自然生殖的性别比例控制于大自然之手，由于性染色体结合的机会均等，男女性比是自然平衡的。利用克隆技术，凡是来源于男性的细胞核的胚胎必定发育成男孩，来源于女性的体细胞的胚胎必定发育成女孩，后代性别的控制权就掌握在人自己的手中。一旦男女性比出现大规模失衡，传统的一夫一妻的婚姻、家庭、社会规模必然动摇。
克隆人技术具有潜在的试验性危险，它可能伤害试验对象，使克隆人出现由于基因缺损而导致的畸形和缺陷，违背关于人体实验的伦理学原则。
克隆人是对生物多样性的挑战，会极大地破坏人类基因的多样性。由于没有父母双方遗传基因相混合，单靠体细胞无性繁殖，质量根本无法超过母体，这将导致整个人类物种的退化。克隆技术如果与优生思潮结合，将导致基因歧视泛滥。这种比种族和性别歧视还可怕的歧视，是与人人生来平等的人类文明趋势背道而驰的。从社会伦理的角度来看，用克隆技术培育具有特定生理性状的人，对作为自然界长期发展产物的人类发展是一种强制性的干预，这种干预完全有可能影响人类的人种自然构成及人类的自然发展。被克隆出来的人，其出现性状不是自然产生的，而是受控制形成的，因此，克隆人的心态往往可能是被扭曲的非正常心态，其悲观心理和宿命论思想较为浓厚。克隆人往往是某种目的产物，因此，他们会有强烈的社会工具感，乃至产生逆反的复仇心理。无论如何，克隆人也是人，他们也有做人的尊严，需要别人的尊重和公平的对待，而不应受到伤害。人都是由其本身的价值而存在，并不是为任何目的而存在的。
有人提出，从政治角度，克隆人的出现可能使人类自身的安全受到威胁；从经济角度，克隆人可能使人的生产劳动发生畸型分化，如让克隆人当奴佣以及作为人的工具使用，这种劳动力畸型分化出现之日，也就是新的反抗和报复萌生之时；从人类学角度，由于克隆人的出现，人类将不得不面对把人分为普通人和克隆人的严酷事实，在协调和处理人际关系上耗费大量精力，惹出无数麻烦，特别是原型与克隆体之间的关系尤为棘手；从法律角度来看，克隆人的出现，就会产生遗传被他人盗版的问题，对某些犯罪的认定就会出现困难，假如原版人犯罪说是克隆人干的，就会增加司法机关工作的难度甚至是一筹莫展。同时克隆人还可能带来法律地位、继承权争议等一系列节外生枝的问题。
围绕克隆人问题的种种争论，反对意见正如支持意见一样，大多是站在某一功利层面为自己辩护。其实，问题的实质在于克隆人违背了自然的本质，它把神圣的人降格为物，从而使人成为技术操纵的对象以及可以在流水线上大量复制的产品，损害了人的独特性。美国生命伦理学家克拉汉说“：人有权利去拥有自己独特的基因身份。克隆会侵犯这个权利。”人类生命最令人惊异的一件事就是：不会有另一个完全相同的人曾经或将要存在。人类的奥秘在于个体的独特性，个体的尊严与价值亦在于此。人类整体的丰茂也建立于独特性之上的多样性，每一次男女交配，就使基因获得混合重组的机会（犹如洗纸牌），产生出一个簇新的、前所未有的基因载体，提供了人类基因繁多参差的可能。当然人的独特性不仅来自他的独特基因，但除去独特的基因，人发挥他的独特性的能力便会受到很大的限制；一组独特的基因赋予人不可预测性，令他可以自由发展自己的潜能、完成自己的命运，这是人的自由、尊严与价值所在。克隆人对人类最大的威胁是剥夺人的独特，把人视为一堆可以任意复制的基因物质，克隆人不仅直接损害人的尊严与价值，若普遍使用，它更会减低人类基因的多样性，直接威胁人类生存的机会。我们可以这样理解克隆人：在一个生命出现的过程中，一个存在的人，通过科技的力量、运用权利，把一种特定的生命强加于尚未存在的人身上。这个过程意图预定某个体的命运，剥夺了他（她）的自由，使之成为满足另一个体欲念的工具。这便是尖端科技带给人类的噩梦。
在这场围绕克隆人的争论中，人们比较多地是争论要不要、该不该允许克隆人，关注的只是克隆技术能否用于人，而不是“人”的本质。有些科学家比较清醒地提出了：所谓克隆出来的究竟是不是“人”？因为他们想到了人是社会的、文化的、历史的动物。严格说来，每一个人都是独一无二的、不可复制的，也就是说，种种社会的、文化的、历史的因素，恰恰是无法从技术上克隆出来的。已故的著名科普作家阿西莫夫（I．Asimv）认为，人们既不用把无性生殖看作是人类通向长生不老的大门，也不用害怕无性生殖会造出一批社会蠢货。如果人的无性生殖成功的话，那么“，你的无性系只是与你一模一样的孪生兄弟而已，你的无性系并不赋有你的意识，如果你死了，你就死了，你并不能在你的无性系里继续活下去。”天才人物的复制，即使成功，“复制品”所处的环境、社会压力、机会、社会伦理价值等等，绝对不会与原来的单亲体完全一样。因为个人并非完全由其基因所决定，家庭、文化和社会环境在一个人个性特征的形成过程中具有强大的“人性化”的影响力。两个相隔几十年克隆出生的人在心理上同在一个家庭中成长起来的双胞胎肯定会有很大不同。这表明谈论克隆人的问题时，真正的难点在于：如何确定通过技术复制出来的生命个体的社会属性？他在什么条件下和在什么意义上是一个现实的、完整意义的人，从而享有人的权利和责任？而在什么条件下和在什么意义上并非如此？这是一个曾经遇到过的问题（如关于堕胎不算杀人），却从未在哲学和伦理学意义上给以全面回答。而这个问题比其他问题更具有前提性的、根本的、普遍的意义，也是这场争论的关键之所在。有鉴于此，有的学者曾建议：不妨在“克隆人”这个提法上加上一个“体”字，暂时叫作“克隆人体”，以示从自然生命的“人体”到完整的现实的“人”之间，客观上有一个社会发生的过程，主观上也有一个需要重新审视的界定问题。一个（自然的或人工的）个体人的生命的萌芽，从何时起、在何种情况下成为享有社会权利的个人？这个问题尚需经过研究以确定其界限、得到共识，然后才能作出进一步的道德判断。由此看来，关于克隆人的争论，并不仅仅是哲学和伦理学要为某一科技行为立法和立什么法的争论，而是首先要对自己全部学说的前提——“人”的观念进行反思和批判的讨论。
克隆技术作为当代高新技术，它的应用有重大的社会意义，包括可能导致社会关系的重新调整，并提出新的伦理要求。美国生殖研究的先驱加里·霍金博士提出一种称为“双基检验法的简单规则”的伦理标准。它包括每次实验前问两个问题：第一，该实验会满足病人或其家庭的一个未得到满足的需要吗？第二，它对社会有害还是有益？我们试用这种规则评价“性别鉴别和选择”，发现这样做可以选择婴儿的性别，但可能导致男女性别失衡。按照上述规则，这样做是不符合道德的，人们不能这样做。因为这样做无法通过第二个问题的检验“：如果我认为男女平等的话，那么我不能动用这宝贵的医学资源。”这里，科学家要用良知指导自己的行为，如果社会反对他们的道德选择，那么，就要放弃这种选择，否则社会就会予以惩戒。这同样也适用于克隆人的道德评价。克隆技术作为新的生殖技术，仅在用于治疗不育症或遗传性疾病这种特殊情况时，才是正当的。克隆技术有可能向着异化的方向发展，使之被滥用来为统治他人、剥削他人、损害他人的利益服务，用来作为谋取个人利益的工具，这是不道德的行为。
但是，我们不能因克隆技术可能被滥用而禁止它，要禁止的只是对它的滥用。这是社会的责任。在这里，克隆技术应用的伦理原则是：当它为许多人增进利益，促进生命发展，同时并不损害他人的利益，不对生命造成损害时，这种行为是符合道德的；如果它虽然为一些人增进利益，但是同时损害他人的利益，或者对生命造成损害时，那么这种行为是不道德的。与其说“克隆人是生物原子弹”，还不如说是“伦理炸弹”，因为对克隆人的一切担忧和恐惧，都源于对由此引致的伦理混淆或颠倒。当前，人类面对克隆人的潜在威胁，只是简单地退到了行政干预和法律这道屏障后面。须知，世界上任何一部最完备的法律都有空子可钻，因此必须加强人文思考和伦理研究，让克隆技术在伦理规范面前曝曝光，以使全人类和全社会对克隆技术建立起现代化的伦理规范和社会规范，进而建立起法律规范，并实施这些规范，以便充分发挥克隆技术的潜力，使之服务于社会，服务于人类。同时正确处理克隆技术引发的伦理纠纷，合理调节各种利益关系，制约和禁止不道德或违法的行为。这对促进克隆技术的健康发展是十分必要的。
