埃玛看出了达尔文的消沉，她温柔地安慰道：“查理，这些都在你的预料之中。当真理刚出现的时候，它永远只站在少数人的一边。”
“亲爱的，其他的反对意见我都可以忍受，可是，我的老师塞治威克也反对我了。你看。”达尔文递给埃玛一封信，这是塞治威克教授的手笔。
塞治威克教授在信中说，“……有些部分使我非常钦佩，有些部分使我把腰都笑酸了，还有一些部分使我感到极大痛苦，因为我认为这些是完全错误的，而且是令人难堪的恶作剧……至于你的伟大原理——自然选择——除了是由一些假设的或是已知的初步事实所得到的次级结论以外，它还能是什么呢？……上帝是为了他所创造的万物的利益而有所作为的。”
埃玛看了这封信以后，对达尔文说：“查理，我也不知道对你说什么了。但我来是想给你另外一封信，刚才邮递员递给我的。你看看吧。”说着，埃玛就静悄悄地走出了房间。
达尔文接过信，是老朋友赫胥黎寄来的。
在信中，赫胥黎热情洋溢地写道：“自从九年前读了冯贝尔的论文后，我所看到的博物学著作没有一本给过我这样深刻的印象，我最衷心地向你致谢，因为你给了我大量的新观点。我以为这本书的格调再好也没有了，它可以感动对于这个问题一点也不懂的人们。至于你的理论，我准备接受火刑，如果是必需的。……如果我不是大错的话，很多的辱骂和诽谤已经为你准备好了，希望你不要为此而感到任何厌恶和烦扰，你可以信赖一点，你已经博得了一切有思想的人们的永久感激。至于那些要吠要嗥的恶狗，你必须想到你的一些朋友们无论如何还有一定的战斗性，虽然你时常公正地谴责了这种战斗性，但是它对你可能是有帮助的。我正在磨利我的爪和牙而准备着进行战斗！”
的确如赫胥黎所言，在英国各地，恼羞成怒的教士们利用神学院声讨达尔文的著作，脸色铁青的主教们斥责达尔文的进化论是“亵渎神明的异端邪说，如果像他所说的那样，势必导致没有上帝，而猴子反倒是我们的亚当了”。剑桥大学三一学院院长威廉·休厄给达尔文的复信中写道：“我至少是在现在，还不能改变我的信仰。但是您的大著《物种起源》中提出很多见解和事实，所以在没有审慎地选取反对的论据和方式之前，还不宜予以反驳。”虽然这样说，可是他实际上采取了对抗的行动，他把《物种起源》一书列为禁书目录中，不准在图书馆出借，达几年之久。
基督教的天主教、正教和新教三大派别尽管有很多内在的矛盾和冲突，但是在对待达尔文的《物种起源》一书上，态度却惊人的一致：“是一种想推翻上帝的阴谋，意在扰乱对神的信仰，企图毁灭上帝，想把上帝摒诸门外，是大逆不道的。”他们还公开叫嚷，要“围剿达尔文，打倒达尔文！”“扑灭邪说，拯救灵魂！”
当时，有些居心叵测的人为了中伤达尔文，特地画了一幅漫画。漫画的内容是，葱茏的原始森林里，一个猴子屈身着地，可那个猴子的头部却是达尔文。
很多恶毒的信件流进唐恩，它们毫无科学依据，尽是辱骂，甚至使用了很多非常无礼的措辞，有的采用了匿名的方式诽谤达尔文。有一次，达尔文气得脸色苍白，浑身发抖，他把那些恶毒的信件扔进壁炉里烧掉。
与此相反的，《物种起源》却供不应求，达尔文不得不开始做第二版、第三版甚至更多的修订稿，而且印数越来越多。
1860年2月2日上午，达尔文还收到一封信，这是德国古生物学家和动物学家亨利·乔治·布隆写来的，他是海德堡大学自然科学史的一位教授，他告诉达尔文斯图加特城的一家出版社愿意出版《物种起源》的德译本，因此他自请代为接洽和负责该书译本的编审工作。
5月2日，达尔文在日记簿中写道：“美国初次出版了《物种起源》，约拿书为2500册。”这本书由纽约的阿普列顿公司出版，按照英国的第一版印出，以后改出修订第二版，并在正文前，添印达尔文寄给阿沙·格雷的序言，其内容类似于英国第三版中的《历史概述》。
5月，孟加拉亚洲学会博物馆主任爱德华·布莱恩也写信给达尔文，赞成《物种起源》中的论点，他还经常跟达尔文通信，提供了不少有关变异的资料。
而赫胥黎显然已经投入到战斗当中去了，他在各种各样的集会上发表演讲，维护达尔文的物种起源论。赫胥黎的演讲使得在座有正义精神的科学家们，都感到热血沸腾。最著名的一次是1860年2月10日在皇家学院里发表的演讲。他指出：“反对自然科学的那股阻力，在今天，依旧像在伽利略时代一样，异常猖狂。但可喜的是，它已经没有过去那样的危害了……科学提出了许多伟大的问题，而物种起源并不是第一个，也不是最后一个问题，但它却要求现代人们来解答……讨论的自由，是真理的生命，也是真正的民族团结的生命。”
就这样，正反两方势力正在暗地里进行一场不可避免的较量，进化论同神学、科学同迷信、真理同谬误出现了两军对垒的局面，眼看着一场短兵相接的论战迫在眉睫了。
1860年6月28日，英国科学促进协会在牛津大学召开会议，正反两方从书面论战发展为面对面的论战。这就是著名的“牛津大论战”。
会议还没有开始，会员们的谈论声里已经充斥着“自然选择”、“进化”、“生存斗争”、“物种起源”这些敏感的词汇。有些人四处张望，他们试图想见识见识达尔文到底是一个什么样的人物。可是，达尔文却因为健康状况没有参加会议。
牛津的多布尼博士宣读了一篇论文《论植物性别的终极原因，兼论达尔文先生的〈物种起源〉一书》，在这篇论文里，他说了很多反对意见。
多布尼博士说：“亨斯洛主席，我想就我这个论文的题目请求大家的讨论。”
赫胥黎站出来说：“在一般听众之间，感情会过度地影响理智，所以不适于在他们面前展开这样的讨论。”
欧文发言说：“既然如此，我愿意以哲学家的精神来讨论这个问题。”他威严地看了看四周，接着说，“事实俱在，关于达尔文先生的理论是否真实可靠，我会用一些事实来做结论。”
大会主席亨斯洛教授说：“请说出你的事实！”
欧文说：“大猩猩的脑袋同人类的脑袋是有差异的，大猩猩的脑袋同最低等最有问题的猕猴脑也是有差异的，前者的差异比后者的差异要大很多。”
赫胥黎对此作了直接而全然的反驳，并且保证以后再将另行全面详细辨明这个问题。后来，他在《人类在自然界中的位置》一书中列出实证，对欧文的观点加以驳斥。
6月28日，牛津论战初战以赫胥黎的成功辩论告捷，反对派提出休会，亨斯洛主席应允。
6月29日，这一天表面上平静无事，可是反对派正在策划新的猛攻，他们打算用宗教势力压倒进步的科学，由牛津主教韦伯福斯亲自出马，同时到处扬言，鼓动不明真相的群众来听他演说，共同助威。实际上，牛津主教韦伯福斯是一个对生物科学一窍不通的门外汉。
6月30日，牛津论战再次爆发。听众渐渐越来越多，演讲厅里都不能容纳这么多人了。于是，大会主席亨斯洛教授把会议场地移到博物院的图书阅览厅中去。
当讨论一开始，亨斯洛教授就机敏地宣布：“今天发言的人比较多，所以不能从正面或反面提供有效实证的，都不准在会上发言。”这一警告是必要的，因为这有利于终止那些胡乱发表企图不明的演说。
亨斯洛教授的话音一落，韦伯福斯主教抢先跳到讲台，使用了难以形容的精力、内容空洞的词句和不公正的态度，发表了半个小时的演说。从他对这个专题的谈吐方面，就可以证明，他满肚子一直到喉咙都填满了别人的东西，实际上自己一窍不通，只不过是转述了他在《每季评论》上发表的文章罢了。他十分恶意地嘲笑了达尔文，又残酷无情地讥讽了赫胥黎，但是他的语调始终是娓娓动听的，姿势十分优美，而措辞又是经过巧妙加工的。
最后，主教竟然逞着自己一股诡辩的狂热，鲁莽地冲下讲台，得意忘形地把自己那种威势使用到对他人人身攻击上了。他转过头问：“赫胥黎先生，请问，你究竟是依靠你祖父还是祖母同无尾猿取得了亲缘关系？”
韦伯福斯公然挑衅使现场的听众把注意力都集中到赫胥黎身上，他们迫切地等待赫胥黎出来反击。
赫胥黎从容地走上讲台，用藐视的语气异常犀利地说：“我在这里所考虑的是科学的利益，我还没有听到任何论点不利于达尔文的。”接着，他雄辩有力地指出，韦伯福斯根本就没有资格参加这场讨论，他说到了有关创造的问题，“你说发展的观点就把造物主排斥了。可是你断言上帝制造了你，然而你知道你自己原本就是一小点物质，它并不大于这个金色铅笔盒的残屑。”
最后关于无尾猿的问题，赫胥黎克制地说道：“关于人类起源于猴子的问题，当然不能像主教大人那样粗浅地理解，这只是说，人类是由类似于猴子那样的动物发展进化而来的。但是，主教大人并不是用平静的、研究科学的态度向我提出问题的，您是在对我进行人身攻击。因此，我只能这样地回答：在主教大人看来，无尾猿只不过是一种智力低下的、龇牙咧嘴的、吱吱乱叫的可怜动物。我曾断言过，现在我再重复一次，一个人没有任何理由因为他的祖先是无尾猿而感到羞耻。我感到羞耻的倒是这样一种人：他惯于信口雌黄，有浮躁而善变的性情，不满足于自己活动范围里那些令人怀疑的成就，还要越俎代庖，粗暴地干涉他根本不理解的科学问题，所以这种人只能偏离辩论的实质性焦点，而用花言巧语和诡辩来转移听众的注意力，企图煽动一部分听众的宗教偏见来压倒别人。为偏见和虚伪服务，这才是真正的羞耻！”
赫胥黎的话音一落，听众中间就爆发出雷鸣般的掌声，特别是那些支持派和前来听讲座的青年大学生们。这真是大快人心，这是牛津大学有史以来第一次大庭广众之下有力地谴责主教大人。韦伯福斯主教羞愧地面如土色，他的拥护者们一个个惊慌失措，无法挽回丢失的面子。
当大家的激动已经达到高潮时，一个妇女突然昏厥过去，她就是一个虔诚的天主教徒，十分拥护韦伯福斯主教。大家忙乱起来，几个人手忙脚乱地把她抬出会场，不过这丝毫不影响激烈的辩论气氛，依旧有人发言。
牛津大学的老学监格雷斯利先生也站出来发言，“如果达尔文先生的进化论是正确的话，那么我有一个疑问用进化论就解释不了。”他顿了顿继续说，“至少在人类的本性中，有规则的发展并不是必然规律，荷马是最伟大的诗人，他生在三千年以前，但以后就没有出现同他一样伟大的诗人。”
“荷马现象是文化学问题，您所说的牵扯到文学的传统和继承等一系列问题，跟我们生物学的讨论无关。您要明白，达尔文的进化学说谈的是一个整体，并不是个别现象。”
当时菲次·罗伊舰长也在场，他忍不住上台讲两句，“达尔文先生跟我在贝格尔舰上的时候，就经常流露出怀疑上帝的言行，那时我就规劝过他，可是现在他已经正式地向上帝挑战了。对于《物种起源》我感到十分遗憾，它没有什么可靠的事实依据。真正的依据应该是《圣经》，《圣经》才是毋庸置疑的真理！”菲次·罗伊舰长挥动着手里的《圣经》，十分激动地说。
不过，菲次·罗伊到底是一个门外汉，他只懂航海不懂生物学，他连最基本的常识都不懂：科学是要讲究事实论证的，需要标本，需要观察总结归纳等。他的这一番无端激动的言辞，令在座的科学家们都不禁失声嘲笑起来，连反对派的人也发出了讪笑。
此时，会场上有人开始喊胡克的名字，接着越来越多的人开始喊胡克的名字，并且有人把胡克的名字写在纸条上传递到主席台上去。于是，主席请胡克上台，从植物学方面发表他对物种理论的意见。
胡克应命出来讲话，同时他依照主教本人的讲词内容，逐点证明了主教毫不理解《物种起源》一书中的原理，甚至连植物学的初步知识也是一窍不通。
胡克说：“达尔文先生创立的进化学说，整整耗费了他二十多年的时间，搜集资料、全球考察、查阅文献、亲自试验，他写的相关笔记就有几十本，他的理论是建立在事实之上的，是有科学依据的，是一个科学家孜孜不倦、兢兢业业、踏踏实实、诚诚恳恳的智慧结晶，《物种起源》是科学和文明。我敢断言，在现任牛津大主教的名字被人遗忘之后，达尔文的名字将光耀千秋万代！”
韦伯福斯主教听了，哑口无言，瞠目结舌，不敢答辩，垂头丧气地悄然离开会场。
最后，牛津大论战以达尔文的支持者获胜。由于赫胥黎和胡克的勇猛辩论，广泛宣传，达尔文的进化学说的影响越来越大，最终在英国家喻户晓。但是这并不意味着斗争的结束，英国国教从未放弃对达尔文的攻击，但这并不影响进化论作为科学真理在全世界传播。
1864年，达尔文获得了英国皇家学会的科普利奖章，这是一位科学家在英国所能得到的最高荣誉。这个奖章是在圣安德列日的周年纪念会上颁发的，通常得此奖章的人要亲自领取，但是达尔文并没有到场，他以自己的身体健康状况很坏推脱了，这足以看出达尔文作为一个科学家淡泊名利的精神。
达尔文淡淡地说：“科普利奖章是为各门科学和全世界开放的，我能够获此殊荣是一种巨大的荣誉，但除了朋友们几封亲切的信以外，这样的事在我看来是无关紧要的。不过它说明了自然选择的理论正在这个国家取得了一些进展，这使我感到很高兴。然而在国外，这个理论已经进入安全的境地了。”
