第一阶段是“马赋差发”的茶马互市阶段。所谓“马赋差发”，就是以赋税的方式在藏区征收马匹。“差发”不同于汉族地区“差役”的是，在藏区所征的马匹，政府以茶交换，而非无偿征收。为确保茶马贸易实行，从洪武五年（1372年）开始，明朝中央便在陕西、甘肃、青海、四川设立茶马司，办理茶马互市事务。据文献记载，明朝先后设置过秦州茶马司（后改为西宁茶马司，迁治所于西宁）、河州茶马司、洮州茶马司、甘肃茶马司、庄浪茶马司、岷州茶马司、永宁茶马司、雅州碉门茶马司。其中西宁、河州、洮州和雅州碉门茶马司为主要茶马贸易机构。明初，每年的易马量较少，一般在数百匹到二三千匹之间，远不及朝廷对马匹的需求。据《明太祖实录》所载，洪武九年（1376年），秦、河二州茶马司易马171匹；洪武十一年（1378年），秦、河二州及庆运、顺龙茶盐马司易马686匹；洪武十二年（1379年），秦、河二州茶马司易马1691匹；洪武十三年（1380年），河州茶马司易马2050匹；洪武十四年（1381年），秦、河二州茶马司易马181匹；洪武十五年（1382年），秦、河、洮三州茶马司及庆远、裕民茶马司易马585匹；洪武十七年（1384年），秦、河二州茶马司易马560匹；洪武十九年（1386年），陕西市马2807匹；洪武二十七年（1394年），秦、河二州茶马司及雅州、碉门茶马司易马240余匹。秦、河、洮三州茶马司的茶叶由汉中和四川供应，“陕西二万六千斤有奇，四川一百万斤”。早在洪武四年（1371年），明朝政府就勘定汉中府等一些地区的茶园株数，规定“每十株官取一分，其民所收茶，官给价买。无主者令守城军士薅培，及时采取，以十分为率，官取八分，军收二分，每五十斤为一包，二包为一引”。
四川的茶叶由四川军民运抵陕西界，交与陕西军夫，再由陕西运往各茶马司。陕茶由产茶大户自行雇人运抵汉中府，由此再运往各茶马司。为严防茶叶走私，控制民间市茶，明初实行了“茶引制”。规定商人买茶百斤需纳钞200文，领取引一道。未领有引者，不得通行。为了满足明廷对马的需求，也为适应藏区对茶叶的需要，洪武十六年（1383年），朱元璋颁旨：“三千户则三户出马一匹，四千户则四户出马一匹，定为土赋，应使其知尊君亲上奉朝廷之礼也。”据此，洪武二十五年（1392年），“尚膳太监而聂、司礼太监度童赉敕谕往河州卫所属番，令其马，以茶给之”，“得马万三百四十余匹”。
由于明朝政府所给予的马赋茶叶数量偏少，如河州茶马司规定：上马每匹给茶40斤，中马30斤，下马20斤，所以茶马互市的数量低而不稳。虽然朝廷严禁茶叶走私，为显示朝廷打击茶叶走私的决心，连驸马都尉欧阳伦也因私易茶马而赐死，但官商合伙走私和民间经营茶叶者依然日益增多。
第二阶段是“金牌信符”的茶马互市阶段。“金牌信符”是明朝在藏区颁发的用来从事茶马互市的凭据。金牌制规定，每3年一次，由朝廷派员，持金牌信符到藏区收纳差发马匹，给予价茶。如有拖欠者，下年催收。如洪武三十年（1397年），曹国公李景隆持符主持茶马互市，用五十余万斤茶叶易马一万三千八百多匹。同时，金牌也规定了藏区各地纳马族的标准要求。“金牌”刻有篆文，上为“皇上圣旨”，左为“令当差发”，右为“不信者斩”。金牌分上下号，“上号藏内府以为契，下号降诸番”，“三岁一遣官令府”。据《明史》卷八十、志第十六《食货》四《茶法》规定：“洮州火把藏、思囊日等族，牌四面，纳马三千五十匹；河州必里卫西番二十九族，牌二十一面，纳马七千七百五匹；西宁曲先、阿端、罕东、安定四卫，巴哇、申中、申藏等族，牌十六面，纳马三千五十匹。”上述各族共纳马约1．38万匹，其通道有二，一出河州，二出碉门。此时的易马茶数亦较之明初大有增加，上等马120斤，中等马70斤，下等马50斤。“金牌制”作为明廷茶马互市政策的重要措施，到了明正统年间已无法继续有效执行，于正统十四年（1449年）正式废止。
第三阶段是“招商中茶”的茶马互市阶段。随着官营茶马贸易的衰落，民间茶马贸易迅速发展。民间茶马贸易司分为商茶和私茶。
商茶是由政府发给引票，按引课税，商人经营。嘉靖元年（1522年）始，由明朝中央政府统一印制引票，按引征税。嘉靖时期，四川黎、雅、碉门是面对藏区的最大茶叶集散地，它几乎覆盖了西藏、青海南部、川西北和甘肃南部的广大藏区。自推行引票制以来，黎、雅、碉门的引额由1万引猛增到3万引，占全川引额的79％，就是说整个四川79％的茶叶销往上述藏族地区。据明代有关史料记载，黎、雅、碉门每年销售的茶叶，包括私茶不少于500万斤。另外，松潘茶市主要供给若尔盖草原、今青海果洛地区和甘南部分地区，年销售茶叶在4000引上下。金牌制终止后，明廷实行“运茶中盐法”“纳马给茶法”“纳粮中茶法”等政策，为商人的边贸活动提供了条件，特别是“招商中茶法”，正式允许商人直接参与茶马互市，如每年在西宁、河州二茶马司各开报茶40万斤，洮州茶马司开报24万斤，共104万斤，发榜招商运营，从而涌现出了一批茶商马邦。在实施招商法的过程中，茶商突破政府垄断，势力日益扩大，走私活动也随之猖獗，商人在汉藏贸易中发挥了越来越重要的作用。而茶马司则在竞争中节节败退，民间私茶贸易则由暗到明，由小到大，终于冲破了官府禁阻，取代官办贸易而成为茶马互市的主要形式。茶商分“行商”和“土商”两种。行商资本雄厚，管理较好，茶质较高，价格随行就市，手段灵活多变，每次运茶都在数万篦（每千斤为330篦）。土商多系互市地区的汉族居民，在河州、洮州、西宁的土商不少原属军政官员亲属。
此外，明代贡马赐茶形式的茶马交易也很盛行，有关这方面的内容在前文“贡赐关系”中已作简述。明代中央政府推行官营茶马互市，首先在于政治上为“驭番之术”“战马之源”的目的服务，但它毕竟是当时藏区与内地经济交往的一种重要形式，为多民族统一国家的巩固、为藏汉民族的团结、为满足民众生活需要、开拓内地与藏区的交通等方面起了积极的促进作用。
二、西藏与内地的交通
由于茶马互市空前繁荣，官私茶商不绝于途，贡使往来频繁不断，明王朝中央便越来越重视祖国内地与藏区特别是与西藏的交通。明初，朝廷就多次谕令藏区政教首领修复元代驿道、贡道，新辟商道、茶道，为促进藏区与内地的交流交往提供了基础。明代内地与藏区的交通可分为两种：一种是驿道、贡道，这是藏汉使臣往来的官道，沿途设有驿站，提供食宿；另一种是茶道、商道，在线路走向上与官道有分有合，是商人往返的路线。明代西藏通往内地的交通道路主要有青藏道和川藏道。
（一）青藏道
永乐五年（1407年）和永乐十二年（1414年），明朝中央分别派员深入藏区奉谕协同藏区政教首领，先后两次修复整饬青藏驿道。这是西藏和青海藏区与祖国内地进行交往的主要通道。关于青藏道的具体线路走向，从《艽野尘梦》（陈渠珍著，任乃强校注）中的“陈渠珍出藏线路图”来看，从青海西宁进入西藏的路线有3条：自西宁经玉树达西藏的青藏东道；自西宁经河源达藏北草原、索克河一带的青藏中道；自西宁经都兰、格尔木进入西藏的青藏西道。青藏西道基本上是走今青藏公路的线路。现存大量有关青藏道的资料反映，明时从西宁进入西藏的驿道是东道和中道，关于青藏东道，即由西宁经玉树到西藏的通道，大致线路是，“自拉萨东北经彭多、松竹等38站，二千二百七十里而至青海南部之玉树，再向东北即可至西宁”。具体线路是，从拉萨出发，经彭多、当雄、那曲、唐古拉山口、杂多、玉树、称多、玛多、海南、湟源到西宁，全程68站，3700里。明万历四年（1576年），三世****喇嘛索南嘉措自拉萨启程赴青，从所行路线的主要途经看，走的就是青藏东道。关于青藏中路的驿道具体线路，据赵毅先生的综合考证，“应是从拉萨出发，经墨竹（墨竹贡卡）、必力工瓦（止贡）、旁多到当雄，或由羊八井到当雄，经那曲卡（喀喇乌苏）、绰诺果尔、蒙咱西里克（聂荣境内）、泡河老，渡索克曲（索曲）到巴木汉，过当拉岭（唐古拉山脉）到吉利布拉克，过阿克打木河（当曲）到多伦都尔，再经大片水草较好的谷地，渡过两条水浅流缓的河流，在曲玛尔（曲玛莱）附近渡必力术江（通天河），经巴彦哈拉、喇嘛托罗海越噶达素齐老峰（巴彦喀拉山脉），沿星宿海北行，经查灵海（扎陵湖）、鄂灵海（鄂陵湖）到琐力麻川（玛多），经托索湖畔、多罗池畔，再经公颜淖尔、西纳绰尔池畔到巴彦诺尔，再经和尔，过和尔曲（倒淌河）、日月山、东科尔（湟源）到西宁”。
（二）川藏道
川藏驿道是由明初在川藏部分驿站的基础上，与茶道修整而成。作为官道，始于正统年间。川藏驿道是将四川境内的驿道延伸至昌都与青藏东道相连接，即从成都经碉门到打箭炉，再经理塘、江达、昌都到拉萨。明代中期以后，这条通道成为内地联系西藏的交通热线。据记载，仅嘉靖十五年（1531年），一年内途经此道的贡使就达4170人。
藏区与内地的交通，开辟最早、使用率最高的当数茶道。明代通往藏区的茶道，除由陕西经甘肃、青海进入藏区的陕、甘、青、藏道运送泾阳加工的湖南砖茶外，向藏区运输茶叶的茶道主要是四川境内的川藏道和松潘道。行销黎州、雅州、打箭炉的边茶称为南路边茶。行销松潘、咸州、龙安（平武）等地茶叶的称为西路边茶。松潘、黎州、碉门是茶商出入藏区的重要通道。
三、藏区与内地的文化交流
明代，随着内地与藏区的经济交往快速发展，文化交流也得到不断加强。
首先，通过各种渠道，内地的金银、彩币、绸缎、布匹、绮衣、茶叶、水果、炉具、纸张、灯笼、瓷器、农具等源源不断地流入藏区，促进了藏区农耕、纺织、印刷等技术的发展。藏区的氆氇、良马、牦牛、羊毛、青稞、藏香、佛教经典、铜佛、唐卡等源源不断地输入内地，促进了内地的毛纺、工艺、饲养业的发展，这些产品和商品交流，本身就是一种不同文化的交流，络绎不绝的使团商人就成了不同文化的使者。朝廷为了适应经济、文化交流的需要，中央政府专门设置“西番馆”，专管藏区来往的公文信函翻译保存等；明朝在北京开办藏经厂，专门刻印藏传佛教经典书籍。永乐年间，内地刻印的藏文版大藏经《甘珠尔》至今在不少藏区寺院保存。万历年间刻印的《丹珠尔》被朝廷分别赐予藏区宗教领袖及主要寺院。1609年，《甘珠尔》首次在西藏全本刻版印刷。
其次，文史典籍、文学艺术方面，藏区受内地学术思想的影响，藏族学者积极研究、编纂史书，努力创作文学作品。《藏汉史集》《青史》《新红史》《萨迦世系史》等史作和传记文学《米拉日巴传》，宗喀巴大师的“年阿”体格律诗，索南扎巴的《甘丹格言》，青海藏区搬上舞台的《文成公主》《诺桑王子》《朗萨姑娘》《卓娃桑姆》《智美更登》《白马文巴》《苏吉尼玛》《顿目顿珠》等“八大藏戏”等，体现了这个时期藏汉文化交流的成果层出不穷，大大丰富了中华民族的文化艺术宝库。
再次，藏汉建筑艺术融合在元代的基础上达到了一个新的高度。内地的鎏金、减柱技术，宫殿式大金顶建筑，斗拱回廊设计，四合院式的建筑布局和绘画油彩风格等，大量融入藏区寺庙的建筑中，形成了藏式传统建筑与内地汉式建筑浑然一体的独特建筑艺术风格。如著名的西藏哲蚌寺、扎什伦布寺、色拉寺和青海、甘肃地区的塔尔寺、瞿昙寺、拉卜楞寺等，都是楼塔相益、殿阁错落、廊画一体、飞檐斗拱、金碧辉煌、庄严神圣的建筑佳品，特别是青海的瞿昙寺是典型的明代宫殿式建筑。藏区的绘画雕塑艺术也吸收了内地的一些技法特点，有了新的发展。天文学、历算学吸收了内地汉学的理论成果，有了新的进步。云丹贡布撰写的藏医学巨著《四部医典》被译为汉文刊行。藏传佛教文化对蒙古族、土族、纳西族、裕固族和部分汉族地区群众的信仰、生活、习俗等都产生了深远的影响。
