泰昌元年明光宗死后，明熹宗作为太子当立。抚养他的李选侍与心腹宦官魏进忠想利用熹宗年幼的机会把持政权，但乾清宫朝臣杨涟、左光斗等不让李选侍与熹宗同居一宫，迫使其迁至哕鸾宫，然后引太子还乾清宫举行即位仪式。此案中又牵扯到明光宗。
明光宗的宠妃李选侍本来是郑贵妃宫里的一名侍女，后来在郑贵妃的训练之下成为一名出色的美女。郑贵妃为了讨好光宗，便将李选侍连同其他七位美女一同送给了光宗朱常洛。希望有朝一日这些美女获得光宗的宠爱，自己也好利用她们从中谋利。
李选侍入宫之后，很快讨得了朱常洛的欢心。在宫里的地位迅速上升，很快爬到了仅次于皇后的位子，并且还负责抚养皇太子朱由校，她的地位由此更加特殊，几乎掌握了后宫的实权。而且她还同郑贵妃保持着密切的联系，李选侍极力地想通过郑贵妃的力量坐上皇后宝座，郑贵妃则想利用李选侍在皇帝面前说话方便的机会，帮她完成做皇太后的梦想。两人心照不宣地合作着。
明光宗于公元1620年8月病死后，明熹宗朱由校被宣布即帝位，但是抚养朱由校的皇妃李选侍以明熹宗生母早逝为由，将熹宗扣留。群臣非常着急，纷纷上书请李选侍放还熹宗。但是李选侍根本不听，仍旧将新皇扣留，幸亏太监王安从大局出发，将皇子骗了出来，交给了群臣。
李选侍见此，就赖在乾清宫不走，以此要挟群臣给她皇太后的封号。按古制皇帝即位后，应该立即迁入乾清宫居住，但是无人奈何得了李选侍。劝李移宫的奏章如雪片飞来，李选侍根本不理。群臣终于被激怒了，杨涟代表众大臣向李选侍下达最后通牒，让她即日离宫，新皇朱由校也下旨，让李选侍移宫，加上大太监王安对李选侍百般威吓，李选侍只好带宫女灰溜溜地迁出了乾清宫。
李选侍是否受到郑贵妃的幕后主使无从知晓，但是其意图很明显，就是要通过控制皇太子朱由校来操纵整个朝政，无奈最终失败。
明熹宗：木匠皇帝与魏忠贤专权
明熹宗朱由校经过“移宫案”的风波，为群臣拥立继位。明熹宗即位后令东林党人主掌内阁、都察院及六部。杨涟、左光斗、赵南星、高攀龙等许多正直之士在朝中担任重要职务，方从哲等奸臣已逐渐被排挤出去，吏治稍显清明。
在东林党人的辅佐下，朱由校在位初期迅速提拔袁崇焕。公元1622年，明熹宗下诏为张居正平反，录方孝孺遗嗣，优恤元勋，给予祭葬及谥号。在澳门问题上，熹宗态度强硬，还与荷兰殖民者两次在澎湖交战，并且获胜。然而，这时的后宫之中，两颗毒瘤正在悄悄地生长：魏忠贤与客氏。
魏忠贤原为一市井无赖，大字不识，却善于钻营，很快攀上了大太监王安的关系，并结识了当时还是皇太孙的天启帝朱由校，朱由校继位后，魏忠贤的地位自然直线上升，升任司礼秉笔太监。客氏是天启帝朱由校的奶妈，本性奸诈而贪权，客、魏两人很快结成了同盟，成为了后宫不可一世的力量。王安等太监在后宫逐渐被排挤，客、魏的权力覆盖了整个后宫。但魏忠贤并不满足，决心成为权倾朝野、名副其实的大太监。
一方面，魏忠贤引诱朱由校玩乐，使朱由校整日沉浸在木工活之中。另一方面，魏忠贤与朝堂上的一些文臣，如崔呈秀之流相勾结，排挤东林党人，逐渐掌握了内阁和六部。魏忠贤常常趁朱由校在专心制作木器时启奏，这时天启帝总是厌烦地说：“朕知道了，你去照章办理就是了。”就这样，魏忠贤据此滥行赐赏，大施刑罚，造成空前的宦官专政。
天启五、六年间，魏忠贤屡兴大狱，诬杀东林党人杨涟、左光斗、魏大中等，并毁天下东林书院。凡正直的大臣，都被以东林党的罪名惨遭横祸，东林党人被贬、被杀不计其数，其中最著名的当属杨涟、左光斗为首的东林六君子。
以魏忠贤为首的阉党不仅残酷地排除异己，而且加深了对百姓的盘剥，使得民不聊生，政治极度黑暗。其时，国内土地兼并剧烈，苛捐杂税繁重，各种社会矛盾激化，这必然导致了人民的反抗。
天启元年，白莲教在山东揭竿而起，奢崇明、安邦彦起事于西南。天启七年，国内还爆发了山东的徐鸿儒起义和陕西的王二之起义。
明熹宗不但面临内忧，还有外患。山海关外，女真政权步步紧逼。明熹宗优柔寡断，又听信阉党的操控，冤杀守将、革除忠良，致使辽东战局陷于重重危机。同时，荷兰人于公元1624年登上台湾岛，大明王朝很快又失去了台湾。
内忧外患的时期。明熹宗却不务正业，不听先贤教诲去“祖法尧舜，宪章文武”，还是一心沉迷于自己深爱的木匠活中。整天与斧子、锯子、刨子打交道，只知道制作木器，盖小宫殿，将国家大事抛在脑后不顾，成了名副其实的“木匠皇帝”。
明熹宗醉心于木工、建筑中，对于国家大事无暇过问。更把国家公务大事一概交给了宦官魏忠贤，致使魏忠贤借机排斥异己、扩充势力、专权误国。而朱由校却耳无所闻、目无所见。可叹他是一名出色的工匠，却使大明王朝在他的这双手上摇摇欲坠。
明熹宗就是将这样一个烂摊子留给了继位的弟弟崇祯皇帝。在他弥留之时，还不忘叮嘱崇祯帝要重用魏忠贤。然而，志在振兴的崇祯在三个月后就铲除了这个国家大害。
纵观明熹宗的一生，固然荒唐昏聩，究竟是一个欠教育的顽童行径，而不能算是恶人。造成这样悲惨、可笑之人的始作俑者，应当是朱由校的祖父万历皇帝。因为万历皇帝不喜长子，所以不关心长子朱常洛的教育，更一心想废黜他。长子自身难保，自然导致长孙朱由校的教育更被忽视，乃至熹宗继位时文化程度很低，大字不识几个，遑论朝政，被称为“文盲皇帝”。
明思宗：纵有大志，无力回天
明思宗朱由检是明熹宗朱由校的弟弟，公元1622年被册封为信王。由于明熹宗没有子嗣，朱由检受遗命于同月丁巳日继承皇位，他就是崇祯皇帝。
崇祯皇帝朱由检继位伊始就着手大力清除阉党。天启七年十一月，朱由检抓准时机铲除了魏忠贤的羽翼，使魏忠贤处于孤立无援的境地，然后一纸诏书贬魏忠贤凤阳守陵，旋即下令逮治。在其自缢而死后，下令磔尸于河间。此后，将阉党二百六十余人，或处死，或遣戍，或禁锢终身，使气焰嚣张的阉党受到致命打击。崇祯皇帝谈笑间铲除了魏忠贤集团，曾一度使明王朝有了中兴的可能。
当时的明王朝外有后金连连攻逼，内有农民起义军的烽火愈燃愈炽，而朝臣中门户之争不绝，疆场上则将骄兵惰。面对危机四伏的政局，朱由检殷殷求治。每逢经筵，恭听阐释经典，毫无倦意；召对廷臣，探求治国方策；勤于政务，事必躬亲。同时，他平反冤狱，起用天启年间被罢黜的官员；全面考核官员，禁朋党，力戒廷臣交结宦官；整饬边政，以袁崇焕为兵部尚书，赐尚方剑，托付其收复全辽重任。与崇祯前两朝相较，朝政有了明显改观。
朱由检求治心切，很想有所作为。但因矛盾丛集、积弊深重，无法在短期内使政局根本好转。朱由检性刚愎自用，急躁多疑，又急于求成，因此在朝政中屡铸大错。
在与后金战争的紧要关头，朱由检中了后金皇太极的反间计，冤杀明朝忠臣袁崇焕，使辽东防卫几近崩溃。他又增加赋税，增调重兵全力防范雄居东北的后金政权和镇压李自成、张献忠领导的农民军。
因对外廷大臣不满，朱由检在清除魏忠贤为首的阉党后，又重用另一批宦官，给予宦官行使监军和提督京营大权。大批宦官被派往地方重镇，凌驾于地方督抚之上。甚至派宦官总理户、工二部，而将户、工部尚书搁置一旁，致使宦官权力日益膨胀，统治集团矛盾日益加剧。无奈中，他不断反省，四下罪己诏，减膳撤乐，但终无法挽救明王朝于危亡。
公元1644年，明王朝面临灭顶之灾。明军在与农民起义军和清军的两线战斗中屡战屡败，已完全丧失战斗力。3月17日，农民起义军围攻京城。18日晚，朱由检与贴身太监王承恩登上煤山（也称万寿山，今北京市景山），远望着城外和彰义门一带的连天烽火，只是哀声长叹，徘徊无语。
回宫后，朱由检写下诏书，命成国公朱纯臣统领诸军和辅助太子朱慈良。又命周皇后、袁贵妃和三个儿子入宫，简单叮嘱了儿子们几句，命太监将他们分别送往外戚家避藏。他又哭着对周皇后说：“你是国母，理应殉国。”周皇后也哭着说：“妾跟从你十八年，陛下没有听过妾一句话，以致有今日。现在陛下命妾死，妾怎么敢不死？”说完解带自缢而亡。朱由检转身对袁贵妃说：“你也随皇后去吧！”袁贵妃哭着拜别，也自缢。朱由检忙又召来十五岁的长公主，流着泪说：“你为什么要降生到帝王家来啊！”说完左袖遮脸，右手拔出刀来砍中了她的左臂，接着又砍伤她的右肩，她昏死了过去。朱由检又砍死了妃嫔数人，并命令左右去催张皇后自尽。张皇后隔帘对朱由检拜了几拜，自缢身亡。
19日凌晨，李自成起义军从彰义门杀入北京城。朱由检咬破手指写了一道给李自成的血书，说自己所以有今天，都是被臣下所误，现在死了也无脸到地下见列祖列宗，只有取下皇冠，披发遮面，任你们分割尸身，只是不要去伤害百姓。他将血书藏入衣襟，登上煤山，自缢于寿皇亭。太监王承恩也在对面树上自缢而死。明朝就此告亡。
清朝编纂的《明史》也评价他：兢兢业业，勤勉勤俭。崇祯的一生可以说充满了悲剧色彩，他拥有极强的政治手腕，心思缜密、果断干练，并且精力充沛，几乎拥有历史上所有明君的特征。崇祯的是非功过充满争议，是中国历史上最具悲剧色彩的皇帝之一：“无力回天”这四个字，可以概括崇祯的一生。
