李世民当上皇帝后曾不止一次说：贞观前的功劳，首推房玄龄；贞观后，魏徵出力很大。这个评价是公允的。没有房玄龄全局性的谋划，李世民很难出头。及至后来李世民听从房玄龄的建议发动玄武门之变，朝野并没有发生大的动荡，主要是李世民的确有平定天下的大功，这一点是坐镇长安的李建成不能比的。
总之，李世民后来的行动正是按房玄龄这次私谈的方略进行的。他先率领房玄龄、侯君集等人平定了河西的薛家军，再东征王世充、北讨刘武周和窦建德，经过几年的鏖战，基本扫平了北方。由于他对李靖有知遇之恩，李靖没有在乎南征主帅的位置，甘做李孝恭的副手，用几年时间平定了岭南和江南地区，打下半壁江山。武德七年（公元624年），唐朝基本统一了全国。房玄龄鞍前马后为李世民服务，立下了汗马功劳。加上他为人谨慎，从不多言多语，常把功劳让给别人，越发令李世民赏识器重，升任考功郎中（从五品上）。
由于房玄龄的谋划，李世民在平定天下的战争中树立了威信，自武德四年（公元621年）起便被任命为天策上将。这个职务很关键。别看李渊的儿子们都被封王，但天策上将是帝国最高军衔，是实职，有实权。
与李世民相比，李建成的综合实力要比李世民强，但在谋略和军事上落了下风。李建成手下有魏徵、王珪、韦挺等杰出谋士，有裴寂、封德彝、萧瑀、陈叔达、裴矩（均为当时的常委）等五大老臣力挺，以及拉拢地方势力李艺（原名罗艺，燕王）、李瑗（庐江王）、李幼良（长乐王）、李孝常（义安王）等。然而李建成最终被杀，至少有三大方面的原因。
首先，李建成把笼络前朝老臣作为巩固势力的主力军，不过这些老臣连前朝都保不住，又如何有能力在新朝发挥作用呢？李世民手下的智囊团，从武德四年就在房玄龄的建议下正式成立，当时为避嫌，叫“文学馆”（后来弘文馆的前身），设十八学士，房玄龄、杜如晦排位最前。这十八学士看似舞文弄墨，实际上是李世民的参谋团队，而且人人皆有真才实学，专门为李世民贡献才智。
其次，李建成手下的武将有薛万彻、冯立、谢叔方等，但并不出色。三将在“玄武门之变”中为保李建成殊死力战，后被李世民赦免继续当官，不过只有薛万彻还算是能征善战，但与李靖、李勣、侯君集、屈突通等第一流的将帅相比还不是一个档次。李世民麾下的尉迟恭、程知节（程咬金）、秦琼、段志玄、张公谨等将领，李建成的东宫找不出几个来。武将是巩固政权的基石。李建成认为自己是太子，只要拉拢朝中的重臣就没事了，哪知道文臣固然重要，但关键时刻下手最狠的还是武将。
第三，李建成太过厚道，没有听从魏徵的建议，政治斗争经验不足。魏徵早就劝李建成杀死李世民以绝后患，但李建成不听，怕父亲接受不了这样的结果。其实当时以李建成的实力，把李世民诓到府中砍死是最好的办法，李渊就算怪罪，已成既定事实（后来李世民杀了李建成李渊不也接受了吗），又能如何？在皇权之争上，自古以来没有兄弟，杨广干掉太子的事也不过发生在十几年前，李建成无视前车之鉴，实在是悲剧。房玄龄是十分清醒的：如果李建成得胜，那么他们就废了。就算为了自身利益着想，他也要极力促成兵变。
但兵变是有风险的。李建成是太子，掌控卫戍部队已经很可怕，如果再掌握外派大将，李世民就彻底没戏了。当时，拥有大军军权的外放将领主要是两个人：李靖和李勣。李靖平定半壁江山，部下将领遍及天下，又成功抗击北方强国突厥，当时调任灵州大都督（大将军），节制大唐北方诸路军马；李勣当时任并州都督，自瓦岗投奔大唐后，随李世民征讨，按说是有恩情的，不过历史上变节的将军有的是，更何况并州是李渊起兵之地呢！李孝恭当年还是李世民推荐到南方去的，后来在李建成强势的拉拢下也暗地与太子往来。李世民要把李建成彻底整没电，就不得不顾忌李靖和李勣。如果善于将兵的二李提兵到长安“勤王”，“勤”谁谁胜，打谁谁败。
李世民的担心不是多余的。在这个节骨眼上，李建成听从太子洗马魏徵的建议，派魏徵前去灵州和并州分别找李靖、李勣谈，虽然不知道谈了些什么，但肯定是拉拢二人。李世民得到线报，赶紧找房玄龄密议。
房玄龄也认为事态严峻。他分析了二李的性情，认为李靖虽然给李孝恭当过二把手，但本质是不一样的，并没有暗通太子的证据；李勣这个人有英雄气，后来与李靖是半师半友关系，只要稳住李靖，李勣就不会乱动。
李世民是带兵打仗出身，深知此间利害。他问房玄龄：可有什么挽回的余地？房玄龄说：太子派魏徵去见大将军和李勣，殿下也可以派人去摸摸底，得个实话。只要他俩不帮太子，事情就好办。李世民问：谁去好？房玄龄说：大将军的弟弟李客师现为秦王府右内副率，可让他去，先见其兄，再见李勣，大事可定。
李世民会心地笑了。此事由李靖的弟弟去办，李靖不可能不重视，因为其弟李客师是秦王府的内卫副大队长，负有保卫李世民的责任，由他去探兄长的口风最好。
果然，李客师见到李靖后，李靖明确表态：作为朝廷大将，其职责是守卫国土、抵御强虏，绝不干预皇室的事情。问李勣，也是这个意思。李客师回报后，李世民不满意，认为二李应该誓死效忠他才对。房玄龄劝他说：大将军和李勣明显是商量过了，二人这样表态，就是决不帮太子，那么太子就没有外援，只要设计好步骤，完全可以在长安城内一举剪除太子及其余党。
李世民虽然下决心干，仍然担心没有胜算。房玄龄早已想好了计划，现在全盘拿出来奉献给李世民：
一是太子警卫森严，有东宫警卫团（太子卫率府）的人，还能随时调动十六卫的人，以当时李世民的兵力包围东宫取李建成的性命完全不可能，弄不好还会被当场击杀，所以只能设法将李建成引出来，再设伏痛击，方可得手（这一招与陈平诓韩信出，实施抓捕有相似之处）。
二是当时李建成对李世民产生了高度警惕，李世民约他到城外是绝无可能的，只有在城内，地点最好在东宫与内宫之间的玄武门。玄武门看守城门的偏将常何是太子的部下，可以用重金收买，再许以官职，待李建成入玄武门后立即关上城门，秦王府将领立即围攻李建成。
三是玄武门屯营将军敬君弘是自己人，让他率兵阻止东宫的兵马来救，确保李建成被完全孤立。已经训练好的八百死士由尉迟恭、侯君集、张公谨、刘师立、公孙武达、独孤彦云、杜君绰、郑仁泰、李孟尝九个秦府将领率领，以最快的速度斩杀李建成。
但如何才能让李建成毫无疑心并不带兵马来到玄武门是个问题。
李世民也在想这个问题。房玄龄随即给他支了招——让李建成只身前往玄武门的办法只有一个：就是皇帝亲自召见。这样，李建成必须进宫见驾，而且绝对没有心理防备，也不会带警卫人员（入宫见驾，就算是亲儿子也不准带兵将的，这是历代铁律，不然不知要发生多少夺位事件）。
李世民连声叫好。不过他又问：有什么办法让父皇召见大哥呢？还有，老四元吉与大哥一个鼻孔出气，这次干脆连老四也一并收拾了。房玄龄出了个主意：让李世民先到李渊那里去告状，说李建成、李元吉经常勾结内宫嫔妃，****后宫。皇帝知道后一定很生气，但也会怀疑秦王告黑状。到了那时，李世民就说，如果父皇认为儿臣所言不实，您可以叫太子、齐王（李元吉）进宫问个究竟。
李世民当即站起身来，叹道：玄龄的策划真是天衣无缝！好，就这么办！我先进宫面见父皇，你和辅机（李世民大舅子长孙无忌的字）、克明（杜如晦的字）、敬德（尉迟恭的字）等人负责安排玄武门的事。
接下来，就发生了历史上著名的“玄武门之变”。武德九年（公元626年）六月四日清晨，李建成、李元吉骑马入宫，刚过玄武门，常何就关了城门，敬君弘引兵隔离了李建成、李元吉兄弟，“玄武门九将”对太子、齐王实施合围。李建成在惊慌之中，被李世民一箭射穿喉咙，当场毙命（看来李世民的箭术和心理素质超强）；李元吉扑上来揪住二哥想勒死他，被尉迟恭当场砍了脑袋；敬君弘力敌闻讯赶来的东宫和齐王府的军队，战死。很快，李世民就控制了局面，因为太子、齐王已死，手下除了薛万彻、冯立、谢叔方等引兵逃跑，其余的都作鸟兽散。正在内宫太液池划船的李渊得知消息，差点心肌梗死。李渊并不像后世所传的那样昏庸，对照事情的前因后果，知道老二想坐江山。老大、老四已死，如果杀老二的话，会引起更大的兵变，自己的性命都难保。在这种“逼宫”的严峻情势下，李渊干脆明着跟老二说：先立你为皇太子，再传位给你，我退休，你少杀些人，老臣还得用，不要因为我们家的事让大唐受损。但李世民还是把李建成、李元吉的后代斩草除根了。
于是李世民顺利当上皇太子，国家大小事务任由他处理。到这个时候，房玄龄力劝李世民：李建成和李元吉的党羽无非也是忠于职守，最好能及时免除他们的罪过，这样天下人就会认为皇太子有心胸，也不会因玄武门之变闹得人心惶惶。另外，为稳定朝局，老臣们还得用，以后根据政绩再进行调整，不宜一下子全部撤换。
李世民采纳了他的意见，对薛万彻、冯立等不予追究；对李建成的高参魏徵予以释放，拜谏议大夫，令其安抚山东；把流配的太子旧属王珪召回，亦为谏议大夫。太子党羽，纷纷倒向李世民，唯幽州大都督、庐江王李瑗起兵谋反，事泄被杀。
玄武门之变，总策划是房玄龄，长孙无忌、杜如晦等协助，尉迟恭、张公谨、侯君集等将领负责执行。一个月后，李世民任命房玄龄为中书令（中书省行政长官，宰相）。
当年八月八日，李渊退位，李世民“再三辞谢”后当了皇帝，是为唐太宗。事实上，玄武门之变后两个月的权力过渡期，李渊就不管事了，大唐的事务全由李世民处理。
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然而李世民只集中精力清除异己，忽略了大唐外部最强大的敌人突厥汗国。突厥颉利可汗趁唐朝内乱之际，提兵十几万骤然逼近长安，让刚刚继位的李世民措手不及。
要论兵力，长安只有数万卫戍部队；突厥方面，除了颉利可汗的十几万人，还有突厥东部突利小可汗的几万人，共二十万人。前文讲过，历史上我国北方少数民族是马背民族，特别能战，唐朝以前与突厥打仗，十战九败。如今大军直逼都城，稍有不慎，就有灭国之危。
李世民急召大臣商议，但都没有什么好的对策。李世民私下问中书令房玄龄和兵部尚书杜如晦的意见。房玄龄认为突厥人突然到长安，就是乘陛下登基之际来占便宜。突厥人连年犯边，烧杀抢掠，但又不派兵守卫攻下的城池，其目的就是抢夺粮食、钱帛、用具和奴隶。这次犯长安，如果硬拼，大唐是打不赢的，很可能会被灭国，不如把府库钱粮全都拿出来给突厥人。因为突厥军队由各部落组成，各部首领虽然名义上归颉利可汗统治，但各自都有小算盘，只要拿到好处，还不损伤部落的实力，就会退兵。
杜如晦很认同房玄龄的建议。他补充说，如果仅仅是给突厥人钱粮恐怕不行，因为突厥人要是打下长安，不仅国库里的东西全部都要顺走，连官员和百姓的财物也一并要了，所以还得从军事上施压。当前来看，可命尉迟恭引兵从泾阳骚扰敌人后方，让敌人感觉到长安并非孤城；急令李靖率大军出灵州，截断颉利北归之路；急令李勣起并州军过黄河拱卫京师。此外，还要动员长安城内百姓筑城护守家园。
李世民对房、杜二位心腹谋臣的建议是认可的，但他舍不得拿出府库钱粮。大唐立朝九年，连年征战，国库还比较空虚，把老底全部交给敌人，以后怎么过日子？他问房玄龄：还有没有其他办法？房玄龄说：克明讲的军略是对的，臣再加上一条：派人去说服突利，从而达到牵制颉利的目的。
突利小可汗是始毕可汗嫡子、颉利可汗之侄，本来是汗位的法定继承人，但因年纪太小，先由始毕可汗之弟处罗可汗代为执政。处罗死后，颉利占据汗位，只让突利在突厥汗国的东部当小可汗。突利长大后对颉利是有怨恨的。以前，颉利大军攻打唐朝时，李世民曾与突利义结金兰，有感情基础。但突利胆小，性格也比较柔弱，非常害怕颉利灭了他以除后患，所以表面上对篡位的叔叔无条件服从。
房玄龄与李世民、杜如晦分析了这个情况，认为现在突利并没有与颉利合兵一处，而是缓慢地跟在后面，就是担心颉利攻下长安后再回头打他，他那几万人是无法战胜颉利的，恐怕连草原都回不去了。在这种情势下，不如暗结突利，承诺与他永结盟好，将来在适当时机帮助他复国，让他按兵不动。
这是一着高棋。颉利这个草原上的枭雄，疑心很重。他见突利不疾不徐，始终不往前冲，就认为侄儿是故意慢军，等他与李世民两败俱伤后坐收渔利，所以他也放慢了进攻的脚步，在渭水边扎营。
这时，李世民收到了李靖的来信。原来李靖探得颉利绕过他的关卡直下关中后，在未得到朝廷命令的情况下率大军星夜出灵州前住长安救援。灵州离长安有一千里，等李世民派长孙无忌去传令时，李靖的大军已经进入关中。李靖先派人来送信，说现在大唐的军力还不能彻底打败颉利，必须训习精锐、购买良马，才能与之决战，所以现在只有拿出府库的钱粮让颉利退兵。这个主张与房玄龄不谋而合。李世民虽然暗怪李靖无令出兵，但情势紧急，经过反复思考，决定割肉退敌。
于是就有了渭水之盟，就是李世民与颉利两位国君杀白马为誓，缔结友好。
