接下来的几天，日本人的攻击行动持续不断。12月9日，尼科尔斯机场再度遭到空袭。随后三天，更多的侵袭打击接踵而至。
美国的空中力量被“迅速归零”了。在反击行动开始后的四天里，只有六架共和P-35型战斗机[12]投入作战。虽然在性能方面，这款战斗机要略好于陈旧过时P-26型战斗机，但在速度上却与无法与日本“零”式战斗机匹敌。
百余架P-40型战斗机在一周前被派出执行任务，美国人现在手中所保有的飞机数目还不足24架，而其中的一半还受限于飞行高度，只能进行低空作业。
12月12日，超过100架日本飞机袭击了马尼拉及其周边军事基地。12月13日，参加攻击的日本飞机几乎有200架之多。次日，麦克阿瑟将军命令残存的亚洲舰队驶往安全水域，剩下的B-17型远程轰炸机前往澳大利亚。舰队和飞机离开两天后，日本航空母舰“龙骧”号驶入近岸水域，不受干扰地回收了从台湾起飞的远程作战飞机。至此，麦克阿瑟将军的远东航空兵部队已毫无价值可言了。1.5万名初出茅庐的美国新兵和训练不足的预备役军人，以及八万名既缺训练又少装备的菲律宾士兵，彻底失去了舰队和空中的保护，他们在吕宋岛南部掘地挖壕、构筑工事，坐等本间将军的第14集团军的到来，而那是4.3万名作战凶狠、冷酷无情的日本兵。
巴丹半岛
菲律宾
1942年2月22日
当地时间：11时40分
本间雅晴将军的部队分为三路尖兵，以其首先夺取的小岛屿巴丹岛[13]为基地，12月8日开始了在吕宋岛齐头并进的攻击作战。当麦克阿瑟将军的空中力量在日本空袭中遭到重创之时，日本人向海岸推进并击溃了防御机场的守备部队。这样，本间将军便获得了一个中间补给站，轰炸机可以在返回台湾基地途中添加燃油。
日本人继而于12月10日在吕宋岛的北部和西部海岸登陆，12月12日，一个日军联队（相当于团级编制规模）在帕劳群岛展开，作战目标是夺取力牙实比的港口，以便有效孤立部署在吕宋岛中部的美国-菲律宾联军。次日，日本人巩固了他们的补给线，并对残酷镇压来自平民的反抗行为。
12月22日，本间将军指挥的第48师团所有作战单位已经登陆，这些日军在毫无阻拦的情况下跨越了林加延湾（Lingayen Gulf，又称仁牙因湾）。紧接着，在圣诞前夜，日本1万名生力军在拉蒙湾踏上海岸。麦克阿瑟将军束手无策，看着面前这些处于围困中的、食物和武器均已告罄的军队，不得不命令所有美国-菲律宾部队向丛林密布的巴丹半岛撤退，他同时还宣布马尼拉为“不设防城市”——按国际法的规定，一个城市如果没有军事防御措施便不允许被轰炸。但是，日本人却根本不理会这一套，他们对国际公约置若罔闻，继续对马尼拉进行狂轰滥炸。
在巴丹半岛的北部，日本部队成功突破了阿格诺河（Agno River，又称阿贡河）沿线的美菲联军阵地，被击毙或俘虏的美国和菲律宾士兵多达5000人，麦克阿瑟的军队在补给供应彻底断绝的绝望中等待着美国援兵的到来。
1941年12月31日17时45分，第一支日本军队蜂拥进入马尼拉城，日本帝国陆军航空兵对巴丹半岛守卫者展开猛烈空袭。在半岛前线防御阵地上，守军人员伤亡日增，药品短缺和医疗设施匮乏的美菲联军部队还遭到疟疾和其他热带疾病的侵袭，士兵们不得不忍受着病痛的折磨持续战斗。到1月10日，甚至每日的食品定量配给也维持不下去了。
在随后的45天中，巴丹半岛上的战斗呈现出一派血腥消耗战的态势。东京不断提出尽快结束菲律宾群岛战役的要求，本间雅晴迫于压力，不顾兵员的战损，在美国-菲律宾联军防线背后进行了三次夜间登陆的尝试，但是，均没有成功。守卫者顽强抵抗，到了弹尽粮绝的地步才逐步撤出阵地。1月22日，麦克阿瑟将军发出命令，向连接皮拉尔和巴加克两个市镇道路的既有阵地撤退，那里将是巴丹半岛最后的防线。
在2月份的前两个星期，守卫者击退了日本人的12次联合进攻。麦克阿瑟不停地向华盛顿发出提供增援的请求。美国-菲律宾部队每天都要承受日本人猛烈的空袭和炮火，但是，他们依然确信，他们能等到援军抵达的那一天。
2月15日，传来了新加坡被日本人攻占的消息，抵抗者的希望彻底破灭了。这场胜利将使本间雅晴获得数万生力军和大批作战飞机，用以投入到扫荡巴丹半岛的行动中。
在随后的五天里，日本军队的推进势如破竹。出于对菲律宾总统曼纽尔·奎松有可能被日本人俘获的担心，麦克阿瑟最终说服他离开自己的祖国前往他乡，准备成立一个流亡政府。在一个月色朦胧的晚上，奎松总统登上了一艘开往澳大利亚的美国海军潜艇。又过了两天，罗斯福总统命令麦克阿瑟离开菲律宾，到澳大利亚组建一个新的司令部，并任命麦克阿瑟为南太平洋战区总司令。罗斯福的这项命令表明，将不会有部队被派去拯救“那些奋战中的巴丹家伙”。
对于执行这项命令，麦克阿瑟是极不情愿的。他明白自己的离开对于他那些遭受漫长痛苦的士兵们来说意味着什么。此时，每个战斗人员每天4000卡路里的定量配给已经减半，而且马上还会被再度削减。为了补充日益缩减的定量配给，他的部队士兵已经开始四处搜寻可以果腹的东西。他们正在吃马匹、蟒蛇、驯鹿、猴子、骡子、蜥蜴、蜗牛，以及一切能找到的其他可食物。牛奶、咖啡和茶点已远离他们多时了。麦克阿瑟的士兵正在一步步陷入饥饿的困境。
一名军需官在巴丹半岛上找到了250吨去壳稻米，又用一台尚可运转的稻米碾磨机粉碎。但是，这支八万之众的部队，一天就要吃掉15吨稻米，250吨稻米所能维持的时间不到三个星期。
在这种给养严重不足的情形下，医疗供给也几乎告罄，药品——特别是吗啡和血浆——早已消耗殆尽。医护兵和军医想方设法使那些轻伤员避免伤口感染。如果他们手里有奎宁的话，许多人是可以逃过死神的召唤的，但是，目前奎宁已全部用光了。更要命的是，另外的一些救急药品——如处理感染的磺胺类药剂——也基本上用尽了。牙龈出血等缺乏维生素的征兆变得明显起来，几乎每个士兵都出现了上呼吸道感染和持续咳嗽等症状。
气候环境和不间断的战斗，也使士兵身上的军服磨损严重。大多数人身上的制服都残破不全。许多人脚上的军靴或鞋子都不见了。
大部分美国人对于他们这种毫无希望的处境并不完全了解。许多人以为援军正在途中，前景还是乐观的。如果他们了解到事实的真相，他们肯定会陷于彻底的绝望和崩溃之中。
麦克阿瑟深陷于内心的痛苦挣扎之中，如何执行他的最高统帅的命令？怎样面对他对他的士兵所承担的义务和责任？在与最亲近的副官等磋商后，麦克阿瑟对科雷吉多尔岛和巴丹半岛的防御进行了改组，制定了启程离开的计划。3月11日夜间，他带着为数不多的几名普通参谋人员，分别登上四艘巡逻鱼雷快艇向棉兰老岛方向驶去，他留给官兵们的许诺是：“我会回来的。”
既要躲避日本舰船的搜寻，又要提防日本飞机的袭扰，经过三天紧张疲惫、痛苦伤心的日夜兼程后，麦克阿瑟一行人在午夜时分抵达棉兰老岛。在那里，他和他的随行参谋登上一架美国飞机，前往澳大利亚。麦克阿瑟的出走，标志着菲律宾守卫者末日的降临。
3月15日夜，日本人发起一轮全方位的炮火覆盖攻势，对美国-菲律宾军队的最后防线展开冲击。3月20日，根据罗斯福总统的命令，乔纳森·温赖特将军成为菲律宾地区全部美国武装部队的指挥官。次日，温赖特将他的司令部移至科雷吉多尔岛，并下令由埃德·金将军指挥吕宋岛上的美国-菲律宾联合部队。
日本人现在已经获悉麦克阿瑟溜走了，他们向巴丹半岛和科雷吉多尔岛遍撒传单，称将会善待那些放下武器的投降者，并且讽刺麦克阿瑟从菲律宾“狼狈逃离”，他只顾保命而将自己的部下“抛向饥饿和死亡”的深渊。具有讽刺意味的是，美国人以一种轻松心态对待了日本人的传单——他们把捡到的传单都当手纸用了。
到3月底，日本人开始通过无线电广播来强化他们的宣传攻势，美国部队同时也收听到美国的广播，麦克阿瑟亲自通过电波信誓旦旦地保证：“美国的援兵就要到了，数以千计的军队和上百架飞机正在调遣之中。”
但愿这是真的……援兵即将抵达的消息化作守卫者热切的期盼。但是到了4月1日，所有迹象均表明那仅是一场无果的等待，不会有新的补给运抵，不会有援军出现。
三个月的丛林作战、忍饥挨饿和病患，严重削弱了部队的实力。4月的第一周，守军士兵中能够有效作战者仅剩下三成。在基地和野战医院里的病患数目，已膨胀到1.2万人。因疾病而死亡的美菲联军士兵数目，超过了作战中的阵亡人数。
1942年4月2日，伴随大规模空袭和炮火轰击，日本人拉开了他们最后攻势的帷幕。本间雅晴不顾一切地要夺取最后的胜利。本间的目标很明确，剿灭任何残存的抵抗行动。
在离开之前，麦克阿瑟曾对温赖特做出过指示，即使部队面临弹尽粮绝的境地，也要保持勇猛战斗的态势，尽可能多地杀死日本士兵。富兰克林·德拉诺·罗斯福总统早在2月间就下达了“不准投降”的命令，如此看来，这道命令的准确含义，实际上就是“战斗到底”。
没有食品，没有药品，没有弹药，却要面对装备精良、供给充足的敌人生力军，显而易见，执行这道命令的结果，只会是一场毁灭。
滞留在菲律宾群岛的高级指挥官现在面临两个选择：接受毁灭或考虑投降。埃德·金将军负责指挥巴丹半岛上的美国和菲律宾部队。金认为，鉴于当前的局势，除了投降之外，别无选择。他用无线电联络温赖特将军请求指示。乔纳森·温赖特的回答则是一道直截了当的命令：“反攻！”
埃德·金将军指挥所
菲律宾，巴丹半岛
1942年4月8日
当地时间：9时00分
病痛折磨，身心俱疲，沮丧消沉的埃德·金将军决定不理睬上级长官那道不可能的“反攻”命令，开始与日本指挥官接触，谈判结束战斗的事宜。4月7日午夜，埃德·金将自己的决定向他的参谋人员做了通报，金将军内心十分清楚，这纯属他个人的擅自行动。在他的军官中，有几位闻之不禁潸然泪下。
4月8日拂晓，在破坏了保密装置并销毁机密文件，目送逃往科雷吉多尔岛的12名护士和大约2000名士兵离开之后，埃德·金将军派遣他的两名参谋军官，带着一条脏兮兮的床单勉强充作休战白旗，站在了美军防线阵地的前沿。两位美国军官被护送至距离最近的日军师团指挥官长野将军的指挥所。随着“安全通过”得到确认，埃德·金前来与日本将军会晤。由于长野不懂英语，他的副手川岛大佐充当了译员。
日本人认为，埃德·金将军只不过是温赖特将军派来的一名“传话使节”，因此拒绝同他讨论投降的条件。但是金向长野表明，他是在谈判他自己手下人的投降事宜，并不代表滞留在菲律宾群岛的部队总指挥官乔纳森·温赖特将军。
仅仅是巴丹半岛上的金的部队——那些依旧坚守科雷吉多尔岛的部队并不在内——无条件投降，日本人虽然不情愿，但还是勉强接受了。最后埃德·金被要求交出他的佩剑——对于日本人而言，这是一个极具重要意义的举动。金不得不承认，他把他的礼仪军刀遗忘在马尼拉了。作为替代品，金将随身佩带的点45口径“柯尔特”式自动手枪掏了出来，放在了桌子上。
现在，埃德·金将军已经正式交出了他的部队，总共6.6万名菲律宾人和1.2万名美国人。金相信，他的谈判投降，避免了一场血腥大屠杀。这次投降，堪称美国历史上陆军分遣部队向外国对手缴枪的规模数量之最。与金的投降可以相提并论的，只有美国南北战争时期李将军[14]率军投降事件，巧合的是，那次发生在阿波马托克斯的投降行动，也是1865年的这一天。
战俘纵队
菲律宾，巴丹半岛
1942年4月8日
当地时间：17时00分
到这天下午4时，埃德·金将军麾下部队的投降行动开始了。驻守在巴丹防御阵地沿线的全部美国人和他们的菲律宾盟友，先后放下手中的武器，按照日本士兵的命令，美菲联军士兵以每百人为一组，形成一个庞大的“组群”，排成一连串的长长的纵队离开公路大道，在泥泞的丛林中循路而行。征服者很快就露出了真面目，表明他们没有任何要遵守关于给予战俘待遇的文明规范标准的意图
至于本间雅晴将军，他则是遇到了一个无法解决的难题。对于如何处理为数如此多的战俘，他是一点主意也想不出来。东京给他的指令，仅是如何处置和分配2.5万名战俘的额度，然而他现在的俘虏数量超过了7.8万名。这着实让他感到非常头痛。现在，他自己的军队在食物、饮水、医疗用品和交通运输工具方面的供应已经很紧张，怎么可能照顾如此数量的战俘呢？最让本间感到麻烦的是，在行动时间上，他目前已滞后于东京战争计划进度表达五个月之多。
本间想出了一个“完美的”解决方案。这些投降的美菲联军士兵抵达设置在距此地65英里至85英里处的战俘营的时候，战俘数量必须要减少——大幅度的减少。
实施暴行的场景已经演练就绪。美国和菲律宾战俘开始了向战俘营的长途跋涉，在这段旅程中，将上演一场令人毛骨悚然的、大规模任意屠杀的丑剧。
这一场充斥着痛苦磨难的65英里跋涉，后来被称为“巴丹死亡行军”。它所呈现在世人眼前的惨景，堪称是人类历史上所有的战争过程中最为黑暗的章节之一。当这些放下武器的士兵在潮湿泥泞的丛林小径上，向囚禁他们的地方挣扎跋涉的时候，尚且不知道美国陆军部长亨利·史汀生在讨论美国政府无力解救他们的问题时，说过的话：“有些时候，人是必须要去死的。”
