在重点地区优先发展和整体国力迅速增强的同时，我国区域间发展差距在不断增大。突出地表现为：其一，沿海与内陆的差距。1978年东部人均GDP是中部、西部的1．49倍和1．85倍，2000年已经扩大到1．80和2．34倍。尤其是西部广大的农村贫困地区，多是我国少数民族比较聚集的地区和陆域边境地区，所以，区域经济发展不均衡问题同政治与社会稳定紧密地联系在一起，使得区域经济发展差距问题变得更为复杂。遏制区域发展差距不断扩大的趋势，促使区域协调统筹发展，是当前和未来相当长时期国家宏观区域政策的重要导向。其二，城乡差距显著。由于生产要素更便于向城市地区流动，使得城市经济赢得了更多的发展利益，导致城乡发展水平和生活水平的差距不断扩大。全国城乡居民人均可支配收入之比逐渐拉大，由1978年的2．6：1扩大到2003年的3．2：1；城乡居民的人均消费水平相应在2003年也扩大到了3．7：1。
沿海与内陆的差距、城乡的差距复合在一起，就表现为，越是落后的地区，城乡差距越大；在经济发达的地区，城乡一体化进程明显，甚至农村地区较中心市区的发展势头更猛。2003年西部地区城乡居民收入之比是3．7：1，高于全国平均水平。这样的结果，不仅使我国多数地区城乡二元结构特征突出，也导致东西部地区之间发展的差距问题在乡村表现得更为严重。
1．综合竞争力落后
随着我国经济管理体制的不断深入以及区域经济实力的不断增强，中央政府在调控区域发展状态、塑造区域发展格局方面的作用力度明显减弱。国家预算内资金占全社会固定资产投资的比重由62％下降到2002年的7％。而地方政府的科学决策能力和管理水平、企业家的创业能力和企业持续发展的竞争能力、区域创新环境与水平等所构成的区域发展活力，深刻地影响着区域发展的状态。这是符合区域经济发展基本规律的。也正是由于如此，我国区域间发展的差距——主要是沿海和内陆的差距。在过去仅仅20年的时间里，已经从量（主要是区域间GDP增长速度的差异导致的人均GDP水平的差异）的差距，转变为质（主要是区域间发展活力和发展潜力）的差距。当然，这一方面有利于具有发展活力的东部沿海地区持续健康地发展；另一方面，也给国家通过加速欠发达地区的发展、解决地区发展不平衡问题带来很大的难度。
由于导致区域发展差距扩大的因素，在短期内难以消除，区域发展——特别是区域经济发展的差距将继续扩大。除了传统的自然条件、区位因素、经济基础以及投资能力等在东西部之间不平衡仍是客观存在外，影响区域发展的新要素——信息化、科技创新能力、观念与区域文化、体制等，又为发达地区在新的一轮竞争中赢得了更多的机遇。从目前发展电子信息产业强劲的区域分布看。其向沿海发达地区不断集聚的态势较以往任何一个传统产业部门集聚的势头都猛，这表明，在新一轮竞争中，沿海发达地区依然占据着产业高地。再如，作为新因素之一的信息化水平发展的地区差异很大，据《2004中国发展报告》测算，2001年东、中、西三大地带的信息化指数分别为60．9、53．84和49．85。因此，在新老因素的共同作用下，加快欠发达地区发展的任务将更加艰巨。
2．区域规划薄弱
在经济全球化和市场机制两大力量的作用下，在国家宏观区域发展政策的引导下，我国区域发展格局已初步形成。沿海、沿江两个重点地带构成了我国“T”字形的主轴框架，串联重点城市的主要交通运输走廊成为我国经济密集分布带。劳动地域分工呈现出比较清楚的层次，区域特色经济体系初步形成。东部地区成为我国的制造业中心，形成了具有较高技术含量的现代制造业体系和现代服务业体系，并在海洋资源开发和发展海洋经济方面取得进展；中部地区是我国的农业基地，并在原材料工业和基础加工工业的建设方面取得重要成就。而西部地区建立在资源开发利用基础上的产业经济体系，在全国具有显著的特色。全方位对外开放格局已经形成，沿海作为对外开放的前沿地带，依然在外向型经济发展中处于排头兵的地位；以省会城市为主的内陆开放城市成为我国对外开放体系中的重要节点，在当地外向型经济中发挥着核心作用；沿边开放对于改变区域经济面貌也起到了独到的作用。
当前区域发展的高层次目标和战略内容尚未落实。取得突破性进展的难度很大。主要表现在：区域（空间）规划至今还没有被纳入国民经济和社会发展规划体系之中，传统计划经济的“重行业规划、轻区域规划”的弊端依然产生着不良影响，城市（城镇体系）规划和土地利用规划试图弥补因欠缺区域规划所带来的不足，但由于受管理体制的影响，这两个规划同国民经济与社会发展规划也没有相互协调，从而削弱，甚至歪曲了区域规划的价值。区域发展创新能力的建设普遍没有受到重视，国家到地方的创新网络的雏形还没有形成，这非常不利于区域持续健康的发展。因此，区域上推进对外开放的进程非常缓慢，中西部地区在发展外向型经济方面成效仍不显著，外向型经济高度密集在我国沿海地带的基本格局没有改变。区域合作机制尚未健全，现行的金融、财税、人口管理等体制不利于广泛地开展区域经济技术协作，阻碍了区域之间生产要素的合理流动，中央政府权力下放和地方分权引发的地方保护主义仍然存在。
3．可持续发展难
发达地区现代化水平明显提高，扶持贫困地区脱贫致富．是我国区域经济发展的两大亮点。在很短的时间内，我国一些地区和城市的现代化建设水平明显提高。包括上海、深圳等一批具有国际水准的城市涌现出来，产业结构、生活水平等逐步同发达国家接轨。据初步统计，2003年，长三角、珠三角、京津冀三大经济圈的GDP、实际利用外资额和出口额分别占全国的39％、69％和72％，真正成为拉动我国经济持续快速发展的引擎，也成为提高我国综合国力、国际竞争力的核心区以及世界最具发展潜力的制造业基地。
即使中西部的重点城市。在过去不到10年的时间里，城市建设面貌也发生了根本改观。现初步形成了以郑州、武汉、西安、成都、重庆等中心城市为核心的城市群和经济集聚区；同时，以长江上中游、西陇海兰新线、南贵昆为轴线的城市带也有了长足发展。扶持贫困地区始终是我国政府促进地区协调发展的关键举措，政府主导的扶贫战略取得了显著成效，农村贫困人口由1978年的25000万人下降到2000年的3000万人，东部地区基本消灭了绝对贫困。
但在一些地区，主要是农村贫困地区和矿产资源型城市的持续发展问题依然艰巨。目前贫困地区、资源枯竭型城市等问题地区的经济发展和人民生活仍十分困难，扶持和实现问题地区的可持续发展任重道远。“八七”扶贫攻坚计划完成后，剩余3000万没有解决温饱问题的贫困人口，特别是分布在中西部地区的85％的农村贫困人口，成为扶贫工作中的突出难点。近年来，虽然国家在国债资金、财政资金和信贷资金上都加大了对扶贫的投入力度，每年扶贫资金的总规模也已达到了300多亿元．但由于自然条件恶劣、生态环境脆弱，脱贫难度很大。如果将扶贫问题拓展成为扶持相对贫困地区的问题，其难度就更大。
按照国际惯例，低于全国人均GDP水平65％的区域称之为相对贫困地区，这样，我国就有800多个县属于这类地区。贫困问题不但直接影响到当前的经济发展、民族团结、社会稳定和边防安全，而且影响到十几亿人口的全面建设小康社会总体目标的实现。另外，我国还有大量的资源型城市。2001年，资源型城市人均GDP仅相当于全国城市平均水平的51％～87％，在岗职工平均工资相当于全国城市平均水平的38％～46％，城市政府预算内财政收入仅占全国城市总数的9％。尤其是已经面临资源枯竭问题的城市，因产业结构单一、缺乏接续发展的产业、经济增长乏力，导致下岗失业人员快速增加，个别城市高达三分之一的职工处于失业和待业状态。
4．过度追求GDP发展
观念的调整和发展能力的建没，为我国区域可持续发展打下了良好的基础。区域发展观念的调整是决定区域发展目标的重要指导思想。发展能力是决定区域性基础设施建设和区域性重大生态工程建设的保证。中央和地方政府投入的大量增加，使高速公路、铁路、光纤通讯等项目实现了大跨度的提升，区域发展的基础设施条件得到显著改善。我国目前通讯基础设施已经达到世界先进水平，公路、铁路运输也告别了以往几十年严重不足的状态，达到了适应或基本适应的程度。大江大河治理、三北防护林工程、退耕还林工程等生态环境建设成果斐然，为我国区域可持续发展奠定了基础。
目前，GDP增长速度的指标依然左右着政府的决策行为，区域社会发展问题、区域资源环境问题愈来愈突出。尽管可持续发展作为基本国策，已经深刻地影响到我国区域发展的各个方面。但各级政府的决策行为，依然受GDP增长速度指标的左右，这是区域发展时常步入歧途，或走弯路的主要症结所在。许多地方政府盲目追求发展汽车工业和高技术产业，机场和港口重复建设，自然资源掠夺式开发利用，不惜以牺牲巨大的环境代价获取短期效益，片面理解城市化内涵而极力扩大城市规模等等，根源均在于过分重视GDP的增长速度，从而导致短期利益和长期利益、局部利益和整体利益、经济利益和生态与社会利益没有能够很好地协调起来，进而导致区域社会发展问题、区域资源环境问题愈来愈突出。优秀的及具有特色的区域文化越来越被淡化，社会公德和社会文明并没有与区域现代化同步发展，包括大规模人口流动带来的城市边缘区问题，城市失业与贫困等新兴的社会问题越来越普遍。
另外，追求高速经济增长产生非常严峻的生态环境和资源问题，土地资源被作为政府第二财政而大量流失，耕地减少和浪费现象严重，食物安全受到威胁；多数发达地区（城市）已无法找到洁净的自然水作为优质的水源；区域经济与人口的快速增长对生态环境和自然资源构成了巨大的压力。其中矿业城市及农村的贫困地区，由于解决生活温饱和发展经济的紧迫需要，所做出的高强度资源开发和对环境的破坏，已成为我国当前发展与资源环境矛盾冲突最严峻的两类地区。
