光绪皇帝召见康有为后，对康有为的博学多才和观察问题、分析问题的敏锐深刻也十分钦佩，认为康有为不但熟读中国的圣贤经书，而且对各国的历史和许多作家都很有研究，并且表现出非凡的才能，赢得了光绪皇帝对他的信任，光绪皇帝很想对他予以重用。但是光绪皇帝深知“西后和大臣忌康既甚”，而“上畏太后不容，下恐群臣猜忌”，若自己公开表示支持和决意破格提拔作为争议人物的康有为，会带来其他意想不到的后果，他希望大臣中有人能够理解他的心意，代他说出。然而当光绪皇帝问及应授康有为何职时，刚毅抢先说道：“请皇上令康有为在总理衙门章京上行走（相当于总理衙门秘书之职）。”刚毅是太后的亲信，在太后面前十分走红，而且大家都知道太后并不喜欢康有为，因而刚毅说了之后，各位大臣都表示沉默，光绪皇帝见无人再提出异议，只好同意刚毅的建议。作为对康有为的补偿，光绪皇帝在其后特许康有为可以专折奏事，他的奏折不必经过总理衙门代递，直接呈送光绪皇帝。
康有为和他的弟子们对光绪皇帝召见抱有很大的希望，满以为通过这次召见，光绪皇帝会授予康有为一个较为重要的职务，使他能够参与新政的策划和领导实际的变法工作。谁知很快任命康有为为总理衙门章京上行走的上谕就下来了，康有为心都凉了半截，十分失望，但他相信这不是光绪皇帝的本意，而是刚毅等守旧大臣欲辱屈他，但就此可见变法之无望，他变得消极悲观，以至准备离开北京南下。梁启超在一封信中写道：“康先生从容度无所补救，亦将南下。”梁启超等弟子对老师受到如此不公平的待遇也心怀不平。梁启超说：“西王母主持于上，它事不能有望也。总署行走，可笑之至，决意即行矣。”“初时极欲大办，今如此局面，无望矣。科举一变，则守旧之命脉已断，我辈心愿亦几了矣。日间必出都。”
但康有为不能不接受这个职务，因为这是光绪皇帝任命的。他一想到光绪皇帝召见时，那双充满聪明智慧的黑眼睛望着自己，是那样的真诚，表露出对自己的无限信任，他们好像已不是作为君臣而是作为朋友在进行推心置腹的交谈。光绪皇帝破格召见康有为，使康有为感到“以主事专折奏事，尤为国朝旷典所无”。皇上的隆恩令康有为感激不尽，他尽管失望，但仍能体谅皇上的苦衷，他不能在皇上最需要帮助和支持的时候而离去，因而离去的念头只是一闪而过，他仍留了下来。梁启超、麦孟华等弟子也都随之而留下。
康有为被授予总理衙门章京上行走，按照惯例应入宫谢恩，但康有为考虑到朝中官员对他忌甚，一般中下级官员进入总署，要经过多年才能升任帮办、总办，而他却因是奉旨当差，故可即派委为总办提调。但康有为无意到总理衙门当差，为他所痛恨的各守旧大臣所支使，于是他只呈递了一道《谢恩折》。除对光绪皇帝的任命表示感谢外，康有为在这个奏折中再次提醒光绪皇帝必须赶快进行变法，并请求光绪皇帝大誓群臣，强化变法的决心；统筹全局，对变法进行全面的规划设计；开制度局，建立制定变法计划和统筹实施变法的最高机关。另外，康有为还建议废除八股，开孔教会，以衍圣公为会长，准许天下人人入会；并令天主教、耶稣教各立会长，议定教律，凡发生教案，一律按所议教律解决，国家不再参与。康有为还请求光绪允许沿海各口岸城市采用孔子纪年。此外建议光绪皇帝以所有之权行方今可为之事，举本握要，天下移风，振作人心。最后，康有为以急迫的心情写道，国势危迫，不能按部就班地行事，只有请光绪皇帝乾纲独揽，速断圣心，以救中国。
康有为将谢恩折交总理衙门代递呈上，光绪皇帝说道：“何必代递，此后康有为有折，可令其直递来。”其后又令军机大臣兼总理衙门大臣廖寿桓将康有为所著《日本变政考》《波兰分灭记》《法国变政考》《德国变政考》《英国变政考》等书立即抄写呈上。这样康有为找到了一个不去总理衙门当差的最好理由，他面告李鸿章、廖寿桓、张荫桓等总理衙门大臣，奉皇上之旨，要日夜编书，不能到总署任职，李鸿章等人当即同意。
光绪皇帝对康有为的建议都十分赞赏，但是自从翁同（离去后，他在朝廷中日益孤独，王公大臣、文武官员甚至太监都不支持光绪皇帝的变法新政，他的四周都是慈禧太后的密探眼线，他找不到人倾诉自己的想法，也不敢轻易对人谈自己的想法。由于得到太后许可，同意进行变法，因而他既想把握住机会，趁机进行一番变革，同时也不敢步子行得太快，以免遭到太后和守旧大臣的反对。所以尽管光绪皇帝认为康有为的主张很好，但是他更多的是从可行性和可操作性两个方面考虑问题，不能过多地采纳康有为的建议。
在光绪皇帝召见康有为时，他们已就八股是中国教育落后、民智不开的病源，因而应该尽快将其废除取得共识。召见后，康有为即将早已拟好的关于废除八股的奏折请宋伯鲁呈上。6月17日，光绪皇帝即命总理衙门草拟废除八股的谕旨。消息传出，京城哗然，拥护维新变法者，则喜形于色，拍手称庆；而顽固守旧者则呼天吁地，痛心疾首，坚持反对。守旧派的代表人物刚毅则公开跳出来反对，要求光绪皇帝先将此事交部议。
光绪皇帝说：“若下部议，彼等必驳我矣。”
刚毅又说：“此事重大，行之数百年，不可马上变废了。请皇上三思。”其口气咄咄逼人。“汝欲阻挠我？”光绪皇帝气愤地厉声喝道。
刚毅见光绪皇帝发怒，心中不禁生虚，乃不敢言。但他仍不甘心，于是抬出慈禧太后作为挡箭牌，说：“此事重大，请皇上请懿旨。”
光绪皇帝对自己名义上的母亲有一种近乎病态的恐惧，当一听到刚毅说到太后时，他就不作声了，好一会才嘟囔地说：“我知道去请示。”
6月20日，光绪皇帝到颐和园就废八股向太后请懿旨。太后让光绪皇帝先回去，等她考虑两天再说。光绪皇帝以为这一下完了，太后肯定不会同意。这真是上扼于太后，下扼于顽臣。但出乎他的意料之外，三日后，太后降旨，对废八股之举大加赞赏，同意废除八股。
6月23日，光绪皇帝正式下诏宣布废除八股。光绪皇帝在上谕中指出：“近来风尚日漓，文体日敝，试场献艺，大都循题敷衍，于经义罕有发明，而谫陋空疏者，每获滥竽充数。若不因时通变，何以励实学而拔真才。”因此光绪皇帝宣布：“著自下科为始，乡试、会试及生童岁科各试，向用四书文者，一律改试策论。”
康有为很早就反对八股考试，多次拒绝参加考试。甲午战后，他更是公开地号召废除八股，多次在上书中提到改变国家考试的内容，并在北京的士大夫中发动了一场反对八股的运动，废除八股成为维新变法运动的一项重要内容。光绪皇帝宣布废除八股，可以说是康有为和维新派的一个重大胜利。热心新学的进步士人都欢欣鼓舞，他们可以不再将宝贵的光阴虚掷在毫无用处的八股文上，专心致力于学习于现实有用的实学，了解国外的政治、经济情况。但是对于守旧者来讲，却激起了他们的极大愤怒，大批在八股制帖中浸淫了大半生并靠教八股过日子的守旧士人和正埋头于八股中无法自拔的士人顿失所凭，于是他们对康有为非常痛恨，视他为势不两立的敌人，甚至准备请人行刺康有为。康有为的朋友很担心他的安全，于晦若甚至建议康有为请几个保镖，平时深居简出。但康有为一笑了之，不作任何防避。
其后，康有为又奏请进一步改革科举制度，实行分科试士，经史各五科，规定四书人人须通，西学也须专精一门，从而将西学考试纳入科举考试之中，以推动士人去学习钻研西学。另外，康有为还建议将优、拔、贡生的考试也改为策论，并请凡朝、殿试勿尚楷法。关于前一项建议，为部议所驳斥，而后一项建议则奉旨允行。
康有为关于教育改革还提出了在各省开高等学堂、各府开中学、各县开小学，将善后款和各规费作为办学经费，并请废天下淫祠，以其房屋作为学校教室，以其租税收入办学校等建议。光绪皇帝对他的这些建议都予以支持。
光绪皇帝在明定国是诏中重点强调了发展新式教育，提出应首先举办京师大学堂，并令军机处和总理衙门会同办理。但因为这是新生事物，军机大臣和总理衙门大臣既不懂，更不愿办理，于是就让康有为来起草章程。但康有为正忙于为光绪皇帝召见作准备，便让梁启超代为起草。梁启超参照英、美、日等国的大学教育制度，制定了京师大学堂章程，在康、梁等人看来甚是完备，其核心问题是将京师大学堂的大权归之于总教习（教习即教师）。同时总理衙门章京张元济也请康有为代为起草回覆皇上关于京师大学堂的奏折，康有为提出了四点建议，1.预筹巨款；2.拨给官舍；3.精选教习；4.选刻教材。关于教材，康有为提出应从中国的经史子集中和西书中选其精要，辑为一书，供学子阅读，用力省而功效大。同时他还建议在各教习之上设立一总教习，总揽一切大权。
其时光绪皇帝派大学士孙家鼐为管学大臣，主持京师学堂的筹办。孙氏早知康有为博学多才，他曾支持过康有为成立强学会和保国会，并曾对翰林院编修荆光典说：“今朝士忠肝赤胆，而心通时务者，惟康有为一人。如果皇上令我变法，我惟推举康有为而已。”因而他办京师大学堂，首先就想到了康有为，并前来拜访，请康有为出任京师大学堂总教习，另请陈炽任总办。李鸿章、廖寿桓、陈炽等也都力劝孙家鼐请康有为担任总教习。但康有为顾虑到在京师大学堂中肄业的都是各部曹、翰林、道、府、州、县等官，旧的习气很重，而凭自己的年龄、才德，可能压不住这些人，不好管理，如果教学无效，反遭致诽谤，因而坚决推辞不就。
当时孙家鼐、李鸿章等都还没有见到梁启超起草的京师大学堂章程，等章程呈上后，见章程中规定以教育大权属总教习，而管学大臣反而无权时，孙家鼐顿时大怒，认为康有为想做总教习而专权，并借掌握选刻教材之机，推行孔子改制之学，于是怒而攻击中伤康有为，其他守旧派官僚也趁机挑拨孙家鼐与康有为的关系，使孙家鼐对康有为更加不满。康有为是傲气十足的人，他不能接受孙家鼐对他的指控，他让梁启超转告孙家鼐，发誓决不沾大学堂一差，以白其志。维新派内部发生了一道裂痕。
在此期间，康有为全力以赴忙于赶写有关各国变法的著作，以便提供给光绪皇帝进行变法参考。他先后编写并进呈了《日本变政记》《法国变政考》《突厥守旧削弱记》《波兰分灭记》《英国变政记》《德国变政记》《列国政要比较表》等书。这些书除了正文外，还有序文和按语，引语中国之事，斟酌损益，以供中国变法借鉴。
康有为在《法国变政考》中，描述了1789-1793年法国大革命的情况，特别着力描述了路易十六的处死和革命过程的各种惨状，力求通过法国大革命来告诫光绪皇帝，清政府如果不能缓和社会矛盾，引起人民革命，其后果是非常可怕的。康有为一方面高度肯定了法国大革命的历史作用，同时也表露出对大革命所带来的灾难的恐惧。他写道：“臣观近世万国行立宪之政，盖由法国革命而来，迹其乱祸，虽无道而时势所趋，民风所动，大波翻澜，迥异大地，深可畏也。”康有为对路易十六予以较高评价，称他“宽裕爱民，实为恭俭之君。”他分析路易之所以失败，是因为实行政治改革不坚决以致激民怒而成大戮，身首异处。从而告诫光绪皇帝不要步路易十六的后尘。如果光绪皇帝维新变法进行得不及时和不彻底，中国也会像法国一样发生大革命。
在《突厥守旧削弱记》中，康有为不仅记述了突厥（土耳其）因守旧而为英、俄、法侵略，沦为半殖民地的过程，而且还将突厥与中国进行比较，认为中国与突厥在落后、守旧等方面十分相同，“中国与突厥乎，西欧久讥诮为东方两病夫矣，其意谓未知孰先死也。今中国之形与突厥同；中国之病与突厥同。”因而突厥今天的悲惨现实，即明天中国的状况。他提醒光绪皇帝，突厥外受列强压迫，利权日衰，国民愁怨叹嗟，与我国同，而突厥已“革命四起，人人思易朝逐君。”清朝也是窃窃自危，惟有寄希望于光绪皇帝维新变法，以起病扶衰。
康有为所写《波兰分灭记》、《英国变政记》、《德国变政记》等书，其目的都是为了增加光绪皇帝进行维新变法的决心和勇气。康有为不能说是一个历史学家，他对世界历史和这些国家的历史并无任何研究，对这些国家也只是通过一些翻译著作和文章来了解的，既不完整，也不全面，甚至还有不少谬误。但问题不在于此，而在于康有为不是从研究历史的角度来写这些书，而是为了推动中国维新变法，为了中国救亡图存。因而这些书可以说没有学术价值，但不可以说没有政治意义。对于前者不应苛求，而对后者则应予充分的估计。梁启超在《戊戌政变记》中评价说：“康有为所以启沃圣心，毗赞维新者，则尤在著书进呈之一事。盖既呈所著书皇上览观，恍然于变法之条理次序。”
康有为所进呈的有关各国变革的书表达了一个重要的思想，即守旧必亡，变法则强；小变、枝节的变也要亡；只有进行全面的变法，才能由弱达强，而全变、大变，就必须先从制度、法律变起。他盛赞了英、法等国的宪政和议会政治，并暗示在中国建立宪政的必要性。
康有为早在年初就向光绪皇帝提出请开制度局及增设十二局作为进行制度改革和领导维新变法的机构。光绪皇帝即将康有为的上疏交总理衙门复议，但总理衙门迟迟都不回复。光绪皇帝十分震怒，催促其复议。其时总理衙门大臣奕？暗将康有为开制度局的主张向慈禧太后汇报，慈禧太后认为此事万不可行，要总理衙门对康有为的奏折加以驳斥。有了懿旨，总理衙门大臣们便有恃无恐，他们向光绪皇帝呈上的复议，对康有为的建议是逐条驳斥。光绪皇帝十分震怒，立即召总理衙门大臣中比较开明的张荫桓询问，并痛切地责备说：“汝等尽驳康有为之奏，难道你们不想办一事吗？”张荫桓叩头俯伏说：“此事重大，非臣等数人所能定，请再派枢臣商议。”光绪皇帝即令军机处复议，但军机处仍驳回。光绪皇帝怒火中烧，当即亲用朱笔谕责各大臣，谕令再议。其时明定国是诏书已下，维新之议已决，但各守旧大臣因有慈禧太后撑腰，有恃无恐，暗地里甚或公开地抗拒光绪皇帝的变法主张。各守旧大臣知光绪皇帝无权，故敢于屡次冒犯驳斥。
康有为提出在京师开十二局，在外省开民政局的主张之后，流言纷起，守旧派宣称康有为要尽废六部及各督抚、藩臬司道，并将张元济所建议请废翰林院、都察院，岑春宣所建议废卿寺、裁局员等皆归之于康有为，猛烈攻康。于是京师震动，外省悚惊，谣谤不可听闻。军机大臣都产生了一种强烈的危机感，认为，“开制度局，是废我军机也，我辈忤旨而已，必不可开。”军机大臣王文韶说：“皇上其意已定，必听康有为所言，我全驳之，则发明谕，我等无权矣，不如略敷衍而行之。”各军机大臣皆有所悟，于是听从王文韶所言而行事。
直到7月军机处始复议，但不过是择其末端准行而矣，关于设立制度局等仍驳斥，使康有为之折又成虚文。光绪皇帝知是太后之意，不过借廷臣反对而已，但却无可奈何。
6-7月间，康有为先后代自己的支持者和拥护者御史宋伯鲁、杨深秀和翰林院侍读学士徐致靖等人连续写了数道奏折，陈述开制度局的重要性和必要性。其后他又代内阁学士起草了《请定立宪开国会折》，盛赞西方的议会制度，并建议在中国逐步仿行。他在奏折中写道：“东西各国之强，皆以立宪法开国会之故，国会者，君与国民共议一国之政法也。盖自三权鼎立之说出，以国会立法，以法官司法，以政府行政，而人主总之，立定宪法，同受治焉。人主尊为神圣，不受责任，而政府代之，东西各国皆行此政体，故人君与千百万之国民，合为一体，国安得不强？”相反中国却“行专制政体，一君与大臣数人共治其国，国安得不弱？盖千百万之人，胜于数人者，自然之数矣。”康有为在此借用了当时盛行的西学源于中学说这种观点，认为春秋改制即立宪法，“今各国所行，实得吾先圣之经义，故以致强，吾有经义，存空文而不行，故以致弱。”他建议光绪皇帝“上师尧、舜三代，外采东西强国，立行宪法，大开国会，以庶政与国民共之，行三权鼎立制，则中国之治强，可计日待也。”
请开国会的奏折呈上后，光绪皇帝颇为赞同，欲毅然实行。但大学士孙家鼐劝谏说：
“若开国会，则民有权，而君无权矣，希望皇上三思。”
光绪皇帝说道：“朕但欲救中国耳，若能有益于国民，则无权何害？”
光绪皇帝与孙家鼐的对话传到康有为耳里，康有为感动得流泪，对弟子们说：“大哉！圣人之言也，非有尧、舜公天下之心，禹、汤救民之意，安得有上。吾幸躬逢大圣尧舜之君敢不竭股肱心臂以死报乎。”
