萨迦派在内地的传播，也引发了汉藏佛教间的交流，一些汉传佛教的僧人也受到藏传佛教的影响。虞集在《佛祖历代通载·序》中云：”我国朝秘密之兴，义学之广，亦前代之所未有。”而《佛祖历代通载》的作者汉僧释无常也曾学法于八思巴。至元元年，”大赦天下，设会度僧，诏请国师班迪大帕克思巴（即八思巴的不同音译）登座，授秘密戒。”⒄至元十七年，”诏请丹巴（胆巴）金刚上师，住持仁王寺，普度僧员。”@帝师传法、授戒的对象往往是汉僧。在元世祖的授意下，元政府组织汉、藏等民族的高僧进行汉藏文《大藏经》的对勘，寻找两种文字中相对应的典籍，从1285年开始至1287年夏，经过三年的辛勤勘对，编辑完成了《至元法宝勘同总录》。这次对勘活动，沟通了汉藏佛教文化，开阔了佛教界的视野，给当时和后世的佛学研究提供了进一步探索的途径，具有深远的意义。
元代著名译师沙哕巴等人奉诏将萨迦派祖师的著作和部分藏传佛教经典译成汉文，这些译作保存在汉文《大藏经》和《大乘要道密集》中。沙哕巴所译的有八思巴的《彰所知论》及《佛顶大白伞盖陀罗尼经》、《药师琉璃王七佛本愿功德经念涌仪轨》、《佛说坏相金刚陀罗尼》等。《大乘要道密集》中有《大金刚乘修师观门》、《观师要门》（八思巴著）、《含藏因续记文》（萨班著）、《大乘密藏现证本续摩尼卷》、《弥勒菩萨求修》（八思巴著）等多篇萨迦派大师的著作，这些著作的翻译有利于藏传佛教在内地的传播。
元代部分回鹘僧人也信奉藏传佛教，如阿鲁浑萨理、必兰纳识里、舍蓝蓝、迦鲁纳答思等人是杰出的回鹘喇嘛僧，如必兰纳识里于大德六年，奉旨从帝师授戒于广寒殿，精通梵、藏、汉多种文字。再如沙哩勒，原为宫廷女侍，后从帝师出家为尼，受到几朝皇帝的优礼。藏文的《吉祥轮律仪》、《圣救度佛母二十一种礼赞经》、《文殊名称经》、《无量寿宗要经》等经典翻译成了回鹘文，在新疆等地流通。
三、中后期的代表人物
到公元十四世纪时，萨迦地方政权业已度过了它的强大和繁荣时期，它的坚强后盾——元朝——也由于各种社会矛盾而走向解体。萨迦派出现衰败，首先始自于其内部，第八任帝师贡噶洛追坚赞时，将其四个弟弟分为四个喇章，即细脱、拉康、都却、仁钦岗，各喇章有自己的座主，父子相承，这样统一的昆氏家族内部出现了四大派系，因权利之争使萨迦昆氏家族的整体性出现了松动。噶举派的几大地方势力，如止贡、帕竹等先后与萨迦发生摩擦，乃至流血冲突。元末明初时，帕竹在绛曲坚赞的率领下，不断地崛起，与萨迦抗衡，最终攻取萨迦寺，至1354年彻底推翻了萨迦的统治。
萨迦派虽然退出了西藏的政治舞台，但作为一种教派它仍然得到了延续。康、安多等地的一些萨迦派寺院改宗成了噶举派，但萨迦寺等寺院却继续保持着它的传统。明代时，萨迦派中出现了数位非昆氏家族佛教大师，形成了萨迦派中的几个支派。到清代时，萨迦寺的座主即萨迦法王，虽然其管辖的范围有限，但其宗教地位显赫，得到了噶厦政府的礼遇和信徒们的敬重。下面，选择一些代表人物，略加介绍。
喇嘛丹巴·索南坚赞贝桑布（1312—1375年），属于仁钦岗喇章，自幼学习了祖传的各种教法，二十岁时在持律大师索南扎巴座前受比丘戒。之后，以邦译师·洛追丹巴为师，学习中观、唯识、因明诸学，及时轮密法，视邦译师为最具恩德的五大上师之一。受译师的鼓励和教导，潜心钻研《时轮密续》，达到了精通的地步。之后又师从当时最杰出的学者——布敦仁钦珠，听受了大量的密法灌顶。广依明师，听闻犹如大海一般广大。他承认自己的勤奋仅次于布敦大师。帝师贡噶坚赞去世后，元朝皇帝准备请他担任帝师，他主动进行了回避。后来他在萨迦大寺、拉萨等地讲经传法，遍履卫藏阿里各地，声名远播。据《萨迦世系史》说精通吠陀论典的两位印度学者，他们狂妄地宣称通晓一切学识，前来准备同喇嘛丹巴辩论，不料一见喇嘛丹巴的尊容，生起信仰，皈依了佛门。”这样，喇嘛丹巴成为内道与外道的学者们谁也不能与之相比的教法之主，成为受印度、尼泊尔、克什米尔、古格、普兰、阿里三围、汉地、蒙古地方、朵甘思、朵思麻等世界大部分地方的所有贤者尊敬的对象。”@他著有《释量论注疏》、《现观庄严论注疏》、《入菩萨行论注疏》、《究竟一乘宝性论注疏》等众多的显密著作，历史方面的著作《西藏王统记》已有汉译本传世。喇嘛丹巴德行高超，言行如一，受到各派的敬重。
大乘法王·贡噶扎西坚赞（1349—1425），《明实录》等译作昆泽思巴（即贡扎巴，是贡噶扎西的简称），属于拉康喇章。二十一岁时在喇嘛丹巴座前受比丘戒，并奉为根本上师学习各种显密教法。又拜多位萨迦派高僧，广学各类密法。在萨迦乌孜宁玛殿闭关三年零三月，在觉囊闭关六个月。他平日也是勤于修证，午夜后才戴着禅带稍睡片刻。正如他所说：”若欲使自己之心境与佛法一致，必须经常修持，懒散懈怠度时光，虽身处幽境亦无益。”∞他在萨迦寺编纂了《萨迦五祖全集》，建造胜乐、喜金刚等立体坛城。明成祖听闻他的大名，遂派使者迎请。六十一岁时，1413年3月（永乐十一年），贡噶扎西抵达南京，受到永乐皇帝的礼遇，并从其闻法，受喜金刚灌顶。6月，明朝封贡噶扎西为”万行圆融妙法最胜真如智慧弘慈广济护国宣教正觉大乘法王西天上善金刚普应大光明佛”，领天下释教，赐诰、印并袈裟、幡盖、鞍马、伞盖、法器等物。之后赴五台山朝礼，返回京城后，再次给永乐帝传法。公元1414年（永乐十二年）”正觉大乘法王昆泽思巴陛辞。赐图书及佛像、佛经、法器、衣服、文绮、仪仗、鞍马、金银器皿等物，命中官护送”（21）。贡噶扎西的内地之行，获得了圆满成功，提高了萨迦派地位，成为萨迦派中兴人物。贡噶扎西戒行精严，身上散发戒香，现见本尊，具智慧神通。
持咒法王阿旺贡噶仁钦扎西扎巴坚赞贝桑波（1517—1584年），属萨迦都却喇章，他是十六世纪昆氏家族中最著名的大师，他从九岁起拜萨迦译师精通五明的大班智达嘉木样贡噶索南扎巴坚赞为师，学习道果等各种教法，一直到十七岁。译师将他视为萨迦教法的振兴者，将萨迦寺的法座交付于他，之后一直到去世，由他执掌萨迦寺达五十一年。在仁蚌巴家族、法王南喀次旺多杰、夏卡第悉等协助下，收回了萨迦寺原有的庄园，毁坏萨迦大经堂的拉萨宗巴被诛灭。他对萨迦寺进行了一系列的维修和重建，重塑佛像，绘制壁画、唐卡，使原来衰败的萨迦寺佛殿面貌焕然一新。大力恢复萨迦派的显密教法的讲传，制定新的法规，使萨迦教法得以振兴，《萨迦世系史》称赞他使萨迦教派死灰复燃。他还学习过宁玛派的伏藏教法，主持维修过桑耶寺。其一生著作共有三函，并培育了无数弟子。阿旺贡噶仁钦之后，萨迦寺法座由其两个儿子先后继任，共计四十三年，父子三人主持萨迦寺近百年时间。阿旺贡噶仁钦起，因其他三个喇章绝嗣，萨迦寺由都却喇章主持。
雅朱·桑杰贝（1350—1414年），西藏泽塘地方人，入萨迦寺深造，以萨迦著名学者美珠贝等为师，成为萨迦派显宗方面的权威人物，毕生钻研般若学说，著《现观庄严论释》，计有八函，被称为《雅氏大疏》，对般若义理详加探析，是藏传佛教中对《现观庄严论》最为广博的注释，大大推动和深化了般若学的研究。其门下弟子据传有数万人。
绒敦·释迦坚赞（1367—1449年），又称为西恰贡柔，意译为”通晓一切知识”；还称他为玛卫僧格，意译为”言说狮子”，指他辩才无碍、善于演说。他生于四川甲绒地方一个信奉苯教的家庭，因此人们美称他为绒敦，即”绒地的导师”之意。十八岁后，赴西藏求学，入桑浦寺学因明等。二十岁时著《量抉择论释》，从此有学者之名，始被人称为绒敦。后师从雅珠·桑杰贝学习萨迦派传承的显宗学说，又从大乘法王贡噶扎西闻习萨迦派密法。1436年，绒敦七十岁时，在澎波地方建那烂陀寺。寺院建成后，僧侣达一千五百人，寺中按萨迦派和桑浦寺的制度开展佛法的讲辩活动。绒敦在佛学研究方面不盲从，敢于批判前贤和历史上的佛学权威，严审词义，凡著述中的矛盾之处无论何人所作，皆严加批驳。批驳月称大师《人中论》的学者，在西藏只有桑浦寺的恰巴·却吉僧格和他俩人而已。他的佛学著作有《般若波罗密多十万颂释》、《中观理论集中难义解说·理路之日》等。
仁达哇·宣尼洛追（1349—1412年），生于西藏萨迦寺附近的仁达喀索。他先后入萨迦等寺学习，拜过多位佛学大师，勤学不止，并广阅经典，专心钻研。又在一些著名的寺院游学辩经，反复辨析，通达了大乘中观学说及戒律、因明、般若。在仁达哇之前，藏传佛教中中观学说的讲授呈现衰微，研究、传承的学者不多。而仁达哇重点宣讲中观学说，注解中观学方面的经典著作，探幽阐微，使中观学说在西藏得以复兴，出现研习中观学的热潮。仁达哇的中观学论著，受到各派学者的公认，视他为中观学的泰斗。仁达哇不仅才识精湛，而且行为举止严守戒律，尤其慈悲怜爱穷苦人家，施舍财物，鼓励青年求学上进。他珍爱时光，一生以讲、辩、著、修为主，见行合一，著作共有十函。仁达哇最杰出的弟子就是格鲁派的创始人宗喀巴。
绒敦、仁达哇等人在教派上虽划归萨迦派，但在佛学理论方面各有所重，如仁达哇持中观应成派之见解，而绒敦则对月称的应成派见解予以批驳。这也反映了当时整个藏传佛教界学风之盛，并非萨迦一派之事。那烂陀等寺成为萨迦寺以外讲授萨迦派显密学说的重要寺院。
中后期萨迦派在密宗传承方面也出现了一些支派，形成了一些著名的萨迦派密宗寺院。
俄尔钦·贡噶桑波（1382—1456年），生于萨迦，依止萨迦法王益西坚赞等，精通萨迦派密法。1429年，他年三十八岁时在后藏建俄尔寺，因此被称为俄尔钦（俄尔大师）。又在埃旺讲经传法，建成埃旺曲丹大寺。其传承被称为俄尔支派。土敦·贡噶南杰（1432—1496），萨迦派密宗大师，在拉萨贡噶境内建多杰丹寺，其传承形成贡噶支派。擦尔钦·罗色嘉措（1494—1566年），原为扎什伦布寺僧人，后改学萨迦派密法，获得以上二支派的传承和萨迦派的其他传承，在后藏建图丹根培寺，形成擦尔支派。罗色嘉措对萨迦派密法进行过系统整理。
四、萨迦派教法
