（一）有关参驳部分《诸司职掌》定曰：“候（刑部或都察院）三次改拟不当，照例将当该吏具奏送问。”这项规定在正统至弘治年间即少有事例。正德以后，更是鲜见施行。按刑部或都察院均为正二品衙门，大理寺为正三品衙门，以正三品衙门的地位参劾正二品衙门认事用法不当，实有其困难之处。嘉靖年间大理寺卿刘玉即曰：
法司所以专理刑名，至于大理寺，职司参驳，关系尤重。凡任两寺官，非精律例，见出原问官1之上，何评其轻重，服其心乎？近见两寺官，其间历年既久，谙谏事体，尽心职业者固多；亦有初入仕途，律之名例尚未通晓，即欲断按庶狱，未免有差。原问官因得指摘罅漏，借为口实。至于参驳，本寺亦不降心听从，辄逞雄辩，往复数次，淹累囚众。至不得已，只得将就允行。亦有彼此腾谤，遂相挤陷，本5公务，反成私隙，以致刑狱不清，多此故也。
（二）有关“番异”、“调问”部分《诸司职掌》规定，囚人告诉冤枉，一次番异时，大理寺2审（会审）相同后，行移隔别衙门再问。二次番异时，大理寺会同各衙门堂上官2审（会审）后，奏闻皇帝裁决。但《大明会典》则定曰：“（凡两法司发审罪囚，）其或情词有异，议拟未当，囚犯番异，文移舛错，……候（大理寺）2审相同，或参驳，或调问。”依《诸司职掌》规定，大理寺仅为调问。但依《大明会典》规定，大理寺得或为参驳，或为调问。
正德初年以后，因大理寺审理京师案件时，人犯俱不到寺，大理寺之审理系书面审理，而非言词审理。有关“番异”、“二次番异”的规定，已无适用可能。大理寺虽仍有“调问”一事，但并非因人犯番异而起。
（三）有关各衙门堂上官2审部分《诸司职掌》定曰：“若二次番异者，再取本囚供状在官，照例具奏，会同六部、都察院、通政司等衙门堂上官1审，回奏施行。”前已言之，正德初年以后，因大理寺审理京师案件时，人犯俱不到寺，大理寺之审理系书面审理，而非言词审理。有关“番异”、“二次番异”的规定，已无适用可能。
又《大明会典》定曰：“凡发审罪囚，有事情重大，执词称冤，不肯服辩者，（大理寺）具由奏请，会同刑部、都察院或锦衣衙堂上官，于京畿道问理。”
因正德初年以后，人犯俱不到寺，故本项规定所称“执词称冤，不肯服辩”系人犯在刑部初审时所为。遇有此种情形时，大理寺得具由奏请实行三法司会审。由本项规定可以证明，所谓“各衙门堂上官2审”一项规定，根本是具文。
明代正德以后，大理寺的职权渐不受刑部及都察院尊重，大理寺对于这种情形亦莫可奈何，大理寺官1往往屈从刑部定拟之判决意见。嘉靖四十二年（１５６３）四月，刑科都给事中李瑜纠大理失平反之职，言：属者刑部开送囚数，动计五百余人，岂皆情罪允当无一可议者乎？
抑犹有过犯由于灾眚，而情法属于可疑者乎？臣等看详章奏，多称冤抑，间尝随时抄发，未见该部一为议行。国家设大理寺以审谳，盖付之以天下之平也。近闻该寺谳囚，非不间有参驳，苟见该部执拗，即以无词复之。甚至狱词已付廷评，而该部意有出入，辄复追改，寺臣亦径从之。
五内阁始终不是典制下的丞相机关，无法制衡皇帝的最高司法审判权明太祖为彻底废除丞相制度，预防后代子孙复置丞相，洪武二十八年（１３９５）敕谕群臣曰：“以后嗣君并不许立丞相，臣下敢有奏请设立者，文武群臣即时劾奏，处以重刑。”因为有明太祖这项敕谕，所以有明一代始终未复置丞相，但国家政务繁钜，皇帝必须有人协助处理政务，皇帝只好另设机关及官1协助处理政务。明宣宗以后，内阁逐渐类似中书省，内阁大学士逐渐类似左右丞相。明代内阁大学士虽无丞相之名，却有丞相之实。有明一代，内阁始终不是典制下的丞相机关，各部院不是内阁的下级机关。各部院各自行使职权，各部院大臣各自向皇帝负责。
明代内阁不是典制下的丞相机关，内阁大学士也不是典制下的丞相。
所谓“典制”是指“典章制度”，也就是“祖宗法”。“非典制下的”这项性质，成了内阁及内阁大学士的致命伤，内阁的首辅很容易因此招致政敌的攻击。
明世宗朝，杨继盛奏劾权相严嵩即曰：
高皇帝罢丞相，设立殿阁之臣，备顾问、视制草而已，嵩乃俨然以丞相自居。凡府部题复，先面白而后草奏。百官请命，奔走直房如市。无丞相名，而有丞相权。天下知有嵩，不知有陛下。是坏祖宗之成法。大罪一也。
明神宗朝，刘台上书论劾辅臣张居正“擅作威祖，蔑祖宗法”。刘台曰：
臣闻进言者皆望陛下以尧、舜，而不闻责辅以皋、夔。何者？陛下有纳谏之明，而辅臣无容言之量也。高皇帝鉴前代之失，不设丞相，事归部院，势不相摄，而职易称。文皇帝始置内阁，参预机务。其时官阶未峻，无专肆之萌。二百年来，即有擅作威福者，尚惴惴然避宰相之名而不敢居，以祖宗之法在也。乃大学士张居正偃然以相自处，自高拱被逐，擅威福者三四年矣。谏官因事论及，必曰：“吾守祖宗法。”臣请即以祖宗法正之。
杨继盛劾严嵩的第一项大罪是“坏祖宗之成法”。刘台劾张居正的罪名是“偃然以相自处”，“蔑祖宗法”。杨继盛的劾严嵩及刘台的劾张居正，就法言法，是站得住的。内阁大学士不是典制下的丞相，这注定了内阁大学士难脱“名不正，言不顺”的窘境。
在司法审判上，内阁大学士虽有票拟权，得参与司法审判。但所有有关司法审判的题本，必须先送司礼监，由司礼监送皇帝裁决。皇帝或亲批，或授权司礼监太监代表皇帝批朱。内阁大学士的票拟权无法制衡皇帝的批朱权。黄宗羲曰：“有明之无善治，自高皇帝罢丞相始也。”在司法审判上，黄宗羲的评语也可以套用。
六司礼监常获皇帝授权，得代理皇帝批朱，裁决司法案件，是明代司法制度的重大弊病洪武时期司礼监的职掌为宫廷礼仪等事项，并无特殊重要之职掌。宣德以后，司礼监大受亲信。司礼监的职掌由宫廷礼仪转为处理章奏及代为批朱，这是明代政治制度的重大弊病，也是明代司法制度的重大弊病。司礼监太监是皇帝的亲信，替皇帝处理政务，替皇帝批朱。《明史·职官志》即曰：“凡内官，司礼监掌印（太监），权如外廷元辅（指首席内阁大学士）；掌东厂（太监），权如总宪（指左都御史）。秉笔、随堂视众辅（指内阁大学士）。”司礼监太监有宰相之实，权势显赫，可以说是“一人之下，万人之上”。
司礼监对三法司的司法审判影响颇巨，尤以正德以后为然。明熹宗时，朱国弼即上疏直言：“朝廷之设三法司也，原以伸冤理枉，持天下之平。自忠贤当权，而三法司又为忠贤颐指气使之衙门也。”
司礼监与内阁共同协助皇帝处理政务，司礼监主内，内阁主外，两者都是皇帝的秘书机关。但内阁只有票拟权，司礼监有批朱权。批朱权是皇帝裁决国家政务（含司法审判）的最高权力，司礼监行使批朱权是得到皇帝授权的，是代表皇帝行使的。批朱权当然压倒票拟权，内阁亦不得不受制于司礼监，内阁大学士亦不得不听命于司礼监太监。
《明史·职官志》曰：“凡内官司礼掌印（太监），权如外廷元辅（指首辅），掌东厂（太监），权如总宪（指左都御史）。秉笔、随堂视众辅（指内阁大学士）。”事实上，多数时候，司礼监太监的权力大于内阁大学士，司礼监的权力大于内阁。即使是明代最有权力的权相张居正，也必须争取司礼监太监冯保的支持。黄宗羲即认为明代太监有宰相之实，黄宗羲曰：
吾以谓有宰相之实者，今之宫奴也。盖大权不能无所寄；彼宫奴者，见宰相之政事坠地不收，从而设为科条，增其职掌，生杀予夺，出自宰相者，次第而尽归焉。
黄宗羲甚至认为宰相和六部官1只是太监的奉行之1，黄宗羲曰：
奄宦之祸，历汉、唐、宋而相寻无已，然未有若有明之为烈也。汉、唐、宋，有干与朝政之奄宦，无奉行奄宦之朝政。今夫宰相六部，朝政所自出也；而本章之批答，先有口传，后有票拟；天下之财赋，先内库而后太仓；天下之刑狱，先东厂而后法司；其它无不皆然。则是宰相六部，为奄宦奉行之1而已。
七东厂及锦衣卫系侦缉衙门，均得参与司法审判，侵夺三法司的司法审判权明代法定的中央司法机关是三法司（刑部、都察院、大理寺），但在三法司之外，明代皇帝大多宠信东厂及锦衣卫，厂卫为皇帝侦防一切，有权逮捕拘禁、侦讯、审判以及执行刑罚。东厂及锦衣卫是明代司法制度的两项弊病。《明史·刑法志》即曰：“刑法有创之自明，不衷古制者：廷杖、东西厂、锦衣卫、镇抚司狱是已。是数者，杀人至惨，而不丽于法。踵而行之，至末造而极。举朝野命，一听之武夫宦竖之手，良可叹也。”
京师或直省的一切情节重大案件，案件的前段由东厂或锦衣卫审讯，案件的中段由三法司拟罪，案件的后段由司礼监批朱。司礼监与厂卫关系密切，审理情节重大案件时，司礼监与厂卫常是同一立场的，三个机关，上下联手，制造冤狱，迫害忠良，而皇帝也常利用司礼监与厂卫打击政治反对势力。
在这种情形之下，明代司法审判制度的败坏，也就可见一斑了。
有明一代，厂卫荼毒官民，横行不法，朝臣亦有直言指斥者。隆庆年间的舒化和崇祯年间的刘宗周，可以作为代表。
隆庆初年，刑科给事中舒化言：
厂卫徼巡辇下，惟诘奸究、禁盗贼耳。驾驭百官，乃天子权，而纠察非法，则责在台谏，岂厂卫所得干？今命之刺访，将必开罗织之门，逞机阱之术，祸贻善类，使人人重足累息，何以为治？且厂卫非能自廉察，必属之番校，陛下不信大臣，反信若属耶？
隆庆中，舒化又言：
朝廷设立厂卫，原以捕盗、防奸细，非以察百官也。驾驭百官，乃天子之权；而奏劾诸司，责在台谏，朝廷自有公论。今以暗访之权归诸厂卫，万一人非正直，事出冤诬，是非颠倒，殃及善良，陛下何由知之？且朝廷既凭厂卫，厂卫必委之番役。此辈贪残，何所不至。人心忧危，众目睚眦，非盛世所宜有也。（上命付司知之。）
明思宗崇祯九年（１６３６），工部左侍郎刘宗周言：
厂卫司讥察，而告讦之风炽，诏狱及士绅，而堂廉之等夷。……三尺法不伸于司寇，而犯者日众。诏旨杂治五刑，岁躬断狱以数千，而好生之德意泯。
东厂与锦衣卫是侦缉衙门，侵夺三法司的司法审判权。又厂卫多与司礼监勾结串连，狼狈为奸。明代司法审判的败坏与政治的腐败，都与厂卫有关。故明人沈起堂谓：“明不亡于流寇，而亡于厂卫。”确属的论。
