庾亮的一意孤行最终导致了苏峻和祖约真的反叛了，这下晋朝的形势急转直下，而且当时的晋朝执政的虽然是王导和庾亮，但是两个人由于背后的家族利益争得不可开交，所以庾亮的一意孤行导致了这场战争初期的被动。
温峤于次年进屯寻阳，但司马流在慈湖被韩晃击败被杀，桓彝随后亦于芜湖被韩晃击败，退守广德。苏峻则进一步逼近建康，抵御的军队多次都战败。328年(咸和三年)二月，苏峻即将到蒋陵覆舟山，陶回预料苏峻将绕过重兵驻守的石头城，于是向庾亮建议派伏兵在小丹杨南道伏击苏峻军，但庾亮不听从。及后苏峻果然绕经小丹杨道进攻，更在其间迷路，靠一个当地人作向导才得以继续前进，期间军队无阵形可言。庾亮知道后又后悔。
卞壸随后加都亮大桁东诸军事，与侍中钟雅领郭默和赵胤等与苏峻在西陵大战，但卞壸大败。后苏峻攻青溪，卞壸再率军拒击，但不能抵抗，卞壸力战而死。守云龙门的丹杨尹羊曼后与黄门侍郎周导和庐江太守陶瞻抵抗苏峻，但都战死。庾亮则领兵在宣阳门准备抵抗，但士卒尚未成阵就已弃甲逃走，庾亮不能战斗，唯有与三位弟弟和其他兵众出奔温峤驻守的寻阳。
苏峻因庾亮失败而成功攻入建康，王导与光禄大夫陆晔、荀崧等官员都在正殿守护晋成帝，令攻进来的苏峻不敢上殿。但苏峻都在后宫抢掠，表现残酷而极为凶暴，又驱役百官，要他们负担登蒋山，亦裸剥士女，令他们被逼以草席或泥土蔽体，哀号之声震动全城。另尽掠库存的二十万匹布，五十斤金银，亿万钱和数万匹绢布。
苏峻及后让自己为骠骑将军、录尚书事，祖约为侍中、太尉、尚书令，许柳为丹杨尹，马雄为左卫将军，祖涣为骁骑将军。前一年被免职和降爵为弋阳王的司马羕向苏峻称述其功，令苏峻让他官复原职，并恢复西阳王爵。同时亦派兵攻吴国，吴国内史庾冰失利，逃亡会稽。苏峻于是派侍中蔡谟上任吴国内史。
庾亮到寻阳后，宣太后诏，命温峤为骠骑将军、开府仪同三司，加郗鉴司空。温峤以苏峻未平而不接受，同时打算起兵讨伐苏峻，又分兵给庾亮。庾亮和温峤本来互推为盟主而大家都推让不受，后因温充推荐征西大将军陶侃而决定二人共推之，并派督护王愆期到荆州通知陶侃。起初陶侃因自己没有被任命为辅政大臣的愤怨而拒绝，后虽在温峤多番劝请下答应，并宣布苏峻和祖约的罪状以及派龚登领兵与温峤会合，但不久即追还龚登并反悔。温峤唯有再度写信游说并以其子陶瞻之死刺激陶侃，最终才令陶侃感悟，自领兵温峤会合。而徐州刺史郗鉴所在的广陵粮少城孤，邻近北方外族政权，故此士民都无坚定守戍的意志。但郗鉴收到升任司空的诏书后即流涕誓师，要起兵讨伐苏峻，将士都争相要求参与。
陶侃到寻阳后，众人都称陶侃要杀庾亮以谢天下，庾亮感到害怕于是前去见侃并引咎自责，表现最终令陶侃释怀，反更欣赏庾亮，讨伐军于是齐心要进攻建康，平灭苏峻，西军遂起兵。同时王导以太后密令要三吴吏士起义兵援救建康，会稽内史王舒于是命早前逃亡到当地的庾冰行奋武将军，领兵一渡浙江，吴兴太守虞潭、吴国内史蔡谟和前义兴太守顾众都举兵向应。至此三吴的东军亦起兵。
苏峻知道陶侃领导的西军起兵后，听从参军贾宁的计谋，由姑孰退守石头，分兵对抗西军各部。而东军则派管商、张健和弘徽等拒战，与虞潭互有胜负，相持不下。同时苏峻亦逼成帝迁到石头城。毛宝及后领兵袭击迎纳苏峻米粮的祖约司马桓抚，夺取全部米粮，令祖约更加缺粮。郗鉴随后率众渡江与陶侃在茄子浦会合。及后就与陶侃以水军直指石头城。苏峻当时见在查浦的陶侃军和沙门浦的温峤军兵士众多，显得畏惧。
但另一方面，在广德的桓彝显得孤立无援，周边郡县都向苏峻投降，但桓彝坚决不降，后被韩晃击败并围困，最终城陷被俘杀。
东军方面，苏峻初曾赦庾亮诸弟以取悦众心，但仍派张健、管商、弘徽等人进攻。起初虽有小胜，但后来庾冰与顾扬皆被张健击败，令吴郡郡城被张健所掠。顾众与虞潭后亦被管商击败，分守吴兴及柴辟。后虞潭再于吴兴战败，吴兴郡的东迁、馀杭和武康都因其军败退而被苏峻军抢掠。虞潭派往吴县的督护沈伊亦败于管商。抵抗形势很不明朗。
而一众西路讨伐军逼近石头城时就打算作一次决定性战役，但陶侃认为苏峻兵强难以争锋，打算行持久战并以智谋击败他。后因多次交战都无大成果，更筑白石垒固守，由庾亮领二千守军据守。不久苏峻以万人来攻，但都不能攻破。陶侃于是命郗鉴和郭默还驻京口，建大业、曲阿和庱亭三垒分散苏峻军力。祖约则派遗祖涣和桓抚攻打在马头山的桓宣，毛宝领兵救援并成功击败对手，令桓宣解困并投归温峤。及后毛宝又于东关与祖约作战，攻破合肥戍。
此时，祖约诸将暗中勾结后赵，作为内应。后赵于是派石聪和石堪渡过淮河进攻祖约守的寿春。祖约被后赵军击败，逃奔历阳，而赵军则虏胁寿春二万多户人北归。苏峻心腹路永、匡术和贾宁知道祖约兵败后都感到害怕，于是劝苏峻尽诛大臣，改立腹心。但苏峻敬重王导，不肯接受。路永等因而对苏峻离心，反令王导有机可乘，派参军袁耽诱使路永归顺。王导及后试图救出成帝投奔义军，但因守备森严而失败，王导于是带二子与路永逃到白石。
讨伐军与苏峻军相持不下，而苏峻分遣诸将四出攻掠，令群情恐惧。但温峤始终无法击溃苏峻军，反倒兵粮食尽，唯有向陶侃借粮。但此举令陶侃十分不满，更声言要退回荆州。温峤便以汉光武帝在昆阳之战和曹操于官渡之战中以寡敌众作例子，认为都是因义而胜。又说苏峻因小胜而骄，一次挑战就可一鼓而擒之。又称如今犹如骑虎，不能中途下来，若陶侃逆众意返回荆州，人们会失望丧气，以至兵败，那不义之名就会在陶侃身上。后毛宝亦劝陶侃留下，更以夺敌粮为约，若失败陶侃才走。陶侃于是分粮给温峤。毛宝最终成功烧毁苏峻在句容和湖孰的积粮，令苏峻军缺粮，亦解决了陶侃离开的危机。
这下，苏峻和祖约肯定是没有跑了，那么，苏峻和祖约两个人最后的下场是如何呢？
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