如果为魏源的一生活动划分大体的时期，嘉庆十八年（1813）选拔为贡生以前，是他的求学时期；自嘉庆十九年（1814）他第一次上北京，到道光四年（1824），是他广泛问学、刻苦治经的时期；以道光五年（1825）开始编纂《皇朝经世文编》为标志，到道光十九年（1839），是他注重经世、协助幕主进行改革的时期；道光二十年（1840）鸦片战争爆发以后，到咸丰三年（1853），是他的爱国思想、改革思想发展到顶点的时期；以咸丰三年（1853）他在高邮州任上被革职为标志，到咸丰七年（1857）逝世，是他的政治思想走向消沉、笃信佛学的时期。
当然，时期的划分，只能是大体上如此。
魏源青年时代曾撰写一副对联，悬在窗棂上。联曰：学贵运时策；友交立德人。
这上联“学贵运时策”的意思，乃读书是为了运筹时政、经理世事，既不是为了升官发财，也不是为读书而读书、为学术而学术。“学贵运时策”，是他后来与流行的经世致用思潮一拍即合的思想基础，也是他进而形成的改革思想的最初发轫。
道光三年（1823），已经是举人的魏源，没有参加这年礼部主持的会试。冬天，他来到了在江苏工作的父亲身边，依然从事他的经学研究。道光四年春，他两至江阴暨阳书院，拜会李兆洛，听取李兆洛对经学的有关教诲，并请李兆洛为《诗古微》作序。
在这前后不久，陶澍调来任江苏巡抚，贺长龄由江苏按察使改任布政使。陶、贺都是湖南人，都是魏源的长辈，都很熟悉和器重魏源。因而贺长龄延魏源入幕，并于道光五年委托他收集和编纂清朝历代的经世文章。
在这年之前，魏源一直在学习和研究经学；在这年之后，魏源开始把注意力集中到了各种治国方略的经世致用之学，亦即魏源自己说的“运时策”上。因而道光五年成为了魏源人生道路和学术道路的一个重要转折点。由经学转向实学、由纯学术转向经世致用，是魏源思想上的第一次飞跃。他的友人姚莹说：“默深始治经，已，更悉心时务。”这是很了解魏源其人的一句话。
魏源在协助贺长龄编辑经世文编之后，又协助陶澍、贺长龄改革江淮的漕政和盐政，兴修水利。从此之后，直到道光二十五年（1845）任江苏东台县令止，他又先后出进于陈銮、伊里布、杨芳、林则徐、裕谦等人的幕府，几达二十年。他始终以幕僚的身份为幕主们的施政治军，或建议方略，或协助实施，以践履他的种种“运时策”。
运时，常称经世，即经理世事，管理好国家的政治、经济、军事等。“经世”一词，最初大概出于晋人葛洪的《抱朴子》，其《审事》篇说：“披《洪苑》而知箕子有经世之器，览《九术》而见范生怀治国之略。”经世却是儒家的传统思想，是儒家的入世思想与老、庄的出世思想的根本不同处，是儒家以人为本位、实现自己的政治思想和价值观的体现，是儒家建功立业的起点，也是落脚点。孔丘周游列国，正是为了要经世。他颇为自信地说：“苟有用我者，期月而已，三年有成”；“如用我，其在东周乎”！他后来在陈国被匡地人怀疑，被围困几天，他哀叹说：“文王既没，文不在兹乎？天之未丧斯文也，后死者不得与于斯文也。天之未丧斯文也，匡人其如予何！”孔丘虽受挫而经世之志未衰。
儒家的另两位开山大师孟轲和荀卿也是积极经世的。孟轲与齐宣王、梁惠公、滕文公的对话，都是在宣传自己的经世主张。荀卿的《富国》、《王霸》、《君道》、《臣道》、《议兵》等篇章，都是经世的大方略。到汉武帝罢黜百家、独尊儒术后，董仲舒为巩固封建主义的大一统和中央集权，提出了系以上引文见《史记·孔子世家》。
统理论。他的《举贤良对策》便是极好的经世之作。但是，后来形成了专重名物训诂的汉学，和注重心性、注意个人修养的宋学。它们的学术成就，可另当别论，但确乎对经世淡了一些。明末清初的黄宗羲、顾炎武、王船山等人批判了明代陆、王的空谈心性，重新举起了儒士崇尚实学、经世致用的大旗。顾炎武说：“君子之为学也，以明道也，以救世也。”又说：“孔子之删述六经，即伊尹、太公救民于水火之心，故曰载之空言，不如见诸行事。”又说：儒士“不耻恶衣恶食，而耻匹夫匹妇之不被其泽”。
魏源生活在清廷文字狱迭兴不断，儒士们“避席畏闻文字狱”的时期。由于“文字狱频兴，学者惴惴不自保，凡学术之触时讳者，不敢相讲习”，“尤其不敢言近代事”，转而埋头名物训诂，形成乾嘉考证学派。但是，国家在各方面的逐渐式微，促使有识之士从饾饤的汉学中走了出来，力倡经世致用的实学，学风因此为之一变。魏源正是清代中期这种学风转变过程中的佼佼者；同时，魏源又以自己的实绩，加速了这种务实学风的发展。
他在《默觚》中明确宣布，厌恶“有位与有德判然二途，治经之儒与明道之儒、政事之儒又判然三途”的状况，而主张贯经术、政事、文章为一。他说：“君子以道为乐。”又解释说：“曷谓道之器？曰礼、乐。曷谓道之断？曰兵、刑。曷谓道之资？曰食、货。”所以，真正的“明道之儒”，必须投身到礼、乐、兵、刑、食、货这类政务中去，殷殷恳恳，身体力行，做到既立德、立节，又立功、立言。他指出：“无功、节、言之德，于世为不曜之星；无德之功、节、言，于身心为无原之雨：君子皆弗取焉。”魏源便是以这些作为儒士必须经世的理论根据。而编辑《皇朝经世文编》，又更加巩固、深化了他的经世思想。
道光三年，魏源自京南下后不久，便在金陵龙潭湖（又名乌龙潭）西岸买了一处住宅，自称“湖干草堂”。此处桃红柳绿，湖光粼粼，绝城市之喧嚣，有草木之幽静，正是魏源披阅文献、编辑《皇朝经世文编》的好去处。他曾赋诗描述居室的环境与自己的心境道：
巢由原不买山居，敢效知章乞鉴湖。
底事草堂钱十倍，只因门外水云租。
山村城市少兼全，心远由来地自偏。
断尽红尘闲尽屐，湖光清到卧床前。
春风绿尽一池山，闭户文章败叶删。
不是老僧来送笋，如何倒履出紫关。
在湖干草堂，魏源经过近两年的努力，于道光六年（1826），完成了选编工作，命其书曰《皇朝经世文编》。
与他共同编辑这本书的，为江苏宜兴人任晟。《宜兴荆溪县新志·任晟传》：“任晟，字曙堂……贺长龄方伯辑《皇朝经世文编》，延入幕，多所商定。”校雠者则为吴县人曹堉。所以，全面地说，《皇朝经世文编》的策划人为贺长龄，编辑人为魏源、任晟，校勘人为曹堉。
不过，这本书的编成，主要功绩属于魏源。而且，从这本书的取材，可以透露出魏源思想发展的某些迹象；从这本书的编辑体例，又可以看出魏源取材时的深入思考和慎重态度。
全书共收清代自顺治年间至咸丰五年六百四十多人的二千二百三十六篇文章，其中包括魏源自己的文章十七篇。这些文章基本分为两部分：第一部分为“学术”和“治体”，论虚为主；第二部分多为务实，举凡铨选、官制、考察、大吏、守令、吏胥、幕友等吏政、理财、养民、赋役、屯垦、《卜居金陵买湖干草堂》。魏源代贺长龄写的《皇朝经世文编叙》说，此书“理于魏君，雠校于曹生”，而不提任晟之名，不知何故？后来，他作《明代食兵二政录叙》说：“少游京师，好咨掌故。曾以道光五年为江苏贺方伯辑《皇朝经世文编》。”也不提任晟。云：“此书名为贺制府长龄所辑，实出于邵阳魏默深一人之手。”自此更流行此书出于魏源“一人之手”的论断。
八旗生计、农政、仓储、荒政、漕运、盐课、榷酤、钱币等户政，以及礼政、兵政、刑政、工政等，无不包括在内，计八纲六十五目，可说是一部清代的《政务全书》，是清代道光朝以前的政治、经济、军事、文化和学术的史料汇编。它既是文献集成，又是吏治精粹。
为什么编这么一本书？魏源解释说：“善言古者，必有验于今矣。”又说：“欲识济时之要务，须通当代之典章；欲通当代之典章，必考屡朝之方策。选举、考察、职掌之必悉，而后可以审立官；赋榷、俸饷、服制，不明其别，何以辨五礼之仪文？山川、关塞、邮驿，不审其方，何以筹九洲之控驭？明罚敕法，准乎律例，如程物之有衡；堤防疏浚，各有情形，必左图而右史。”可见，本书着重于实用。“他山之石，可以攻玉。”《皇朝经世文编》一出，“数十年内风行海内，凡讲求经济者，无不奉此书为矩矱，几乎家有其书”。它震撼着清代中叶的政界和学术界。这一事实表明，《皇朝经世文编》不但有史料价值，更有实用价值。故在道光朝及以后历朝，它被多次翻刻，版本甚多。自此以后，重视实学的风气，在清代更为盛行。
以“经世”命名的书，最初有北宋人邵雍的《皇极经世书》十二卷。他在《序》中解释说：“至大之谓皇，至中之谓极，至正之谓经，至变之谓世。”全书论述的是《易经》的象数学，以“元、会、运、世”为主要时间概念，探讨自魏源代贺长龄作《皇朝经世文编叙》。
然现象与社会人事。可见邵雍说的“经世”，与“经理世事”在概念上是不一样的。而以收集议论时政的方策与得失的文章成书的，最初当推明人陈子龙等编辑的《明代经世文编》。
此书共五百零八卷，《序》中明确表述编辑此书的目的，是欲“明治乱，存异同，详军事”，总结明代治政二百多年的经验教训，以挽救正在衰败的明朝统治。与此同时，类似的书还有明人陈九德的《明名臣经济录》、万表的《明经济文录》等。至清代，乾隆四十年（1749），陆耀开始辑录清人的经世文章，名其书曰《切问斋文钞》。贺长龄、魏源的《皇朝经世文编》，正是仿陈子龙、陆耀等人的思路而编辑的清代第一部经世文章的总汇。
《皇朝经世文编》之后，效尤者接踵而至。道光二十九年（1849），张鹏飞感魏源书“详东南，略西北”，增补三百五十一篇，成《皇朝经世文编补》一百二十卷，有咸丰元年（1851）束鹿堂刻本。洋务运动时期，则有饶玉成主要选录道光、咸丰、同治三朝五十多年间经世文章的《皇朝经世文续编》一百二十卷，光绪八年（1882）翠筠山刻本；有葛士浚主要收录鸦片战争以后到光绪初年的经世文章的《皇朝经世文续编》一百二十卷，光绪十四年（1888）上海图书集成局铅印本；有康盛主要收录道光至光绪近八十年的经世文章的《皇朝经世文续编》一百二十卷，光绪二十三年（1897）武进盛氏思补楼刻本。甲午战争后至戊戌变法时期，有陈忠琦收录洋务运动和变法运动时期的经世文章的《皇朝经世文二编》八十卷（以葛士浚所辑本为续编），光绪二十四年（1898）上海龙文书局石印本；与此书收录内容类似的，还有甘韩的《皇朝经世文新增时务洋务续编》，光绪二十三年66（1897）上海扫叶山房石印本；三画堂主人的《皇朝经世文三编》四十卷，光绪二十四年刊；麦仲华的《皇朝经世文新编》二十一卷，光绪二十四年（1898）上海书局石印本；求是斋主人的《皇朝经世文五编》，光绪二十八年（1902）上海宜今室石印本。新政时期，有何良栋的《皇朝经世文四编》，光绪二十八年（1902）上海书局石印本；阙涛的《皇朝经世文五编》二十六卷，光绪二十八年刊印；求自强斋主人的《皇朝经世文编》，光绪二十六年（1900）上海慎记书庄石印本；宜今室主人的《皇朝经世文新编》，光绪二十七年（1901）宜今室石印本；邵之棠的《皇朝经世文统编》，光绪二十七年上海慎记书庄石印本；润甫的《皇朝经世文统编》一百零七卷，光绪二十七年上海宝善斋石印本；储桂山的《皇朝经世文续新编》，光绪二十八年（1902）义记书局石印本；杨凤藻、甘韩的《皇朝经世文新编续集》，光绪二十八年商绛雪斋书局石印本，阙名的《皇朝经世文统编》一百二十卷，光绪二十八年刊印。钟英采辑的《洋务经济新学论》（1895）、管斯编的《洋务自强新论》（1896）、陈昌绅编的《分类时务通纂》（1902）、张寿镛和宋文蔚等编的《皇朝掌故汇编》（1902）、于宝轩编的《皇朝蓄艾文编》八十卷（1903），虽书名不同，实际上仍是《经世文编》的续编。甚至进入民国时期，还有经世文编社的《民国经世文编》四十卷，1914年刊。从上述这些并不完备的书目，可见魏源的《皇朝经世文编》在同类书籍中起了承先启后的作用，在中国的出版史上画上了重墨浓彩的一笔。
《皇朝经世文编》反映了选编者的开阔的视野和选优汰劣的能力。因而在编辑学上，《皇朝经世文编》也是很有启示意义的。
一是魏源所说的“审取”，即审慎地确定取舍材料的标准。这个标准，魏源认为就是实用：“书各有旨归，道存乎实用。”在实用的总要求下，要处理好学术与实用的关系，即虚和实的关系。他说：“既经世以表全编，则学术乃其纲领。”学术是纲领，经世文则是在一定学术思想指导下切于实用的方略和政策。魏源提出三个“勿取”，也就从反面说明了哪些文章“可取”，即，“凡高之过深微，卑之溺糟粕者，皆所勿取矣”；“凡古而不宜，或泛而罕切者，皆所勿取矣”；“凡于胜国为药石，而今日为鉴蹄者，亦所勿取矣”。另外，“天文、乐律之属，可略焉勿详也”；“蛮海各防，间存公案数则，其他纪述之作，虽工焉勿登也”。由此可见，魏源在资料的取舍上是相当缜密的。经过鉴别，他抛弃了不少错误的、不够准确的文章，一切以是否有助于经世为目的。
二是魏源所说的“广存”，即收集资料的面要广、数量要适当。首先，既收正面文章，也收对立面的文章，因为“有利必有害，论相反者或适相成，见智亦见仁，道同归者无妨殊辙”。其次，所收文章要有多层面、多角度的，因为“集思而广益，庶执两以用中，则取善之宜广也”。再次，不可考虑作者的身份地位，也不可要求所收文章有统一风格，因为“文无难易惟其是，讵容喜素而非丹？圣有谟训择于狂，未可因人以废论”，“或迩言巷议，涓流辄裨高深，或大册鸿编，足音寥同空谷”。所以《皇朝经世文编》既收硕公庞儒之论，也收俊士畸民之言。
三是魏源所说的“条理”，即如何将所收文章分门别类，这就需要一番“会通触类”的工夫。魏源认为：“纲举固目张，事繁则理赜。”分门别类是很重要的，其基本方法是“言以聚之”，要看到众多事物的“异而同”和“同而异”，使分门别类“右有左宜”。
四是魏源所说的“编校”。他的原则是：凡所选文章，必须“论事尚简明”，“建议期切实”。故他对《皇朝经世文编》所收文章普遍进行了文字修饰工作：“节冗”、“去偏”，加上句读，圈识章段，有的还并合或整理，进行再创作。
正因为魏源对这些编辑工作都考虑得细致周详，他的《皇朝经世文编》也就自然地成为了后之效尤者的范本。
魏源在纂《皇朝经世文编》时，就计划“辑《明代经世》一编，以翼其旨”。此书后来叫《明代兵食二政录》，完成于道光十七年（1837）。但今无传本，只留下他在絜园写的一篇《叙》。据《叙》说，此书“集有明三百年文章论议，言食政之类十有三、兵政之类二十有四，凡为卷七十有八”，也是一部大部头。
为什么他没有按计划编纂《明朝经世文编》，而仅编兵政、食政的有关文章呢？他解释说：“议礼之聚讼，刑狱之匡救，于今无涉，概不旁录。”意思是，礼、刑二政，“无关以上引文均见《皇朝经世文编五例》。今鉴”，可略而不究。又说：“其辽东边防，事涉敌忌，可酌改而不必讳言。”为什么呢？因为“有钦定《明史》旧例在，有纯皇帝褒熊廷弼及赠谥殉节诸臣之诏书在，有钦定《四库全书》收明臣奏疏之例在”。这就是说，这些有关明朝廷与清祖先间的战事，以及清朝廷的祖先相互之间在辽东的战事，都是不可涉足的禁区，都只能按“钦定”的《明史》、《四库全书》以及皇帝的诏书的口径说话，故只能把书的内容限制在食、兵二政之内。可见，魏源在纂《明代经世文编》时，对清朝廷的频繁的、残酷的文字狱心有余悸。
魏源在《明代食兵二政录叙》中，对明代衰亡的原因作了很好的分析和概括，对清代嘉庆、道光时期的弊端则作了无情的揭橥。
他指出，明代中叶以后之失，“在于大权旁落”，阉党横行；在于“有北鞑、南倭之侵轶”，更在于“大兵大役之派加民赋”，且“四方税榷扰其下，主兵太监掣其外，司礼太监神丛阿柄倒其上”，因此，“末年遂以是亡国”。他又指出，明代曾一度“清士途，培士气”，“士得以讲求有用之器”，故“往往有非常豪杰出乎其间，虽佚君乱政屡作，相与维持匡救而不遽亡”。但，明代的士气、吏风后来逐渐败坏，这是因为任官用官的制度不好：“举天下仕进一出于科目，无他途杂乎其间，无色目人分占其间，无论甲乙一第，未有终身不沾一禄者；内而部曹，外而守令，未有需次数十年、十数年始补一缺者”；与此同时，“遇铨选乏人，则辄起废田间，旋踵录用，士之得官也易，复官也易，则其视去官也不难”。魏源对明代政局得失的这些分析，是观察敏锐而论断中肯的。
在这篇《叙》中，魏源还在歌颂了一番清初的政局之后，发问道：当前“东南之漕运困于输将，中外之仕途困于需滞，沿边之军饷诎于度支者，何哉？”他分析道，首先是“黄河无事，岁修数百万，有事塞决千百万，无一岁不虞河患，无一岁不筹河费，此前代所无也”；其次是“夷烟蔓宇内，货币漏海外，漕鹾以此日敝，官民以此日困，此前代所无也”；第三是“士之穷而在下者，自科举则以声音诂训相高，达而在上者，翰林则以书艺工敏、部曹则以胥吏案例为才，举天下人才尽出于无用之一途，此前代所无也”；第四是“宗禄之繁，养兵之费，亦与前世相出入”。
魏源如此总结明代的衰亡史，又如此针针见血地指出清代当前的症状所在，是因为清承明制，“凡中外官制、律例、赋额、兵额，大都因明制而损益之，故其流极、变迁、得失、切靡之故，莫近于明”。二者有不少相近、相似之处，比较则更近乎情理，探索兴衰的根由则更能入木三分。魏源申述说：“立乎今日以指往昔，异同黑白，病药相发，亦一代得失之林哉！”又说：“今昔病药之相沿，常以对治而益着。”所以，他于辑《皇朝经世文编》之后，紧接着又辑《明代兵食二政录》，目的很明显，便是“仿宋臣鉴唐、汉臣过秦之谊”，以前事为师。他这样做，内心装的依然是儒士经世的诚心与苦心。
