在完成了黄巾内部的稳定工作后，廖化真正的融入了黄巾当中。他一面教郭太、张白骑些道家的本事，一面了解黄巾军的情况。他深感黄巾军兵民不分，战力太弱，这么多人不事生产，也过于贫困。建议郭太与白骑对黄巾军进行整顿，挑选训练些精兵，让普通的士卒变成半兵半民的方式，平时主要生产，农闲时训练。在不受外部攻击的前提下，这些人逐步恢复普通百姓的正常生活。白波黄巾主要生活在原来的司州，部分生活在雍州及并州，黄巾活跃的地区已经没有真正的官府，世家受战乱影响逃离或者消亡。闲置的土地很多，黄巾中的多数本就是农民，再从事耕种也不算太难，更何况是有保护不受盘剥的生产活动。这个建议在郭太势力内部得到了广泛的认同，一年以后，郭太直属的五万黄巾变成了一万军队与六万平民的结合体，这一万人比从前那五万人的战力还有所增强，其他人与当地百姓相融合，也扩大了黄巾的影响。张白骑的队伍也改了不少，他那里是半兵半民，同样的实力也并没有减弱。
黄巾军来自平民，可真正把保护平民利益作为准绳还是从廖化他们开始的。早期的黄巾的主流是农民，少部分是城镇平民，也就是小工匠什么的。现在的白波黄巾的主要人员就是农民，还有少数是牧民，牧民基本都在张白骑的队伍中，工匠类的城镇民众很少，少的可以忽略不计，以至于郭太让部分黄巾开始开荒种地的时候，他们竟然没法弄到农具，如果不是队伍中还有很多人用普通农具当兵刃，早期的几千开荒者只有用木棍开荒了。后来他们大量从外地购买了些农具，加上自己能够制作的少量工具，才真正的开始了生产工作。在得到名义领袖廖化的授权后，郭太对黄巾队伍进行了大的整顿。有万余流寇派被清理出了黄巾队伍，他们如果不再打黄巾旗号，郭太也不去管他们，以后谁打着黄巾旗号危害普通百姓将被黄巾清理门户。廖化与郭太他们并没有限制黄巾对大世家与大商贾劫掠，只是对平民才做了严格的保护。黄巾队伍很穷，如果完全放弃抢劫他们很快会挨饿，抢劫平民一是民怨大，二是自己曾经就是平民，更主要的是也抢不到多少财物。原来黄巾对抢劫类活动的管理也是不相同的，有的队伍本来就没有危害普通百姓，只有很少的部队是比土匪还要恶劣。那些人其实就是顶着黄巾招牌的匪徒，这些人穷凶极恶，烧杀抢掠，**放火几乎是无恶不作。在主要头领统一意见后，这些人的部分被黄巾内部剿灭了，多数在交出部分财物后离开司州地区成了流寇。自相残杀是不被看好的，如果不是这个原因，他们中的绝大多数会被黄巾内部处理，因为他们甚至都抢劫过自己的亲人。在清理内部匪患的过程中，郭太等人的实力与地位也得到了加强，
黄巾能够认自己做名义上的统帅也远远超出了廖化的预期，这些渠帅能够接受自己的建议更让他喜出望外。这些年来他与师傅努力做的正是减少黄巾起义的危害。有了这二十万人的转变，黄巾起义给汉朝百姓的伤害就会少很多，这些成果已经超过了师徒二人几年的努力。为了巩固现在的成果，廖化并没有急着离开，他让徐晃帮忙训练黄巾的小头目，自己认真的教导郭太等人。黄巾最根本的能力来自南华老仙的《太平要术》。这套书中包括道家的修炼法门，医术和兵家的很多精华。当年汉武开始罢黜百家独尊儒术的时候并没有动道家，因为道家是大汉早期的根基，即使推崇儒家也不能全盘否定道门。道门在这之后收入了很多其他门派的精华，也保护了部分其他学派的传人。《太平要术》正是这些学说的精华。在《太平要术》中有兵家的攻略，道家的治国之道，甚至还包括墨家的很多器械制造技术。当然也有很多当时人们不能够理解的所谓仙术，丹药及火药等的应用法门。张角并没有真正的跟南华老仙学习，他只是得到了《太平要术》。直到他死，书中多半内容他并不懂也不能够理解。他传授弟子的时候更是丢了很多内容，把丹药及火药等全弄的好像是仙法。弟子们只会简单的用些法门，对制造方法及真正的功效他们都不清楚。入门弟子不懂，记名弟子郭太更不懂了。他学得兵法，管理之道和医术很不全面的，甚至是被张角改变了本来面目的。廖化用了二十多天教给郭太的比郭太从前g跟随张角学几年的还多还实用，而且廖化从小学道，对道家经义的理解比张角要深，这些都是郭太等人第一次接触到的。有了这样的根基补充，很多从前没学明白的现在也都理解了，更何况还有廖化教的新东西对照和亲自解惑。廖化讲的东西很多，也很杂，在他讲授的时候是有专人记录的。记录是廖化、郭太与张白骑的共同意思，廖化近期就要离开是早定的，尽可能多让这些人学些东西对双方都有益处。廖化离开后，那份讲义被誊写了两份，原稿被郭太等当做圣物给贡了起来。当然这是在郭太等人的能力与影响大幅度提升以后，开始谁都没想到那么短的时间会对黄巾军今后的发展有那么重大的影响。在廖化教郭太等人的时候，徐晃的武功及带兵方法也有了很好的销路，他训练的百人最后都成为了黄巾精锐部队的骨干，很多人还成了统领与小渠帅。徐晃所训练的人开始也不是普通的黄巾，他们来自渠帅的卫队及军中的年轻的百夫长。几个月后他们成为了精锐部队的百夫长。他们以徐晃的练兵方法为根基，为黄巾军的部队发展做出了很大贡献。
郭太直属部队的变革也直接影响相关部队的行动，有廖化与张白骑的加持作用，原来很多郭太不能完全控制的队伍也渐渐的接受了郭太的直接领导，李乐等原来黄巾外围人员成长起来的渠帅也开始真正的融入了黄巾的序列。在他们多次要成为官军的努力失败后，也很安分的留在了黄巾队伍当中。由于郭太的实力有所增强，反对的声音开始变弱，很多郭太想做没有做成的事情也顺利的展开了。后来很多人都认为是廖化用几个月的时间里改变了黄巾，只有他自己清楚，那时候很多政策本来就是在郭太等人建议的，廖化最大的作用就是维护了队伍的稳定，通过自己的身份给郭太的领导地位正了名。当然廖化也起了很多关键作用，安抚李乐等人与剿除内部匪患，使大部分军队再次回归农业生产都是其他人敢想而不敢做的。廖化对黄巾渠帅，徐晃对黄巾小头目的培训也为后期的发展做出了不少贡献，这些努力使黄巾的领导核心的团结性及指挥能力都提升了很多。为了不让徐荣担心，廖化他们并没在黄巾的队伍中久留，三个月后，他们就踏上了归程。
“美好的日子总是那么短”多年后徐晃还总是回味。他与廖化在黄巾军只生活几个月就离开了，这让徐晃很是遗憾。作为廖化的亲随，徐晃在黄巾军中的地位是相当的高，以至于他有了从普通小兵直接变成了皇帝的感觉。连自己训练的小兵都是黄巾军中的头领，那些在人前威风八面的渠帅们也对他那样的客气，不久前还是李傕军中普通兵士的徐晃受宠若惊了，他对自己的部下开始倾囊而受，在他努力的同时，他在那些兵士中的威信也不断的增强。三个月的努力改变了一支二十万人的队伍，直接导致了几个州的变迁，几十万人得以更好的生存，廖化帮助黄巾开辟了一条光明之路。当然在廖化与徐晃离开的时候，变化只是刚刚开始。
