至封建末世的清朝，其刑律修改之前，规定“凡严重犯罪，应立即处决的叫斩立决或绞立决；如危害性较小或有可疑者，可暂判斩监候或绞监候，缓期处决，延至秋天由刑部三法司或九卿会审复核”。与此相适应，《大清刑事民事诉讼法草案》对死刑的执行分别“立决”与“监候”两种情形处理。其第７９条规定，凡应处死刑者，“系立决者，专折奏交刑部核覆施行，俟奉旨后将该犯处决；系监候者，汇案奏交刑部核覆施行，俟奉旨后将该犯归入秋审，分别情实缓决办理。”但无论哪种情形，都要奉旨后办理，显示了最高统治者对生杀予夺的死刑执行权的直接影响与牢牢掌控。宣统二年十二月（１９１１年１月），中国近代第一部专门的刑法典《大清新刑律》公布。该律秉承“折衷各国大同之良规，兼采近世最新之学说，而仍不戾乎我国历代相沿之礼教民情”的修订宗旨，引进了西方、日本的近代刑罚制度，将刑罚划分为主刑与从刑，主刑有罚金、拘役、有期徒刑、无期徒刑和死刑。尤其引人瞩目的是，其正文中规定，死刑于狱内秘密绞杀。这与中国传统的对死刑犯狱外、公开行刑的制度形成了鲜明对比。
清代执行死刑，由省到县，大都在城外空旷之地，京师则在菜市口。死刑当众公开执行，本意在“示众以威，俾以怵目而警心”。但沈家本以为，这样做并不能达到“刑人于世，与众弃之”的目的。特别是京师菜市口，“决囚之际，不独民人任意喧呼拥挤，即外人亦诧为奇事，升屋聚观，偶语私讥，摄影而去。既属有乖政体，并恐别酿事端”。为此，他根据东西各国多数是秘密行刑的事实，建议变通行刑旧制，采用死刑秘密执行的办法：“京师处决重囚，别设刑场一所，筑屋数椽缭以墙垣，除监视官吏巡警、弁兵外，须由承审官许可，方准入场，其余无论何项人等，一概不准入视”；至于各省、府、厅、州、县，则“向有行刑之地，应即就原处，围造墙垣”，以最终达到“不令平民闻见为宗旨”。这既使得行刑严密，避免意外，也可使百姓“罕睹惨苦情状，足以养其仁爱之心”。显然，这种改革符合刑罚由野蛮向文明跃进的世界潮流，体现出沈家本的人道主义精神。为此，《大清刑事诉讼律草案》第４８４条第二款特别规定：“执行死刑，除经检察官或监狱署长之允许外，不得入行刑场”，但惜未颁行。
北洋政府的《刑事诉讼条例》则对其完全继承，第４９１条第二款规定：“执行死刑，除经检察官或监狱长官之许可者外，不得入行刑场内”。此规定当然有警戒防范之义，但更是对死刑秘密执行的落实，杜绝无关人员走近围观。徐朝阳曾对此评价道：“死刑公开执行，义取威吓，非惟无警戒效力，且足以助长残忍之风。故法取密行主义”。
根据修改后的新刑律，《大清刑事诉讼律草案》取消了“立决”与“监候”的死刑执行分类，并规定“论知死刑已确定后，指挥执行之检察官应速将文件送交法部”。因此，对于死刑案件，由大理院审理或复判，再经法部核定。死刑的执行须于具奏后，由总检察厅或地方检察厅执行。在死刑复核程序中，皇帝仍然握有最后决定权。为避免久不执行引起“徒耗国家之经费劳力，益增囚人之痛苦，且不免有危险事情”，草案规定：“接受法部执行死刑回报，应速执行之”（第４８３条），要求必须三日内执行。
至北洋时期，清廷的法部被司法部取而代之，死刑执行的核准权也相应为司法部所控。“论知死刑之判决确定后，检察官应速将该案卷宗送交司法部”（第４８９条），而执行时限则与清律相同，规定“死刑经司法部覆准后，于文到三日内执行之”（第４９０条）。
另外，清廷的刑诉律及北洋的条例都要求，死刑裁判执行时，应由检察官莅视，书记官在场，检察机关的法律监督作用在此又得以体现。
因这一时期学习日法正盛，使得死刑执行制度的规定与日本《明治刑事诉讼法》所定颇为相似。日法第３１８条即有规定：“死刑言渡之确定者，检事应速将诉讼记录差出于司法大臣。司法大臣既有执行死刑之命令，应于三日内执行之。”
（二）自由刑的执行
自由刑，即剥夺犯人自由的刑罚制度。在我国古代，很早就存在拘禁犯人身体、役使犯人劳役的“徒刑”刑罚制度。“徒者，奴也”，为此，徒刑又称为奴役刑。秦汉之时，徒刑之词已经出现。北周时期，徒刑制度被分为法定的五种，隋唐时期得以完善，后世一直沿用，但具体内容有所变化。一般情形下，“徒刑犯在当地服苦役，并不流配，但要由专管人员监督。宋朝徒刑犯有带桎梏服刑的制度，元朝改为徒刑犯带拷服役，明清两代也有类似制度”。清末至民初，自由刑主要在监狱执行。由于早在清末修律之前，清廷的狱政制度就已比较发达，监狱分类管理也已见雏形，加之这一时期对监狱及其管理的改革与完善，为此，清末民初的自由刑裁判的执行并无明显的设施上的困难。
古代监狱与刑罚的执行有一定联系，那时的监狱是暂时关押罪犯的地方，罪犯在刑罚执行前会在那里度日，但各国情形有所不同。
例如印度在奴隶制时期就没设监狱，因为那时监狱不认为是一种惩罚形式。到了封建制时才有监狱并将其建在路旁，以起儆百：“国王应该把所有的监狱都设在大路旁，以便将罪犯受苦和变成残废的情形示众”。相传中国在夏时就已有监狱。《今本竹书纪年》即有“夏帝芬三十六年圜土”之说。春秋后，另称监狱为“囹圄”、“狴犴”等，同时还对监狱管理制度作了一些规定。唐代是中国古代监狱的定型期，监狱被称为“狱”，监狱管理机构的设置、狱吏的编制和职责、囚犯须遵守的纪律等，都有了更加完备的规定。唐后的封建朝代先后改称监狱为“监”等，并在唐的基础上修革了一些监管制度。但总体上来看，“在西方近代资产阶级出现以前，监狱多作为关押未决犯的场所，那时并不存在作为惩罚和矫正手段的监狱，运用监狱对罪犯进行惩罚与改造的历史是从近代资产阶级开始的”。应当说，中国近代监狱制度是清末民初法律近代化的产物。这一时期，随着有别于传统刑事司法制度的新型刑法与刑事诉讼法的修定与颁行，西方与日本的监狱学及狱政管理制度也被中国引进与仿效。
清末，主持修律的沈家本针对过去监狱黑暗、狱吏凶残的情况，认为“刑罚与监狱相为表里”，一直将改良监狱作为改革行刑制度的一个重要方面。特别是在采取自由刑以后，拘置监狱的罪犯大大增加，监狱改良问题被提到更加紧迫的议事日程。沈家本从传统的“人性本善”的角度出发，认为人是可以感化教育的，力图通过改良监狱，“籍监狱之地，施教诲之方”，使之成为教养罪犯的场所。在考察了西方“立宪诸国”后，他发现“监狱与司法、立法并峙而三。纵有完备之法典与明允之法官，无适当之监狱以执行刑罚，则迁善感化，犹托空言”。于是，他提出了以“改建新式监狱”、“养成监狱官吏”、“颁布监狱规则”、“编辑监狱统计”为主要内容的改良监狱的建议。在《监狱访问录序》一文中，他着重阐明了“设狱之宗旨，非以苦人辱人，将以感化人也”。他认为，中国过去宗旨不明，致“感化之地变而为苦辱之场”，“不足为政”。只有变“苦辱”为“感化”，才能“无怨囚，无旷职”，换来“政治成效昭然”。在《与戴尚书论监狱书》中，他从比较法的角度评价道：“中国从未有人讲求此学”，而“欧洲各国监狱为专门之学，设立万国协会穹年研究，精益求精，方进无已”。因此，中国再不能“墨守己见，不思改图”。但考虑到中国流弊丛生的狱政现状，他也清醒的认识到变革之艰难，进而谨慎有加：“此事不必太速，与其速而未尽善，不若迟回而有待也”。与此相适应，清末修律过程中，中国第一部民刑合一的《大清刑事民事诉讼法草案》对自由刑的执行进行了一定调整，以“罪犯习艺所”对犯人进行改造的规定首次出现：
“应处流徒刑者，即将该犯分别发配或留内地，俱拨交罪犯习艺所工作”（第８０条）；同时，“应处监禁刑者，羁禁监狱，酌服相当之役”
（第８０条）。虽然这一草案因上下反对而未能颁行，但对司法实践仍然产生一定影响。为与大清新刑律的修定相协，其提出的以“罪犯习艺所”改造特定犯人的设想即得到认可，之后，从京师到地方，部分“罪犯习艺所”开始设置，狱政制度因之出现相应调整与变化。而后拟订的《大清刑事诉讼律草案》沿承前制，但对执行场所的规定稍显模糊，并取消了对特别犯人在“罪犯习艺所”执行的办法，新制了对不良少年施行“感化教育”及对精神病人“监禁处分”的裁判执行程序。
北洋政府成立之后，清末开启的狱政改革得以延续与发展。北京政府一改清廷的法部典狱司为司法部监狱司，管理全国狱政。
１９１３年１２月，依据袁世凯关于暂时援用前清法律的命令，修订了《大清监狱律草案》，定名《中华民国监狱规则》。这是我国正式颁行的第一部监狱法典。这部法律规定，依照囚犯所受刑罚，监狱分为徒刑监和拘役监，又根据性别分为男监、女监，根据年龄分为成年监、幼年监，开启了中国设立女监和幼年监的先河。在监狱人员配置上，设典狱长１人，看守长３人，技士１人，另设男女看守、教诲师、医士、药剂士若干人，实行典狱长负责制。另外，北洋政府还颁布了《监狱处务规则》、《监狱作业规则》、《看守所暂行规则》等监狱法规。其中，《看守所暂行规则》规定看守所为羁押刑事被告人的处所，使之与监狱分开，改变了中国以往已决犯和未决犯混合关押的状况。在制定和颁布监狱法规的同时，北洋政府司法部提出了司法计划书，计划进一步改良监狱，先京师后各省，筹建模范监狱；拟订《监狱图式》，整顿改良旧式监狱；整齐划一监狱看守所名称，京师和各省监狱依照改良先后次序排列等等。第一次世界大战之后，在国内人民群众的强烈要求下，北洋政府在巴黎和会与华盛顿会议上，同帝国主义列强着力交涉收回领事裁判权事宜。列强拒绝立刻废止领事裁判权，但同时答应派员来华考察刑罚、审判和监狱状况后作出决定。在此促动下，北洋政府加快落实各种改良计划。在监狱改良方面，到１９２６年，北洋政府已建立新式监狱６３所。与此同时，随着清末的《监狱律草案》及民国北京政府有关监狱法规的制定与颁行，监狱学方面的着作与法规解释汇编类书籍，也日渐增多，监狱管理学得到了相应发展。
清末民初之际，历届政府对新式监狱及其管理制度的改造与尝试，相对于遍布全国的仍为“苦辱之场”的旧式监狱来说，当然属于杯水车薪。加之政府忙于军事，狱政不遑顾及，监狱改良的计划远多于其落实。但它毕竟配合与促进了新型行刑制度的推行，尤其为新式行刑制度中执行难度最大、数量最多的自由刑的执行，提供了较为人道的监管场所，其进步性自不待言。尤为重要的是，执行制度中单纯惩罚的传统观念已经开始动摇，这无疑是一种有益的突破与更大的收获。
（三）财产刑的执行
《大清刑事民事诉讼法草案》第８２、８３条首次对罚金的执行问题作出规定：“应处罚金刑者，限决定后一月内完纳，不得拘留。逾限不完，以一圆折算一日，易以监禁。若监禁期内补缴罚金，扣除所过日数，征收余额，即予释放”；“应监禁与罚金并处者，监禁期满，征收罚金。如无力完纳，依前条例折易监禁。”在此，自由刑成为一定条件下财产刑的替代，惩戒的矛头直指广大的贫苦百姓。
在此基础上拟成的《大清刑事诉讼律草案》的财产刑包含罚金、没收、罚锾、没入、追征等，分类已经相当细致完善，其执行需要根据检察官的命令：“罚金、没收、罚锾、没入及追征之论知，应据检察官命令执行之”（第４９５条）。北洋时期的《刑事诉讼条例》对此种规定沿用未变，只是在以上五种财产刑之外，又特地强调了诉讼费用的征收执行问题；而且，检察官的执行权力也相对增大。比如对于没收物件，“检察官应处分之”（第５０２条）；“应行没收之物，如审判衙门不能宣告没收，或漏未宣告时，检察官厅因得斟酌情形，施以没入处分。”除以上三种刑罚外，对有关伪造、变造物品的处分，没收物品的处分，无法退还的扣押物品的处理等问题，此时期的法律也作出了相应规范。例如，《大清刑事诉讼律草案》即对处理伪造物件作出规定：
“伪造物应还给全部或一部者，检察官得分别情形，变更其形状，破毁其一部或表示其伪造之处，还给之”（第４９８条）。在对此沿用的基础上，北洋时期的《刑事诉讼条例》又对没收物品及无法退还的扣押物品的处理等问题作出规定：“没收物件于执行后三日内，由权利人声请发还者，除应破毁或废弃者外，检察官应发还之。没收物件已竞卖者，遇有前项声请，应给予竞卖所得之原债”（第５０３条）；“伪造或变造之物件，于发还时，检察官得变更其形状或于伪造变造之处加以标示”（第５０４条）。
尤为引人瞩目的是，清末民初时期的刑事诉讼制度变革中，法律制定者对被告人的人道关怀呈逐渐加强的趋势。
首先，对精神有障碍的犯人的行刑规定。《大清刑事诉讼律草案》规定：“论知死刑者，如罹精神障碍，由法部命令于障碍继续中停止执行”（第４８６条）；“论知徒刑、拘役者，如罹精神障碍，因检察官之指挥，于障碍继续中停止执行”（第４８７条）。
其次，对孕妇的例外规定。《大清刑事诉讼律草案》规定：“孕妇论知死刑者，非产后逾一百日，经法部覆奏回报，不得执行”（第４８６条）；“孕妇受胎后七月以上，产后未满一月者”，停止执行裁判（第４８７条）。
而且，按照以上规定停止行刑后，“检察官得按其情形，命将受刑人留置病院及其他相当之处所或交付看护义务人及其代理人”（第４８８条）。其后的“理由”为：
监狱内必分别病室，多置医者。惟其设备不能如专门病院之完善，故按其情节，精神病人可以送交精神病院；传染病人可以送交传染病院，其须割治者，则送交外科医院。如无病院而有适当治疗或看护之处者，亦不妨送往医治。本条并许将囚人送交监狱以外，交付民法上之看护义务人，使得尽心看护。
第三，对身患疾病的犯人行刑规定。《大清刑事诉讼律草案》规定：“受论知徒刑、拘役者，现罹疾病，恐因执行刑罚致不能保其生命或别因事故，致于处刑宗旨外有重大不利益者，检察官得因本人或其法定代理人或其夫之请求，随时预定期间，许可停止执行”（第４８９条）。其后“理由”为：
囚人疾病时，若因处刑而害及生命，则名为徒刑拘役，实则死刑。又或因受刑者不能经理事业，以致资产荡然，妻子家族咸为饿莩；或家有老亲，疾病危笃，无人扶养，均与刑止一身之宗旨不能相合。故本条特为规定，以符立法之初意，庶与人情无背。
在这里，沈家本等立法者尊重人权、“权由天畀”的思想得到了较深的体现。虽然当时纸上的规定没能直接在司法实践中落实，但立法全程中所渗透的这些思想，无疑对以被告人为诉讼客体的传统执行制度形成强烈冲击，也为后人的制法提供了许多宝贵的借鉴。北洋时期的《刑事诉讼条例》即对此完全沿承，只是更加强调了在以上障碍消除后恢复行刑时，“非有司法部命令不得执行”（第４９３条），以避免个别司法人员在此问题上的上下其手。虽然战乱频仍中条文的落实决难如意，但“白纸黑字”的法条毕竟对司法人员形成了相当约束，被告人也可以此为凭，努力维护自己的合法权益，保护自己的切身利益。
