其次，他顶着巨大压力，提出分税制，重新梳理中央与地方政府的财政关系。多年来，地方经济的发展和国营企业的发展，靠的都是中央财政的投入，用经济学家马洪的话说，是“一个老子，养了成千上百个儿子”，因此便陷入一放就乱，一收就死的局面，到90年代初期，中央财政已非常拮据，不得不靠大量发行货币来解困，而因此带来的通货膨胀危机则让人不寒而栗。1992年，全国财政收入3500亿元，其中，中央收入1000亿元，地方收入2500亿元，中央财政支出2000亿元，赤字1000亿元。当时出任财政部长的刘仲藜回忆说，他曾经三次找朱镕基副总理，希望他批条子向银行借钱，朱不允许。当时连某些中央机关都已经到了不借钱，工资发不出去的境地。财政体制的弊病，从上海和北京可窥见一斑。
上海实行的是定额上解加递增分成的模式。定下每年财政收入165亿元，100亿元归中央财政，65亿元归地方财政，每增加一亿元，中央与地方五五分成。结果，上海实行财政包干五年，年年财政收入是163亿元－－165亿元之间，一点没增长。对北京采取的是收入递增包干分成模式，约定的年增长率是4％。5年之中，北京每年财政增长从没有超过4％。中央政府在这种财政分配体制中表现得非常的被动。鉴于这种现状，朱镕基采纳经济学家董辅礽等人的提议，决定“分灶吃饭”，中央与每一个省份谈判分税种类和比例，实行分税制。1993年7月23日，朱镕基在全国财政会议上首次正式提出分税制的想法，一个多月后，分税制改革的第一个方案出台。
为了说服各省，朱镕基在随后的两个多月里，奔波全国，一一说服，其间颇多拉锯、妥协，但是，实行全国统一分税制改革的大原则，始终没有动摇。【刘仲藜在回忆录中记录说，为了说服各省，朱镕基最后勉强同意1994年之后的中央财政返还以1993年地方财政收入为基数。而这一协议达成的时候，93年后四个月的财政数据尚未统计出，从而给了地方政府有意识增加后四个月财政收入，以便94年后多从中央财政获得财政返还的空间。事实正是如此，最终地方政府上报中央的财政收入比92年猛增将近50%。为了抬高基数，地方有许多高招。比如，一个企业原来承包了，税补交已经减免，现在叫他交税，把基数抬高，交了以后在私下返还。再比如，把死欠、积欠当基数。所谓死欠，就是哪个企业已经倒闭了，从来没有交过税，现在通过转账或者从银行借款缴税，这样把基数抬高了。还有就是“寅吃卯粮”，收过头税，把明年的税在今年收了，把基数抬得很高。】
分税制的实行，使中国的财政秩序为之大改，中央财政重获活力。1994年－2002年，我国财政收入年均增长17.5％，财政收入占GDP的比重由1993年的12.6％提高到2002年的18.5％；中央财政收入占全国财政收入的比重为55％，比改革前的1993年提高了33个百分点；2002年，除税收返还和体制性补助外，中央性地方转移支付高达4019亿元，是1995年的8.6倍，年均增长36％。中国社科院的金融学家刘煜辉认为，分税制改革后，一方面中央把财权高度集中，在税收上削弱地方政府能取得的比重，而留给地方的几乎都是收入来源不稳定、税源分散、征管难度大、征收成本高的中小税种。另一方面，中央又把更多的实权层层下放给地方政府，甚至经常以牺牲地方税权为代价来完成中央的某些政策，“中央请客地方买单”的现象大量存在。以经济发达、税源最为充沛的浙江省为例，在1993年，浙江的财政自给率是133.27%，1994年以后这一比率大幅下降到60%左右，而其他中西部地区的财政状况可想而知。
除了靠分税制拯救危机中的中央财政之外，朱镕基另一个具有深远意义的金融决策是，力排众议实行汇率改革，让人民币大幅贬值。在此之前，中国实行的是官方汇率与调剂市场汇率并存的汇率制度，它是计划经济的一条“金融尾巴”，既保护了国有公司的利益，同时也催生了一个庞大的外汇交易黑市。从1994年的1月1日起，两种汇率实行并轨，实行“以市场供求为基础单一的有管理浮动汇率”，人民币兑美元的汇率定为8.72元兑1美元，比之前的官方汇率5.7元贬值33%——兑换一美元需要的人民币，在1978年是1.7元，1991年为4元，1992年初是5.7元。人民币的大幅贬值，使得中国商品一下子在世界市场上价格变得便宜了，而且更重要的是中国成为一个更加吸引外部投资商的地方。德国的《商报》在评论中认为，人民币的大幅贬值，首先意味着亚洲四小龙低廉的劳动力优势从此丧失，中国必将成为全球制造业的中心。
这是一个十分具有标志性的政策变化。从此之后，中国公司开始集体远征，中国经济走上了外贸拉动型的道路，它将在2005年达到顶峰，并诱发了中国与欧美、乃至周边国家的贸易大战。【在1997年的亚洲金融风暴中，有学者将中国的此次贬值视为金融风暴的“起源”之一。美国经济学家米尔顿·埃兹拉蒂在《变一一日本变局将如何改变世界均势》一书中认为，1994年的人民币贬值动摇了亚洲的金融格局，第二年，日本对美元的比值下降36％，韩国和东南亚诸国顿时失去出口的价格优势，这些国家金融体制的脆弱性暴露无遗，1997年6月，国际金融狙击手终于在泰国撕开突破口，灾难发生。】
朱镕基主政的“第三战”也是贯穿十余年的治理主题一一是搞活国营企业。对此，他的思路也与之前有微妙的转变。
从1980年代以来，国营企业改革的成效一直无法让人满意，凡是有民营企业涉足的行业，它们都表现得不堪一击。今年的局面是，抓了多年的经营机制转换但收效实在甚微，国营企业家们仍在嚷嚷权利太小，在今年的北京两会上，国内最大的钢铁公司总经理李华忠在分组会上大喊：“自主权万岁！”，他还羡慕地对身旁的辽宁省海城市东房身村党支书王国珍说，“我的权力还不如你的权力大。”而另一方面，权力放了下去，到底能不能用好，却是另一个没有答案的难题。由于效益不佳和老企业萎缩，失业人口的增加已成一个严重的社会问题，
在朱镕基看来，中国当今的企业问题已非改革之初可比，当时只有国营企业一支力量，不把它们搞活国家当然振兴无望，而如今，乡镇企业已经异军突起，占到了半壁江山，外资企业也蜂拥而入，自是另一股可以借重的商业力量。同时，随着民间资本的日渐充沛，两大股市又可代替国家财政成为向国企输血的工具。在这种新的局势下，国营企业的改革就不应该关起门来，老是在经营体制的转变上绕圈圈，而应当将它们放到市场中去，中央政府则要在整个经济体制的重新构造上多下力气。朱镕基对陈光在山东诸城搞的企业改革十分感兴趣，专门派国家体改委副主任洪虎前往调查。也是在这一年前后，“抓住少数、放活多数”的思路开始渐渐萌芽。
今年7月13日，中国社会科学院工业经济研究所所长周叔莲在《光明日报》撰文《关于国有企业产权的两个问题》，论述“所有制是发展生产力的手段，而不仅仅是意识形态意义上的目的。”由这个判断出发，周以及其他学者提出，不能把所有的企业都抱在怀里，这样做既不必要，也不可能。国家只要抓住关键少数，搞好500到1000家大公司、大集团，就会为众多的中小企业提供广阔的生存空间。那些没有竞争力、也无关国计民生的中小企业将被“放掉”，政府将主抓那些有成长潜力、具备了资源优势的大型企业及盈利能力强的产业。周的观点得到决策层的激赏。很显然，这是一种与以往完全不同的改革思想，它意味着国营企业的改革从放权式的体制转换阶段进入到了“重点扶持、其余放活”的结构调整阶段，这同时深刻地影响了中国公司的成长路径。
在1993年，这种战略思想刚刚萌生，还远远没有展现出成型的格局和娴熟的掌控艺术。只是在一些经济较为活跃的地区，那些没有优势的国营企业开始被“放掉”，过去被禁止的改革现在得到了默许和尝试。在广东第一次出现了“下岗”这个新名词，在经历了几年艰难的“思想解放”后，当了数十年“主人翁”的工人们开始接受自己不再与企业“共存亡”的现实，在年底，濒临破产的国营广州无线电厂裁掉了1000名职工，其中330名选择与工厂彻底分手，工厂根据他们工作的时间给予每年1300元的“工龄补偿”，从此这些职工将走出厂门自谋出路。
这种“工龄卖断”的做法很快被广泛的采用，各地的卖断价各有不同，从数百元到上万元都有，它成为中小型国营企业破产或被私人收购时“安置”下岗工人的最主要方式。在南方的沿海地区，工人普遍能够接受这种方式，因为在这些地方，人们早已有了“第二职业”，那笔微薄的安置费成为他们做小生意或自主创业的启动资本。而在北方，尤其是老工业基地，人们已经习惯于把自己的人生“捆绑”在企业上，以厂为家、世代传承的工作与生活模式使他们几乎丧失了独立的勇气和能力，尤其要命的是，那些地方也没有经商和创业的氛围，因而卖断工龄往往便意味着低水准的安定生活的消失以及“坐吃山空”。随着国营企业体系的日渐瓦解，巨大的生存压力在这些地方无比恐惧地弥漫开来，在改革的阵痛中，城市贫民阶层慢慢地出现了。
在民营经济最为活跃的浙江地区，过去被禁止的改革现在得到了默许和尝试，在这里，悄然发生了一场集体企业的量化改革运动，这是企业史上第一次大规模的产权变革。所谓“量化改革”指的是某些乡镇集体企业的资产通过“土法”评估后，将集体资本全数或部分退出，经营者以赎买的方式获得企业的主要股权。这项改革最早是在浙江台州的玉环和温岭两县出现的，它很快蔓延到附近的温州地区，继而在浙江全境的集体企业中被广泛试验。
这是一场没有严格规范的产权改革运动，在具体的资产评估上，由于缺乏量化的标准和评估体系，各县市的量化手法千奇百怪，大多数企业采取的是“毛估估”的做法，有些县硬性规定，集体资产一律按账面数增值40％计算，而事实上，相当多的企业经过多年发展，其资产早已增值了几倍、几十倍。温州地区的一家二轻物资公司将其属下的20多家企业全部量化改造，而资产评估值以1990年的不变价为准。
绍兴一家纺织企业的量化方案是：将企业的资产量化出10％，折算成50万元作为集体股，全厂200多个职工每人出资5000元，经营者出资100多万元，组成一个资本额为250万元的股份制企业，其后，新企业无偿使用着原有企业的机器设备，一切开支则由老企业承担，经过近一年的运行，新企业产生惊人的利润，而原来的集体企业则毫无悬念地陷入了亏损境地。又一年，新企业以十分低廉的价格将老企业“并购”。到1996年前后，浙江省80％的中小集体企业都完成了产权量化的改造。成批量地出现了千万富翁和亿万富翁。这样的量化改革，很难保证公平、公开、公正，因此在过程中也发生了很多的纠纷。据新华社记者的报道，到1993年底，浙江省已经有超过2000家企业进行了量化改制。
发生在浙江的这种产权改革在随后的几年里一直处在“地下运作”的阶段，全国性的集体企业产权改革要从1998年才全面的开始。它从来没有得到公开的政府肯定，而且在理论界也引起了激烈的争论，有人指责这是变相的“私分集体财产”，是“走私有化道路”。当时的浙江省领导对此进行了有技巧的支持，时任浙江省省委书记李泽民在一份对量化改革提出异议的报告上批复曰，“对于这样的改革要回头看，不过，不能走回头路。”
种种迹象表明，1993年的中国，已经不是一个传统意义上的计划经济国家了。
