据《中东铁路条约》，俄国在铁路沿线，只能设警而不能驻兵。光绪三十一年，日俄《朴茨毛斯和约附约》，规定：“为保护铁路起见，两国对于满洲铁路，每启罗米突，得置守备兵二十五名。”然欧战以前，俄国驻扎哈尔滨的兵，有三万左右；守备中东路本线，和从哈尔滨到长春一段铁路，统计有六万左右。战后大半调赴欧洲；留下的分为新旧两党，冲突颇烈。哈尔滨总领事兼中东路督办霍尔哇拖，系旧党守领。为新党所反对，几于不能维持秩序。一九一八年正月初十日，政府命师长高士傧，迫令俄兵解除武装。于是中东路本线，和从哈尔滨到长春的一段，都由中国派兵保护。中东铁路的护路权，始行收回。
先是哈尔滨地方，为中东铁路本支线的分歧点。俄国人着意经营，称为东方的莫斯科。然而其时只有俄国人居住。日俄战后，中日订立《满洲善后协约》，把哈尔滨开放为商埠。各国次第设立领事。俄国总领事兼中东铁路督办霍尔哇拖，忽执《中东铁路条约》第六条，“……由该公司一手经理，建造各种房屋，设电线，以供铁路之用”，曲解为俄国在哈尔滨有行政权；要求各国领事认可。日本竭力赞成，而美国、德国，竭力反对。光绪三十四年，霍尔哇拖发布市制，向哈尔滨住民收税。于俄历一月一日实行。中国政府，也饬东三省总督徐世昌，在哈尔滨设立自治局。宣统元年，霍尔哇拖自行进京，与外务部交涉。三月二十二日，外务部尚书梁敦彦，和他订立《东清铁路界内组织自治会豫定协约》十八条。订定：“由中外居民，共选议员。更由议员复选执行委员三人；交涉局总办，铁路总办，各派委员一名；会同议会议长，组织执行委员会。”（此项执行委员会，和议会，受交涉局总办、铁路总办的监督）从此以后，哈尔滨铁路附属地的行政权，就入于俄人之手。中东路守备权收回后，中国派吉林督军鲍贵卿为中东铁路督办。一九二○年三月十一日，为俄国革命三周年纪念，哈尔滨俄国各团体，开会协议，要求承认海参崴临时政府，霍尔哇拖不许。同盟罢工委员会，就要求霍尔哇拖，尽二十四小时内，将行政权交给海参崴临时政府代表。霍尔哇拖不听，俄人遂全体罢工。于是鲍贵卿派兵占据同盟罢工委员会会所。一面解除俄国军警武装，劝霍尔哇拖离开哈尔滨，将政权交给鲍贵卿所派的人员。于是哈尔滨铁路附属地的行政权，亦由中国收回。这一年，九月二十三日，中国停止旧俄使领待遇。旋在哈尔滨设立地方审检厅，高等审检厅；沿路设立地方分庭，以管理俄国和无约国一切诉讼。于十二月一日成立。又在哈尔滨设立东省特别区市政管理局，于一九二一年二月十二日成立。
从我国取消旧俄使领待遇后，俄国旧党，怕我国要接收道胜银行，就悬法旗以为抵制。——其实中国和道胜银行的合同，订明该行股票，只能为华俄两国人所有。一九二○年十月初二日，交通部长叶恭绰，和道胜银行订立《管理东省铁路续订合同》。订明：中政府暂代俄政府，执行保护，管理，及实行各条约合同一切职权，以中国正式承认俄国政府，并彼此商定该路办法后为止。
然而对俄的交涉，还并没彻底解决，却又牵入了一个各国共同的问题。原来当一九一八年二月间，劳农俄国对德国罢兵讲和。于是德、奥势力，弥漫全俄；反对新俄的捷克军，为德、奥武装俘虏所制。于是各国有共同出兵西伯利亚，援助捷克军之议。其时适值段祺瑞复为总理，遂与日本订立所谓《军事协定》。——所谓《军事协定》者；一为一九一八年三月二十五日，驻日公使章宗祥和日本外务大臣本野一郎所交换的《共同防敌公文》。一为一九一八年五月十六日，陆军委员长靳云鹏，和日本陆军委员斋藤季次郎在北京所结《共同防敌协约》：一为五月十九日，海军委员长沈寿堃和日本海军委员吉田增次郎在北京所结《海军共同防敌协约》。而九月初六日，徐树铮与斋藤季次郎，又结有《陆军共同防敌实施的详细协定》。此项《军事协定》，直到一九二一年一月二十八日，才由外交部照会日使，互换照会废止。——依据《陆军共同防敌的详细协定》：两国进贝加尔、阿穆尔两省的兵，中由日指挥，自满洲里进后贝加尔的兵，日由中指挥。而日本又可派兵一支，从库伦进向贝加尔方面。其后中国并没真正进兵，而日本却进兵甚勇。
先是一九一七年十二月三十日，日本兵舰，首先开入海参崴。其后英、美、中三国的兵舰，相继都到。而英、日两国，都派兵登陆。一九一八年七月初六日，中、英、法、美、日司令，共同宣言：说海参崴及其附近地方，当临时置于协约国保护之下。其时英、法、意、美诸军队，陆续开到：然都无甚动作。惟日兵挟着俄旧党谢米诺夫，通过贝加尔，占据铁路，在赤塔组织本部。又挟着旧党卡米尔哥夫，在哈巴罗甫喀设立司令部。并分兵向海兰泡、阿穆尔、伊尔库次克。一九一九年，劳农政府戡定鄂穆次克、伊尔库次克、贝加尔、阿穆尔，沿海等省。协约各国，以俄人既有统一能力，不宜再行干涉。于三月末，先后撤退。惟日兵反增至七万余。四月初四日，日本说海参嵗的俄兵，夜袭日本军械所及车站。于初五日，占领海参嵗。旋即将沿乌苏里铁路到哈巴罗甫喀，沿黑龙江到尼港，和库页岛北部占领，七月初三日，日本官报发表：在贝加尔方面，实行撤兵。尼港及库页岛北部，由日本暂行占领，海参崴及哈巴罗甫喀，仍由日本驻兵。直到一九二二年十月二十五日，才将西伯利亚的驻兵，完全撤退。协约国出兵西伯利亚的始末，大略如此。
当各国共同出兵西伯利亚时，曾借口军事运输上的关系，由中、俄、英、法、意、美、日，各派代表一名，在海参嵗组织委员会（会长用俄人充之），以共同管理西伯利亚及中东铁路。该委员会之下，设技术和军事运输两部。技术部长，系美人斯蒂芬氏；军事运输部长，则系日本星野中将。当时订有条约：“一切组织，以协约国退兵时，失其效力。按本组织所雇的技术员，亦须同时撤退。”——原约“技术部……以驻兵西伯利亚协约诸国技师组织之”，“……并得由诸国国民中，选用助手及稽查员”。日本在北满，本来无甚势力。从《军事协定》缔结以后，派赴西伯利亚的兵，却有好几万，是从中东路出发。在吉、黑两省沿路之地，设置军用电话、邮局、兵站等甚多。贝加尔方面所撤的兵，亦多数驻扎北满。太平洋会议席上，美代表将史蒂芬共管中东路的意见提出，其理由：系说中国管理能力不充足；而中东路为世界交通孔道，不能听凭中国处置。且自共同管理以来，协约国对于该路，投资已多。经我国代表竭力抗议，共管之说，才算未曾实现。然而到底为如下的决议：
各国共同的决议，——中国在内。中东铁路的利害关系者，因欲保全该路；对于铁路的职员，加以一层保护。对于职员的选任，应加一层注意。且须竭力注意节俭，以防铁路财产的浪费。本问题的处理，由适当的外交机关从速行之。
中国以外各国的决议。……中国对于该路股东，及持有该公司债券者，及对于该公司有债权的外国人，应负债务上的责任；各国对此，有主张的权利。
其实该路完全为中俄两国合办的事业，各国无从插身干预。若说债权债务的关系，中国固然当负债务人的责任；然而所负的责任，止于如此；管理的权，当然非各国所能参预。各国说中国政府和东三省政府，欠该路运兵之费甚多；旧俄政府，对该路亦有债务。然而战期内各国亦欠该路运费。乃华府会议闭会后，英、美两使，又向我国外交部提出扩张技术部范围的问题。经外交部拒绝。并于四月十六日，照会各公使，重行申明该路的主权。十月二十五日，日本驻扎西伯利亚的兵，完全撤退。协约的撤兵，到此终了。日、美及有关系各国，都照会我国，申明共同管理的条约，于十月三十一日，完全消灭；技术部等人员，亦均实行撤退。然照会中仍提出华府会议议决的两条，说愿意和中国共同处置。而俄国又声言并无将中东铁路交还中国的意思，这项交涉，颇为棘手。
