾斩断晋文公的衣袖，他们都照样成了国家的重臣，何况桓公和你本来就无仇无怨呢？”
尽管这段说辞漏洞颇多，但却令一代名将刘牢之动摇了，他想起不久前的事：朝廷下达了讨伐桓玄的命令后，他作为前锋都督自然要去见主帅司马元显商议军务，谁料这种时候司马元显还对他拿架子，因为没有预约，拒绝接见他！可司马元显天天酒宴不断，竟一直没法预约上，直到在西池的饯行宴会上，他才与司马元显在大庭广众下见了一面，自然是什么正事也没办成。这哪里像一个即将出征的大军统帅？
不怕不识货，就怕货比货。当年侍奉的谢帅多英明啊，后来换成王恭，就觉得他目中无人，不体恤下情，自己才叛变了。谁知道这个轻佻少年司马元显还不如王恭。王恭至少不会在将士都忍饥挨饿的时候独自花天酒地；在大敌当前时，王恭还能与自己结拜为兄弟，而司马元显还宛若无事，继续无视自己！刘牢之感到自尊心很受伤，不禁犹豫，这样的人还值得追随吗？
在司马元显睡不着觉的这几个晚上，刘牢之也度过了一个个不眠之夜，各种成败得失的算计纠缠在心中，结成了剪不断、理还乱的大疙瘩……
直到司马尚之被消灭后的第二天，满眼血丝的刘牢之召集众将，宣布了自己的决定：全军倒戈，投降桓玄！此言一出，众将哗然，未经一战，便投降叛军，这是北府军历史上从未有过的奇耻大辱啊！刘牢之的外甥东海中尉何无忌和刘裕都竭力劝阻，但刘牢之就是不听。刘敬宣也反对说：“如今，天下大势取决于桓玄和父亲两人，桓玄倚仗其父（桓温）、叔（桓冲）留下的资望，窃据荆楚，占有晋室天下的三分之二，所缺的只是未能挟天子罢了。一旦放纵他入京，就没人能够控制，董卓之祸，必将重见于今日！”刘牢之突然歇斯底里，对着儿子大发雷霆：“你们说的那点儿常识，我还能不懂吗？今天要击败桓玄，易如反掌！但击败桓玄之后，司马元显必不容我，叫我怎么对付！”
关于刘牢之投降桓玄的动机，传统的解释是：他想借桓玄之手铲除司马元显，然后再干掉桓玄，最后由自己掌握大权。不过，这种解释似乎在某些方面高估了刘牢之，某些方面又低估了刘牢之。
刘牢之是个胸怀大志的人吗？他杀掉王恭之后，已握有晋朝最强大的武装力量和不小的地盘，要找个机会入主京城，挟天子以令诸侯本是易如反掌的事，而且上天已经给他提供过机会：如在三年前，因司马元显处置不当，孙恩之乱爆发，朝廷的直辖区大半沦陷。此时刘牢之不论是乘机入京，借司马元显名望扫地时取而代之，还是借镇压孙恩的机会将三吴郡县据为己有都不太难办到。结果他两者都不为，却像土匪一样，为了劫掠一点财物让自己声名狼藉，有大志的人能干这样的蠢事吗？
而且想要夺权的话，这种方法也实在傻到家了。打个比方：就像赤壁之战前，孙权决定先投降曹操，借曹操之手除掉刘备，然后再反悔与曹操单挑一样，怎一个笨字了得？刘牢之在政治上也许很蠢，但在军事上绝对不是白痴，如果连强弱都掂量不出，行此下策，哪里还像精通兵法，“沈毅多计画”的刘道坚？
其实，他在烦躁中责骂刘敬宣的话，很可能才是最真实的想法：他担心司马元显不能容他，或者说，他此举的目的是为了避祸，而非夺权。他已经被何穆的那番话说服了，为了不成为下一个文种、白起，只能投降桓玄。
现在来看，他这种理由也是荒唐可笑的。文种、白起、韩信三人之所以被杀，有一个最基本的条件：勾践、秦昭襄王、汉高祖均是大权在握的强势君主。离了这个基础，像曹操与刘协、司马昭与曹髦才是威震天下的人臣与君主间的常见关系。而司马元显有什么，他连君主都不是，只是一个控制中央的权臣罢了，中央的实力在孙恩之乱中差不多已经耗光了，还能有何作为？假如刘牢之真的消灭了桓玄，那晋朝天下还有谁能位居其上？那时候他该操心的就不是司马元显不容他怎么办了，而是他用不用继续包容那位会稽王世子了！这么简单的道理，刘牢之竟一直没能想清楚，不能不让人叹息：只要离开了军事谋略，在政治方面，这位北府名将的水平还停留在幼稚园！
细看关于刘牢之的记载，可以发现他非常在乎上司的器重，他的行为是被动的，由上级怎么待他来决定的。谢玄重视他，他就为其出生入死，屡立奇功；王恭视他为普通部将，他就反叛了王恭；司马元显怠慢了他，他便心生疑虑，再叛司马元显。从心理学上说，自尊与自卑是一体两面，这种急于得到别人肯定的心理，恰恰说明了他自身的不自信。他的不自信当然是有原因的：东晋是一个强调门阀出身，重视形象风度，盛行清谈的时代，身处其中，刘牢之不可能不受影响。偏偏这几项他都提不起来，他有的只是当时并不被重视的军功。
