高智耀，字显达，西夏中兴府（今宁夏银川市）人。高氏世代在西夏做官。高智耀的曾祖父高逸，为西夏大都督府令，应天四年（1209年），在抵抗蒙古军队的战斗中任副元帅，最后战败被俘，不屈而死。高智耀的祖父高良惠，官至右丞相。高智耀本人登西夏国进士第，任签判官职。西夏灭亡后，高智耀隐居于贺兰山中。
元太宗窝阔台在位时，曾访求西夏故家子孙有才用者，众人推荐了高智耀。太宗召见后，准备起用，但他本人辞归不仕。
这时，皇子阔端镇守西夏故地，征儒生为站户（役站户口）。高智耀前往西凉府（今甘肃武威）藩邸进见阔端，请求按西夏惯例，捐免儒生的徭役。阔端听从了他的请求，免除了西夏故地儒生的力役。宪宗蒙哥即位后，高智耀又进言捐免全国儒生的徭役，他对宪宗说：“儒生所学的是尧、舜、禹、汤、文、武的治国之道，自古以来，用之则国家治。不用则国家不能治。因此，要想治理好国家，就应免除他们的徭役，使他们能专心致志地学习，掌握治国之道，以资国家所用。”宪宗问：“儒家比起巫、医来怎样？”他对答说：“儒家以纲常治天下，这是巫、医等方技无法比的。”宪宗很满意，说：“好啊！以前别人还未曾对我这样说过。”于是下诏免除了国内儒户的一切徭役。
元世祖忽必烈早就对高智耀的才学有所闻，即帝位后召见了他。高智耀在世祖面前再三强调儒术对治理国家的作用，经过反复辩论，忽必烈被说服，高智耀也因此当上了专管全国儒户的官员。忽必烈命有司专门为高智耀铸刻了印符，凡是免役儒户，一律由他发给公文为凭据。
高智耀上任后，在全国各州县巡行，他发现元朝在攻取淮、蜀时，将那里的儒士连同其他人，一并俘获没为驱户（农奴）。据此，他向世祖上奏：“以儒士为驱户，自古未有先例。陛下既然用古人之道治理国家，就应该取消把儒士没为驱户的办法。”忽必烈接受了他的意见，并拜他为翰林学士，让他到各地具体办理此事。高智耀巡行各地，一一区别，释放沦为驱户的儒士有三四千人。一些贵臣认为释放这样多的人过于滥了，并向朝廷告了高智耀的状。世祖一时听信，召高智耀责问。高智耀辩论说：“儒士犹如黄金，金的成色有浅有深，不能因为成色浅就说它不是黄金；儒士的才艺也有深有浅，不能因为他的才艺浅就说他不是儒士。”忽必烈听后，不仅没有加惩，反而更为宠信。
至元五年（1268年），高智耀又上奏忽必烈，建议建立监察机关，他说：“国初庶政草创，纲纪未张，应仿以前各朝代，置御史台以纠肃官常。”这年七月，朝廷采纳了他的建议，设置了御史台。
后来，高智耀出任西夏中兴等路提刑按察使。至元七年（1270年），奉诏禁止僧徒冒占民田，由于他本人事佛敬僧，处置违法僧人不得力而被弹劾。不久，西北藩王遣使入朝问遵汉法的原因，世祖召见高智耀，命他前往解释。高智耀行至上都（今内蒙古正蓝旗东）病死。朝廷追赠崇文赞治功臣、金紫光禄大夫、司徒、柱国，追封为宁国公，谥文忠。
