噶玛拔希去世后，于后藏贡塘（今西藏吉隆）出生的攘迥多吉（1284—1339年）被认作他的转世，为黑帽系第三世活佛。攘迥多吉在其前世的弟子邬坚巴等人指导下，悉心修学佛法经论，18岁受比丘戒后，成为很有影响的人物。至元十八年（1281年），萨迦派和止贡噶举派由于止贡寺法座继承人的人选问题发生纠纷。至元二十二年（1285年），止贡噶举派引来西蒙古军队攻打萨迦寺。至元二十八年，忽必烈派其孙铁木儿不花领兵入藏支持萨迦派，击败西蒙古军队，焚毁了止贡寺。
藏史称这一事件为“止贡林洛”。经过这次战乱，止贡、帕竹噶举派势力削弱，噶玛噶举派成为噶举派中更有势力者，加之攘迥多吉在西藏佛学界的声望，遂引起元王朝的重视。至顺三年（1332年），元文宗图贴睦尔派丞相衮布仓携诏书、金印和礼品入藏迎请攘迥多吉和萨迦·贡噶坚赞进京，并命宣政院下令乌斯藏各地高僧和首领协助金字使臣完成迎请噶玛上师的使命。攘迥多吉欣然从命，于翌年八月赶到京兆府（西安）。皇太子阿剌忒纳奉他为上师，并为之建寺。九月，抵大都（北京），受到新即位的元宁宗懿璘质班和大臣们的供养。他曾给元宁宗和宁宗皇后进行密宗灌顶。年底，宁宗夭亡，攘迥多吉出面调停皇室中的权力之争。元统元年（1333年）元顺宗妥灌性帖睦尔即位后，授给他“圆通诸法性空噶玛巴”的封号，赐国师玉印和金字圆符，并给其亲传弟子丁增桑布和格迥钦波授“司徒”名号。同时重赏楚布寺和工布等地其他寺院，资助重印《大藏经》，并命在楚布寺兴建元文宗的影堂。翌年，攘迥多吉一行经五台山、宁夏等地返藏。后至元二年（1336）八月，攘迥多吉再次奉元顺帝之召进京，于第二年四月抵大都。直到至元五年（1339年）六月病逝于大都，在京活动生活两年多。期间，他与元顺帝君臣关系友好，为之灌顶传法；曾阻止了禁佛的议论，争取到资金修缮了原有佛殿；在大都、临洮等地兴建了一些噶举派寺院，进一步扩大了该派影响；经过他的努力，元朝向止贡、帕竹噶举派的法位继承人赐予玉印，充分表现了他和噶举派对元朝王室的影响力。攘迥多吉的弟子扎巴僧格（1283—1349年）曾得到元朝帝室成员赐给的一顶红色僧帽，从而形成噶玛噶举派的红帽系。攘迥多吉去世后，遗体在大都火化，妥灌性帖睦尔亲自供养其舍利，后运回楚布寺建塔保存，并塑等身金像纪念。应该说，他是噶玛噶举派中在内地活动时间最长、最有影响的高僧，对于加强藏区与祖国内地的联系起过重要作用。
继攘迥多吉之后，黑帽系第四世活佛乳必多吉（1340—1383年）也与元朝有过密切联系。乳必多吉是西藏昌都地区的阿拉邦嘎地方人，1357年受近圆戒后住持楚布寺寺务。是年，元顺帝妥灌性帖睦尔派专使入藏，请他去大都。第二年，他同元朝使臣一起取道青海去大都。在青海，他曾传教于西纳寺、夏宗寺等寺院，向时年3岁的宗喀巴授戒赐名。后从青海转往甘肃临洮，在那里滞留半月之久。再从临洮由元廷派来的骑士、车辆接迎，经宁夏等地至大都皇宫。蔡巴·贡噶多吉的《红史》说他共经过了47个驿站，沿途调解了许多纠纷，“他在两年里，曾写了一百二十七封调解信，平息了所有的大小纠纷”。由于他的调解，使地方得到安宁，受到人们的拥护，“各地纷纷送来礼品，其中有马七百多匹，金子二千多两，砖茶五百块及银子、虎豹皮、犏牛皮、黄牛皮、绸缎等”。乳必多吉于1360年到大都后，曾向元顺帝父子传授金刚瑜伽母加持引导法、那若六法、大手印法、三身解脱法等，也为其他大臣、僧俗民众随愿讲授显密佛法。《红史》详细记载说，乳必多吉在元廷受到很高礼遇，获得大批赐物，“皇帝赐给法王持律兴教大元国师之水晶印，并派第本官却坚赞到西藏宣布大赦罪犯之水晶诏书”，皇帝还明确允许僧人“不必对皇帝跪拜”，命令“修缮各地毁坏之寺院”，“还将皇太子的印盒和大红毛毯都赐给法王”。
1361年农历五月七日，他到晋州住夏避暑，皇帝“赐给他一百匹骡马、五十匹乘骑及夏天所需物品，同时还派遣三名官员侍奉”。乳必多吉先后在祖国内地活动3年，然后于1362年返藏，途经甘肃、青海，再经朵康南部的巴塘、工布、杂日等地，共历10年，最后于1383年圆寂于工布肖卡，遗体火化后骨灰舍利请回楚布寺供放。
除噶玛噶举派外，蔡巴、帕竹、达垅、主巴等噶举派系也都与元朝有过联系。
蔡巴是元朝在卫藏划分的十三万户之一。早在至元五年（1268年），该家族的桑结额朱被元朝封为万户长。桑结额朱之子仁钦坚赞继任万户长后，曾亲往大都向忽必烈朝贡。忽必烈扩大蔡巴万户的封地，将拉萨河流域、堆垅、塔布以及山南的琼结等地都划归蔡巴万户管辖，赐给仁钦坚赞金印和诰命。
蔡巴万户实行典型的********体制，万户直接控制教派，它的强大势力使蔡巴噶举派也成为受到元朝特别看重优待的教派。仁钦坚赞有三子，长子尼玛喜饶出家，作为八思巴的侍从到过大都，得到元世祖忽必烈的封赐。次子迦德贝继任万户长后，曾为万户事务七次到祖国内地，受到元朝皇帝的器重。他从内地请了许多工匠到西藏修整寺院，还把内地的刻版印刷技术带回西藏。迦德贝之孙蔡巴·贡噶多吉（1309—1364年），即著名的《红史》作者，从15岁起至43岁担任蔡巴万户长，在位28年。泰定二年（1325年），他17岁前往大都，朝贡元泰定帝也孙铁木尔，得赐白银一大升、黄金饰品、绸缎及银印一颗，并受赐告知蔡巴僧俗官民的诰文。贡噶多吉曾校勘大藏经《甘珠尔》，用金银书写《甘珠尔》260部经典，史称“蔡巴《甘珠尔》”。所著《红史》成书于1363年，叙述吐蕃王朝至元代的藏族历史，介绍汉、蒙、西夏的帝王系统以及印度古代王统世系，特别是对蔡巴寺的历任住持和历辈蔡巴万户的生平事迹记载尤为详尽，对民族文化的继承和交流有过重要贡献。东噶·洛桑赤列先生的《东噶藏学大辞典》称，蔡巴万户长系吐蕃时期松赞干布的重臣禄东赞的后裔。早在南宋淳熙十四年（1187年），该家族的聂尼达玛循奴即成为蔡巴头人，至桑结额朱已历4代。贡噶多吉的曾祖坚赞仁钦（一些资料作仁钦坚赞，也作仁钦嘉），受封元朝官衔，调往朝廷供职，曾被元世祖忽必烈派遣修缮上下吉雪、堆垅、扎多、穹波、嘉曼、艾达年松等处佛殿，忽必烈为之颁发过敕书。仁钦嘉的长子尼玛喜绕出任第六任蔡巴万户长，次子迦德贝继任第七任蔡巴万户长，共任43年，任期最长。
他为蔡巴寺的事宜曾先后7次去内地朝觐元朝皇帝，请来汉族能工巧匠，完成蔡巴寺大殿及其顶部金瓶等的建造工程。
贡噶多吉之子格雷桑布曾受元朝“司徒”的封号。
帕竹万户也是卫藏十三万户中很有实力的万户，该万户长由著名的朗氏家族世袭，最先由帕竹噶举派主寺丹萨梯寺（在今桑日县境内）的京俄举荐，由元朝总制院任命。帕竹万户长多吉贝曾3次到元朝，元朝给他划定以乃东、泽当为中心的万户辖区。据《西藏王臣记》等记载，由于西藏地方上层与元朝的密切交往关系，蒙古族服饰在西藏上层中成为一种时尚，八思巴、恰那多吉兄弟曾穿戴蒙古族衣着，帕竹万户的万户长也常“身穿蒙古服饰，足登蒙古靴”。14世纪中叶，帕竹万户绛曲坚赞（1302—1364年）先后击败雅桑、止贡和萨迦地方势力，建立帕竹地方政权，曾采取减免租息、制定地方法规等政策，下令在各地种植树木，关心民众疾苦和社会公益事业，赢得民众拥护。为使其政权更加巩固，他改革管理体制，将“本钦”易名“第悉”（地方行政长官），设立宗本流官制度，防止各万户各自为政、野心膨胀，并主动接受元中央王朝管辖，争得支持。至正十三年（1353年），绛曲坚赞派扎洛瓦·喜饶扎西携带四爪齐全的狮子皮等贡品入朝，元帝封绛曲坚赞为“大司徒”，赐给他世代执掌西藏地方政权的诏册和印信。
至正二十一年（1361年），绛曲坚赞还带病陪同元朝来藏的宣旨钦差，前往后藏地区，敦请帝师孛南洛追赴京，表示了对元中央政府的衷心拥护。
达垅也是卫藏十三万户之一。达垅噶举派由达垅塘巴·扎希贝（1142—1210年）在藏北建于1180年的达垅寺发展形成。达垅寺的第三任堪布桑结雅均喜饶喇嘛曾与八思巴关系亲密，其侄芒噶拉古如在八思巴支持下继任达垅寺堪布，曾接受过忽必烈赏赐的黄金。
此外，噶举派其他派系的一些上师也与元朝有过联系，有的甚至去京师为皇帝传法。如主巴噶举派的邬坚巴·仁钦贝曾于至元二十九年（1292年）受元世祖忽必烈召请，以63岁高龄到大都，为忽必烈做时轮金刚曼陀罗灌顶。
二、与宁玛、觉囊等派的关系
东噶·洛桑赤列的《论西藏********制度》中说，八思巴被封为帝师后，忽必烈打算下令在全国藏区禁止信奉除萨迦派教法以外的其他各派教法。八思巴就此向忽必烈谏言：“西藏各教派虽然教法有所不同，但除本教之外，全部属于佛教一门，并无差别。倘若不许各派自愿奉行其教法，不仅有损汗王陛下的国政及声威，对我们萨迦派亦无助益。所以，请准许各教派有按其自愿奉行教法的权利。”
从忽必烈开始到历代元朝帝王，在对待藏传佛教各教派的态度上，基本上采纳了八思巴的建议，采取基本平等相待的政策，除帝师由萨迦派高僧担任外，其他方面对各派并不排斥，防止了过分的重此轻彼，对一些有影响的他派高僧同样给予高度重视，进行封授赐赏。这种平等的宗教政策对于密切与各派及其所代表的政治势力和信仰群体的关系，稳定整个藏区社会，起到了积极作用。
宁玛派僧人与元朝接触的也不少。其中，释迦沃是该派续部修法的重要传人，他出生于西藏邬巴垅地方的苏尔家族，精通宁玛派密法，曾派弟子梅梨往见忽必烈，应请向忽必烈传授杀戮、驱逐、勾召之法。为此，忽必烈向释迦沃和其兄释迦军颁金字诏书，赐白银一升，供他们生活、念经。忽必烈听说后藏有座名叫多杰蔡登的山岩，内有长寿水，命释迦沃兄弟取其水献给他。释迦沃兄弟祈祷幻化网本尊，获得找到库藏门的授记，经过千辛万苦，开门拿到一个红铜盒，盒内藏有有关金刚萨垂坪法轨的经文十三卷和贮有长寿水的青玉瓶。释迦沃用红绸包裹长寿水瓶，送到内地，转呈忽必烈。忽必烈赐释迦沃“拔希”（法师）名号，其地位与国师相等，并赏赐班珂地方45户人家的土地给他，还颁发一道诏令，允许对前后藏一切修密法者免充军役。
另有一名叫雍顿巴的宁玛派僧人到过大都，受到元朝王室成员的优待，他曾被派到一个地方念经求雨。还有一个名叫桑结扎的宁玛派僧人也到大都见过元朝皇帝，得到了大量土地的赏赐。
觉囊派在当今只是存在于川青交接地区的一个小教派，但在元代，寺院遍布卫藏，盛极一时。特别是该派的笃布巴·喜饶坚赞（1292—1361年）大师从元泰定三年（1326年）继任觉囊寺座主后，持教30余年，使觉囊派发展成一个非常有影响的藏传佛教流派。笃布巴有著名弟子13人，其中，衮蚌·曲扎贝（1283—1363年）于至正年间，曾代表笃布巴到祖国内地，与元王室取得联系；弟子曲结仁钦楚臣（1345—1416年）曾应请去祖国内地传过教；聂琬巴·衮噶贝更是一位与元朝有密切关系的弟子。《青史》称聂琬巴·衮噶贝为“绛巴代完巴”，曾兴建西藏的昂仁寺。绛巴，是一家族名，属拉堆绛万户。绛巴家族与萨迦派关系密切，先祖为西夏王子，移居西藏后，该家族的多吉贝是萨迦派第三代祖师扎巴坚赞的弟子。多吉贝之孙本德曾侍奉过萨班。王森在其《西藏佛教发展史略》中认为，聂琬巴·衮噶贝可能出生于拉堆绛万户长之家，《青史》中的“代完”相当于“大元”，是元朝给他大元国师封号的简称。《蒙藏民族关系史略》则据《西藏王臣记》认为，绛巴代完巴又名扎巴达或云尊，是本德之子，被忽必烈封为“司徒”，赐有印信，曾任萨迦本钦。其子多吉衮巴亦任过萨迦本钦。多吉衮巴之子南喀旦巴到过大都，受封为“国公”、“大元国师”，赐有玉印。
