在连续起用数个丞相后，顺帝发现改革的成效并不明显，官吏贪赃枉法依然盛行。而从至正四年（1344）开始，黄河大泛滥，黄河下游受灾惨重，这些都加剧了各种社会矛盾，武装起义此起彼伏。面对这种情况，顺帝决定重新起用脱脱。至正九年（1349）七月乙卯，顺帝罢右丞相朵儿只，左丞相太平罢为翰林学士承旨；闰七月辛酉，下诏任命脱脱为中书左丞相，仍太傅。十年（1350）正月，升脱脱为中书右丞相。脱脱面对如此多的棘手问题，决定首先改变钞法、治理黄河。
脱脱复相后，为了能够强有力地推行各项政策，开始走向了专权的道路。聪明的脱脱知道激流勇退，但在沉寂了一段时间后，改变了想法，这一方面是因为他有着忧国忧民的责任心，另一方面他或许认为顺帝绝对是自己的坚强后盾。于是脱脱任用乌古孙良桢、龚伯遂、汝中柏、伯帖木儿等为亲信僚属，朝中大小之事都和心腹们商量，而其他朝臣均不能参与。当时吏部尚书偰哲笃建言更造至正交钞，脱脱认为可行，便召集枢密院、御史台、翰林院、集贤院诸臣讨论，大臣多唯唯诺诺，只有国子祭酒吕思诚反对改变钞法，脱脱不悦，根本不听吕思诚的意见。结果新的钞法得以推行，元廷发行至正交钞和至正通宝。由于发钞的目的是为了摆脱财政危机、增加收入，于是元廷一味用新钞来压低旧钞，这就决定了钞法改革无法获得成功，“行之未久，物价腾踊，价逾十倍”，“所在郡县，皆以物货相贸易，公私所积之钞，遂俱不行”。（《元史》卷四十二《顺帝本纪五》；《元史》卷一百三十八《脱脱传》；《元史》卷九十七《食货志五》）
脱脱还采纳都漕运使贾鲁的建议，准备根治黄河水患。脱脱通告群臣曰：“皇帝方忧下民，为大臣者职当分忧。然事有难为，犹疾有难治，自古河患即难治之疾也，今我必欲去其疾。”不过，脱脱的这项意见遭到了很多人的反对，但脱脱刚愎自用，根本不听别人的意见。例如工部尚书成遵上言，济宁、曹、郓连年饥荒，民不聊生，若在此聚集二十万人修黄河，恐怕后患比黄河水患还要严重。脱脱大怒说：“汝谓民将反耶！”虽不断有人建议成遵听从脱脱丞相的意见，但成遵始终坚持己见。朝中执政者对成遵说：“修河之役，丞相意已定，且有人任其责矣，公其毋多言，幸为两可之议。”成遵回答曰：“腕可断，议不可易也。”由是元廷将成遵贬为大都河间等处都转运盐使。
随后，脱脱奏以贾鲁为工部尚书，总治河防，发黄河南北兵民十七万，修筑决口的黄河河堤，使黄河恢复旧道。此次治理黄河，费时八个月才完工。贾鲁治河虽获得成功，但结果正如成遵所言，元廷大规模役使军民，引发了农民起义。农民起义的策划者白莲教主韩山童等，趁机“倡言天下大乱”，煽动农民起义。至此，长期以来持续不断的民间起义或暴动已经发展到了不可收拾的地步。这样，脱脱复相后进行的开河、变钞，就成了农民起义的导火线，正所谓“丞相造假钞，舍人做强盗。贾鲁要开河，搅得天下闹”，“堂堂大元，奸佞专权，开河、变钞祸根源，惹红巾万千”。（《元史》卷一百三十八《脱脱传》；《元史》卷一百八十六《成遵传》；《草木子》卷四上《谈薮篇》；《南村辍耕录》卷二十三《醉太平小令》；陈得芝主编《中国通史》第八卷）
