1998年5月，司法部和二十一个州一起，提交了一份针对软件巨人的彻底的指控。
微软的官员们非常担心“平常的业务活动会暴露出InlernetExplorer像是一个独立产品，于是作出决定说“进行一次全面彻底的寻找用户接口中需要改正之处”是很“关键”的。当他们注意到联邦法庭正在微软自己的网站里寻找证据时，微软的高级官员建议对IntemetExplorer网站进行一次“清扫”，删除那些和微软当前的法律立场矛盾的说法。司法部的代理人还注意到，微软的高级官员以及“法律部门的人”同意一起进行“Windows98检查”，以“保证IE被摆在适当的位置”。
司法部，以前还有联邦贸易委员会，记录了微软除靠强大产品的优点来赢得市场外的另一种掠夺方式。
他们注意到，1997年2月，微软的克里斯卿·韦尔德弗曾推断说，“光靠IE4．0的优点来增加浏览器份额是非常困难的。更重要的是利用操作系统来使人们使用IE，而不是NaVigator”。
5月初，纽康和盖菠来到华盛顿，参加和克莱恩及一大批各州首席检查官代表的和解谈判。进行了一天一夜的艰苦谈判后，联邦法庭放弃了。
微软谈到，如果联邦法庭取消指控的话，它将停止出售Windows98，还说它愿意作出一些让步。谈了几个小时后，盖茨通知他的律师说，他拒绝做出那些他们以前表示乐意进行的改变。
几天后，指控被提交了。以前有些问题司法部没有明确指出，但在法庭上有所提及，这次各州的指控将填补这些空白——包括非法将Office应用软件和Windows挂钩。就该问题，莲花公司、WordPerfect以及其他很多软件公司，已花费几年时间提请联邦贸易委员会和后来的司法部注意。在许多公司早已被微软的掠夺行为消灭之后，这些问题终于被认识到是对应用软件市场竞争的破坏。
就在提起指控的几个星期前，在一次非正式聚会中，盖茨曾告诉他的朋友们说，联邦法庭将根据Office软件和Windows挂钩来提起指控，他对此感到特别紧张。他们以前从未打开过这个装满虫子的罐子。
在指控里，司法部还控告微软和Internet服务提供商签定非法合同，强迫他们停止销售和推广竞争产品。司法部寻求通过一个初步禁令，不是要求软件巨人停止发售Windows98，而是要求它要么去掉产品的InternetExPlorel——就像它按照法庭命令对Windows95所做的一样；要么同意可以和Windows98一起出售网景的浏览器，以便用户有所选择。纽康和盖茨对该建议大为恼火。
克莱恩想证明的是，微软在Internet浏览器市场的份额从1996年初的少于百分之五，稳步增长到现在的百分之六十以上，主要原因是滥用了它的垄断力量。
盖茨非常明白，为赢得Internet浏览器市场，市场份额就是一切，为此他甚至愿意牺牲他自己的在线服务——MicrosoftNetwork（MSN）。为了打击网景，盖茨同意在Windows屏幕上给美国在线安排一个比他自己的MSN更优先的位置。盖茨在一封电子邮件中告诉斯尔弗伯格说，这意味着“往MSN的脑袋里面打一颗子弹”。
Intemet服务提供商，比如美国在线、MCI以及许多其他公司，现在有了计算机OEM制造商在计算机行业早期曾拥有的行动。原因是：得克萨斯州里的计算机制造商——康柏和戴尔——不想看到他们的个人电脑销售因Windows98的禁令而受到损害，他们也不想冒得罪微软的风险。
这些问题有其历史原因：这些公司如此地依赖微软的产品，以至于操作系统供应方面的一点小问题都将对他们的业务造成多米诺骨牌效应。除了微软，别无选择。因此，尽管他们怨恨控制他们的垄断者的力量，但维持现状比起形势巨变来，损失可能会小一些。
再说，在得克萨斯州的首席检查官办公室里，负责特别项目的古德侯波、首席检查官助手马克·托贝和他们的同事相信，到目前为止，浏览器集成问题还是一个有争议的事情。一个更大的问题是微软可能会遏制在线行业——比如旅游、媒体以及大型信息网络——的竞争。既然计算机制造商不在意，而用户又不知道微软到底要干什么，他们到底为什么要花费宝贵的资源和纳税人的钱来进行这样一个调查，这个调查只是为了纠正一个不为大多数人所知的情况？
6月中旬，上诉法庭否决了杰克逊法官在藐视法庭指控中对微软的禁令。针对微软的指控的复杂性和争议性在这次表现得淋漓尽致。法庭的三人法官小组不仅在程序问题上否决了它，还提出了一个看法——只有法官派特里希·沃尔德不赞成——并没有专家对产品设计提出异议，而且也看不出一个公司将新特性集成到一个已存在的产品中有什么不合适的，如果能为用户带来好处的话。
几天后的一篇《纽约时报》社论称该决定是“错误的”，由此引起了一场世界范围内通过报纸评论和新闻广播进行的热烈辩论。微软在欢呼自己的胜利，但它对克莱恩及其司法部同僚正在进行的一个范围广而多的指控，恐怕无能为力。
微软大厦，似乎面临坍塌的危险，但是经过危险考验的东西才能更稳固坚实。
成功语录
“人无远虑，必有近忧”。盖茨断言：“当市场趋向全球化的时候，任何地方的软件公司都有机会拉近与美国的距离。”因此，跟在别人后边，你永远拿不了第一。网络时代，微软霸主地位受到挑战，盖茨自有商招：产品策略，重新定位。
