初平元年三月，关东联军终于陆陆续续的到达了酸枣，由于董卓军的提前出击并且坚壁清野，联军的物资供给异常困难，中路军在董卓部骑兵的不断骚扰下损失惨重，到达酸枣的十路诸侯的人马也仅有传说中的半数，而且还被迫派出了大量的后勤保障部队。由于董卓的军队多以骑兵骚扰，很少与联军正门对敌，联军在酸枣被龟困半月不得伸展半步。可是房漏偏造连阴雨，刚会盟的联军收到了几个不幸消息，公孙瓒以黄巾扰乱为由拒绝渡河。青州黄巾复生，袭击州县，使用青州后继部队和粮草不能到来。徐州牧奉圣命讨伐广陵。封闭徐州全境。广陵太守进退失据。荆州牧刘表成功进入襄阳，控制荆州大半使用南路军马后方受到极大威胁。刘馥、刘焉、刘繇、刘表四大州牧对外宣称宗室讨逆。并劝兖州刺史刘岱迷途知返，立即退出联军，虽然只放了声屁没见屎下来，也弄的联军极为被动。也许这并不是最致命的，恰逢当时久旱无雨，蝗虫肆虐，东郡太守乔瑁与兖州刺史刘岱两军争粮而火拼连连，新仇旧恨两军内部烽烟不断，乔瑁借机宣称刘岱为董卓内应，袁绍不能定夺，刘岱为求保命带队逃离。恰逢南路孙坚火拼了南阳太守张咨。使联军内部貌合神离。传董卓女婿牛辅兵出冀州，韩馥大败不敌，冀州为联军筹措的二十万担粮草颗粒无存，冀州刺史韩馥连发十数封求援文书，称牛辅十万大军扫荡冀州。
三月中旬，因粮食将尽，在曹操的坚持下，联军十五万余人到达虎牢关外，名为讨董实为夺粮。虎牢关外不见董卓一兵一卒，关上大汉的红旗招展，并无董卓的部任何标志，联军旗帜七色九样，使得自己被扣实了反叛朝廷的形象，进退失据被迫强攻，从辰时攻击到未末始终不能踏进关门一步，损失过万而被迫收兵，可正在大军撤退之时，关上号跑连天，吕布带领两万骑兵从关上杀出，同时左右后，华雄，李傕，郭汜三路兵马杀到，联军大乱，被杀出将近五十里方才收住阵脚，清点人马已不足十万，手下将领也多有损伤，兵器营帐也不足半数，联军已经不能对虎牢关构成实际伤害，只能虚张声势，会合酸枣留守部队与董卓兵马对持打嘴仗。董卓随后带领吕布、华雄、李傕三部骑兵秘发至南线休整。
南路军团孙坚所部连续接收王睿、张咨两部后兵马一度超过了五万，孙坚与手下四将带部一路高歌猛进不到半月就与袁术等其他兵马相距超过两百里，中间多有徐荣所部拦截。接连三天，徐荣因兵力不足，连续派出了屯兵和郡县防守部队因战力差距过大，多被孙坚部所获。三月二十日晨，徐荣所部徐晃，高顺偷袭成功，破孙坚营寨。孙坚一面后撤一面收容军队抵抗，正在两军胶着之时，董卓亲帅三万铁骑杀入，孙坚部不能抵抗，连续败退数百里并且冲动随后跟进的袁术所部，十天后孙坚所部不足千人同袁术残部数千退守南阳。豫州刺史孔伷、颍川太守李旻被杀全军覆没董卓俘获联军五万余人收兵回师。至此关东二十诸侯组织的三路大军全部无功而返回，所存兵马不足二十万已经很难对董卓所部构成致命威胁。董卓分别留下了贾诩，荀攸协助华雄徐荣等部五万人马防守，吕布不久带领李傕、郭汜等董氏旧部三万开赴西凉，李儒参赞军机。董卓把所俘近十万人改为屯兵，交雍州刺史荀彧管辖，张济牛辅带兵弹压。
初平元年六月，袁绍、袁术、曹操、孙坚、张邈、张超、桥瑁、袁遗、鲍信、焦和十部再次会盟发文天下共讨董卓，只是因为缺兵缺粮缺饷缺装虽然集中近二十万军马号称四十万，可多数时间只是游走，半年中并没有对董卓进行实际的攻击。
初平元年夏，天下大旱，丞相二下通文，全国招募懂农田水利的能人工匠，重设大司农府，并一反常态的问策于农，巡查司州各府。亲令鲁肃主管农事代掌大司农，邀请数十名老农为军屯长，参与屯田事宜。华佗张仲景吉太等成立新的太医院，新太医院集教学科研与治疗为一身。所教弟子前三年官府供养于军营屯效力。亲邀名儒大家及黄埔嵩等朝廷老臣入太学学士招天下才俊而养之。新的太学生以广收天下，不在是世家子弟所独享。秋，天降暴雨，河流倒灌路不能行天下半数土地几乎绝收。董卓下丞相府第三通文罪己，言上不能很好的辅佐幼主德天下，中不能友爱世家豪族太守而致使起反叛，让百姓受倒悬之苦，边疆不静，人才不兴，自贬三级退还封地，摄政不变。初平元年秋因为接连不断的战事及天灾，天下诸侯已经没有谁有能力继续用兵了，这场持续近年的所谓群雄讨伐董卓行动名存实亡。
这场战争由于少了新任渤海太守公孙瓒的到来，三英战吕布的场面也并没有发生。其实董卓一方参战的十几万兵马中有近十万骑兵，董卓与他的主要谋士们根本就没有去安排斗将与真正的城防战，联军多数在平原上被董卓的精锐骑兵给打散了，如果不是对凉州炸弹的担心和骑兵的消耗实在太大，董卓也许会选择彻底的歼灭讨董群雄。
