最后，孙中山特别提到了冯玉祥修改了清王室的优待条件，并且将溥仪驱逐出北京故宫的行为，他是赞同的（等于给冯玉祥站脚助威）。
孙中山因病延缓了进京，段祺瑞抓住这个机会，趁他还来不及反对，就让外交部答复外国公使的照会，首先对外国承认他的段政府表示感谢，继而再次重申了段政府的一贯主张，以前各国签订的一切不平等条约全部不变。
随后他就公布了《善后会议条例》，但依然没有老百姓代表。
此时孙中山认识到时局发展方向即将偏转，带着未见好转的身体赶到北京参加善后会议，但几次与段祺瑞争辩，他的意见都不能得到采纳，不仅如此，他的几点主张诸如容纳人民团体的代表、推行普选制等都遭到了军阀们的反对。这促使他进一步认清了自己与军阀们之间的本质矛盾是无法调和的，善后会议完全变质为军阀、官僚、政客们的包办婚姻，自己在这里纯属多余。
彻底绝望的孙中山命令所有国民党员全部拒绝参加善后会议，段祺瑞与孙中山的关系从此破裂，两人在各自的道路上渐行渐远。
孙中山的退出对段祺瑞们来说，不过是个小插曲，有他没他一个样。
1925年2月1日，筹备多日的善后会议终于在北京开幕，段祺瑞到会祝贺，发表宣言，并且一开始就为会议定下了基调：一、建设方案；二、重订宪法。
关于这个建设方案，段祺瑞有自己的理解，他将民国建立以来的种种进步与不足阐述了一番（当然，都是他自己的个人理解），肯定辛亥革命的意义，指出战乱延续下去的危机，表达出希望军阀停战的意愿。这些都是场面话，倒也不用过多重复，但他单独将制宪提了出来，作为最重要最迫切的事来抓，其实是有自己的小算盘的。
为什么这么说，就因为他自己现在的身份——临时执政。这个临时执政不过是冯玉祥、张作霖和一些军阀们临时做出的一个过渡性决定，本身没有任何法律依据。首先他不是国会选举出来的，也不是总统任命的，怎么看都显得名不正言不顺，说起话来都底气不足。大家一团和气的时候，兄弟长兄弟短的，倒也没人认真追究他的出身问题。可是一旦有一天哪个家伙发飙，拿这件事攻击他，那他这个临时执政还不是说倒就倒吗。如果这个善后会议能制定出一部新宪法来，给他这个l临时执政扶正，不管是叫总理也好，叫总统也罢，总之只要合法，名正言顺。
当然，我们也应该看到，段祺瑞作为一个政治家还是有自己的抱负的。
对于这次的善后会议，他可是抱了相当高的期望。于是在会议期间，他一口气提出了25个议案，包括各省的税收与财政问题，以及各省与中央政府之间税收上缴比例的问题，还有他的裁军方案，以及裁军后多余人员如何安置。
段祺瑞仍然想通过这种形式达到国家一统的目的，不希望中国再四分五裂、战火连天，由中央政府有效行使管辖权。
然而，一个思想守旧、跟不上时代、看不到世界潮流和发展趋势的政治家，是注定不会成功的。段祺瑞希望用军阀制止军阀达到和平的目的，本身就显得过于天真。将国家权力集中于少数军阀政客之手，又体现出了段祺瑞缺乏远大的政治眼光。
事实上，他遭受的最大阻力就来自他所倚赖的全国最有实力的派系奉系。张作霖正努力把其势力扩展到长江流域，故对收束军队裁撤兵员等议案非常反感，千方百计地阻拦其通过。至于财政各案，因为财权也是军阀们的命脉，触及到他们的切身利益，所以也不可能通过。因此，善后会议最后只通过了一些无关紧要的条例而草草结束，段祺瑞想通过善后会议解决时局纠纷的期望算是彻底落空了。
孙中山一直在北京，他的病被诊断为肝癌，而且越来越重。1925年3月12日，一代伟人孙中山在北京与世长辞。消息传来，正在出席国务会议的段祺瑞立刻宣布散会，派内务部次长王来代表到铁狮子胡同孙先生行辕吊唁。
孙中山是这个时代最伟大的政治活动家之一，他的主张得到了包括社会各界群众的强烈拥护其个人享有极高的威望。即使是他的对手，那些形形色色的军阀们也对他肃然起敬。由他一手缔造的中国国民党更是将他视为本党的一面旗帜。
为了纪念这位百年来难得一见的伟人，国民党人绝不打算草率。他们提出准备在中央公园社稷坛举行全民公祭，并向政府提出了申请，但段祺瑞此时却害怕北京的学生和社会团体会借机闹事，因为中央公园距离他的执政府实在是太近了（就是今天的天安门西边的中山公园），于是他提出要改在偏远一点的天坛举行，当下就遭到国民党人的强烈反对，纷纷发表抗议。最冲动的要数于右任了，他得知原委后气得跳了起来，：直接跑到了段祺瑞的执政府办公室，指着段祺瑞的鼻子拍桌大骂。迫于社会的压力，最后段祺瑞不得不同意国民党人的要求，允许孙中山的遗体停灵中：央公园，并允许社会各界前往吊唁。
当然，政治纷争是一回事，抛开他们的政见分歧，段祺瑞还是颇为敬重孙中山本人的。于是在公祭那天，段祺瑞也送来了挽联：
共和告成，溯厥本源，首功自来推人世；
革命而往，无问终始，大年不假问苍天。
上联是赞扬孙中山推翻帝制、创造共和的丰功伟绩，下联是颂扬孙中山对革命事业的坚毅与忠诚，惋惜他不能长寿。
自古英雄惜英雄，即使是对手也不例外！
丑闻与亮点——金佛朗案与关税特别会议
段祺瑞就任临时执政后，因为军阀的本性就是争权夺利的，而依靠军阀上台的段祺瑞无法左右他们，因此在政治上一直难有什么作为。但为了将北京政权维持下去，也为了自己能在元首位置上待的时间更长一些，段祺瑞终于还是决定要出手干出两件事来。既然军事上自己左右不了，那就避实击虚，段祺瑞选择的突破口是财政！
要解决民国时期的中央财政，有一件事是段祺瑞无论如何都绕不过去的，那就是拖延了很久也没人敢办的“金佛朗案”。
关于“金佛朗案”还得从“关税会议”的来龙去脉说起。1855年，英、美、法三国驻沪领事组织了关税管理委员会，这是帝国主义掠夺中国海关主权的开端。到了1858年，天津条约中对于关税加以固定，由上海推到全国。
1901年辛丑条约后更是变本加厉，规定中国关税及盐税作为赔款担保，帝国主义公然派人为税务司监督收税，协定税率为“值百抽五”，也就是5％的税收比例。这一税率不仅史无前例，而且是世界各国所没有的，是帝国主义百年来强加在中国人民头上的一个经济枷锁。1911年，英国人安格联以双重身份充任中国政府的总税务司，以汇丰银行为首的外国银行团则成为中国国库存纳关税的机关。
说得再明白点，中国的税务是外国人在总管，所收的税先经过外国人的手，抽走其中要赔偿给各国的款项后，剩下的才能返回给中国政府。而且只要是经过税务机关征收上来的钱款，一律存在外国银行里面，跟中国没有丝毫关系。
俗话说， “吃人的嘴短，拿人的手软”，依靠外国人的财政才能生存的中国政府，怎么可能对人家硬得起来！这就不难解释为什么民国时期前前后后上台的所谓政治家们都不敢得罪外国人了！
1908年，中国准备对德参战，提出以修改关税率为加入协约国的条件之一，在上海召开了修改税则会议。由于遭到日本的反对，因而无果而散。
1919年巴黎和会，中国又提出关税自主，和会竟然推诿此问题不属于和会范围内。1922年，中国代表又在华盛顿会议上提出关税自主问题。理由是战败国还没有协定关税特例，而中国本为战胜国之一，更不应身受此史无前例的约束。由于中国坚持了上述正当理由，当时各国代表也无词可驳。然而在九国公约成立之后，仍然规定：中国关税值百抽五，在九国公约发生效力后，中国政府可召集各国前来参加关税特别会议，一面筹备裁厘，一面在裁厘前加以收值百收二五附加税为过渡办法，这是以美国为首的帝国主义集团以敷衍的手段来保障协定关税制度。
1924年4月，中国向各国提出召开关税特别会议的照会，但迟至6月间才接到各国的复照，而且都借口九国公约签字国还未批准公约，所以此会不能召开。而法国即为未批准公约国之一。法国人也直接、公然提出以承认“金佛朗案”为批准各国的交换条件。
当时美国、苏俄相继退还庚子赔款，用作中国的文化教育事业。法国在1922年也同意退还赔款，但有条件：一是要把部分退款用作中法实业银行的复业基金。“中法实业银行”原为中法合办的，是法国在华控制金融的一个重要机构，曾吸收了中国军政要人的大批存款。第一次世界大战期间，因经济凋敝和经营不善宣布倒闭，法国希望该银行恢复营业；第二个条件就是要求中国政府以庚子年汇价（即金法郎汇价）计算应付给法国的赔款。此举将令中国多付八千多万元，而一旦与法国同属“拉丁币制同盟”的比利时、意大利也援引此例，则中国人还要再多付七千多万元，这就是所谓“金佛朗案”。
当初直系曹锟政府曾打算办此案，还遭到段祺瑞本人的通电攻击。但他自己上台后，由于面临陷于绝境的财政，他在善后会议上所提的一系列财政议案又得不到通过，他就也把目光盯到了“金佛朗案”上。
这里有必要介绍一下民国时期的财政了，段祺瑞执政府时代的所谓中央财政，真是干疮百孔、朝不保夕。各省的税收全被当地的军阀扣留，中央得不到一分钱。即使是名义上归属于北京政府管辖的北京近郊的税收，也通通被冯玉祥的国民军和张作霖的奉军瓜分殆尽。崇文门的税收划给了冯玉祥，作为国民军第一军的军费；京绥铁路每月的收入大约有二十万元多一点，也全部被国民军划拨过去作为军费，而更赚钱的京奉铁路更是所有收入全部划给奉军，中央政府无权过问。
政府总要发工资吧，就是段祺瑞的执政府最少也有几百号人，加上北京各个行业的公务员开支、军警费用、教育经费等都是需要用钱的。那么，段祺瑞哪来的钱呢？借！
段祺瑞可算是拆东墙补西墙的高手，先发行国债，从老百姓那里筹钱，等到国债成了垃圾无人认领的时候，就借外债。几年下来，政府已经几乎将所有能抵押的东西全部抵押了。注意，这里说的抵押可不是我们老百姓借个仨瓜俩枣用家里的什么桌椅板凳抵押，段政府抵押的那就是中国的铁路运营权、矿产开发权等。但凡你对中国还有感兴趣的东西，好，通通可以抵押，只要你拿来真金白银的现大洋给我用就行。
就是这样，多年下来，能抵押的东匾也早就干干净净了，到了后来，所有的本国银行、外国银行再也没人敢给段祺瑞的政府贷款，更别说是借钱了。段政府穷得叮当响，怎么办？一心要强的段祺瑞不甘心自己一手建立起来的政府因为几个钱就垮台。思来想去，段祺瑞将目光盯上了说也不敢碰的“金佛朗案”。
段祺瑞希望能在国内征收特别税，使中央财政能自力更生，不用再举债度日。但当时的中国是很奇特的，一个主权国家，税收却掌握在外国人手里。中国政府要征税必须征得外国人同意，并且由外国人来收。如果要获得额外的征税权力，就必须征得九国公约的签字国集体同意，那就需要召开一个特别关税会议。但是九国中法国态度一直很强硬，拿住“金佛朗案”不放，就是不同意。另外，由于中国的税收是掌握在外国人手里的，账目往来必经他们之手，先扣除中国必须赔偿的“庚子赔款”，剩下的部分再返回给中国政府。因为中国一直没有同意法国的要求，于是法国通知了中国的总税务司安格联（外国人），从1922年12月1日起，将中国的扣除庚子赔款后的关税、盐税余额即关余、盐余按金法郎折算的赔款数尽数扣留，不让中国政府提用。到这个时候，关余、盐余已达2360多万元，对捉襟见肘的段祺瑞执政府来说，那可不亚于一笔巨款。要是能从法国人手里拿回这笔钱，段政府至少半年左右不用为钱发愁了。
当时的财政总长就是李思浩，因为考虑到“金佛朗案”的确过于棘手，谁办了都会留下千古骂名，因此尽管段祺瑞连下七道手令，他姓李的还是战战兢兢如履薄冰，今天推明天，明天推后天，能拖多久是多久，最好是拖到自己下台了，让别人去办。段祺瑞拿他好像也没有太多办法，虽然急火火地催促，但人家李思浩似乎打定主意要修炼成太极高手。最后，徐树铮出面了。
消失了很久的徐树铮现在在干什么？他在外国呢。徐树铮本来一直居住在上海，浙奉之战后，上海租界勒令他离开上海，他只好跑到了国外去（国内已经没有他的立足之地）。后来段祺瑞当上了临时执政，徐树铮坚决反对，劝段祺瑞无论如何不要做傀儡。考虑到徐树铮的态度，段祺瑞上班后没有叫他回来，而是顺水推舟给他一个政治专使的头衔，让他就便在国外考察。
徐树铮东游西逛，终于溜达到了法国，法国政府了解到他是段祺瑞最重要的幕僚后，马上隆重招待他，于是双方在法国秘密协商了“金佛朗案”的解决方案。根据协商结果，徐树铮给段祺瑞发了一通电报，详细阐述了必须通过该案的理由和步骤。
段祺瑞本来也是三心二意，既想办又怕承担难以想象的后果，所以态度一直在矛盾。收到徐树铮的电报，段祺瑞真是打瞌睡碰上了枕头，如获至宝，坚定了办下去的决心。
