在桓玄派桓谦等抵抗刘裕时，其实已经萌生离去的念头，并命殷仲文准备船只。桓谦等败后，桓玄就于三月二日与一众亲信西走。桓玄当天没有进食，随行人员就进糙米饭给桓玄，但桓玄吞不下，年幼的桓升抱着桓玄抚慰他，更令桓玄忍不住心中悲伤。
桓玄一行一直逃到寻阳，得江州刺史郭昶之供给其物资及军队。后挟持晋安帝至江陵，在江陵署置百官，并且大修水军，不足一个月就已有兵二万，楼船和兵器都显得很强盛的样子。不过桓玄西奔后怕法令不能认真执行，就轻易处以死刑，故令人心离异。
及后何无忌击败桓玄所派何澹之等军，攻陷湓口，进占寻阳，然后与刘毅等一直西进。桓玄亦自江陵率军迎击，两军于五月十七日在峥嵘洲相遇，当时桓玄军虽然有兵力优势，但因桓玄经常在船侧泛舟，预演败走时的动作，于是士众毫无斗志，在刘毅的进攻下溃败，焚毁辎重乘夜逃走，郭铨遂向刘毅投降。
桓玄趁机挟持晋安帝向西逃走，抛下晋穆帝皇后何法倪及安帝皇后王神爱于巴陵。殷仲文当时以收集散卒为名移驻别船，并趁机背叛桓玄，迎二后回建康。
桓玄于五月二十三日回到老巢江陵，冯该劝桓玄再战，但桓玄不肯，更想投奔梁州刺史桓希。不过当时人心已离，桓玄的命令都没有人遵行了。次日，江陵城中大乱，桓玄与心腹数百人出发，到城门时随行有人欲暗杀桓玄，但不中，于是彼此厮杀，桓玄勉强登船，身边人员因乱分散，只有卞范之跟随在侧。桓玄正打算到梁州治所汉中时，但屯骑校尉毛修之诱使桓玄入蜀，桓玄听从。而当时正值宁州刺史毛璠去世，益州刺史毛璩派了侄孙毛祐之及参军费恬等领数百人送毛璠丧至江陵，并于五月二十六日在江陵城西的枚回洲与桓玄相遇，二人于是进攻桓玄，箭矢如雨，桓玄宠信的丁仙期、万盖等为桓玄挡箭而死，益州督护冯迁跳上桓玄坐船，抽刀向前，桓玄拔下头上玉饰递给冯迁，说：“你是什么人，竟敢杀天子？”冯迁说：“我这只是在杀天子之叛贼而已！”桓玄遂被杀，享年三十六岁。桓玄死后，堂弟桓谦在沮中为桓玄举哀，上谥号为武悼皇帝。桓玄头颅则被传至建康，挂在大桁上，百姓看见后都十分欣喜。
桓玄是死了，可是随着桓玄的死，接下来上台的是刘裕，这位刘裕是隶属于谢安创建的北府兵的手下，可是谢安怎么也不会想到自己一手创立的兵队会将自己忠心的王朝埋葬。不过桓玄有一项功绩值得写，那就是他将竹简记录废除了，转变为纸张记录的方式。
桓玄在位时，曾颁布改简为纸的命令。自蔡伦改进造纸术以来，纸张虽然不断推广使用，但国家政令仍采用简牍。桓玄下诏：“古无纸，故用简，非主于敬也。今诸用简者，皆以黄纸代之。”从此以后，纸张才完全代替简牍，成为朝廷公文的书写载体。
409年刘裕开始北伐，攻南燕，屡战屡胜，到410年俘虏南燕皇帝慕容超，灭南燕，占领山东等地，但同时广州刺史卢循又反，乘刘裕北伐之机向建康进发。到410年夏建康再次戒严。刘裕班师南下后才解决了建康的危机。411年，卢循在交州被刺史杜慧度杀。
从412年开始，刘裕在朝中独掌大权，排挤和迫害与他不和的大臣，矫安帝诏以令外地刺史。415年，荆州刺史司马休之和雍州刺史鲁宗之以逃犯刘裕为名举兵，但被刘裕战败。417年，刘裕再次北伐，攻入长安。418年刘裕被封为相国、宋公。
义熙十四年十二月戊寅日(419年1月28日)，刘裕派王韶之杀害晋安帝。刘裕本人有意自称皇帝，但由于图谶所言“昌明(晋孝武帝)之后有二帝“，于是刘裕为符合图谶所言，便于立司马德文为皇帝，次年改年号为元熙。
公元419年6月，刘裕见时机成熟，于壬戌日命令党徒傅亮草拟好禅位诏书，入宫逼司马德文誊抄。司马德文强作欢颜地对左右说:“桓玄篡位，晋朝那时已经失国，多亏刘公(刘裕)出兵讨平，恢复晋朝，才得以再延续了近20年。今日禅位，我心甘情愿，没有什么怨恨。“说完，提笔抄誊诏书，交给了傅亮。然后，携同后妃等眷属凄伤出宫，被刘裕降封为零陵王，迁居秣陵(今湖北省荆门县)，由冠军将军刘遵考带兵监管。东晋灭亡。
司马德文皇后的兄长褚秀之、褚淡之，原封为晋朝的太常卿和侍中。这时见皇帝、皇后落难，他们就背叛求荣，甘当刘裕的走狗，协助监视帝后。褚皇后生下一个儿子，褚秀之兄弟遵照刘裕命令，将男婴害死。刘裕也想暗害司马德文，司马德文因而日夜惊恐，整天和褚皇后共处一室，一切饮食也都由褚皇后亲自动手，使刘裕一时无法下手。
公元420年9月，刘裕命令琅蚜侍中张伟携毒酒一瓶，前去秣陵鸩杀司马德文。张伟不忍谋害故主，回去又难以交代，张伟就叹道:“要毒杀主君去让自己活下去，不如死了!“竟在路上喝下毒酒自尽。刘裕闻讯大怒。于丁丑日派褚淡之假意去探望褚皇后，命令自己的亲兵暗暗跟在后面。褚皇后听到兄长来了，出外相见。亲兵乘机越墙进入司马德文室内，将毒酒放在他面前，逼他快饮。司马德文摇头拒绝说:“佛教说:人凡自杀，转世不能再投人胎。“兵士便将他挟上床去，用被子蒙住他脸面，用力扼死，然后跳墙而去。司马德文被杀后，谥号为恭帝。
为了证明司马王朝的灭亡是天意，刘裕造出来了一个成语“刘继马后”。这句成语也许是因为刘裕的家乡语并不标准，所以被讹传成了“牛继马后”，这也许就是一种很邪乎的概念吧。前面的晋朝是被刘聪灭亡的，后面的晋朝是被刘裕灭亡的。
全书结束！
