抗菌药的合理使用是指在有明确的用药指征下，选用适宜的药物以达到控制感染或治疗疾病的目的，其应用原则有以下几个方面。
1.严格掌握适应症 首先应根据病人的全身情况、临床诊断、致病菌种及其对药物的敏感性，以及药物性能、药物动力学、不良反应等进行全面考虑。
2.防止滥用 ①病毒性疾病、原因未明的发热者不宜使用抗菌素。②皮肤、黏膜等局部感染，除采用专供局部应用的抗菌药外，尽量避免使用抗菌药。③应按患者生理、病理、免疫等状态合理用药。
3.联合应用抗菌药需有明确的指征 联合用药的目的是增强疗效，降低毒性，延缓和减少耐药性的产生，从而更有效地控制感染的发展。实践证明，抗菌药的联合应用在临床取得增强疗效者不多，所以一般不应无根据地随意联合用药。另外，联合用药时，各药应尽可能分开使用，以免产生理化性配伍禁忌。
4.严格控制预防用药 临床上常用抗菌药预防并发症和术后感染，但必须掌握预防性用药指征，避免滥用预防性抗菌药所造成严重的不良后果。
5.选择适当的给药方案、剂量和疗程 ①剂量：药物用量对控制感染有密切关系，剂量的大小应根据细菌对药物的敏感程度、病情轻重、感染部位和药物毒性来确定。②给药途径：在不影响疗效的前提下，能口服者不肌注，能肌注者不静注或静滴。③疗程：疗程一定要足够，以免复发。
