同英国的学校一样，格罗顿公学大力推崇体育活动。皮博迪认为，一个合格的学生应该是合格的运动家，应该有运动健将的拼搏精神和豪爽的风度。可是富兰克林很瘦，身高5英尺3英寸，体重只有100磅，其体力不能支持格罗顿盛行的橄榄球、篮球和划船，他擅长的网球、高尔夫球、骑马和帆船驾驶在格罗顿又不时兴。他不甘冷落，自动组织了橄榄球啦啦队，还自愿充当篮球队管理员，这样就与学校中许多著名球员的关系密切起来。
虽说体育不是富兰克林的强项，可他擅长辩论，是“辩论学会”的成员。他主张给予菲律宾以独立，主张加强海军力量。16岁那一年，美西战争爆发，罗斯福准备和几个同学一起投笔从戎，参加海军去打西班牙人。可是，他忽然传染上猩红热，被隔离起来，失去了参战机会，然而他的参战愿望从西奥多·罗斯福身上得到了补偿。人们认为他的堂叔老罗斯福在麦金利政府的海军助理部长任内，对发展美国海军发挥了重大作用，而且他本人还亲赴前线，于是，老罗斯福成了富兰克林心目中的英雄。虽然如此，他还是反对兼并夏威夷。
毕业典礼那天，西奥多·罗斯福州长驾临格罗顿公学，应邀作了一次鼓舞人心的演说：“……一个人只要有勇气、有善意、有智慧，那么他所成就的事业即是无限的。而当今我国政治正需要这种人。”西奥多精力出奇的旺盛，兴致昂扬，在听众面前极富吸引力。他将他自己对道德健全的热衷，以及对“紧张生活”的喜爱，传染给了这些美国青少年。富兰克林听得热血沸腾，近乎崇拜地带头鼓掌。西奥多实际上成了富兰克林最初的政治起蒙者。在年轻的富兰克林看来，西奥多身上，除了认为心地纯洁的人应更积极地参与政治，鄙视单纯追求物质利益，以及为国家服务的精神之外，几乎再没有什么深思熟虑的想法。
40年后，富兰克林·罗斯福写信对皮博迪校长说：“我认为在我的思想性格正在形成的时期，我有幸接受您的教诲，是我一生中的一大幸事。”皮博迪校长的信条之一就是：获得受教育的优越机会同时意味着负有为祖国服务的义务，以及为不够幸运的同胞们谋取福利的义务。事实上，罗斯福对于美国下层社会的了解和关心，也是在格罗顿时期形成的。皮博迪基于其基督教信仰长期从事社会福利公益活动，格罗顿公学一直为穷苦的孩子们举办夏令营，罗斯福热心地参加了服务工作。他从皮博迪那里所学到的，就是为时乖命蹇的人服务的基督教绅士们的理想：即坚持拥有特权的美国人将在解除国内和国际间的疾苦中起作用。皮博迪付出了巨大的努力来教诲他的学生们时刻铭记这些人间疾苦。皮博迪和格罗顿公学帮助罗斯福形成了他对社会问题的基本看法。1934年，罗斯福写道：“在我的一生中，除了父母之外，皮博迪博士和夫人对我的影响和将要给我的影响比其他任何人都大。”白宫举办的非官方性质的仪式活动，罗斯福都尽量请皮博迪博士来主持。
1900年6月，18岁的罗斯福结束了格罗顿公学的学习生活。临毕业前他戴上了夹鼻眼镜，于英俊中透出几分秀气和成熟的睿智。他得到的纪念品是40卷的《莎士比亚全集》，他当时的心情是“高兴得无法形容”。当他准备离开母校时，怀旧和欢乐之情油然而生。他在从格罗顿寄出的一封家信中写道：“进修的历程宣告结束，战斗已获胜利！今天是一个多么欢快而又悲伤的日子。我辈再也不会在母校出席朗诵会了，每一位同学都想再当一次一年级新生……”他获得的平均成绩是B，校长在他最后的成绩单中这样批示：“始终是一个极为忠实的学生和本校的杰出的成员，我真舍不得离开富兰克林。”1932年底，罗斯福当选为美国总统，立即处于新闻记者的镁光灯下的皮博迪校长激动地当众宣布：“富兰克林·罗斯福就是当年在格罗顿学习的少年，这是有据可查的。我认为，关于他在学校时的表现，还应当多说几句。他当时是一位沉着冷静的普通少年，他的才能要比许多同学要强一些，在班里表现比较突出，但还不是最优秀的学生。他的身体较弱，因此在体育方面没有成就。我们大家都喜欢他。”
1900年9月25日富兰克林从纽约来上学时，哈佛大学正处于黄金时代，当时的校长查尔斯·W埃利奥特是在美国推行自由选修课程制度的创始人之一。他在哈佛大学已经当了30年校长，在他治理学校的最后十年内，这所学校就由一所小型的地方性大学变成了著名的高等学府。教员中也有不少著名人士。
哈佛大学在美国诞生前140年就已经建立了，是美国东部权势集团为造就上流社会接班人的名牌大学。罗斯福家族与这所大学的渊源不浅，富兰克林的父亲以及西奥多·罗斯福总统都毕业于此。从格罗顿学校进入哈佛大学没什么困难，许多同学和他一起进入了哈佛大学。富兰克林在格罗顿的表现也许并不十分突出，但他决心在哈佛大学里尽量出类拔萃。他以西奥多·罗斯福所特有的那种投身战斗的冲天干劲和热情闯进了哈佛的大门，成了校园里大名鼎鼎的人物。
在哈佛期间，富兰克林选读了特别适合政治生涯的课程。他在摆在面前的五花八门的课程中，选择了历史和政治作为主修课，而把英语和演讲作为副修课。他也学习拉丁文、法文、地质学和经济学。他跟哈佛大学的许多名流学习过，但谁也没有像皮博迪博士那样激起过他对学习的渴望。
哈佛大学同美国其他大学一样，体育活动放在很重要的位置。可他同在格罗顿学校一样，无法在体育方面取得耀人的成就，于是就从其他方面着手。为了炫耀自己的家族，他在大学二年级就曾以《新阿姆斯特丹的罗斯福家族》作为论文的题目。他在论文中谈到这个家族的“进步性和真正的民主精神”时说：“罗斯福家族具有活力的一个原因——也许是主要原因——就在于这种民主精神。他们从来没有觉得由于自己出身高贵就可以游手好闲而取得成功。相反，他们觉得正因为出身高贵，如果他们不能尽到自己对社会的义务，他们将得不到原谅。”富兰克林通过对本家族“真正的民主精神”的宣扬，为自己进入政界提供了理论根据。这种“精神”之所以说是民主的，并不是指与群众打成一片或主张人类的根本平等。相反，它带有杰斐逊主义的味道，即要求富贵人家用自己的力量为“社会”谋福利，而不光是为了赚钱。罗斯福就是这样开始形成自己对于精神遗产的看法。这样一个看法，加上西奥多·罗斯福的榜样和恩迪科特·皮博迪的教导，推动了富兰克林参与团体和政治活动。
入校一年以后，富兰克林参加了哈佛共和党人俱乐部。与此同时，他还参加了办《红色哈佛报》的工作。为了扩大影响，他请求当时担任纽约州长的堂叔西奥多·罗斯福来校发表演说，并在演说后接受他的访问。于是校刊编辑部就吸收他为助理编辑。接着他的堂叔作为麦金利的伙伴与民主党的布赖恩竞选总统。哈佛大学校长查尔斯·埃利奥特的政治态度为人所注目。富兰克林就向主编提出要访问校长，主编认为不可能得到回答。富兰克林坚持要试试看。哈佛校长接见这位学生记者时，态度之严峻果然不出所料。他冷冰冰地反问道：“我为什么必须告诉你投谁的票呢？”富兰克林说：“这是因为，如果你的投票代表你的信仰的话，你就应该乐意把你的影响放到天平上去。”就这样，在这位年轻人咄咄逼人的进攻下，埃利奥特一改声色俱厉的态度，高兴地回答了这位学生记者的问题。富兰克林采访的这一独家新闻，不仅登在《红色哈佛报》上，而且成了全国各家报纸的头条新闻。
在大学一年级的时候，富兰克林的父亲去世，终年72岁。詹姆斯给每个儿子留下了一笔12万美元的信用存款，每年约有六千美元的利息收入；斯普林伍德庄园及其余遗产归其遗孀所有；她在两年前其父亲去世时已继承了将近130万美元的遗产。
詹姆斯死后，萨拉感到特别孤单，特别是富兰克林一回到哈佛大学，她就感到斯普林伍德庄园一片寂静凄凉，苦闷异常。这时萨拉只有46岁，还得生活下去。20年来，她把自己的爱均分给詹姆斯和富兰克林，现在她把全部的爱都倾注在儿子身上。詹姆斯在遗嘱中要富兰克林“听从母亲管教”——于是她就承担起这个责任。萨拉把事务一安排就绪，就迁到波士顿，在靠近儿子的地方租下了一套房间——“它离大学不太远，以便在他需要我的时候我可就近加以照料，同时也不太近，以免有碍于他的大学生活。”
她刚愎自用，总想控制自己周围的人们，包括富兰克林在内。姑娘们由于仰慕罗斯福家族的名望和富兰克林的容貌，争相向这位英俊的哈佛大学学子靠拢，但她们都很讨厌他受母亲的控制。一些人认为他是“唯妈妈之命是从的孝子”，表面上的自信掩盖着永恒的稚气，并且说他的名字的首位字母“FD”是代表“羽毛掸子”（feather dwsler），或者说是轻量级。
但是，这完全是对这个年轻人性格的误解。富兰克林尽管深深地爱着他的母亲，总是对她百般体贴和温存，但他已经学会驾驭母亲了，仅在符合他的心意时他才服从她的指挥，如不称心则只管听着，不与争辩，实际上还是我行我素。萨拉·罗斯福从未窥见到富兰克林心灵深处的秘密，即使间或发现一些不顺心的事，她也丝毫不在意。另外，富兰克林也并不是时常被人错怪的轻薄少年。他对不如自己幸运的人们怀有强烈的责任感，这是他父母和皮博迪一向给他灌输的，而且被一种高贵者对不幸者的同情心所增强。富兰克林继续为圣安德鲁斯儿童俱乐部的贫苦孩童服务，他在哈佛为救济关在南非英国集中营的布尔族妇女儿童发起过募捐运动。
富兰克林·罗斯福由于在格罗顿就学了大学课程，所以在3年中就读完了获得文学士学位的必修课程。但是，为了利用在秋季这一学期里当选为《红色哈佛报》的主编，他必须继续在坎布里奇待一个学年。为了争得主编的职位，在1903年9月，他报名考进了研究生院。他说：“我的全部余暇都用在这份报纸上，我在大学里为人事公职所做的最好准备也许就是办《红色哈佛报》。”当时《红色哈佛报》是一张有4个专栏、4到8页的报纸。在罗斯福参加之前，报纸的内容枯燥乏味，思想保守，不敢得罪校方。罗斯福给它注射了一针“现代新闻学”的强心剂，加速了它的血液循环，从而也增高了全校教职员工的血压。其中最引人注目的文章之一是罗斯福针对哈佛校方写的一篇社论。他要求给哈佛大学陈旧的宿舍配备适当的消防措施。在社论发表后的第13天，芝加哥的伊罗夸伊戏院失火，死了588人，其中大部是妇女和儿童。有一个人给主编寄来了一封不署名的信，暗示校方也同芝加哥的政府官员一样犯了渎职罪，但主编罗斯福并未接受这个意见，仍以克制的措词继续要求给宿舍配备更多的消防设施。他的活动终于在5月份获得成功，从而大大提高了他在学生中的威信。
1904年6月，富兰克林从哈佛大学毕业。
