表明马君武思想转变的另一主要活动是，他作为第一人在满清权贵面前公开演讲排满革命。1902年，在留东学界，杂志如雨后春笋般层出不穷，其宗旨大都高谈民族主义，倡言革命而讳言排满。孙中山对此深为忧虑，恰好这时他得到消息，清驻日公使蔡钧、监督汪大燮将于1903年1月1日在东京留学生会馆举行新年团拜，欢迎清皇室权贵载振到日本。为借机震醒学界，孙中山于1902年底召刘成禺、马君武到横滨，对他们说：“吾朋侪中有勇气毅力者，莫如二子，余非依违两可，即临阵脱逃。民族革命，要在排满，舍排满而言民族，其能唤起国内人民之清醒乎？今有一机会，留学团拜，欢迎振贝子，公使蔡钧、监督汪大燮皆在，开会演说。君武与禺生，能提出排满二字救中国，大放其辞，自能震动清廷，风靡全国。禺生楚人，君武原籍湖北蒲圻，亦楚人也，身家性命功名富贵之徒，不足与言亡秦之事也。”到1903年元旦这一天，行新年团拜礼毕，马、刘二人先后登台演说，马君武历数满洲吞并中国之历史，主张“非排除满清专制，恢复汉人主权，不足以救中国”。他“慷慨激昂、声泪倶下”，赢得满座掌声，满清宗室长福起来反驳，被众人喝斥而止，清吏无不惊惶失色。当日全国通电。刘成禺因此被开除学籍，并抄没武昌家产，君武因属自费留学，籍贯无从查考而幸免于难。这次演说在留东学界起到了震聋发聩的作用，“民族革命之大义，盖自是彰闻天下矣”。马君武以其激烈的革命言行在留日学生中崭露头角。
在洪波初泛的革命浪潮中，马君武很快锻炼成为矢志追随孙中山的革命先行者。”癸卯秋，孙总理居横滨，君武过从颇密”。在孙中山革命思想的感召下，马君武很快完成了他由改良到革命的思想转变，1903年8月，他停止向《新民丛报》投稿，从此与改良派彻底决裂。9月，他与廖仲恺、何香凝、黎仲实、胡毅生等人专程谒见孙中山，真诚地“表示赞成革命”，孙中山“乃托以在东物识有识学生，结为团体”。君武从此协助孙中山发动和团结留学生团体，开展革命活动，创建革命政党，其民主革命思想不断走向成熟。
二、马君武与同盟会
同盟会的诞生，在辛亥革命过程中是一件具有重大意义的事件，它在马君武个人的奋斗史上，也是一件大事。马君武参与了同盟会组建的全过程，并在其中作出了重要贡献。在同盟会中，他堪称元老。
1905年7月，孙中山开始筹建中国同盟会，马君武积极响应。一方面，他多方联络，为同盟会的组建进行舆论宣传，他向留日学生介绍孙中山，告诉他们孙先生“快要从欧洲来到日本，他很喜欢和青年朋友们交朋友”。介绍邓家彦、吴鼎昌、万武及四川革命小团体成员等谒见孙中山，这些人后来成为最早加入同盟会的会员。另一方面，马君武又直接参与筹建同盟会，1905年7月30日，他出席了孙中山召集的同盟会筹备会议，到会七十余人，“属孙中山旧识者”只有十人：日本志士三人，即宫崎寅藏、内田良平、末永节；各省留东学生七人，即马君武、朱和穆、冯自由、程家柽、黎勇锡、胡毅生；其余都是孙中山从欧洲归来后才认识或未曾见面的新同志。会议听取了孙中山的革命演说和黄兴关于成立新团体的说明，商定了这个新团体的名称、纲领、誓词和入会仪式。马君武与黄兴、宋教仁、陈天华、汪兆铭等八人被推为《同盟会章程》的起草员。
1905年8月20日，马君武出席在东京召开的同盟会成立大会，会中讨论通过了由马君武等人起草的《中国同盟会章程》，公推孙中山为总理，产生组织各部职员，改《二十世纪之支那》杂志为同盟会机关报，指定马君武、陈天华等人立足于“以政治鼓吹革命”，章太炎等人“以国学鼓吹革命”。同时，马君武被公举为同盟会执行部书记、广西主盟。随后，他因入东京帝国大学求学而未能就职，同盟会书记和广西主盟两职分别由田桐、邓家彦担任。君武虽未到任，但就其被推定为《会章》起草员和所任职务看，已足见孙中山对他的信任及他在同盟会中的重要作用。
中国同盟会的成立及《民报》的出版，不仅使风雨飘摇的清政府十分恐惧，而且也使对中国包藏祸心的日本侵略者大为不安。为了使留学生中的革命势力“蒙受一大打击”产1905年11月，曰本政府颁布《关于许清国人入学之公私立学校规程》(即《取缔清国留学生规则》），对中国留学生的集会、结社、言论、通信等横加限制和取缔。这激起了留学生的极大义愤，他们群起抗争，掀起大规模的反对《取缔规贝0的运动，罢学归国者络绎不绝，“马君武先生、曹亚伯先生、余齐简先生等，都被选为同盟会纠察员”。1906年夏天，马君武携同其他留学生回到上海，归国前后，他怀着激愤的心情写下了《华族祖国颂》六首，以歌谣的形式、通俗的语言，描述祖国悠久的历史、美好的河山，表达他力图挽救民族危亡的爱国激情，号召人民起来为祖国而战，“热血喷张气飞扬，以铳以剑誓死为之防。华族，华族！祖国沦亡尔罪不能偿”，“华族，华族！肩枪腰剑奋勇赴战场。”字字句句，如一声声充满激情的呼唤，无不震撼人的心灵。
马君武回到上海后，立即投入到创办中国公学的工作，并出任该校教务长兼化学系教授。中国公学是由不满日本《取缔规则》的归国学生于1906年初着手创办的，“因为它含有对外的意义，归国学生又有十三省人之多，故名中国公学”。该校本身就富有革命色彩，校中“有许多人是革命党，在学校里组织革命团体，进行革命活动”。“当时人都晓得它是革命性学校”马君武以中国公学为阵地进行鼓吹革命联络同志的工作，他所做的《中国公学校歌》，词句期切、铿锵有力，充满革命的豪情，给学生以极大的鼓舞，歌中说，“众学生，勿彷徨，尔能处之地位是大战场，尔祖父，思羲皇，尔仇敌，环尔旁，欲救尔祖国亡，尔先自强”。马君武利用讲堂，向学生灌输革命思想，当时胡适之、任鸿隽、朱经农、蒋翊武等人都是他的学生，这些人后来都有非凡的成就。
作为同盟会的重要人物，马君武又主持同盟会上海分会的事务。1906年9月，他与黄兴、童俊、吴超、张蓉川在上海四马路创立文艺路书店，作为同盟会在国内的交通机关。
马君武等革命党人在长江中下游的活动，很快引起了满清政府的注意，刘静庵、胡瑛在武汉被捕，杨卓霖在南京被杀害，两江总督端方下令逮捕君武。此事幸好被中国公学监督(校长)郑孝胥知道，他一方面力争为君武辩护，一面写信给两广总督岑春煊设法营救。当时岑正在两广推行派遣学生出洋游学新政，以君武为广西老乡，人才难得，便急电广西巡抚张鸣岐极力营救，君武因而获选为广西官费留学生之一，指定赴德国柏林工业大学专攻冶金。这样，君武被迫于1907年初再次离开祖国，远赴德国留学。
同盟会时期，马君武还在革命理论方面进行了卓有成效的探讨。
留东学界在马君武、刘成禺进行排满演说之后，民族主义之大义渐趋明晰，但又出现了种族革命、盲目排满的倾向。因此，到同盟会成立时，“排满”的具体含义在一些人的心目中仍是模糊的。
1905年7月，在同盟会筹备会议上，孙中山进行了排满演说之后，接着各会员有所提议，忽然有一人提出质冋：“我们是要排满革命，假如有满人要加入同盟会，我们怎么办？”一时满座为之哗然，众人议论纷纷，君武从容地站起来严肃地说：“我们是反对卖国亡国的满洲政府，如果满人中有与我们志同道合的，我们当然欢迎。”话毕，与会者全体鼓掌，一直对众多辩论“不赞一词”的孙中山也鼓掌。显然，马君武恳切的回答一下道出了众人的心声。他深刻地认识到“排满”并非排除全体满人，而只是“反对满洲政府”。这一认识表现出马君武在民主革命对像问题上的深刻理解，也为同盟会誓词中的“驱除鞑虏”作了较为通俗的解释。
同盟会成立伊始，马君武便以踔厉风发的姿态出现在宣传阵地的前沿。1905年10月20日，他在《民报》创刊号上发表了《世界第一爱国者一甘必大传》，通过记述甘必大在法庭上为“布丁案”被告记者辩护，终使被告获无罪释放的经过，来歌颂19世纪法国资产阶级政治家、共和党领袖、法兰西第三共和国的杆卫者甘必大的爱国、争民主共和的行为。他借甘必大之口，控诉清皇室专制的黑暗，提出争自由平等的要求，并预示自由、平等必将战胜专制：“我敢信，我国家终有人道复明之一日，终有人人平等之一日，终有人人自由之一日。”中国也将有如甘必大一样颠覆专制，创建共和的人物出现。这样，君武从西方资产阶级革命的实践中，找到了中国封建专制必将崩溃，民主共和必将实现的依据，并以此鼓舞人民积极加入到革命阵营中来，为实现自由、平等的民主共和理想而努力奋斗。
接着，在《民报》第二号上，马君武又发表了《帝民说》，向尚处于专制统治之下的国人介绍18世纪法国启蒙思想家卢梭的政治理论和主权在民学说。他称先前出版的卢梭《民约论》中文译本“无一语能道其义，且全书无一段与原文符者”，“今之真知卢骚，输人其真理于方醒之中国者，乃自予始也”。依其说法，卢梭的主权在民说的基点为：“个人者，帝权之一部分也；帝权者，国家之一部分也”。“帝权非一私人，而以国家之个人组成之”，“帝权即主权也，由人民而后有，人民不可自弃也”。马君武高度评价了卢梭学说的伟大意义，称其为“十九世纪大革命之炸裂弹”，使“人群之智识丕变”，为有史以来所仅见。君武因此急“输人其真理于方醒之中国”，以期卢梭学说在中国革命中起到同等重要的作用。为说服人心，他又更进一步追溯卢梭学说的渊源，为“帝民说”找到历史的根据。最后，君武在论及民主国家政体时指出，“无论何种政体，都各有行政、立法、司法三部分”，“一国之主权，必以公民之多数操之，民主建国之基，在使人人平等，而重各个人之自由，人人可被选为国之主治者”。这说明马君武已比较详细地了解到民主共和政体的核心内容，他所信奉的，是一个三权分立的，人民享有自由、平等、选举权、罢免权的资产阶级民主共和国。
1905至1907年，在同盟会刚刚成立，全国革命高涨的时候，马君武先后两度离职就学。1905年8月，他辞去同盟会执行部书记、广西主盟之职，就读于东京帝国大学；1907年初，辞去上海中国公学教务长、上海分会会长之职，赴德国留学。这是否说明了马君武在革命中的退缩行为？关于这一点，在有关马君武的所有评传中均未加以说明，但这是关系到对马君武进行公正评价的关键性问题，是不能不辨析淸楚的。
马君武的两度离职就学，均不能说明他对革命的退缩或怀疑。
从主观动机看，如前所述，1905年，在同盟会成立过程中，马君武一直是其中的活跃分子，而且深得孙中山先生的信任，没有表示出对革命的任何怀疑和悲观。1906年回上海后，他一直以饱满的热情投入革命工作，被迫离职出国前夕，写下了《去国辞》五首，真实地表达了他当时的思想状态。在诗中，马君武把斗争矛头直指淸政府，指斥其大兴文字狱，滥杀无辜，残酷镇压人民的罪行，“屡闻朝市兴文祸”，“无数沉冤厉鬼魂”。同时，君武表示，他投身革命而遭到像清流党人那样的迫害，但心甘情愿。“黑龙王气黯然消，莽莽神州革命潮。甘以清流蒙党祸，耻于亡国作文豪”。最后，君武表示，他虽然去国万里，流亡异域，但依然魂系祖国，其革命决心决不会因此动摇，“万里旅行辞祖国，百年戎祸笑伊川。男儿生不兴黄祸，宁死沧浪作鬼还”。字里行间，无不反映他对革命的耿耿忠心。
在革命斗争年代，读书不忘救国，救国不忘读书，是青年学子的共识。同盟会时期，将学业与革命摆在同等重要地位的不乏其人，陈天华曾鼓励同学“刻苦求学，徐以养成实力，丕兴国家，则中国或可以不亡”。宋教仁为“学成有本事的人”，辞去《民报》职务，改名宋链，进入早稻田大学留学生预科。马君武虽然两次离职就学，但并未因不在职便放弃革命工作，相反地，他努力求学的目的仍是为了革命。1905年，马君武离职后，在《民报》上连续发表文章，鼓吹民主共和。学习之余，暑假期间，利用自己所学，为革命秘密制造武器，向革命党人传授炸药制作技术《取缔规则》颁发后，他毅然弃学归国，创办中国公学，以革命勇者的姿态活跃于上海，说明在革命的紧急关头，在读书和革命之间，他选择了革命。第二次离职后，君武虽远在德国，仍时时关注祖国的风云变幻。1906至1908年，孙中山领导的历次武装起义相继失败，同盟会内部出现分裂，革命陷人困境。1909年，孙中山先生再游海外，开始了秘密筹款的艰难岁月，7月下旬抵达比利时布鲁塞尔。君武闻讯，与同学专程从德国到布鲁塞尔迎送，和孙中山先生一起“谈论了海内外党务和国内革命计划”。“同志八九人，相见甚欢”。临别，马君武赋诗为孙中山送行，诗曰黍离怀故旧，烽火老先生。天意殊未定，人权久不平。荀荀一杯酒，玫瑰十年兵。又是他乡别，英伦重此行。”表达了君武对祖国革命形势的关切和对孙中山的崇敬之情。1911年10月，动荡的中国终于响彻辛亥革命的惊雷，君武获悉，不禁欢喜雀跃，立即启程归国，在革命需要的时候，再次以赤子般的热忱置身革命的洪流。
就客观原因看，马君武两次离职均事出有因。同盟会成立时，马君武正在东京帝国大学攻读制造化学专业，以身在学校学习而担任同盟会书记、广西主盟之职，是难以负起实际责任的。而且，就当时革命形势看，当时留日学生的革命情绪高涨，党人对前途充满信心，如孙中山说：“自革命同盟会成立之后，予之希望则为之开一新纪元”，“始信革命大业可及身而成”。因此，这时的马君武没有理由逃避或怀疑革命，其辞职不就仅仅是迫于学业。1907年初，马君武在端方的追捕下被人营救，指定赴德国留学，无从选择，这既可免受迫害，又有学习的机会，他在此时暂避反动派的追捕是完全必要的。
值得一提的是，1907至1911年，在长达四年时间里，国内革命斗争风起云涌，马君武却只身就学于德国柏林工业大学，周围同志稀少，从而在客观上使他远离了国内的实际斗争环境，以致他在这段时间里，“对国内的革命事情不大清楚”。因而参与实际的革命活动较少。
三、马君武与中华民国临时政府
辛亥革命爆发后，马君武回到上海，出任《民立报》主笔，他连续发表文章，阐论创建共和的各项方针。
