孙先生淹滞日本，中国的革命风云，表面上是暂时平静了，但太平洋上的风云却已两变其颜色。这就是菲律宾人脱离西班牙人的羁绊转而反抗美国的一个壮烈的独立战争。菲律宾是和古巴同为西班牙的殖民地，他们不断地向西班牙反抗。1897年独立战争又起来了，但结果是失败。这时候是正当美国的势力向太平洋猛烈进展的时候，因为争夺殖民地的缘故，也就和西班牙开战了，聪明的美国就利用了菲律宾和古巴的独立军，要他们内应。战事的结果，西班牙在内外夹攻之下，当然是失败了。美国就代替着西班牙的势力而统治它们。古巴以及波尔多黎各岛，都欢迎美国干预他们的内政，但菲律宾岛却毫不踌躇地要求完全自由。这是出乎美国意料之外的。它们就对菲律宾的独立运动，施以严重的压迫。菲律宾独立军领袖阿奎那度就把抗拒西班牙的军队转而向美国血战了。一个久处在殖民地地位的菲律宾岛和强大的美国抗战，当然是不能取胜的，原因是缺少新式的军械，阿奎那度不得已通电亚洲各国求援，并密派代表彭西到日本购取军械。彭西对于孙先生很是敬仰的，并且知道他和日本民党有关系，就托了一个香港朋友介绍见孙先生，并以购械全权委托孙先生。这是显然的，大家都是为民族独立而革命，因此孙先生一见了彭西，就表示十万分的同情，对于购械的委托，毫不推诿地接受了。那时孙先生对于国内军事的规划，一无成就，所以一听到菲律宾独立军的求援，认为是一个绝好机会，就主张率领兴中会会员投人菲岛独立军，帮助他们去反抗美国，等到菲岛的独立运动成功了，再由菲人协助中国完成革命。这是何等远大的目光，菲律宾代表和中日同志听了孙先生的提议，大家都一致地赞同。于是孙先生履行代购军械的约定，和宫崎寅藏商量办法了：
“你能替菲律宾设法购军械。并且安全地送到那边吗？”
宫崎是一个热血豪侠的人，听了孙先生的嘱托，就慨然接受了这个使命。但他对于这事情，是完全外行，就转商于犬养毅，犬养毅告诉他说，私运军火，必须要避开警吏的注意，都不是我们所能做的，但商人贪利忘义，是不能随便托他的，必须找忠实而有肝胆，并且具有商人手腕的人去办才好。后来就介绍中村弥六担任这件事。
人选既经决定，孙先生就负起间接的使命和他接洽，但为避免警吏的注目。由宫崎寅藏和平山周做传达消息的机关。同时孙先生为要和彭西接洽便利起见，就从东京又搬回横滨来住，因为彭西是住在横滨的。经过了许多周折。中村弥六从大仓会社购到了大批的军械，又向三井会社雇了一只布帘丸轮船，准备载运到小吕宋去，搭船同去的有日本志士二人，就是高野和及林。但不幸这轮船离开日本，到了上海外的洋面，忽然沉没。平山周和原桢本来也想到菲岛去从军的，原桢原是一个陆军大尉，他辞了职准备去的，结果因事中止，竟免去这个危险。菲律宾代表以及菲律宾的独立军，得到这个不幸的消息，当然是悲伤极了，孙先生也为了这件事非常懊丧，被压迫民族的命运，是同样的可怜，孙先生内心的烦闷和焦急，是可以想像得到的。
在这黯淡的境遇中，透露了一丝光明的，便要算是长江闽粤各会党一致并入兴中会的一件大事了。这是孙先生经过许多筹划和布置而成就的一个结果。原来当孙先生和保皇党离合不定的时候，早就注意到宣传政策和切实联络会党的计划。所以一面命陈少白回香港创办《中国日报》，宣传革命主义，同时，招募同志和联络会党，一面命平山周到长江一带去联络哥老会。因为平山周在中国北方，曾经认识了一个湖南哥老会首领毕永年，毕永年是和保皇党人有往来的。这时候平山周就要他到日本去见孙先生，保皇党恐怕他为孙先生所利用，就向他哄骗说：“哥老会立刻要起事了，你赶快回国吧。”他很相信地就回到上海，但后来知道并没有这些事，就和平山周到湖南的长沙、浏阳、衡阳一带去，遇见了很多哥老会头目李云彪、杨鸿钧、张尧卿等。那时陈少白在香港早已加人了三合会，龙头又封他做白扇，郑士良也奉了孙先生的命令，在香港设立机关，招待会党，于是由香港发动，要毕永年率领长江一带的会党到香港来大会合。不久，毕永年就率领各头目到香港来，于是集合两广福建长江一带会党首领于一堂，歃血为盟，一致公推孙先生为会长，并铸一印信，以昭郑重。这次大会，宫崎也参加的，就由会众推他和少白把印信带到日本去送呈孙先生，这是中国革命史上一个最显著的异数，各地最复杂的会党竟能联络起来，革命的声势陡然增加了不少，而统一指挥的就是孙先生。
当少白和宫崎回到日本见孙先生的时候，第二批援助菲律宾的军械，已经又购到了，但在严密的警吏监视之下，没有方法载运，还是继续存贮在大仓会社内。菲律宾独立军陷在重重的围困中，终于因为没有接济而失败了。孙先生因为见到兴中会的声势已经重振起来，菲律宾的独立军却一蹶不振，也不用这些军械了，就和彭西商量，请他们把未运去的军械转供给兴中会，好让他们在中国重新掀起一个革命的风潮。彭西对孙先生诚恳的提议，非常感动，就很慷慨地答应，不久他也从日本到西贡去了。孙先生很愉快地好像获得了什么似的，人已有了，军械也有了，他就很兴奋地计划第二次的起义。
在苦斗中的孙先生，曙光终于透过黑暗而出现了。这时候是正当纪元前十二年（1900年）的前后，满清政府的戊戌政变已经过去，也就是康梁百日维新的政绩，完全已成陈迹了。西太后已自己临朝，后党的势力日甚一日；她为要防止德宗权力的再起，更想进而废止他的皇帝名义，于是立溥仪为大阿哥，为废立做准备。那时康有为在南洋，一听到这个消息，知道“皇上”有危险，报恩的机会到了，就联合侨商通电反对。各地反对的声浪也很多，西太后对于本国人的反对，当然也有些顾忌，但是她所最忧虑的还是怕各国的干涉。很巧的，这时候义和团在山东闹事，宣称有神术，不怕火器，他们的闹事渐渐地蔓延到近畿来，昏暗的满清政府却异想天开，要利用他们来威慑各国，于是一意地放任，让他们去杀外国牧师，捣毁公使馆，结果动了国际的公愤，英、法、德、意等八国联合起来进兵北京，把西太后和德宗吓跑了。在这风雨飘摇的时候，知识阶级感到满清政府必须改革，已渐渐地普遍了。在孙先生初到日本的时候，留学生是很少的，而且都不了解革命的意义。到这时候，却大不相同了：在不满百数的留学生中，主张根本革命的却占了大半。那时介绍西洋民权思想的书籍，开始由留日学生编译而发现了，如《译书汇编》和《开智录》等，所译的有卢骚的《民约论》，孟德斯鸠的《法意》，约翰穆勒的《自由论》等，对于国内思想界，都有很大影响，孙先生在这风气中，对于革命的运动，更增加了许多勇气和决心。这是失败后重见的一条光明之路，孙先生更坚决地走向前去了。
这时候，梁启超早已回到日本，继续办报。他们在这风潮中，也想活动起来，但他们的目的，是在勤王，和孙先生的根本革命是不同的。然而那时两党都在联络会党，中间做牵线的便是毕永年。毕永年有一个很亲密的朋友叫唐才常，他和谭嗣同同乡，嗣同被西太后杀掉以后，他就蓄志替他举兵除奸，因此他始终是拥护保皇党的。毕永年曾经偕唐才常到日本见孙先生，平山周也有很多次的斡旋，都劝他加入兴中会。但那时康有为在新加坡已向华侨筹到一笔巨款，他就决心要利用这款子在汉口起事。但一面仍和毕永年订殊途同归之约。因此，在这大革命酝酿之前，革命党和保皇党又暂时联合了起来。
东亚的风云，接着菲律宾独立军的蹶仆而重行开展了。孙先生这时候正派人在广东筹备军事，但梁启超、唐才常等已决定在长江沿岸各省起兵。以汉口为中心。他们准备出发回国去，梁启超和他的同志就在横滨红荣馆开欢送会，同时请了孙先生、陈少白和宫崎等到会。在欢宴的席上，大家举起了酒杯，各祝前途胜利，大有风萧萧兮易水寒的情形，要是梁启超、唐才常等能够听命孙先生，这一次大家回国在南北同时发动，在统一的指挥之下，满清政府也许就会崩溃，这一次欢宴就不啻痛饮黄龙了。但他们别有怀抱，终于两败俱伤，使满清政府又延长几年寿命，这是何等可惜！
孙先生对于保皇党起事的目的，虽不能赞同，但他在公谊上，还是帮助的，如林述唐离日前，孙先生还替他介绍汉口某俄国商行的买办兴中会会员容星桥。林述唐是和唐才常同时回国的，他和长江会党很有关系的，但他得到孙先生介绍容星桥以后，在汉口有不少的便利。这是孙先生始终和保皇党褊狭心理最显著的不同的地方，也就是造成孙先生伟大的领袖资格的原因。
