康熙五十九年（1720年）三月，在允补题大军出征前，康熙帝正式下诏册封格桑嘉措为弘法觉众第六世****喇嘛（后默认为七世****）。四月二十四日，在塔尔寺举行了隆重的册封仪式，授予新的****喇嘛以金印、金册。康熙五十九年（1720年）五月八日，七世****喇嘛格桑嘉措在清朝大军的保护下踏上了进藏之路。抚远大将军允补题每三天与****喇嘛见面一次。行进到黄河源头的鄂陵湖时，罗卜藏丹津、喀尔喀顿珠王以及康熙派出的一些专门侍候****喇嘛的官员汇合一起。到扎陵湖畔时，西藏东部工布地区的第巴阿尔布巴前来拜见，在噶玛滩谒见了****喇嘛。大军行至金沙江畔，允补题设宴送别****喇嘛，自己返回西宁指挥整个平准大军。此时，二世土观罗桑却吉嘉措和甘珠尔大喇嘛等也赶到金沙江畔，陪同****进藏。另外负有向五世****传达康熙帝要他担任****喇嘛经师谕旨使命的官员也随同赴藏。
期间，原拉藏汗属下官员康济鼐和颇罗鼐举兵策应朝廷大军，从阿里向后藏进发，占领昂仁宗以西地区，切断了准噶尔军与其本部的联系。阿尔布巴等从拉萨以东的工布地区组织民众袭击准军。1720年春夏，噶尔弼从甘孜进发，一路上地方土司头人踊跃支前，八月初攻取墨竹工卡，八月下旬进入拉萨。北路清军在延信的率领下顺利推进，先后三次大败准军，所到之处受到藏族群众的热烈欢迎。八月底进驻那曲。延信将大军驻于那曲，自己率轻骑护送七世****喇嘛进入拉萨。十月十六日，****喇嘛由朝廷大军护送，在藏蒙要员和僧俗群众的簇拥下进入拉萨。
随后，在布达拉宫措钦宁巴大殿（布达拉宫东大殿）举行了隆重的坐床仪式，康熙帝专为坐床仪式赐银一万两，以为费资，并应藏蒙上层联名奏请“赐御制碑文，镌勒招地，以垂永久”。
这座由康熙亲自撰文的历史丰碑，至今屹立在布达拉宫之前。
清军入藏后，组成了以平逆将军延信为首的临时执政机构。临时政府的主要任务是：清除准噶尔在西藏的势力，恢复西藏各地正常的社会秩序和生产、生活秩序；废除第巴职务，建立僧俗贵族联合掌权的噶伦制。这是清朝中央政府统辖西藏政策的一个历史性转变。
康熙六十年（1721年），清廷对西藏的政策实施重大改革。康熙帝下诏封康济鼐、阿尔布巴、隆布鼐、扎尔鼐为噶伦。1723年清廷增任颇罗鼐为噶伦，决定由众噶伦共同处理西藏事务。因康济鼐在平准战争中带兵切断了准噶尔军与新疆本部的联系，众噶伦中功劳最大，所以任命其为首席噶伦。
为防范准噶尔，确保西藏安宁，清朝政府决定在拉萨驻军3000人，由喀尔喀蒙古王公策旺诺尔布统领。这也是清廷在西藏驻军的开始。
【第四节】改革西藏行政体制，确立********制度
一、平定罗卜藏丹津叛乱
雍正元年（1723年），青海罗卜藏丹津叛乱。清廷派松潘总兵周瑛率部分军队进藏，协助康济鼐防止罗卜藏丹津叛军西进。青海与西藏休戚相关，青海乱，西藏就难以稳定。所以清廷下决心集中力量很快平息了罗卜藏丹津叛乱。为清王朝对西藏实施更加直接的统治奠定了基础。
罗卜藏丹津系青海和硕特蒙古部首领达什巴图尔之子。康熙五十三年（1714年）达什巴图尔去世，罗卜藏丹津继任青海和硕特蒙古部首领。1716年，经康熙帝允准，罗卜藏丹津和察罕丹津将仓央嘉措转世灵童格桑嘉措迎请至青海塔尔寺，其真实目的在于以此来否定拉藏汗所立的益西嘉措的“灵童”身份，通过控制****喇嘛，取代拉藏汗在西藏的统治，进而控制整个藏区。康熙五十八年（1719年）末，清廷决定以格桑嘉措取代一直不被西藏三大寺和青海广大蒙藏僧俗认可的益西嘉措。康熙五十九年（1720年）三月，康熙帝正式颁诏册封格桑嘉措为第六世****喇嘛（即后被默认的七世****）。1720年5月，七世****喇嘛从青海塔尔寺启程，被护送进藏。罗卜藏丹津和察罕丹津等也率军同行。罗卜藏丹津本想自己因保护****有功于朝廷和西藏，应得到朝廷对待固始汗那样的册封，成为其蓄谋已久的青藏高原统治者。但清军入藏，七世****坐床后，清朝政府废除了第巴制度，建立了僧俗贵族联合掌权的噶伦制，这使“希冀藏王，已非一日”的罗卜藏丹津大失所望。不仅如此，在隆重的七世****喇嘛坐床仪式上，朝廷汉官和部分西藏僧俗贵族的座位被安置在前排，罗卜藏丹津被安置在后排，招待礼遇也“甚为冷落”。1723年雍正继位后，对协同清军入藏的青海诸台吉论功行赏，察罕丹津由郡王升为亲王，与罗卜藏丹津同爵，对罗卜藏丹津则只赏不封。于是罗卜藏丹津对清廷由失望转为愤懑，由愤懑走向敌对。
雍正元年（1723年），罗卜藏丹津乘雍正帝刚刚继位，驻守青藏地区的清军大量内撤之机，公开举兵反清。同年十月，清廷令川陕总督年羹尧整备西宁、松潘、甘州等地清军，开始进剿罗卜藏丹津叛军。十一月，年羹尧统领岳钟琪等分四路围剿。到雍正元年年底，清军平定了今青海贵德、共和等地的叛乱。雍正二年（1724年）初，清军与叛军在今青海互助郭隆寺（佑宁寺）一带展开激烈战斗，叛军死伤6000多人，郭隆寺亦遭焚毁。二月，清军三路分进，深入到今青海海西寻歼罗卜藏丹津。二月下旬，罗卜藏丹津西逃新疆准噶尔，余部非俘即歼，清军平叛以胜利告终。罗卜藏丹津逃到准噶尔，为策旺阿剌布坦收容。至乾隆二十年（1755年），清军平定准噶尔后，罗卜藏丹津被俘。
二、噶伦内讧，清廷设置驻藏大臣
清朝政府在西藏实行噶伦制，靠西藏上层实施朝廷对西藏的统治，这是对西藏地方行政建置的一次重大改革。但噶伦过多，各自代表不同地区和集团的利益，同时又缺乏相应的制衡制度机制，噶伦的分裂是不可避免的。
众噶伦执政不久，便出现了前后藏两大贵族集团争夺西藏最高权力的斗争。
康济鼐因配合清军平准有功，被清廷任命为首席噶伦。颇罗鼐因协助康济鼐收复后藏有功，是众噶伦中后藏势力的代表人物。其余三噶伦，阿尔布巴为前藏工布大贵族，与隆布鼐、扎尔鼐结为同党，还有****喇嘛之父索南达结，因当时****喇嘛年幼，一切活动由他决定，他也成为阿尔布巴一派的重要成员，两大派系明争暗斗，愈演愈烈。1726年奉旨进藏的大臣鄂齐对此早有察觉，在藏时曾劝告众噶伦要团结协作。1727年返京后，鄂齐向雍正帝汇报了西藏噶伦分为两大派系，有一触即发的情势。同年，根据鄂齐反映的情况，雍正帝采纳了议政大臣们的建议，“著内阁学士僧格、副都统玛喇差往****喇嘛处”。这是清廷继派赫寿、鄂赖、鄂齐前往西藏的钦差以来，又一次派往西藏协助理事的钦差。多数藏学学者认为这次是清朝中央政府钦派驻藏大臣的开始，自此之后，驻藏大臣遂成定制，直至清朝覆亡。
1727年8月5日，在僧格、玛喇两位钦差尚在赴藏途中之时，阿尔布巴等人首先发难，在拉萨大昭寺噶伦议事处诱杀了首席噶伦康济鼐，随后又杀戮其家人侍从，并派人前往江孜追杀颇罗鼐。颇罗鼐闻讯后，一面组织后藏及阿里的武装迎敌，一面遣人持书急奏朝廷，详细奏报西藏情况。这次因噶伦内讧而乱起的战争，史称卫藏战争。
卫藏战争爆发后抵达拉萨的僧格、玛喇二钦差无力控制西藏局势，朝廷也认识到“大臣进藏料理，不可不带兵前往”。随即紧急决定派周瑛、周开捷等共同率领陕西、青海、四川、云南等处官兵约15400人准备进藏。
1728年7月，颇罗鼐率部攻入拉萨，阿尔布巴、隆布鼐和扎尔鼐被迫投降。由于****出面斡旋，颇罗鼐答应在朝廷大军到来之前保证三噶伦及其追随者的生命安全。
两个月后，查郎阿和迈禄率领的大军进入拉萨，他们同时带来了雍正皇帝给颇罗鼐的赏银三万两。
随后，查郎阿和迈禄会同僧格、玛喇和颇罗鼐对阿尔布巴等人进行了审讯。阿尔布巴、隆布鼐、扎尔鼐等17人被处死，阿尔布巴和隆布鼐的妻子及其同胞兄弟、扎尔鼐的妻子和两个儿子被押往内地，放逐江南为奴。
卫藏战争结束。
卫藏战争结束后，清朝政府正式设立了驻藏大臣衙门，查郎阿主持，由他与僧格、玛喇共同办理西藏事务。1728年3月，查郎阿、迈禄和时任陕西总督的岳钟琪等奏陈办理西藏事务十项折，经雍正帝御批修改后，便成为查郎阿等人在卫藏战争后办理西藏善后事宜的基本纲领。
1729年初，清廷根据颇罗鼐的举荐，任命色朱特色布腾和策凌旺扎尔为噶伦，命颇罗鼐总管前藏、后藏。这种由颇罗鼐一人总管全藏事务、两噶伦对其负责的体制，是清廷建立驻藏大臣初推行的一项重要政策。同时，为了进一步加强对西藏的统辖，清朝中央政府对西藏边界区划也进行了新的调整：将西康东部的打箭炉、理塘、巴塘等地划归四川管辖；把西康南部的中甸、阿敦、维西等地划归云南管辖；从南称巴颜（今青海玉树）等处的79族中划出40族归西宁办事大臣管辖，其余39族后来归驻藏大臣管辖，从而奠定了此后西藏行政区划的基础。
1782年底，七世****喇嘛在查郎阿、玛喇等人和清军的护卫下，奉旨前往理塘、泰宁暂住。颇罗鼐派策仁旺杰送至德庆（今达孜）。行前，****喇嘛指定杰赛仁波且晋美益西扎巴代行处理西藏宗教事务。1729年3月，****喇嘛到达理塘，清廷命四川总兵任国荣派川军2000作为常设护卫。1730年3月，七世****喇嘛被迎至泰宁惠远庙，直到1735年4月返回西藏。
设置驻藏大臣是清廷管理西藏的重大举措。卫藏战争结束不久，驻藏大臣人数多达四五人，后减为三人，最后一般设两人。乾隆继位后，鉴于颇罗鼐管理有方，藏内安定，一度将驻藏大臣减为一人。1749年乾隆颁旨，决定驻藏大臣常驻两人。
三、平定珠尔墨特那木扎勒之乱，建立西藏噶厦地方政府
颇罗鼐总管西藏地方事务以后，始终站在维护国家统一的立场上，承认西藏地方与清朝中央政府的从属关系，政治、军事、经济等重大事务都与驻藏大臣商议，经由驻藏大臣奏报朝廷请旨。他总管西藏事务19年中，驻藏大臣换了9任，能同每一任驻藏大臣团结共事。在不到10年时间内，清朝政府将颇罗鼐的官爵从贝子、贝勒晋封为郡王，地位超过了清初的第巴，被赋予西藏地方的最高行政权力。
由于颇罗鼐管理西藏事务功绩显著，乾隆十一年（1746年），乾隆帝降旨特许他在两个儿子中选一个将来继承其爵位，总管西藏事务。颇罗鼐上奏为次子珠尔墨特那木扎勒请封。1747年3月，颇罗鼐逝世。清廷派员赴拉萨致祭，赏银两千两料理丧葬，同时确认珠尔墨特那木扎勒承袭郡王爵位，总管西藏地方事务。珠尔墨特那木扎勒继位初期掩隐其“暴戾恣睢，矫狂杜撰，遇事不调查，为所欲为，草菅人命，无所顾忌”的本性。两年后便开始恣意妄行，派兵杀害了远在阿里的兄长珠尔墨特策布登；奏请清廷撤走驻藏军队；越权罢黜噶伦布隆赞，并抄没其家产；猜忌身边许多官员，凡颇罗鼐旧臣，多被革黜、杀害、抄没其家产等。
1750年，珠尔墨特那木扎勒从工布调运火药，同时调兵1500人，为采取军事行动做准备。在这种情况下，驻藏大臣傅清、拉布敦连续上书朝廷，准允“翦除此孽”。同年11月，傅清、拉布敦设计将他处死。但珠尔墨特那木扎勒的下属亲信罗卜藏扎什煽动群众，纠集暴徒围攻驻藏大臣衙门。傅清、拉布敦两人及其随身卫士在与暴徒拼杀中殉职，衙门库银被抢。当时七世****派人救援，但为时已晚，无力平乱。七世****迅即奏报朝廷。多仁班智达立即下令搜捕罗卜藏扎什及其暴徒，很快控制了局势。几天后，罗卜藏扎什被捕，被抢的库银大部分追回。乾隆得知详情后，急令四川总督策楞、侍郎兆惠率川军800进藏办理善后事宜。
鉴于以前的噶伦都在自家私宅办公，私放官员有诸多弊端。因此改定噶伦必须在噶厦衙门办公，从而设立了正式的噶厦地方政府。此制一直延续近200年。策楞、兆惠到达拉萨后，会同新任驻藏大臣班第、那木扎勒和七世****喇嘛、多仁班智达等，着手善后工作。乾隆多次颁诏，指出“西藏经此番举动，正措置转关一大机会，若办理得当，则可保永远宁谧。如此稍有渗漏，则数十年后又滋事端”。乾隆此举，旨在从西藏的长治久安着想，改变管理制度，指出“西藏事必当众建而分其势”，“嗣后必须****喇嘛得以主持，钦差大臣有所操纵，而噶伦不致擅权”。根据乾隆帝的旨意，策楞、兆惠、班第、那木扎勒会同****喇嘛，召令众噶伦、三大寺僧、前后藏代本等多方面代表磋商拟定了《西藏善后章程》十三条，然后报奏朝廷，经由乾隆帝御批执行。
1751年制定实行的《西藏善后章程》十三条，是改革西藏地方政治体制的一个重要文献，对嗣后西藏社会稳定起到了积极作用，也对清朝中央政府和西藏地方关系的稳定发展起到了重要作用，是此后40余年处理西藏事务的总纲，实际上成了后来《藏内善后章程二十九条》的基础。其主要内容有：
——确立****喇嘛统辖西藏政教权力的地位。规定有关西藏地方的一切重大事务，均须请示****喇嘛和驻藏大臣酌定办理。
——噶厦按旧例设四噶伦，其中包括喇嘛噶伦一人，准予其扎萨克达喇嘛名号。噶厦在驻藏大臣和****喇嘛的领导下，处理西藏地方政务。
——规定噶伦在噶厦公署衙门会同办公，重大事情及驿站要事需呈请驻藏大臣和****喇嘛酌定办理，要奉****喇嘛和驻藏大臣印信文书遵行。
——规定噶伦不得私自任免地方官员和补放、调换寺院堪布、住持。地方官员任免必须禀报****喇嘛和驻藏大臣审定后执行。
——噶伦、代本应请颁给敕书。噶伦、代本出缺，应由驻藏大臣同****喇嘛拣选，然后请旨补放。遇有犯法抗命需革除者，亦由****喇嘛会同驻藏大臣参奏革除，原颁敕书交回理藩院。
——收回以前滥发之免差文书，减免从前加派差徭。嗣后遇有出力有功应酌赏者，噶伦等秉公上报****喇嘛和驻藏大臣酌定赏项遵行。
——噶伦、代本等买卖差遣，不得擅自私出票牌；即遇有公事，有必需乌拉之处，务禀报****喇嘛发给票牌遵行。随时在附近应役者，仍需噶伦出票办理。
——禁止私动****喇嘛仓库贮存物件，遇有公用，噶伦等必须经****喇嘛之许可方准遵行。
——阿里、哈拉乌苏等处地方甚关重要，由****喇嘛选派根底深厚、素有名望之人驻守，同时理藩院奏请给予敕书。
——后藏设代本三人，前藏设代本一人，遇有调兵防卡事项，听候驻藏大臣并****喇嘛印信文书遵行。
——凡各寺庙之堪布喇嘛，均由****喇嘛选派。
