张朝珍接到《陈情小禀》后，知道于成龙对革职有成见，当即复札：“前浮桥一案，处分太过，但亲翁贤声素著，不佞自即题留，以孚舆论，况重以麻城安抚之功乎？惟勉力竣事，幸勿以此思赋归来也。”不久，于成龙复职武昌知府，留驻麻城。
于成龙留在麻城，抚置起义军，真可谓小心翼翼，如履薄冰。他奔走于乡间山寨，审查村堡，考查地形，根据地理因素和人口分布情况，设立区保，选择谨慎敦厚的长者为区长，办理户口登记。凡是跟随过黄金龙、刘君孚的人员，都重新赐给户口，分配给土地，让其安居乐业。凡是有鸟枪兵械的人都造册登记，分成若干股，交给区长指挥，有警则将执其械由区长带领听用，无警则各守其家，务农耕田。凡是来路不明的异地之人，区长立即拿问或驱逐，如果隐匿不报，与其人同罪。这一系列强有力的措施，顺应了战乱时期人民渴求和平安定的良好愿望，收到了良好的社会效果。由于有了严格的保甲制度，吴三桂派出的煽风点火者就难于活动，易于落网。
为了在东山建立和健全保甲制度，他在短短的几天时间里连续发布了《饬行保甲谕》《清理保甲谕》《申饬区保谕》等号令。为了保证就抚人员安居乐业，不受歧视和欺诈，还发布了《禁止吓诈就抚士民谕》（《政书》卷1）。
《禁止吓诈就抚士民谕》说：“照得东山就抚，守宪劝赏给，抚部院告示安插，远近咸知。但其中有邻封愚民，附和入山，既抚之后，愿各归本地安业。恐乡保地棍衙蠹恶捕借口稽查，恐吓索诈，将归业好意，反致失所，殊非院道安抚之意，合行晓谕。为此，示本地士民人等知悉：查本人归家，验明守道给票并告示，即善为安插。如有诸色人等，借端吓诈，除本人禀究外，乡保即刻指名呈报，以凭报道申院拿解正法；倘通同作弊，或纵容肆害，事犯之日，乡保均难姑宥。”
这是一颗“定心丸”，一张“护身符”，在风起云涌的当时，无疑又是一粒“定风珠”。吴三桂占据湖南后，派出大量说客到全国各地煽风点火，怂恿百姓起兵反清，而湖北的说客更多，鼎沸如浪，黄州、武昌一带处于战云边陲，更是岌岌乎殆哉！
如何抵御吴三桂的煽惑呢？于成龙没有罗织针砭吴三桂的败政，歌颂吹捧清廷的丰功伟绩，而是采取了规劝人心的措施：要安守本分，不要胡思乱想，好高骛远，异想天开。一将成名万骨枯，切莫产生乱世出英雄的邪念。人要知足，知足则安，安则常乐。所有晓谕东山士民的文告没有一点空洞的政治说教，字字无伪，句句真诚：
凡有血气，谁无知觉？父母妻子，朝夕欢聚，谁欢聚之也？鸡犬桑麻，优游恬熙，谁恬熙之也？妇子无山栖日暴之苦，壮丁无瞭高守隘之累。无畏乎兵戈，而免负铳带火之艰；无忧乎捕役，而获耨棉锄豆之乐。夫妻安枕而夜半可以不惊，亲友往来而株连可以无虑。此恩此德，今生今世，何以报抚部院之万一也？……回心即早，终身之福……命由天定，祸自人作。（《政书》卷1《招抚后谕东山士民》）精诚所至，金石为开。于成龙一意为民，东山士民也与于成龙和睦相处。
然而一波未平，一波又起：谣传七月初二或七月初七，东山就抚之民准备复乱，攻克麻城。百姓怕受谣言所累，又纷纷逃散，而且已经招抚的农民领袖陈恢恢疑畏于成龙“当面一盆火，背后一把刀”，避而不见。于成龙焦急万分，让刘君孚传给陈恢恢一封亲笔信，以此来安定陈恢恢。信中有言：
本府奉抚部院安抚东山费尽苦心，推心置腹，刘君孚信之最真。陈恢恢在沙府庙相见，甚是爽利，恨见之晚……且陈恢恢与众绅士陪本府每夜饮酒，情意洽洽，何物畜生辄布浮言，离间我同心？本府年近六旬，离家一十四载，只带二仆，孤身万里，一片实心，唯欲保全百姓。驻歧四年，一举一动，士民皆知，非为功名起见。兹恢恢见疑，本府心迹未明，殊切愤恨，望君孚作速传谕恢恢。若怀狐疑，将以禽兽待本府也！本府焦劳招抚，精力疲竭，久思回籍，何可久恋官职，为人所疑忌！如本府不以实意待恢恢，天地鬼神加诛殛。（《政书》卷1《宣慰陈恢恢谕》）七月初二的那一天，于成龙在麻城真如坐在火山口上一般，惟恐陈恢恢东山再起，带领百姓破城而入。他整整一天茶饭未进，独自在城外徘徊，但这一天终于平安无事。于成龙虚惊一场。
七月初四，张朝珍发来牌令，要他去武昌就职。于成龙复禀东山乱民虽已安抚，但目下谣言纷出，不敢离开，自己好比一块压纸的石头，石头一走，碎纸必然被风吹乱。
七月初七，于成龙更是提心吊胆：那天浓云翻浪，电闪雷鸣，风雨大作。他躲在麻城执酒酣饮，听天由命。雨下了三天，百姓惜雨如油，纷纷冒雨稼穑。于成龙这才将提到嗓子眼的心放进心窝里，准备回武昌交差。赴武昌之前，他恐士民惊恐，发布了感人肺腑的《再谕东山士民》和催人泪下的《劝谕士民》（《政书》卷1），谆谆告诫士民“应与本府争气……本府驻武昌，相隔不远，凡事可速禀报，其余人民安家乐业，勿再为讹言蛊惑”。
于成龙留守麻城之时，吴三桂的爪牙黄金龙仍然潜伏在黄麻交界的纸棚河（即今芦家河）。黄金龙鼠伏纸棚河，敛声屏息，不敢轻举妄动。当听说于成龙撤防回到武昌，立即掘地而起，伙同邹君升拉起部队，操练人马，准备配合吴三桂进攻湖北。
七月二十二日，于成龙尚在麻城歧亭，接到黄金龙邹君升作乱的禀报，当夜同生员刘广定、李中素等驰至望花山。望花山与纸棚河李家集相去二十余里。二十三日会同黄州同知佟世俊等计议剿抚事项。这一次变乱，于成龙认为是“狂夫倡乱”，所以主张剿灭，佟世俊没有异议。考虑到黄金龙刚刚起事，军饷困难，宜速战速决，所以按户籍征调各乡义勇两千余人。二十四日，各乡义勇云集望花山，分队编伍，根据程镇帮密献的地图，命尹公才、邹世美等贡生把守李家集出入口，命萧士蓁等生员守白杲，刘君孚、刘青黎领乡兵二百名堵塞坡岔，唐殿元、袁兴明等领乡兵三百余名堵截塔儿岗，刘以廷、周伯卜等领乡兵二百名堵截脑中山，乡堡罗甸臣和生员林斗文堵截粮路，惟有马鞍山一路不守，而让夏仲昆、余公俊领乡兵四百名埋伏布袋坳，自己端坐于望花山的马鞍山，等待黄金龙和邹君升授首。
二十五日，生员吴之邹带乡兵进剿李家集，李家集已空无一人。黄金龙和邹君升起初以为于成龙已回武昌，后闻知于成龙已至望花山，料知大事不妙，遂带领一伙乌合之众于二十四日乘夜逃遁。吴之邹在李家集扑空后，驱兵直追，追至项家庙一带，擒拿住两个掉队的，分别押往麻城县城和李家集斩首示众。
当天，黄冈知县到望花山传告于成龙由武昌知府转任黄州知府，要求火速到黄州上任，办理迫在眉睫的军需物资。二十八日吴之邹与黄金龙、邹君升在纸棚河展开激战，黄邹力怯，众兵溃散。二十九日晚黄金龙逃至马鞍山，伏兵擒之，送至于成龙辕门。于成龙执酒捋须笑道：“尔等丑类，乃吾瓮中之鳖耳！”当晚于成龙将他斩首，送往武昌洪山的张朝珍辕门。八月一日，邹君升亦被擒斩首。是日，于成龙草成《布告纸棚河大捷谕》（《政书》卷3），宣布黄金龙和邹君升被擒斩首，“凡属胁从各宜自惜性命，火速投诚，慎勿疑畏，捷音听到，咸使闻知”。
为了不扩大剿灭范围，他在发布大捷告谕的同时，发布《晓谕止杀》（《政书》卷3），示谕纸棚河内外，“自今以后凡属藏匿余党，听其自来投诚，不许入山搜索。是叛仆，归主引见；是盗贼，归营为兵，本府自能安置。已经止杀，初二日以后，擅杀者坐罪，擒来者无赏。本府一言既出，永不反悔。”
同一天发布的还有《劝谕余贼投诚》（《政书》卷3）：“本府不忍杀尽，尔等宜务求生。与其逃窜饥饿死于山林，不如父母妻子安其家室。况已杀者罪只其身，则来归者应免其罪……宜体本府万不得已之心。无论是盗是仆，速速来归，能自投见者不杀，被人拿献者必诛，断不失信。若能向化投诚，改恶为善，仍是吾民，切勿藏匿山谷，终为兵民拿获报功请赏，自取杀戮。本府不杀之心，天日可鉴，尔等慎勿疑畏，有负本府眷眷保全尔等至意。”
八月二日，为了不波及无辜，他发布《禁止诈害谕》（《政书》卷3），严令不许地方乡约落井下石，乘机敲诈。并迅速解散乡兵，让乡兵各归其所，务农经商。同时发布《禁止侵占谕》（《政书》卷3），保护被剿人员的家属和田产，命令随征官员“从速查清，如已死何人，有无妇女田地；若有，妇女应该何人收养，田地应该何人耕种。有无破家人口”。至于被抚人员，“既不杀尔身，又何忍破尔家”，所有地方官员都应“各体天理良心，勿得恃强欺压”。
由吴三桂之爪牙黄金龙操纵的纸棚河之乱，在于成龙的剿杀和抚慰下很快就平定了，历时十二天。
至此，第一次东山之乱真正平定。于成龙完成了他的政治使命。
于成龙在平定东山之乱中，多次申明“官激民变”，“赤子弄兵宜抚”，洗刷贪官污吏强加在百姓身上的“应吴”罪名，采取了劝谕式的怀柔政策。他不发一弓一矢，不伤一草一木，平定第一次东山大乱，深得张朝珍等封疆大吏和康熙皇帝的赞誉，亦博受文史各家的叹服。
八月四日，于成龙离开望花山，昼夜兼程，于六日至武昌，向张朝珍交差。张朝珍高举玉杯，布示僚属：“人谓我不应用醉汉，今醉汉平定东山，未伤我一兵一卒，尔等谁可与他伦比？”
平定东山：只身入穴智擒虎，环甲围山勇踏营（下）三定东山
康熙十三年（1674）八月十日，于成龙抱病离开武昌，十一日巳时到达黄州府。
当时的黄州府怪异奇出，惹得人们议论纷纷。
首先是虎患。猛虎白日横行于道，见人就吃，十分猖狂。更有奇者，老虎夜晚行至乡村民宅，好像老年人慢吞吞地走路一般，模仿人的咳嗽声，哄人开门试看，将人一口噙住，从容而去。
其次是盗贼蜂起。有人三五成群，隐藏在森林中，若是见到身单力孤的过路行客，就装成猛虎大喊一声，使其失去反抗能力，然后捆归林中，贩卖远方，以牟取暴利。
也有装扮成讨饭的沿街乞讨，贪得无厌，若是不顺他们的心，不是被杀死，就是被抢劫一空。
更有男扮女装者，公然入室乞讨，若是遇上女人就调戏奸淫，若是遇上男人就暗送秋波，勾引上当。
所有这些，乡保区长往往隐而不报，将于成龙蒙在鼓里。张朝珍知道这种情况后，严词责备于成龙，问他前守歧亭，盗息民安，为什么今日奉行不力，反致盗案累累？于成龙有苦难诉，无言以对。昔在歧亭时，自己管辖范围小，又常在士民基层，有什么风声辄可入耳；而现在居一郡之尊，民间的事要入他的耳朵，须经过几道门坎。再者驻歧之时自己的精力可以集中到安民治盗之事上；而现在最要紧的是完成各种公差，供应前线军需。杂七杂八的事装满于成龙的脑袋，搞得他神思憔悴，心火外溢，起了一身脓疱。初似黄米，后似红豆，最后全身连成一片，干巴巴的瘦身躯顿时肿胀起来，睡在床上一翻身，脓血就挤流出来。极其坚强的于成龙亦支持不住，咬紧的牙关里常常呻吟不断；而更使他无法忍受和难于安枕的是公差完不成，盗风又风起云涌。
有一天闻报巴河镇有失盗之事，于成龙作为一名四品大员，竟亲自扶病微行，由小路进入巴河镇失主家里，细细查看失盗情况。见失主家的前后两门都完好无损，知是有人做内线，但不敢贸然拘拿失主的家人审问，恐造成冤狱。当天密访，拿获一名盗犯，居住在偏僻的山区，素行不端。第二天以点烟甲为名，遍访真盗，又拿得几名，但都不是真盗。直到当晚三更时分才回到黄州。第三天会同文武官员在城隍庙里审案，审出该案系失主家的奶公通盗，但真盗未获，失主家的奶公不服。当晚差役又拿到一盗，当即审问，供出自己是巴河盗者，这才破了巴河盗案。于成龙因此脓疱肿痛益甚，臀不能坐，手不能拿，腿不能站，狼狈不堪。
地方盗贼横行，失主与乡保蒙蔽不报，习污成风，以致鼠狗无忌，若不严法以惩，人人效尤，将何以治民？于成龙一方面严惩盗贼，稳定社会治安；一方面告诫官吏：“一己之功名事小，百姓之残害处、地方之扰乱事大。天理良心心中有数，安可以一己功名竟置百姓地方于不问也？”尽管于成龙治盗有方，但是他无法解决当时的社会矛盾。其实，所谓黄州怪异现象大半是吴三桂爪牙煽惑下的连锁反应。
康熙十三年（1674）十月，叛军犯江西湖口，战火烧到兴宁，蕲州戒严。同时，吴三桂又密布伪札，湖北复大乱。
黄麻东山绵亘数百里，与罗田、蕲水接壤，历来就是藏龙卧虎之地。东山主山脉龟山区鲍家屋有个鲍世荣（亦作鲍世庸，号洪功），少时聪颖，过目成诵。成年后，受族人聘请至黄市鲍家院的观音堂执教。明朝末年，灾荒四起，官府催租逼税，致使民不聊生。在李自成起义军的影响下，鲍世荣与周铁爪、万野予、陈恢恢一起组织龟山、盐田河、张家畈一带农民举行武装起义。义军在什子寨东的龙潭修建炼矛厂，制造武器，操练兵马。由于义军杀贪官，抗官税，打击豪绅，拯济贫民，所以深得百姓的拥护，势力日益壮大，不到一年时间，鲍世荣的起义军就发展到了万余人。崇祯十五年（1643），义军突出明军的重重包围，撤至陕西，投奔李自成，正式受编为闯王的部队。鲍世荣投奔闯王后，参与了西京的练兵活动，为李自成攻克北京助了一臂之力。进京不久，吴三桂与清兵勾结，进攻闯王。闯王退入陕西，鲍世荣也随闯王撤至陕西，后又转移到湖北，最后潜回麻城，伺机而动。
康熙十三年（1674）五月，鲍世荣、陈恢恢、李公茂借吴三桂伪札之风，乘机起义。但时机尚未完全成熟，且于成龙素为东山士民信爱，又亲自招抚，于是他们在刘君孚的劝说下，接受招抚，向于成龙献了一面绣着“安居乐业”的旗帜来麻痹于成龙。本打算七月再度起义，然而风声走漏，且于成龙让刘君孚将一封亲笔信交给陈恢恢，陈恢恢和鲍世荣深识时务，若是七月起义，失败无疑，于是又放弃了七月起义的计划，让陈恢恢常去拜访于成龙，以此来遮挡于成龙耳目。于成龙生性迂直，竟然被蒙在鼓里。
黄州黄冈县永宁乡还有一位叫何士荣的人。何士荣之兄何士胜，在吴三桂叛军中供职。何士荣在第一次东山之乱时也曾组织农民起义，但头角未露，就被于成龙抚平，便逃至湖南，投奔其兄何士胜。何士胜战死后，何士荣携带伪札又一次潜回麻城，秘密组织武装起义。
吴三桂叛军攻陷湖口后，各镇援兵皆随大军进攻湖南，黄州守备空虚。何士荣和鲍世荣一看时机成熟，便紧锣密鼓地组织农民武装起义。十月中旬，阳逻的陈鼎业父子掠夺驿站的马匹起义。十月二十九日，何士荣等反于黄冈县永宁乡。十一月初一，李公茂、陈恢恢、鲍世荣等反于麻城县白水畈，各拥众数千人，遥连湖口、宁州等农民起义军。何士荣被推举为农民起义的总盟主，号称拥兵十万。众起义领袖约定十一月上旬攻取黄州。一时黄州鼎沸如浪，岌岌可危。
