太平天国革命被镇压了，而黄淮地区的捻军势力转大，一跃而成为抗清的主力。“朝廷震悼”，起用两江总督曾国藩为钦差大臣，节制豫、直、鲁三省军务，北上征捻。
一、奉命“剿捻”
曾国藩一面裁军，另一方面他也不会忘记办理善后，恢复被太平天国革命冲乱了的苏皖两省封建统治秩序。
他认为，“清查田亩，为善后第一要务”，通令各地设立清查田亩局，“分别清查，各还业主”，恢复封建土地所有制，那些被太平军赶跑了的地主豪绅遂卷土重来；“编查保甲，最为目前急务”，各地设立“编查保甲局”，由地主士绅主持其事，恢复保甲制度，加强对人民的统治，镇压人民的反抗斗争；举行乡试，笼络知识分子，刊发“四书”、“五经”，修建江宁学宫，将人们的思想行为重新纳入合“礼”——封建纲常伦理的规范。此外，还修神庙、采访忠义、检埋骸骨、洗除“贼”字、禁着“贼”装、挑浚河并、整理桥道、清查公产、修复书院义塾，安辑流亡等，忙得不亦乐乎。凡被太平天国破坏了的，国藩都要复旧、重建，就连秦淮河畔的灯船妓院，也复如往昔。可是，还未等应办之事办就，捻军烈焰大炽，终于又把国藩推向攻捻前线。
1863年3月，太平天国沃王大汉盟主张乐行捻军在皖北被僧格林沁所部清军击败，雉河集(涡阳)根据地失守，张乐行罹难。梁王张宗禹、鲁王仟化邦(任柱)率捻军走豫西，发展势力，这样就与西北太平军遥相呼应。还在安庆失守后，英王陈玉成奏请天王封赖文光为遵王、陈得才为扶王、梁成富为启王、蓝成春为祜王，远征西北，“广招兵马，早复皖省”，这便是西北太平军的由来。1864年春，天京危急，西北太平军自陕南“还师东征”，图解京师重围。捻军来会师，合兵数十万，集结鄂豫皖边界地区，遭到湖广总督官文的鄂军、河南巡抚张之万的豫军、安徽巡抚乔松年的皖军以及僧格林沁蒙古马队的堵击拦截，被牵制在鄂东地区不得东下。7月19日，天京陷落，噩耗传来，西北太平军、捻军军心大乱，士气低落，本应撤回西北，以图再举，但仍绝望地突围东进。朝廷命令曾国藩出马了。1864年11月6日“上谕”说：“现在江宁已臻底平，军务业经蒇事，即着曾国藩酌带所部前赴皖、鄂交界督兵剿贼，务期迅速前进，勿少延缓！”以李鸿章暂署两江总督，筹办抚缉地方一切事宜，“曾国藩俟李鸿章到后，即行交代起程。”(《全集·奏稿》)
曾国藩突然奉到剿捻上谕，一时不知所措，一则本人对捻军并没有多少认识，二则自己准备解兵引退，三则僧格林沁、官文均是满洲贵族权臣，恐难于合作。但朝廷之命，岂敢违抗？国藩左思右想，遂于11月20日上了《遵旨复奏驰赴皖鄂交界督兵剿贼缘由并陈下悃折》(《全集·奏稿》)，说：
一、“湘勇多剿发匪(太平军)，少遇捻匪，不若添调淮勇，熟于颍(州)、寿(州)之程途，兼悉捻匪之伎俩，湘淮各军三路并进，更资得力。”暗示朝廷，与其让国藩督师，还不如用李鸿章率淮军剿捻。
二、1854年国藩亲自督战，屡次败挫，以后十年，从未亲临前敌，自知亲临指挥打仗并非所长，不得不自藏其短，使诸将充分施展才能，“此次臣若自赴楚界，未必有益”，委婉地表达了自己不愿受命之意。
三、“与僧格林沁、官文同驻蕲、黄，四百里之内，以钦差三人萃于一隅，恐启贼匪轻视将帅之心。”其意是说，与满人合作，事权不一，呼应不灵，成事不足，反会败事。
国藩答应派刘连捷湘军直入黄州，听候官文调遣，至于本人“交卸督篆，起程日期”，则“续行具奏”，等待朝廷发落。
折上之后，国藩心中忐忑不安。他在家书中说：“不堪再任军务，趁此解去兵权，虽经手之事太多，二年之内尚不能清结回籍，然苟能不办军务，就此体面下场，斯为万幸。”(《全集·家书》)他以淮代湘的良苦用心朝廷能否体谅？他想解去兵权朝廷能不能同意？他不免诚惶诚恐。
但不久，战争形势发生了变化。11月7日，扶王陈得才率太平军与僧格林沁在安徽霍山黑石渡展开决战，太平军大败，祜王蓝成春殉难，天将马融和、范立川率数万(一说7万)之众投降，主帅扶王陈得才见大势已去，服药自尽。西北太平军从此不复存在。捻军也作战不利。“发逆剿洗净尽，皖省一律肃清，是楚皖近日军情，较之半月以前大不相同”，僧格林沁在战场上取得暂时优势。清廷即令曾国藩“即可无庸前赴安庆，亦无须交卸督篆，仍驻扎金陵，妥筹调度。”(《全集·奏稿》)国藩接奉“上谕”，总算松了一口气。
历史喜欢捉弄人，曾国藩越想解兵权、不欲征捻，而捻军偏偏强大起来，一跃成为太平天国革命失败后全国民众抗清的主力。
鄂东之战后，捻军虽然受挫，但仍有数万之众，实力犹存，西北太平军“残匪仅数千”，在遵王赖文光的率领下，“投入捻中”(王定安：《求阙斋弟子记》)打起捻军的旗号。两军合并后，即在豫南地区进行整顿。捻军最凶恶的敌人是僧格林沁的内蒙古骑兵，以步对骑，难以制胜，因此决定“易步为骑”(捻军本来就多骑)，以骑对骑。在作战方法上，将捻军的流动作战的战略战术大加发展。这种战略战术具有高度的灵活性、机动性，倏而分数十股，使官军彼此不能分顾；倏而合数万众，使官军仓猝不及支持；倏而遁窜数百里外，使官军跟寻无踪；倏而盘旋百十里中，使官军怀疑莫测。运用这种作战方法，既能保存自己，又可寻机歼敌。整编后的捻军，面貌一新，开始了新的战斗历程。
1864年底，捻军用流动战术连败僧格林沁，打得这位王爷“名望顿尽”。僧格林沁恼羞成怒，继续穷追捻军，捻军就继续用流动战术来对付他。
在捻军的“流动战术”中，有一种“打圈”战术，最为有名，民谣唱道：
捻子打圆圈，
官兵瞎胡撵；
官兵想歇腿，
捻子围跟前；
捻子举起刀，
官兵把爷喊，
千饶命，万饶命，
饶俺回去杀州官。
这首民谣，以朴实生动的语言描述了“打圈”战术的妙用。
“打圈”战术是捻军流动作战、“以走制敌”的战略思想的高度运用和体现，是捻军在实战过程中，根据自己多骑的特点，以及利于战马驰骋的黄淮平原有利地势而创造的一种新的战术。它采用疾驰狂奔、数日不歇的大规模流动方式，以如蚁旋磨、忽左忽右的“打圆圈”的方法，使追击捻军的官军自然疲劳。然后，以步骑联合的包抄战术，一步夹一骑为团阵滚进，马怒人欢，使追敌陷围不得出，从而达到全歼追敌的目的。捻军运用这一招，为僧格林沁设计了一个“圈”套。
自1864年11月至1865年5月，捻军牵着僧格林沁这头“牛”，经邓州—南召—鲁山—尉氏—临颍—郾城—西平—遂平—汝宁—正阳—信阳—扶沟—睢城—曹州—城武—金乡—济宁—汶上—东平—宁阳—兖州—曲阜—邹县—滕县—峄县—郯城—赣榆—海州—沭阳—邳县—峄县—滕县—邹县—济宁—郓城—濮阳—范阳等地，往返打圈。僧格林沁数十日不离鞍马，两手疲顿不堪，不能提举缰索，只好用布带束腕系在肩上，以驭战马。捻军“知僧军疲，益狂奔”。僧格林沁“三旬之间，回旋奔逐不下三四千里”，实在追不动时，“解鞍小憩道左，饮火酒两巨觥，辄上马逐贼”。见此情景，朝廷担心起来，连连发出警告，要“僧亲王择平原地休养士马，且戒勿轻临前敌”(王定安：《求阙斋弟子记》)。但僧格林沁再也听不进去了。1865年5月18日，他终于被捻军“牵”入山东曹州高楼寨(一说葭密寨)，包围聚歼，僧军几乎全军覆没，刚愎自用的僧格林沁亲王被捻童张皮绠杀死。
僧格林沁，博尔济吉特氏，1825年袭封蒙古科尔沁札萨克多罗郡王。因击败北伐太平军有功，晋封为博多勒噶台亲王。第二次鸦片战争中，抗击过英法联军。《北京条约》签订后，奉命统辖山东、河南军务，并直隶、山西四省督抚提镇各统兵大员均归节制。他所统率的蒙古马队，是清廷的王牌师，也是朝廷用以对抗湘军、压抑曾国藩的有力后盾，但万万没有料到，清廷所倚赖的“长城”崩塌了，“两宫震悼”，辍朝三日，慈禧太后情出无奈，只好考虑让声威素著、老于戎事的曾国藩督师剿捻了。1865年(同治四年)5月23日，“上谕”命钦差大臣协办大学士两江总督一等毅勇侯曾国藩，着即前赴山东一带督兵剿捻。两江总督着李鸿章暂行署理，江苏巡抚着刘郇膏暂行护理。同时命直隶总督刘长佑扼守大名，三口通商大臣崇厚统洋枪队驻防景州，堵捻北趋。5月25日，再命曾国藩赶紧赴援，保卫京畿。
曾国藩奉到上谕，又一次陷入窘境：湘军精锐裁汰殆尽，兵力单薄，如何剿捻？且捻军利于马队，以步对骑，如何能制胜？但圣旨难违，他只好故技重演，采取“拖”的办法，6月2日上了一个《遵旨赴山东剿贼并万难迅速缘由折》(《全集·奏稿》)，说“朝廷责臣讨贼，至切且速，即山东官民，亦望臣星速北上。臣踌躇再四，有万难迅速者数端”
一是兵力不足。金陵仅湘军3000人，作为护卫亲兵。淮军虽称劲旅，但仅刘铭传、周盛波两军归曾国藩调遣，人数尚少，不敷分拨。不得已，拟“另募徐州勇丁”，非三四个月难以成军。
二是战马缺少。捻军战马极多，此次僧格林沁蒙古马队溃散，又为所得，马逾万匹，驰骋平原，其锋甚锐。如剿捻而没有马队相佐助，“将不战自靡”，因此打算在徐州添练马队，派人前赴古北口一带采买战马千余匹，一来一往，最快也要三个月，加上训练，也要两个月时间。
三是扼捻北上，“惟黄河天险最为可恃。防河之策，自为目前第一要义”，而江南船只，于黄河水性不合，要防河，就需要采办木料，招募水勇，兴办黄河水师，工程浩大，没有四五个月的工夫难以就绪。
四是国藩所部每日行军，支帐埋锅造饭，不向州县索米供应，日行仅40里或更少。李鸿章的淮军也是如此。步步稳妥，则行军迟钝。僧格林沁剿捻，一年以来，周历湖北、安徽、河南、江苏、山东五省，若他人接办捻军，断不能兼顾五省。不仅不能兼顾湖北，就是苏皖豫鲁四省也不能处处兼顾，只能择要设守，其余责成四省巡抚，各分汛地。国藩此言显而易见：朝廷既没给剿捻实权，他即便北上，也只能局限在一定地区进攻捻军，“不能遍顾各省”，不担负攻捻的全部责任。
最后，国藩说：“方今贤帅(僧格林沁)新陨，剧寇方张，山东之望援，急于星火，而臣策战事，乃在半年以后。北路之最重莫如畿辅，而臣策直隶乃须另筹防兵。此皆骇人听闻之言，殆不免于物议纷腾，交章责备。”要是师出无功，也请朝廷不要见怪。
同日，国藩又追加了一个《请另简知兵大员督办北路军务片》，说自己精力疲惫，不能够再担负重任，近来衰态更增，说话20句左右，舌尖就麻木蹇涩，不能再说，只有恳求皇上恩准，挑选知兵大员督办军务，国藩愿以闲散人员在营效力，鞠躬尽瘁。有意不再执掌兵符。
国藩折片刚发出去，就奉到5月28日“上谕”，命钦差大臣协办大学士两江总督一等毅勇侯曾国藩赴山东一带督师剿捻，所有直隶、山东、河南三省旗、绿各营及地方文武员弁，均着归曾国藩节制调遣。如该地方文武有不遵调度者，即由该大臣指名严参。同日又命国藩统带亲军小队，轻骑就道，兼程北上。
朝廷要国藩督师剿捻，当然也就不能不给予实权，否则，不仅曾国藩不干，而且事权不一，呼应不灵，于大局不利。可是，曾国藩接到节制三省的“上谕”，依然忧心忡忡，担心什么？他在家书中说：“若贼不渡黄(河)，剿办尚不甚难，一渡黄，则手脚忙乱，万目悬望，万口讥议，余实应接不暇，难乎其免于大戾矣。”(《全集·家书》)他怕剿捻无功，招致身败名裂之祸。国藩再三思维，6月6日，上了一个《谨陈筹办情形并请收回成命折》，说自己精力衰颓，公事废弛，心神不定，无故惊怖云云，“不敢拜此宠命”，要求皇上收回节制三省的任命。但朝廷不准，“上谕”说：“曾国藩恳辞节制三省之命，具见谦抑为怀，不自满假。惟东、豫之军，自僧格林沁战殁后，军无统辖，号令不一，最为兵家大忌。该大臣更事既多，成效夙著，若非节制直、东、豫三省，恐呼应未能灵通，勿再固辞。”(《全集·奏稿》)国藩无可奈何，只好硬着头皮北上征捻。
6月18日，曾国藩由金陵启行，取道运河，北上督师。6月30日抵清江浦，再辞节制三省之命，朝廷仍不允。7月14日由清江浦溯淮西上，21日抵达攻捻前线——安徽临淮。
此次挂帅征捻，可供国藩指挥的军队有这样几种：
第一种是湘军，这是曾国藩自己的武装。国藩在金陵搜罗了9000多人攻捻，但多不愿北征，最后带了3000人作为护卫亲兵。黄翼升的淮扬水师(湘军水师的一部分)进入淮河，后又调鲍超等军，加起来也有2万人。
第二种是淮军，这是攻捻的主力。曾国藩裁湘留淮，意在借助淮军“以济湘勇之穷”，所以攻捻不得不依恃淮军，这就是刘铭传、周盛波、张树声、潘鼎新等部25万人，后又陆续增调张树珊、李昭庆等军，总数达到6万人。淮出于湘。但淮军的领袖是李鸿章，而不是曾国藩，虽然李鸿章把指挥权交给了曾国藩，但国藩却不能像指挥湘军那样灵活，毕竟隔了一层关系。而且淮军的私兵性质较湘军有过之而无不及。表面上看来“湘淮一家”，实际上李鸿章并不是十分情愿地把淮军交给曾国藩指挥，时常加以遥控。更何况，慈禧太后为了压制曾国藩，采取扶植李鸿章、左宗棠的政策来分化、瓦解湘系集团的势力，李鸿章也不想在曾国藩脚下盘旋，而思自立门户。当曾国藩第一次奉到攻捻命令时，朝廷即命李鸿章署理江督，时距攻克金陵不到四个月，国藩幕僚赵烈文为此发出了“殊咄咄可怪”的惊呼。国藩本人也“意殊寥落”，虽很快收回成命，但扬李抑曾是显而易见的。有朝廷扶植，李鸿章再不肯事事听命于国藩。所以，当国藩准备北上，要求李鸿章把“淮军特出之将”刘铭传所部铭军交他指挥时，鸿章则以“省三(刘铭传，字省三)虽奉严旨敦迫，必须留置左右，以备先驱”为辞加以拒绝(《李文忠公全集·朋僚函稿》)，后经国藩反复磋商和朝廷“严迫”，才把刘铭传推上攻捻第一线。所以，国藩所统率的淮军，不可能如指使臂——征调自如了。
第三种是各省的地方军，如皖军、豫军、东军。这些军队，多由地方地主武装团练基础上产生，巡抚负有指挥之权。各省各自为政，各存畛域之见，一般不愿出境作战。对这些地方军队，国藩要想让他们俯首帖耳听从指挥，并不是一件容易的事情。
第四种是洋枪队。直隶总督刘长佑和三口通商大臣崇厚负责防守黄河北岸，祟厚所率领的1200名洋枪队，就是英国人贝格和日斯训练出来的。这支军队远处黄河北岸，曾国藩也不便指挥调遣。
