方以智的到来，让朱慈烺看到了发展基础科学理论的希望，朱慈烺知道其实在明末，中国已经在自然科学，包括数学、物理、化学、天文和地理的基础理论方面已经全方位落后于西方，西方经过文艺复兴和大航海时代的洗礼，科学理论和科学方法已经深入人心，为百年后的工业革命打下了坚实的基础，而中国明末在江南发展起来的资本主义萌芽以及从感性科学到精确理性科学的文明蜕变，随着蛮族入侵、神州陆沉，文明被野蛮征服，而彻底被扼杀在摇篮里，古老的东方文明彻底沉入黑暗时代。
因此，尽管宋应星等当代科学家已经把基于这个时代的科学认知在实践中发挥到了极致，并能够仿造出西方的枪炮，但朱慈烺知道，如果不在基础科学理论上赶上和超越西方，最终全方位的落后仍然是不可避免的，基地尽管现在还是非常弱小，但朱慈烺还是决定尽快成立专门的机构来研究和主导这方面的研究。
另外，针对基地目前的发展状况，尤其是梅山谷地的全部村庄已纳入基地的管理范围，目前的机构已经不适应形势的发展，新增了组织机构如下：
新增民政局，由原后勤营营长吴国士主事，吴国士也是进士出身，文武双全，管理民政局绰绰有余，民政局主要管理基地下属村庄的民政事务，包括治安、民兵的训练、招兵招工、协助粮税的缴纳等事项。
新增皇家科学院，由方以智出任院长，主要负责科学人才的招纳和培养，数学、物理、化学等基础科学的研究和军用民用产品的研发。
鉴于部队现在已经有一定规模，但军官的文化知识和战术素养远远达不到要求，所以要求今后晋升为连以上的军官必须到陆军军官学校接受培训，得到毕业证书方可正式上任。陆军军官学校继续由朱慈烺当校长，宋应星、李士淳、卢象观、方以智等都作为聘任教师，主要对学员进行两个方面的培训，首先就是文化知识的培训，要求学员必须能够达到正常读写军中文书的程度，战术训练方面，主要是包括作战对象的编制、装备及作战特点、有关战例，军种、兵种知识，组织指挥，协同动作以及各种保障等。
正当朱慈烺在梅山谷地热火朝火地经营着小小的根据地的时候，小蛮在岭下村的服装厂也经营的红红火火，服装厂已经从几个月前的一个车间，发展成了有五个车间、四百多人的大型工厂，到十月份刚刚完成了光复军的全部夏装的生产，接着又接到了户部局的通知，要求在入冬之前赶制三千套冬装，所以这两天服装厂内是忙得不可开交，而岭下村的大姑娘小媳妇、甚至是三姑六婆大部分都在服装厂做工，如今的岭下村的农户，家里妇女的收入都不亚于家里的男子，在家里的地位也空前提高，连说话和走路都带着一副翻身得解放的神态，惹得村里的老古板们直呼：“母鸡打鸣，人心不古”。
不过村里面家家户户日子的改善是显而易见的，孩子们也都能吃饱饭，以往营养不良的脸上也都出现了健康的红润，破衣烂衫也都不见了，在村里嬉戏的孩童大多都穿上了新衣裳，有十几户人家居然有财力盖起了新房，岭下村以往由于人多地少是相对贫穷的山村，山外的姑娘都不愿嫁进山来，如今这两个月就有村里的好几个小伙子迎娶了平原地带的好人家姑娘。山里人朴实知道感恩，平时见了小蛮姑娘都恭恭敬敬，家里打到了野味也会给小蛮送些过来尝鲜。
卢家后宅本来对孤苦无依的小蛮非常怜惜和亲近，自从朱慈烺承认小蛮就是自己的未婚妻之后，对小蛮就多了几分恭敬，尤其是卢老夫人，亲自把家里各房的小姐太太和丫环们都集合起来训话，“各家房里的，都听好了，这陆姑娘是太子殿下的意中人，早晚是要当正宫娘娘的，这等大富大贵之人，能够住在我们卢家，是我们卢家几辈子修来的福气，上上下下，对陆姑娘必须恭敬有加，要是哪房怠慢了陆姑娘，老身今天有言在先，必严惩不贷！”
从这以后，从卢象升的遗孀、卢象观的夫人、卢家的大小姐、二小姐经常对小蛮嘘寒问暖，卢老夫人也隔三差五地招小蛮过来聊聊家常，经常派贴身丫环送些鸡汤燕窝过来给小蛮滋补身子，小蛮从小没有了娘，对卢老夫人对自己的疼爱格外感动和珍惜，也经常到卢老夫人处问安，这一来二去感情日深，终于有一天卢老夫人把认小蛮做义女的心思通过贴身丫环透露给了小蛮，小蛮也就痛快地答应了。卢老夫人得知后大喜，选了个吉日在岭下村大肆操办了认亲酒宴，卢家的亲戚、岭下村的乡亲、加上光复军的各机构的头头脑脑都参加了酒宴，共开了整整五十桌酒席。朱慈烺对这事也是乐观其成，一来小蛮孤苦无依，平时自己忙于事业又无法时常陪伴小蛮，小蛮有一个新的娘家也是美事一桩；二来自己也与卢家结为姻亲，卢家与自己就更加紧密地捆绑在一起，对自己的事业也大有裨益。至于卢老夫人对小蛮是真心喜爱，还是有意攀枝其实无伤大雅。
整个酒宴从巳时开始，直至未时才尽欢而散，卢家专门在后宅为小蛮准备了一个院子，院子不大，但很幽静安全，院子里一栋二层的阁楼，楼上两间绣房，就是小蛮和贴身丫环的住处，卢家还专门配了四个丫环供小蛮使唤，院子里的生活配备都是按照卢家大小姐的规格，朱慈烺对这一切都非常满意，在绣房里与小蛮聊了一会儿之后，带着小蛮亲自拜见了卢老夫人。
斜阳西下，天色已不早了，正当朱慈烺等人准备回基地的时候，设在岭下村口通往山外的哨卡的哨兵骑马赶过来，报告有个自称是南京来的人要面见朱慈烺，哨卡查问也不予回答，只是声称有要事必须当面报告朱慈烺，朱慈烺命令把人带过来，不一会儿哨兵就领了一个人过来，只见此人家仆打扮，面色憔悴，一副风尘仆仆的样子，看来是赶了远路，此人一见到朱慈烺，就跪倒在地，“小的李宝，叩见太子殿下。小的是李继周的侄儿，奉伯父之命，有要事禀告太子殿下。”
朱慈烺好奇地问道：“你认识我？”
李宝又磕了一个头，“回殿下的话，小的在北京的时候远远见过殿下，来前伯父又细细描述了殿下的相貌。”
朱慈烺和卢象观等人把李宝带到了岭下村政府内，命人给李宝上了茶水和点心，李宝顾不得吃东西，仰脖一口喝完一杯茶，用袖子擦了擦嘴，就急急地脱下一只鞋，用刀剖开鞋底，取出了一张小纸条，用手擦了擦，又使劲吹了吹，觉得完全干净了，才双手递给朱慈烺，“殿下，这是伯父给殿下的书信。”
朱慈烺接过来一看，上面就只有寥寥几个字，“事泄上怒，恐不利，早准备，切勿进京。”见朱慈烺沉思，李宝又开口道：“来前伯父叮嘱，伯父已经被监禁，不日会有圣旨来召殿下，伯父请殿下早做准备，千万不要奉召。”
并补充道：“伯父让小的见到殿下后，不要返回南京，就留下伺候太子殿下，求殿下收留。”
朱慈烺上前扶起了李宝，“你和你伯父的忠心，孤记下了，你放心，有机会孤会救出你伯父的。”见李宝机灵有见识，身体强壮，也能断文识字，就把李宝安排在了新组建的警卫排里。
