1869年2月，著名的语言学家李奇尔教授，给巴塞尔大学写了一封推荐信，热情地举荐尼采作为巴塞尔大学的教授，李奇尔教授在信中说：“39年来，我亲眼看见许多优秀的青年发展着，但是我还没有看到像尼采这样年轻而又如此成熟、灵敏……如果他能长命，我可以预期他将成为德意志文献中的最杰出人才。他现在才仅仅24岁；健壮而有活力，身心充满了勇气……他在莱比锡整个青年古典语言学者的领域，已成为崇拜的对象。”当时的巴塞尔大学也很愿意拥有一批年轻而又极富有发展前途的青年学者，他们充分相信李奇尔的慧眼，决定采纳这位语言学学术权威的意见，把尼采聘为巴塞尔大学古典语言学的客座教授。
尼采早在波恩大学时，就与李奇尔教授相识，他从心里十分佩服尊敬这位治学严谨、富有艺术气质的著名语言学家。尼采在波恩大学之所以放弃神学而专攻古典语言学，可以说很大程度受了李奇尔教授的影响。1865年4月，李奇尔教授到莱比锡大学执教，尼采也跟着李奇尔教授转到莱比锡大学，专攻语言学。
1866年11月，尼采响应李奇尔教授的号召，参加了由李奇尔教授提议成立的学生语言俱乐部，当时参加这个俱乐部的有11人。他们定期开会讨论，交流学习心得。在一次讨论会上，尼采就西奥格尼斯诗歌的初版问题作了一个论证严密、观点新颖的发言，发言完后，尼采把这篇发言稿送去给李奇尔教授审读。读完这篇发言稿，李奇尔教授十分兴奋并深受感动。教授认为这是他所读过的低年级作品中最为生机勃勃而且构思最严谨的文章，他为自己的得意门生的杰作欣喜不已。受到李奇尔教授的夸奖后，尼采心中也充满了喜悦，自那以后，他相信自己确有研究语言学的天赋，他开始更加发愤地用功了，他每周抽出两次时间与李奇尔教授讨论语言学问题，解决了不少疑难问题，增长了关于语言学的很多见识。
在李奇尔教授鼓励下，尼采又开始了写作关于西奥格尼斯论文的任务，他花费大量时间收集了关于西奥格尼斯的众多资料，并用两个月时间完成了这篇论文。这篇论文发表后，引起了李奇尔教授等许多人的热烈赞扬，尼采的同学们也对这篇文章推崇备至。取得这些成绩后，尼采并不满足，相反，他以更大的热情投入到学术研究之中去了。1866年10月，尼采开始研究戴奥格尼士（也就是他在《悲剧的诞生》中提出的酒神），与此同时，他还想到柏林去攻读博士生课程。第二年八月，他来到柏林，并完成了有关戴奥格尼士的论文，在这篇论文里，尼采第一次对古希腊的酒神戴奥格尼士进行了大胆的解释，认为它是希腊艺术的重要根源。这篇论文发表后，使人耳目一新，尼采的声誉再次鹤起，他在学术上的名声越来越响亮。为了鼓励尼采的研究精神和勇气，更由于他论文的优秀，校方决定给尼采授奖，但不知是什么原因，尼采并没有去参加授奖仪式。但是为了鼓励尼采在学业上的成就，莱比锡大学还是决定免试授予尼采博士学位。
1869年2月，尼采带着博士学位，正式开始了在巴塞尔大学的执教生涯。来到这个人才荟萃的大学后，尼采就发表了一篇题为《荷马与古典语言学》的演讲。那天，在巴塞尔大学博物馆的主厅里，挤满了人群，人们都想看看这位年轻教授的真实水平。而对着众多的专家和学者，尼采毫无怯意，他侃侃而谈。在这场演讲中，尼采勇敢地认为：语言学不是一门纯科学，而是与艺术紧密地交织重叠在一起的。这种对古代文化的理想化也许是源于日耳曼人对于南方的怀旧情绪，然而古典主义者应该填平理想与现实之间的鸿沟。他申明了自己的信条：“所有的语言活动都应当孕育于并包含在某种哲学世界观之中，这样，在个体或彼此分离的细节像所有能被抛弃的东西那样消灭之后只剩下它们的总体，即一致性。”这些天才的思想，像一阵春风吹进了人们冰封的心田，大家给予他的演讲以热烈的掌声。他深刻的观点深深吸引了听众，同事们对这位年龄只有24岁的教授也开始刮目相看。
由于尼采才华横溢，巴塞尔大学给予了他莫大的关怀和照顾，他每月薪水高达500瑞士法朗，同时，巴塞尔上流社会也向他敞开大门，名门贵胄之家争相邀请他去演讲，参加宴会。尼采常常应接不暇。尼采身穿崭新的燕尾服，胡子理得干干净净，在舞场上翩翩起舞，在人们的心目中，他是一个受人尊敬、前程无量的青年学者。
然而，在巴塞尔大学呆了不久之后，尼采就对社交和应酬感到了腻烦，甚至对他心爱的语言学兴趣也大减，他对语言学研究的价值产生了怀疑，就像过去他曾否定过神学一样，现在尼采又要否定语言学了。对李奇尔教授，尼采也认为这位恩师的研究范围过于狭窄了。也许是天生的原因，尼采并不是一块当学者的材料，他不愿意整天埋在书堆里去啃别人的旧东西，他喜欢新奇而深刻的东西，他对生命和人生的价值等问题思考得极为深刻。自然界的风声、雷电、雨雪都能使他一颗灵敏多愁的心变得躁动不安起来，他不安的灵魂总在寻找什么，凡是到手的都不是他所要寻找的东西，他渴望找到一片使自己内心无限满足的空间，也就是在这个时候，尼采开始认识到自己是个多面体，组成他自己的各个部分总是处于矛盾之中，他对自己越来越不满意，同时，他又对同时代的人极不满意，他动不动就用“庸俗”这个词批评他的同代人。从这个时期开始，这个哲学天才的孤独之树开始越长越大了。在叔本华诞生81周年时，孤独的尼采曾给好友洛德去了一封长信，来发泄心中的忧苦，在信中他说：“今天是叔本华的生日，除了你以外我再没有更亲近的人可以谈心了，我生活在一片孤独的灰云里，特别是在聚会的时候，我无法拒绝人情应酬的压力，不得已在会场上和形形色色的手拉在一起。在这样的聚会里，我总是听到吵吵嚷嚷的声音，而找不到自己的知音，在这地球上，怎能叫我忍受这个大染缸。这种庸俗化的空气，扰乱我的神经。而所有身边的相识，竟没人体察到我的感觉。这些人呼我为‘教授’，他们自己也被这头衔冲昏了，他们认为我是太阳底下最快乐的人。”
尽管在巴塞尔作教授，尼采常常感到深刻的孤独，但是他仍有幸结识了几个朋友，这些朋友给他送来了欢愉和鼓励，他心中的悲苦因此有所减轻。
在这些朋友中，布克哈德是与尼采最要好的一个。在尼采到达巴塞尔的第二年，他在一次偶然的机会中听到了布克哈德先生的演讲，顿时，他被这位比他年长26岁、学识丰厚的长者深深地吸引住了。从此，他们互相来往，经常交换彼此的意见和新的思想。1871年，发生了使欧洲震惊的巴黎公社事件，当时起义的工人树立起政权，著名的卢浮宫美术馆也失火了，听到这些消息，尼采产生了无可名状的震惊和悲伤，他四处寻找布克哈德，而与此同时，布克哈德也在寻找他，当他俩见面后，他们关在房间里热烈地讨论时事，最后两个人竟在房间里痛哭起来。后来尼采在回忆布克哈德时，称他是自己“最亲近的同事”，并且说他从布克哈德身上学到了不少东西。
另外，巴塞尔大学的同事、著名神学家欧佛贝克也是这个时期里尼采的重要朋友，他们两人同住一栋公寓，经常彼此照顾，形同手足，欧佛贝克一直到尼采快死时都与他保持着友谊，是尼采的一位忠诚朋友，其中，欧佛贝克对基督教世俗文化的勇敢批判，给了尼采很大的影响，以后尼采的哲学著作有很多观点也借鉴了好朋友欧佛贝克的。
