柏拉图用数学理论来阐述灵魂的结构创造，这让迄今为止的许多哲学家和神学家不解，这也正是其可怕和可笑的原因。在他的理论中，神在创造世界时，从世界的本原先取出一部分（1X），再取出前一部分的2倍（2X），最后取出第一部分的3倍（3X），接着神又取出第二部分的2倍（4X）、第三部分的3倍（9X）、第一部分的8倍（8X）和第一部分的27倍（27X）作为第四、五、六、七部分。于是便形成了这样一个序列：1∶2∶3∶4∶9∶8∶27。神用全体中割下的其他部分来填补他们之间的空隙，使得每一个比例之间均产生出一个介于两者的中项，例如在“1∶2”之间存在“2的平方根”，它小于2大于1，依次类推就产生了新的比例关系，因为比例中项之间也必须满足这一关系——直到第五部分和第六部分之间，这都是容易解决的，因为“9∶8”的比例关系不能破坏，还要在另外的比例中项之间寻求新中项又不能打破原有的比例关系，这实在是一道数学难题。柏拉图接着说，神把做成的灵魂体系按照长度分割成两个部分，并使它们交叉成为X型，使其两端弯曲成为圆形，处于同一匀称的运动中，灵魂外部的运动以自身同一体运动，灵魂内部又表现出与外部相反方向运动，这种顺时针和逆时针运动都呈现圆周规律，在不同的部位圆周的速度并不相同。一切有形体的东西都在灵魂的内部，整个系统由灵魂作为核心，包裹在一个永不停止的合理外壳之内。柏拉图描述灵魂类似于星系的研究。最重要的物质放在星系中间，轨道不同，星辰之间的距离也不相同，星辰不同速度源于星带和星轨的不同，同时，星系外部和内部的转动方位差异也很大。
“三位一体”理论即是柏拉图的“善、神、灵魂”，三者之间存在差异，依次类推。后来，罗马时代的新柏拉图主义哲学家普罗迪诺用“太一、精神、灵魂”重新解说它。太一，即可以等同于善，也可以是被认作先于善存在的东西，它既可以不出现在任何地方，但必定存在于任何地方；精神，普罗迪诺认为它等同于心灵（由此可以看出，从柏拉图到普罗迪诺及后来的基督教神学，夸大精神作用是一脉相承的）或“逻各斯”（理性，绝对意志），这是我们与神最接近的一部分；灵魂，他是生命的创造者，由精神作用他创造了可见的世界，普罗迪诺弥补了柏拉图对话中关于可见世界存在必要性的缺失部分，即：灵魂有两个方面。一方面，对内的灵魂受精神引导，存在于各种生命体内；另一方面，对外和对下的灵魂，它创造流变、虚幻的物质世界，并可以使人堕落。它可以下降到任意的生物体内。
三位一体的普遍性源于它话题的古老，许多学派都或多或少的存在“三位一体”的理论。通常看来，“三位一体”的含义包含三层关系，分别为原始神、主导神、即身神的关系，例如基督教的三位一体是圣父（宇宙间最高原则体现者）、圣子（实践圣父意志的人，即通常所谓的基督）、圣灵（受信仰感化，直接进入心灵传道的力量），佛教的三位一体是佛、法、僧。基督教“三位一体”的溯源和解释便是柏拉图和普罗迪诺的三位一体思想，难以想象，如果基督教和其他另一些宗教成分中剔除了这些部分会变成什么样子。柏拉图之所以为异教徒和神学家所推崇，因为他的对话可以让他们心灵颤抖。他们的思想均源于柏拉图，这也是柏拉图对基督教的重大影响所在。
最初，宇宙是无序状态的，流动、无形，只是混沌的膨胀体。而这种无序因为神在善的指导下进行创造而改变，于是有了秩序和目的。世界（整个宇宙）的形状是一个球体（古希腊人认为，球体是最完美的几何形状，在以后的千余年时间里，欧洲沿袭这种说法，把宇宙说成一个球体的状物——现在看来，我们不得不遗憾地说，这大部分是从美学角度出发，而没有经过多少实践上的验证）。太阳、月亮、星星、苍穹都是有生命的高等的动物，都是球体，同时里面也包含着一切非生命的元素，虽然它们没有头和脚，但球体的形状使它得以惟一的运动形式——旋转，围绕着善的目的存在下去。世界最初的创造是稳定、和谐的。所以它不会解体、衰老和灭亡。
时间与天体是同时出现的。在太阳的带领下，有了日夜交替，动物才会学习。而神是太阳的创造者，所以也是动物计算的真正本原。在这之前，日夜、月年、时间空间都是不曾存在的，但它们的创造却给了世界以永恒和流变、相对的概念，从而有了哲学，引发了人类深层次的思考。由不可知寻求可知，由流变寻求永恒，这正是理念以外的感觉世界给我们的最大恩惠（柏拉图的时间空间理论，代表了古代意识创造世界思想的大成，后来成为基督教神学创始教义的发轫。文艺复兴以后，柏拉图的理论在牛顿与莱布尼茨那里产生了分歧，牛顿认为空间与时间，是靠了上帝的意志，在它们自身之内独立存在着的，与领会它们的心灵无关，也和充斥其间的物体无关；另一方面，莱布尼茨却以为空间与时间是从我们对实在物体的关系的混乱感官知觉中抽象出来的经验性的概念。大哲学家康德介于牛顿与莱布尼茨之间。他既没有不可改变地把空间与时间同肉体感官材料归入一类中，也没有把它们和悟性的概念归入一类中。在现实社会生活中，就具体的变化，我们对时空的意识是存在的。而在物理上，我们并不能肯定时空是否具有纯哲学上的实在性）。
古希腊人有极高的数学和天文学造诣，这使他们比同时代其他民族的数理气质更优异。在那个时代，他们已经能够较为准确地推算出日食和月食的大致时间（泰勒斯，米利都学派哲学家，西方哲学公认自泰勒斯为****，他的最著名的论断是“世界是由水组成的”），并推算出2的平方根和立方根（这极有可能就是阿卡德米学园的贡献），发现了一系列无理数，限定了奇偶数，并演示出“穷举法”（此两项均为数学家攸多克索的贡献；在几何实践学上能够根据影长和距离测量实物长度，泰勒斯曾根据此法测量大金字塔的高度）。希腊人很早就鉴定星体是球形（毕达哥拉斯是第一个认定地球是球形的人），毕达哥拉斯同时还指出行星运动的周期性，概括了圆周运动的特点；无神论者阿纳克萨哥拉认为太阳和月亮不过是“燃烧冒火的石头”和“会反光的石头”；柏拉图学园的赫拉克里特关于黄道的发现是划时代的一件大事，后来的基督教星象学家依此把我们这个宇宙划分成多个范畴；至于希腊时代天文学最后的一位重要代表，是生活在埃及亚历山大里亚学派的托勒密，他写作了支持西方神学天主教地心说的《天文学大成》。希腊的数学家、天文学家也是科学家、玄学者，他们的学说中有极为荒谬的东西，但在两千五百年前，已经存在这些粗糙的理论也是极为让人惊异的。
四、“亚特兰蒂斯”——克里特文明
“亚特兰蒂斯”是否存在？英国考古学家伊文斯研究发现了古代的克里特文明的米诺王国（Troy）遗址，从而将考古学界对“亚特兰蒂斯”的绝望引向希望，但柏拉图的故事是否是真的，仍需确切的证实。
“亚特兰蒂斯”一直为许多学者和探险者痴迷，在两千多年中，乐于寻找者一直孜孜不倦。他们首先从大西洋开始，但从未如愿，而后又有人将传说中太平洋的“莫尔大陆”和印度洋的“列牟利亚大陆”与亚特兰蒂斯对照联系。但必须符合两个条件：其一，经过科学证实，有古人类文明的遗迹；其二，符合柏拉图对话中的描述。结果两者都被否定了。
英国考古学家伊文斯给处于绝望的寻求者带来了一丝希望。他通过研究发现了古代克里特文明的米诺斯王国（Troy）遗址。这古文明的发现来自于伊文斯敏锐的直觉，他在1901年收购了位于希腊南部的克里特岛，并随后发掘出米诺斯宫殿。其大量与柏拉图的亚特兰蒂斯文明的相似点，引起了人们重新关注逝去的大陆。
在克里特文明的遗址，人们发现了距今8000年的文化。那时的古人类处于新时器时代。在岛北部的克诺萨斯发现了传说中的米诺斯王宫遗址和大量文物，包括使用象形文字和两种线形文字的泥版文书，证实了古希腊人传说中的有关南海米诺斯王和荷马史诗中若干叙述的可信性。于是，伊文斯便根据这一典故，把克里特文明分为三个时期，分别称为早期、中期、晚期米诺斯文化。伊文斯说：“这里看不到希腊和罗马的遗物。”米诺斯宫殿主体分为四层楼，有1200~1500个房间。整体面积大约2万平方公尺。据此推测，宫殿周围大约有8万人居住。以后的考古者和学者从伊文斯发现米诺斯文明后，对其进行考证，发现了两者有一些相似处。例如，在克里特岛上，除了米诺斯王宫外，北岸的“玛莉亚”、东岸的“加都沙克罗斯”、南部的“费斯特”等地也都找到宫殿遗迹，在“玛莉亚”和“加都沙克罗斯”也发现了码头的遗址，壁画中华丽的船只、居住于分散宫殿统治者，似乎都是有权力的王族。这些与“十王执政”的故事有相似点。
亚特兰蒂斯注重牛，因为牡牛是波赛冬的象征，克里特岛也与牛有重要的联系。在这里，现存的宫室遗迹中可看到跳牛背的年轻人和饲牛图等各种壁画，酒器、器物上也经常出现牛的图案，在用黏土制成的棺椁的葬礼画中，所绘的牺牲品也是牡牛。围绕克里特岛关于牛的神话也很多，其中之一是大家耳熟能详的牛头人身怪物弥诺陶洛斯。弥诺陶洛斯最终被雅典英雄忒修斯杀死。在此前它被长期囚禁在诺萨宫殿一般的迷宫里。
铜器文化也在米诺斯文明中兴盛。这些事实与亚特兰蒂斯故事中的情景都相当吻合。克里特文明自创建伊始至鼎盛阶段，就不断向外扩张，曾经有百年的时间，爱琴海海域遍布着克里特的商人和殖民者，虽然克里特文明扩张很广，但最终取得胜利的仍是希腊本土文明。而曾经的克里特文明已经成为历史。
公元前19世纪，阿卡迪卡人在克里特岛建立了迈锡尼文明，取代了米诺斯文明。他们驱逐了海岛上的非希腊语人，并建立了政治统治。但后人知道迈锡尼人入侵之前，克里特岛突然发生天灾地变，此外，克里特岛其他地方也都可以发现同样是由海啸所造成的损害情形，这更加强了米诺斯王国历史和亚特兰蒂斯故事的相似性，特别是在克里特北岸的“奥姆尼苏斯宫殿”，该地的损害状况并不只是单纯的地震所造成，一些巨石被推测大概是被随地震而来的海啸搬走了。另外，在克里特岛的东北部，也可看到火山爆发之后的火山灰和浮石，研究得出的结论是，在岛屿北方的圣多里尼岛一直有旺盛的火山活动，克里特文明很可能就受到过火山、海啸的侵袭。而在《蒂迈欧篇》中柏拉图所说的亚特兰蒂斯故事里，整个亚特兰蒂斯大陆是一片群岛，其中心是半径9公里左右的小岛，在南方拥有着广大平原的大岛，这很可能就是指圣多里尼岛和克里特岛。柏拉图描绘的亚特兰蒂斯大陆的可能性在大量证据面前加强了。
我们可以这样设想，公元前15世纪，众多频率的小地震发生在圣多里亚岛火山爆发前。随之而来的喷发则喷出大量的浮石和火山灰，顺着此地区的夏季地中海季风，西飘到克里特岛等地，形成大量火山灰和浮石，火山震动又引起了巨大的海啸，淹没了当时存在的整个亚特兰蒂斯。但所有的一切目前还处于推证阶段，因为最关键的能够证明亚特兰蒂斯的确存在的可信证物还未发现，有待史学家们进一步地深入工作。到目前为止，柏拉图的亚特兰蒂斯空想性更大一些。
一个哲学家和思想家往往根据自己的爱好，以及最擅长的表现形式构成自己的风格。显而易见，柏拉图的自然哲学观虽然荒谬，但却是他所处的那个时代各种心理因素和认知经验的总结。但柏拉图自然哲学的意义远不仅如此，他的风格代表着人类长远认识世界所无法克服的弱点，在他的作品里充斥着大量非现实性的怪诞空想，这在很大程度上给了后代哲学家和艺术家想象的空间，但这必须有个限度，就是使想象不至于削弱本质的内容。因此，对于柏拉图的自然学说，我们不能盲目信奉，否则注定会与现代科学理论相背离。而柏拉图对学术的冒险和挑战，也是他的独立态度所致。
五、亚特兰蒂斯
亚特兰蒂斯是柏拉图构造的一个王国。它在一夜之间从地面消失，据柏`拉图的学生亚里士多德说，这是一个虚构的故事，目的在于唤醒世人。
柏拉图丰富的想象力是令人大为惊叹的，他关于人文历史的认识几乎全建立在空想之上。他在《克里底亚篇》和《蒂迈欧篇》中讲述了一个亚特兰蒂斯王国灭亡的故事：在距今七千年前，在“赫拉克勒斯之柱”的另一端，有一个“亚特兰蒂斯”王国。当时，亚特兰蒂斯正要与雅典展开一场争夺阿提卡半岛的大战，没想到亚特兰蒂斯却突然遭遇到地震和水灾，不到一天一夜就完全没入海底，后来成为希腊人航海上的阻碍。当然这个虚幻的故事可以当作神话来读，但柏拉图将其列入哲学之中，也实在令人感叹。
传说，亚特兰蒂斯王国与一个少女有关。少女与海神波赛冬结婚，生了五对双胞胎，少女生长之处便是亚特兰蒂斯的前身。后来波赛冬将整座岛划分为十区，分别交给十个儿子统治，并以长子为最高统治者，因为这个儿子叫做“亚特拉斯”（Atlas），因此该国便称为“亚特兰蒂斯”王国。
在《克里底亚篇》中，柏拉图还记述道，在岛中央的卫城中，有献给波赛冬和其妻的庙宇及祭祀波赛冬的神殿，这座神殿内部都是以金、银、黄铜和象牙装饰，在亚特兰蒂斯海岸设有造船厂，船坞内生产出三段桨的战舰，世界各地的商船和商人都云集这里进行贸易，除岛屿本身物产很丰富外，来自埃及、小亚细亚等地中海国家的贡品也不断涌来，因此亚特兰蒂斯王国十分强盛，分属的十位国王分别在自己的领土握有绝对的权力，奉着神的昭示，他们有权力选择自己国家的政治组织，为了加强彼此间的联络，每隔5~6年便在波赛冬神殿聚会一次。聚会的目的是讨论彼此的关系及统治权力的制衡，每次聚会都要达成一项协议，在签订协议的仪式上要宰杀一头饲养于神殿中的牡牛，割断它的喉部，用它的血液在波赛冬神殿的柱子上写下协议条文，以增添协议神圣不可侵犯的权威性。亚特兰蒂斯的统治者都很英明，也没有外敌敢于入侵，不幸的是这些国家不久以后便开始腐化。众神之首宙斯为惩罚人们的堕落，于是引发地震和洪水，亚特兰蒂斯大陆便在一天一夜内没入海底。柏拉图还透露出一些细节，关于这个故事，还有很大的不确定性，因为具体不知道亚特兰蒂斯的方位，他还暗示在以前的希腊，所使用的文字完全不同于他所处时代的文字。《克里底亚篇》和《蒂迈欧篇》中的亚特兰蒂斯是虚假的，而柏拉图的目的是为了让世人清醒以防腐化和堕落。这是其学生亚里士多德说明的。
