如果说《论语正义》刊印之后，是赞扬远远多过批评的话；那么《疑古文尚书伪作论》一问世，首先便是让许多人目瞪口呆，舆论几乎是短暂性失声。而等到最初的惊愕之后，留给众人的，便是一种复杂的心情。石越考证之细致精确，让《古文尚书》之伪几乎成为一种无法辩驳的事实，士林也只能平静的接受。但是对《今文尚书》的质疑，却未免有证据不足之嫌。一时间批评的声音都是针对《今文尚书》部分而来，其中攻击得最卖力的，便是陈元凤。只不过他的反驳，完全是对石越人品的责难，在学术上实在没有太多的意义。而石越对《今文尚书》某些部分是否伪作，并未给出定论，这些反对的声音没有引来石越的辩护，反而引来了不少著名学者的辩护。
《疑古文尚书伪作论》的刊印，真正引发了一次学术大讨论，其直接结果就是朝廷明示天下，从此考试不再考《古文尚书》！至于今文经与古文经的战火，由此重新点燃，这却是石越所始料未及的。
四月的风暴并非仅此而已。
四月下旬，石越第一部真正意义上自己创作的作品《三代之治》出版。
这本书全文不到五万字，是一部乌托邦式的著作，以复兴上古三代（尧、舜、禹）的名义，讲述了一个理想化的世界，包括社会、文化、政治制度等等诸方面的内容。石越与苏轼所谈的民主议会的思想，便反映在这本书中。其中心思想无非是天子是受命于民，而非受命于天，得民意者方能治天下，又指出天子最可倚重的，不是士大夫，而是老百姓……
“石越通过攻击《尚书》的真实性，先空洞化对三代的记载，然后对上古三代进行自己的解释，借三代的名义抢占对儒家经典的制高点，再辅以对儒家经典的重新解释，完成对儒家学说内部的改革”——这是后世对石越种种行为的解释。当时的宋代，在文化上实际上和汉武帝时代的情形非常相像，经学经过两晋之变，在唐代复兴，却又慢慢让位于诗赋，五代士风沦丧，可以说在宋代迟早要有一种新的学说来占领思想界的王座，这是一种客观需要。所以先有所谓的“古文运动”，然后有王安石的《三经新义》，最后有朱熹完成的理学……群雄逐鹿，最后理学捷足高登，主导中国数百年的思想史。此时石越的作为，不过趁古文运动已到最后的辉煌，正准备完成它对晚唐以来艳丽的文风最后一击，而“王学”尚未问世，理学影响未大之际，乘虚而入，以一系列的新说，加入到这场争夺思想界王座的竞争之中。
在《三代之治》的序言之中，石越提出来“复古、朴实、求是”三原则，继承古文运动的精神，他公开说三代无书，汉人之文风最合三代的精神，文章应当学西汉；而做人或为文，都应当讲究朴实无华，不应当追求浮华的东西，文景之世，皇帝诏书如同白话，最值赞赏；三代尧舜禹，汉代文景，没有皇帝给自己加尊号，他们的令名照样传之于后，石越因此大胆地在文中呼吁皇帝不要给加自己那种长而无实的尊号——这一点其实是谋定而后动，赵顼对于加尊号的确是没有什么兴趣，终其一生，没给自己加过什么尊号；石越又提出来做事要讲证据，重事实……
《三代之治》一经出版，几天之内就被抢购一空，汴京城的读书人睁大眼睛想看看石越的新作，桑氏印书馆几乎没有停工的时候。而之后引起的议论，更加超过了《疑古文尚书伪作论》，毕竟后者是一部考证的书，真正能从中间找出问题来辩难的，都是比较高明的人物；而《三代之治》则主要是一部空想理想社会的书，但凡空想，只要是人，便可品评一下得失。
“自古以来，君为天、臣为地，君为乾、臣为坤，子明所谓议会，以士绅百姓议论官府，以黎庶与九五为一体，似有混乱阴阳乾坤之嫌？”王安礼谨慎的问道。
石越随手画了一个太极图，交给王安礼，微笑不答。王安礼看一了会，突然开怀大笑：“原来如此，妙，妙。”
唐棣等人面面相觑，不知道他们闹什么玄虚，柴贵谊忍不住悄悄问桑充国，众人之中，以桑充国与石越相处时日最多，对石越的学说了解最深。桑充国微笑道：“阴阳一体，方为宇宙。世间至道，极阴便是阳，极阳便是阴。九五之尊为极阳，黎庶百姓则为极阴，二者表面看来相距悬殊，实则一体。”
“子明在《三代之治》中倡议天下普设学校，立图书馆，欲使天下人皆得读书识字。然则自古士农工商，各有所事，此天命也，子明欲使人人皆为士，可得乎？”苏轼虽然是杰出之辈，脑子里却未免还是有那些等级观念。
“在下闻孔子曰：有教无类。未闻孔子以士农工商而有教与不教之别矣。且士者，本出于农也，故有耕读之家。工、商之间，亦未必无贤者，陶朱贾人也，傅说工人也，二者非为不贤。君以为工商不得读书乎？以为读书不可以为工商乎？”石越悠然答道。
……
《三代之治》自问世之后，其中称赞者固然不少，但是众人多多少少都有一些不以为然之处，所以问难辩论便成了家常便饭。其中对《三代之治》持最激烈意见的人，竟认为这本书是无稽之谈，荒诞不经，不过是《淮南子》之类的杂家之言，不能登大雅之堂。但是毕竟大部分的读书人，却多多少少对书中提出的理想社会很有兴趣，其中提出的“耕者有其田，居者有其屋”之类的理想，更是被大部分儒生认为这正是儒家经典所说的“大同之世”。普遍的质疑，还是集中在某些具体措施之上。
皇帝赵顼曾经很认真地问王安石：“石越《三代之治》，可以施之于世否？”
王安石正色答道：“此非臣所能知也。惟其中议论，颇有迂阔之处，其谓耕者有其田，自井田崩坏以来，历代无人能复之，如何能得耕者有其田？又谓广立学校，臣以为州县立学，已属不易，全国遍立，所费几何？此石越所未深思之故。然其意甚善，亦未必无可采之处。”
王安石这还是持平之论。有大臣在赵顼问到议会制时，愤愤不平的答道：“这是石越想要离间君王与士大夫，其心实可诛。”弄得年轻的皇帝一脸愕然，说道：“不过论是非而已，何至于此？”
《三代之治》出版之后，新党们看到的，是一个包含着改革思想的年轻人慢慢崛起，虽然他已经通过曾布向王安石表明一种中立的态度，但是王安石并未十分介意，毕竟中立不是反对，他还是乐见这个难得一见的奇才诞生的——虽然反对派诸大臣对石越的举荐，依然让他很不快。
而在旧党一面，司马光等人欣赏石越的才学，赞赏他不愿当官的人品；苏轼则和石越有不错的私交；另一些元老大臣看重的，却是石越虽然身世不明，却一向以北方人自居——这些大臣们普遍相信：北方人比南方人要值得信任！况且石越又得到司马光等人的举荐，大家对他更无恶感。
所以无论新党旧党，并没有人想去阻挠皇帝新一轮的征诏——虽然对于石越写在书中的某些观点，很多人是不以然甚至极度反对的。当然，这种情况也许不过是因为大家的精力都放到了朝廷中关于变法引发的政治斗争上去了，没有人愿意花时间来对付一个无足轻重的人物，以致莫名其妙的树敌。况且石越表现出的才学，也足够构成朝廷征诏他的理由了。
熙宁三年五月，皇帝的使者再一次来到桑府，重演了三月的一幕。虽然皇帝的诏书比上一次更加恳切，对石越的评价也更高，但是石越依然用老的理由拒绝了。而最夸张的是使者走之前说的话都和上次那位说的都一模一样——当然，他口袋里也有同样的一贯铜钱。
苏轼和王安礼不约而同的来到桑府，劝石越出山，结果发现石越的态度非常坚定，二人虽然无可奈何，却始终不肯死心，只是与石越有一搭没一搭的闲聊。不胜其烦的石越，为了对付这两个说客，不得已拿出正在写的几部书的草稿，请二人指教。
果然，这几部书立即就把二人的注意力给吸引了过去。
略略看过之后，王安礼问道：“子明，这些奇技淫巧之说，虽然颇得精妙，然于世道人心何用？”苏轼也注视着石越，显见二人有同样的疑惑。
石越笑着背了一段经典：“伏羲造琴瑟，芒作纲，芒氏作罗，女娲作笙簧……”这是《作篇》里面的内容，讲叙的是上古圣贤发明创造的事迹。背完之后，石越说道：“奇技淫巧，若为无用，则伏羲、女娲、黄帝、舜、禹等古之圣人，为何皆有发明？这是圣人之事，哪里是奇技淫巧？《周礼》之中，惟《冬官》不存，故当今之人以为此等事不过小人之学，君子对之甚为轻视，我以为，这正是今之不如古的原因。”
虽然觉得石越的说法未免有点强词夺理，但是《世本》中的确有这一篇，讲古之圣人发明创造的故事，若依石越的说法，也不是没有道理。二人虽然都是辩才无碍的人，但是对于石越的这种观点，倒也一时想不到哪里有什么不妥。
王安礼温厚的一笑，说道：“子明真是语不惊人死不休。不过也真让人难以驳难。只是把工人之事当成圣人之事，只怕士子们不太服气。且这些东西，甚至不是工人之事，而是杂学。”
苏轼爽声笑道：“杂学便杂学，古之君子，于经典之外，骑射博物、天文算术之学，无所不通。身兼数家之学的，今日也未必没有。只是如子明这般博学，似乎天文地理无所不通，又如此年轻，真是所谓生而知之者。”当时的许多儒生对于天文地理、算术植物以及占卜算卦，都是颇为精通的，只是他们受“君子不哭”的影响，大部分人不愿意以全部的精力去钻研这些，只是当成一种业余的修养，这一点上和石越的立意大有不同，一经石越点破，苏轼眼前便豁然开朗。
石越给王安礼、苏轼看的书稿，被后世称为“石学”之始，也被一些人称为“杂学”。这几本书分别是《算术初步》、《几何初步》、《地理初步》、《逻辑初步》，这四本书加上其后的《物理初步》、《化学初步》、《生物初步》，并称“石学七书”，陆续在熙宁三年的六月份出版。
这几部书的内容可以说相当浅薄。
它们的可贵之处是提出了一些理论要点，并且是中国历史上第一次对科学技术进行理论性的总结与归纳。当时宋代的技术积累已经达到了相当的高度，各种技术发明让现代人都瞠目结舌，例如在宋代的兵器谱上，火药兵器数以千百计！其他种种发明与创造，更几乎让人怀疑那是一个现代社会——但是独独缺少的，是科学理论的出现，也可以说是中华文明在这方面的天生性缺陷，也可以说是历史没有给中华文明这个机会——但是不管怎么样，如果说中华文明和现代科学之间隔着一扇门，那些门的钥匙叫“科学理论”，那么此时石越无疑是告诉了中国人那扇门的存在，告诉了他们打开门之后所会发现的世界，告诉了他们钥匙制造的关键，接下来的，就是中国人凭自己的聪明，去制造钥匙，推开那扇门了。
这就是“石学七书”的意义所在！
从此中国的科学家们不再用全部精神致力于解决一个个的技术问题，而是开始去总结发现科学理论，再以理论来指导技术的创新——这是一条完全不同的道路。
学习过“石学七书”，在有限的时间内，对于一个普通人来说，只是知道了一些“杂学”，看起来并无用处，但是对于那些已经在科学领域达到一定高度的人来说，无疑是让他们眼前豁然开朗。
但是石越始终只是一个文科生。七部书中，《算术初步》略好一点，也不过是初中的水准；而《几何初步》就实在太简单了，号称为“书”，可全书不过一万字，只讲了一些简单的公式；《物理初步》也不过是初中的部分理论；最糟的是《化学初步》，完全就是一本理论书，石越根本记不住那些分子式，只好在书中罗列各种理论与化学现象数十条，提出各种问题近百个，篇幅不过两万多字，普通人根本不可能看懂；《地理初步》最引人为注目的是提出了地圆说，这在中国倒并不会导致迫害，远在汉代，对此就有不少假说，只是人们相不相信，却要另当别论——《地理初步》的确也经常被人们当成第二本《山海经》来读；《生物初步》中，为了避免太大的麻烦，石越没有说物种起源，只是介绍了化石的作用，又讲了一些人体的构造之类——这是最难写的一部书，顾忌之处，实在太多了；最好写的一部书则是《逻辑初步》，是一本纯粹的哲学书。
石越在“石学七书”中，毫不客气的使用了大食数字[10]与字母文字。这两者堂而皇之的出现在大宋的出版物里，为此石越不得不特别写了一个“凡例”，对此做出详细的解释。这个凡例的字数竟比一部书的内容还要长——虽然用字母文字表达不是没有办法可以替代，但是石越毕竟是受现代教育，让他改成另一种东西来解释一些公式，他本来就不太明白的理科头脑肯定会更糊涂，何况引进一些符号文字，并不是一件坏事。只不过后来大食数字和字母文字的命运迥异，前者很快就被广泛采用，后者一直只有一些精英阶层做学问时才用。
在六月的夏日出版的“石学七书”，并没有引起很大的轰动——人们已经慢慢习惯了石越带来的一个个的惊奇。关于他的种种谣言开始流传在市井之间，最好的说法说他是“文曲星转世”，所以这么年轻有如此好的学问，连皇帝都两次征诏他；而最坏的说法说他是一个大骗子，他骗了一个垂死的学者的文稿，然后刊发于世，骗取名声，所以皇帝征诏他不敢应诏，是怕露了马脚……
