1906年，于右任为学习办报经验和筹集经费，浮槎东渡。在东京，常与胡汉民和陕西的留日同乡康宝忠、井勿幕等相交往，并由康宝忠引荐，会见了孙中山，加入了同盟会，这时于右任终于龙归大海，由单枪匹马东奔西突而汇入了民主革命的洪流。此时，他的民族主义思想才趋于成熟，这是第三阶段。用他自己的话讲，即“那时我们所代表的，已不仅是复古的民族运动，而是总理的三民主义了。”前一阶段于右任以诗歌为武器，表明与满清政府势不两立的决心，这时除进一步宣扬孙中山的三民主义外，还将他的民族主义思想付诸实施。主要表现在：一是创办报纸，鼓吹其革命思想。当时某保皇党报纸社论竟诬革命党为叛逆，于右任气愤之余，写文章驳斥之，未能刊用。他感到报刊如不掌握在革命者手里，就可能“任意传递歪曲之主张与不确之报告，以蛊惑人民视听”，因而认识到要救国拯亡，就必须通过报纸宣传，制造舆论，醒愚发聪，“以一新抑郁之气”。于右任决定创办自己的报纸，为宣传革命的工具，遂联络复旦公学同学，发起创办《神州日报》，使上海同盟会晚期再度成为革命宣传的中心。《神州日报》改用干支和公元纪年，不用清帝年号，意在否认清朝的统治；报名更是隐含反清之义，“神州”二字“顾名思义，就是以祖宗缔造之艰难和历史遗产之丰富，唤起中华民族之祖国思想”，“激发潜在的民族意识”。报纸内容则痛陈时弊，力诋清廷之庸懦无能，宣扬革命思想，鼓舞民族精神。于右任还在以后相继出版的《民呼日报》、《民吁日报》上，以代表“人民的呼声”为己任，以“振发国民精神，痛陈民生疾苦，保存国粹，讲求实学”为宗旨，发表了一系列短文，斑斑血泪，字字珠玑，有力地宣传了孙中山的三民主义。尤其是《民立报》创刊，革命思潮汹涌澎湃，“山雨欲来风满楼”，清政府妄图藉君主立宪以苟延残喘，于右任则重点揭露清政府之黑暗与资政院之无能。及至三月二十九日广州起义失败，他又大造舆论遥为声援，撰写了总题为《天乎……血》、《粤事镜原》等几组“近事短论”和社论文章，大肆鼓吹革命党是“不良政治下之产儿”，“假面政治之下，革命党万不能断”并正告清廷：“汝兵虽劲，汝刑虽厉，吾敢断言，为汝自杀之具而巳”！《民立》报“借此宣传民族主义，鼓荡民族精神，竟载殉义烈士之嘉言轶事，如数家珍，遂令全国之革命思潮，有黄河一泻千里之势”。该报也因此成为当时“国内最有影响的一家革命派报纸”。青年毛泽东就曾是该报的热心读者，二十五年后毛泽东回十乙说在长沙我第一次看到了报纸——《民立报》，那是一份民族革命的报纸，刊载着一个名叫黄兴的人领导的广州反清起义和七十二烈士殉难的消息。我深受这篇报道的感动，发现《民立报》充满了激动人心的材料。这份报纸是于右任主编的。”时人有言：“向使无先生之革命报纸，以为革命之鼓荡，则辛亥革命之能否及时成功，实为未知之数”。甚至连袁世凯也承认：“辛亥革命之成功，得力于民立报之宣传者为多”。二是认定教育为革命之源泉，故创办学校，散播革命种子。于右任在其参与筹办的复旦与中国公学中，身兼两校的国文教师，“寓种族革命意识于讲学之中”，所提示之教材，皆寓种族革命之意义，使学生哀时念乱，忧国忧民心切；还必于每星期日，集合学生于一堂，诏以种族之大义，安攘之重任。“复旦与中国公学，皆为以后革命教育之温床，教员和学生中有不少革命党人”。尤其是中国公学，其对外含有民族思想，对内实为革命大本营。在于右任的努力下，革命风气弥漫全校。可以说，两校成为当时“革命干部的最大来源地”。有人考察此后之革命经过与民国政府中两校同志之众多，得出这样的结论向使无先生创办之复旦与中国公学，以为革命同志之培养，则此后革命之进行，与基本干部之需应，实为重大问题。”三是把理论付诸实践，直接参加了革命领导与组织工作。1906年，于右任被孙中山任命为长江大都督，兼任豫晋秦陇留日学生会会长，负责长江流域(一说东南八省)和西北四省的革命领导与组织工作，西北志士多由他介绍加入同盟会。1911年广州起义后，宋教仁在黄兴支持下建立了中部同盟会，于右任又参与了该会的领导工作。在策划革命活动中，于右任不仅将报馆作为党人隐身之地，且为党人活动提供掩护。如他在报馆内特辟密室一间，专供同盟会干部商议光复上海大计之用，分途担任军事、策反、外交、筹饷与联络商团等项工作的党人，每晚都在《民立报》馆碰头，汇报工作进展情况，交流各方情报；于右任是上海同盟会负责人之一，为上海光复的参加者，与陈其美、李平书、王一亭、沈缦云等拟定了上海起义的时间和具体行动计划。于右任还策动他的学生张承樗联络三千会党参与了上海光复。1911年11月3日，上海发动起义，4日光复，这与于右任的贡献是分不开的。诚如有的史家所指出的，“上海的光复，于右任组织策划之功，亦不在陈英士之下”，还有人说，当时“陈英士在上海的活动也接受于右任的指导”，这些说法虽有过誉之处，但他在上海光复中的襄助之功，是不可埋没的。
综观辛亥革命时期于右任民族主义思想发展的三个阶段，可以清楚地看到他民族主义思想产生的根源及他从一个西北边陲的牧羊儿成长为着名的资产阶级民主革命家的艰难历程。
辛亥革命时期于右任不仅是“神州”、“竖三民”四报筚路蓝缕的创办者、运筹有方的社务主持人，而且还是四报的主要撰稿人之一。这一时期，他曾用骚心、大风、神州旧主、剥果、半哭半笑楼主、啼血乾坤一杜鹃、关西余子、太平老人等笔名，撰写了三十余篇社论、短评、杂谈、白话诗等，积极宣传民族主义，同清朝封建统治者及外国帝国主义进行坚决的斗争。概括起来，其内容可分四个部分：
(一)反对帝国主义侵略是他民族主义思想的主要内容。
自满清人关以来，反满思想深深扎根于遭受清朝统治者野蛮镇压的汉族及少数民族人民心中，成为一种思想传统。不少革命党人往往以反满代替反帝，造成了反帝宣传少且无力的局面，从而放过了一个真正的民族敌人——外国侵略者。有鉴于此，于右任在《竖三民》上发表的文章，大多数都谈到“反帝”，而且有的文章，例如《诸君其忘外患乎》，《中国不亡论》、《外患发微》、《中俄交涉之余论》、《告哀篇》、《日美新协商》等，就是专门为此而作的。从这些文章的内容看可以概括为以下几个方面。
第一，揭露列强的侵略政策。于右任曾一针见血地指出：所谓强国有名之外交家者，“其上者则强盗之外交，次则小窃之外交，次则妾妇之外交”；所谓强国有名之政治家者，“其上者以民为牺牲，次则以民为奴隶，次则以民为牛马。针对19世纪末到辛亥革命前，列强对中国由瓜分至所谓“保全”再图谋瓜分的新政策，于右任指出，瓜分中国是列强的最终目的，列强间的矛盾虽曾延缓过瓜分的实施，但不能阻止瓜分的进行。他在1911年4月《告哀篇》中写道：“有互相钳制，不能遽谋瓜分之势，即有互相牵率不能图瓜分之势，人知既分以后之局，不易于平均，则可藉以阻瓜分之进步；抑知未分以前之局，不适于平均，则正所以促瓜分之成功。”他强调，瓜分将导致中国灭亡，“今兹瓜分垂定之顷，浅言之，则曰：生死之关键，深论之，实即人禽之转捩也。”于右任创办的《民呼日报》还对入侵西藏的外国侵略分子魏绍征、马述贤等进行了无情的鞭挞，指出：“累累其人，无一而非野心家也。西藏！西藏！不亡何待。”《民立报》还十分注意揭露西方列强对亚洲，特别是日本对中国的侵略政策，报纸特辟了论说专栏，由宋教仁主持，评论天下大事，揭露帝国主义的侵略政策，发表了一系列关于中日间岛问题的文章，深刻揭露日本帝国主义的阴险用心，向国人敲响了防止帝国主义侵略的警钟。而对日本帝国主义的狼子野心，于右任揭露尤其深刻。由于日帝的侵略野心隐藏很深，迷惑了广大民众，以至于一部分革命党人，在当时报纸上津津乐道“某国人在内地调查，某国人在内地测量”，于右任独具慧眼，尖锐指出广某国人入内地者，最少不下四五万，有受其政府津贴者，有为其一团体所委托者，其对于我不怀好意则一也。”“亡我国者，非英、非法、非德、非美，亦非阴险强悍号称吞并之强俄，乃貌托和平，口称同文同种同教而心怀吞并之某邻也。”并对它侵略的策略，有深刻的认识，即“利用他人以为之傀儡，而彼则乘间以张毒网，祸机一发，使我有不及救应之势”，所以“发难之国在英俄，而为英俄之前导者，则第三国也；发难之地在蒙滇，至为蒙滇之先驱者，则东三省也。”至于其侵略手段也格外毒辣，它深谙“以百敌人谋于外，不敌一奸人输于内”的战略战术，利用汉奸无所不至。为此，他提醒国民，日帝和汉奸是“真亡国之祸胎”，“其祸烈于英俄战事万万也。”
第二，强调以武力反对帝国主义的侵略。1910年，于右任受聘任复旦公学兵学教员，每当上兵式操时，复旦学生都排列整齐，精神抖擞，动作划一地进行操练。作为军事教员的于右任，精神为之振奋，遐想联翩：如果一旦有事，只要发给他们枪支，不就是一支英勇善战的革命军吗！所以，他在《民立报》的“上海春秋”专栏里，有感而发，曾写道广吾有大愿，吾愿上海三年后，所有男女学堂，悉变为武装国民！”面对帝国主义步步进逼、亡国之祸迫在眉睫之势，于右任愤怒地指出：“中国惟一之救亡政策维何？曰武力，武力维何？曰强大之海陆军”产并用俄罗斯因有强大之陆军而东山再起的典型事例加以说明，指出“武力之关系于国家之存亡大也”。而所谓强大之海陆军，他认为：“于陆有百镇之雄兵，于海有百万吨之战舰”。他根据“国于海者，注重海军；国于陆者，注重陆军”的原则，中国西北连陆，东南面海，属于海陆并栖之国，应该同时发展海陆军，但是考虑到财力不充足和外患不我待的实际情况，他认为：“欲救中国今日之危急，则停办海军而专注全力以扩张陆军，诚今日之急务矣”。至于建军规模，他说夫英国海军既以德法二国为标准，我国陆军当以俄日两国为标准”，因此主张建百镇雄兵。如何建百镇雄兵？于右任考察比较了当时文明各国的三大兵制：征兵、民兵、志愿兵制度，结合中国的实际，建议以征兵制发展中国的武装力量。因为征兵有三大好处：一可以节省多额之经费；二可以普及军国民之教育；三可得精锐敢死之军队。基于此，于右任再一次强调：“欲救中国之危亡，在抵抗某国；欲抵抗某国，在急练数百万之陆军；而欲速练数百万之陆军，则舍实行征兵制度，别无第二善策。”于右任不但主张扩充军备，还强调由革命者掌握军事大权，“绝不赞成以国民膏血，以全国生死托命之军备，付之一二无军事智识者之手”。
第三，主张抵制帝国主义的经济侵略。“二十世纪为欧人经济侵略之时代”，“帝国经济殖民主义，乃灭国之新法术、新政策”。帝国主义的资本输出，主要是通过借款，取得中国的矿山开采权和铁路兴筑权，因此反借款、争路权、争矿权便成为反对帝国主义经济侵略的主要内容。当时，铁路、矿山等利权是帝国主义掠夺的重要目标，而卖路、卖矿、卖国者也应运而生，以至“触目皆是”，“报章载之不胜载”。于右任非常痛心，大声疾呼：“铁路者，地方之血脉也，权操诸己，则为利便交通之事业，操诸人，则为丧地灭国之利器”，并广泛报道国内反借款、争路权、争矿权的群众性爱国正义斗争，极力鼓吹路矿等利权的收回，进而主张收回外人在华企业，改由国人自办，以摆脱外人对中国经济命脉的控制，不使资源外流。因此，他期待着：“上海一二年后，所有洋货铺十分之九皆易国产”，“内地一二年后，实业大兴，拉东洋车者尽都回去”。1901年《辛丑条约》签订后，帝国主义的资本和商品像潮水般涌入中国，而白银却哗哗地流入帝国主义的银行。这些外国银行集中了大量现银，控制各埠货币市场，拒用中国旧式钱庄支票或要求即刻兑现，直接操纵掀起金融风潮，因而各埠相继发生货币危机和信贷危机。考察当时中国的实际情况，于右任担心“借款之不协乎均势”，故他不主张盲目仿效西方举借外债以调济，而建议采取切实可行的以息留借赔款之办法，其对留借之方法、手续、利益、需要、成功后之偿还法、失败后之救济法均有详细说明。当然，这只是权宜之计，既然金融恐慌是由于银根紧迫，银根紧迫是由于帝国主义的掠夺，而风潮往往是外国银行直接操纵掀动起来的。因此于右任认为，只有中国自己创办银行，才能摆脱外人对中国金融界的钳制，“金融界之命，操之外国银行，吾国人欲在商业上放异彩，非自立银行不可”。
第四，强调用“商战”对付帝国主义的经济渗透。他在驳斥钱基博的谬论时指出，“夫天下惟实力周足于内，而后事业膨胀于外，西人之殖民遍五洲者，因母国地小，不足以回旋，加以国力财力，在在充溢，故踏遍五洲，谋人路矿，苟有可以投其资本之地，无不万马奔驰而来自甲午战争，尤其是《辛丑条约》签订后，帝国主义攫取了航空、铁路、开办工厂等种种特权，加上1908年以后国内接二连三地发生金融风潮，使一度呈现兴旺景像的民族资本主义工业又陷入停滞状态。对此，于右任重申“商战”的重要性，他说：“巴拿马之潮，战潮也。虽然莽莽潮流非徒兵战，亦商战也。故巴河商船通过之日，即上海市面勃兴之期，而太平洋潮流从此撼天矣。”
(二)鼓吹排满革命是其民族主义思想的重要内容。
