在解决了《致命魔术》的女主角问题之后，林晨正式带领《蝙蝠侠》剧组人员开始了工作，林晨断绝了与外界的联系，开始全身心的投入到拍摄中，已经十分了解林晨性情的杰西卡知道这是林晨的惯例了，虽然她没有电影角色，但是外了方便照顾林晨，也跑到剧组来了。
当然这只是杰西卡的说法，至于她是不是因为担心娜塔莉.波特曼跟林晨的绯闻而跑来剧组盯梢就不得而知了。
关于娜塔莉.波特曼跟林晨的绯闻其实也没有什么，就跟之前娜塔莉.波特曼担心的一样，不过是记者们看到两人再次合作而提出的猜测罢了，毕竟在这之前，林晨的所有电影女主角都有杰西卡，而这次却换成了娜塔莉.波特曼。因此，关于两人的绯闻就开始沸沸扬扬的炒作了起来，如果不是杰西卡也进入到剧组，恐怕记者们要说林晨跟杰西卡已经分手了。
对于这种事，林晨从来不关心，他把事情交给乔治来解决，然后专心投入到拍摄中，对于他来说，现在唯一的目标就是拍摄好电影，他现在只关心电影的事。
为了完整的展现《蝙蝠侠》里面的场景，林晨耗费了许多脑细胞，最后决定了三个主要取景场地，而洛杉矶并不在其中，之所以刚开始要在这里进行拍摄，不过是为了节省资金，林晨的打算是在这里将有关蝙蝠洞的场景拍摄完成，为了真实的构建一个蝙蝠洞，林晨选择在洛杉矶郊外布景内建造蝙蝠洞，为此，林晨在这里搭建了一个巨大的摄影棚，大约长250英尺，宽120英尺，高40英尺，它使用了24台水泵，每分钟有12,000加仑的水在布景中流过，从而形成瀑布，溪流和滴水的潮湿洞壁。
可以说，林晨为了构建这个蝙蝠洞就搭进去了至少上千万美元，但是制造出来的效果是没说的，剧本里设计的蝙蝠洞是个潮湿而脏乱的洞穴，里面到处都是蝙蝠，这跟前几部《蝙蝠侠》里面的蝙蝠洞有很大的不同，更加凸显了真实性。
因为目前训练蝙蝠的手段目前还很有限，很难做到让如此众多的蝙蝠按照人的意志行事，为了完美的展现蝙蝠群出的场景，林晨让特效小组制作了大量的数字蝙蝠，林晨准备在拍摄中利用放在支架上的蝙蝠标本作为参照物，然后利用那个蝙蝠形象的空间和照明效果制作出数字蝙蝠群，以此来展现蝙蝠洞里蝙蝠漫天的场景。
拍摄的第一个场景是幼年时的布鲁斯.韦恩跌入一个洞窟，受到大量蝙蝠群惊吓的场景，之前的场景是发生的韦恩庄园里的，但是韦恩庄园的内景和外景大部分是在英国的Mentmore塔拍摄，这处地产由罗斯彻尔德家族于19世纪50年代修建，座落于伦敦北部约一个半小时车程的地方，因此林晨直接从在洞窟里这一段开始拍摄。
饰演幼年布鲁斯.韦恩是11岁的亚伦.约翰逊，林晨不知道乔治是怎么找到这个小家伙的，但是第一眼看到的他的时候，林晨怎么也不能把09年的《海扁王》跟他联系起来，这也让林晨相信了，不止有女大18变，男人也会变的。
如果说亚伦.约翰逊日后的名气算不上大的话，那么饰演幼年瑞秋道斯的艾玛.沃特森就是非常引人瞩目的了，毕竟现在《哈利波特》正在热映中，‘魔法三人组’的赫敏风潮还没有刮过，尽管艾玛.沃特森只是饰演了一小段，但是宣传的时候推出去还是很吸引眼球的。
或许有人会疑惑艾玛.沃特森是怎么加盟这部电影的，而最也是让乔治愤愤不平的事，当初林晨只是要求乔治选择童星，而当时《哈利波特》虽然还未上映，但是艾玛.沃特森已经小有名气了，于是乔治本着遍地撒网的选择就试着给艾玛.沃特森发了一个邀请，而让乔治意外的是，艾玛.沃特森当晚就给他打了电话，哇哇哇的问了一大通，原来艾玛.沃特森是林晨的粉丝，一听说林晨是导演，宁肯不要片酬也要加盟，这也让乔治赤裸裸的嫉妒了，一向自认很帅的乔治面对艾玛.沃特森的彻底无视，也是无可奈何，只得将愤怒都转嫁到林晨身上了，连着好几天叫林晨小白脸，让躺枪的林晨还是无奈。
因为现在拍摄的是蝙蝠洞部分的场景，所以艾玛.沃特森还没有参演，只有亚伦.约翰逊在，而现在的亚伦.约翰逊表演还是十分稚嫩的，不过林晨要求也不高，只要他表现出那种恐惧，无助的感觉就好了，因此林晨在仔细的让他试演了几遍过后就开始正式开拍了，而亚伦.约翰逊也表现了很好的潜质，虽然有些紧张，但还是没有什么大问题，因此第一条就算过了。
接下来就该长大的布鲁斯.韦恩出场了，因为《致命魔术》跟《蝙蝠侠》是同时开拍，因此克里斯蒂安.贝尔就没能参演《致命魔术》，也就没有疯狂瘦身，而林晨为了展现布鲁斯.韦恩的强壮，反而要求克里斯蒂安.贝尔增重，因此林晨版的《蝙蝠侠》要比原版的更强壮一些。
克里斯蒂安.贝尔的拍摄进行的很顺利，而后期娜塔莉.波特曼也加入了拍摄，而星战女王的表现也是不负所望，很快就将所有蝙蝠洞的戏份拍摄完成了，让林晨很是满意，只用了两个星期就完成了，这比林晨事先预料的时间要短不少，这要归功于克里斯蒂安.贝尔跟娜塔莉.波特曼的良好表现，拍完蝙蝠洞的场景后，林晨便将拍摄暂停了，不是因为遇到困难了，而是《美少女特工队》就要上映了，作为自己的第一部大投资电影，林晨肯定要去镇场的，而娜塔莉.波特曼作为女主角之一，也是要参加首映礼的，所以林晨就干脆给大家放个假，让劳累了两周的大家放松一下，这一决定也赢得了众人的欢迎，而大家也纷纷表示，首映时一定会去给两人捧场。
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