显然，杰布和汉基都注意到了这条预言般的警告。报告最后还包括孟西斯本人关于对秘密情报局批评的回复。对于空军部强调想要“更多更确切的情报，比如德国机场上飞机的数量”，孟西斯评论道，“乍一看”，这“似乎是相对容易得到的情报”。但实际上“德国采取了极为严格的预防措施，以防任何陌生人接近其机场”。因此，孟西斯认为他们的抱怨不仅不顾事实，简直就是多此一举。“事实上，空军情报局一直通过一个不得透露的情报渠道对德国空军分布位置了如指掌。”他补充道。针对空军部对技术情报缺乏的抱怨，汉基报告说，情报局的看法是（他们）不仅“提供了一定量的详尽情报”，而且还花费“数年时间来建立稳定可靠的具体技术情报的来源”。“但是，由于战前开展工作的资金不充足，所以战时要建立必要的联系相当困难。”要花很长一段时间“才能重新在波兰、捷克斯洛伐克甚至荷兰建立组织机构，因为芬洛事件严重地扰乱了那儿的组织工作”。汉基说，“我认为孟西斯上校的解释无可质疑”。
除了他自己对秘密情报局的倾力支持，汉基还意识到只有情报部门间更好地协调，以及与客户加强联络才能使工作取得进展。就如何加强情报部门间的协调，他建议每月举行一次外交部常务次官、陆海空三军情报部门、经济战略部负责人以及秘密情报局负责人共同参与的会议。这一组织会讨论时政并对情报的获取和处理过程做一般性的审查。起初，汉基还想过这一组织应该和联合情报委员会（战前成立的协调海陆空情报工作的部门）联系起来。“但是，孟西斯上校指出秘密情报局在成立之初，出于极端保密的需要，有意地规避常规政府部门，如帝国国防委员会和参谋长联席会议，并指出最好是非正式会议。”至于联系，汉基主张客户部门与秘密情报局急需建立紧密联系，如调派官员到秘密情报局工作。汉基还主张与客户部门应建立起相互之间的理解。由于海军部和陆军部还是比较满意以前的安排，汉基继而建议“从空军部门暂调人手到秘密情报局”。迄今为止，汉基的发现和他对待密码情报的态度都没有引起任何争议。尽管汉基确实建议，由于现在有大量的无线电信号监听工作，需要另外成立一个“Y”委员会来监察和配合技术拦截方面的工作，但他认为政府代码与密码学校的密码破译工作不需要有什么变动。
秘密行动（汉基称作“地下行动”）“是政府在现代战争环境下不得已而为之的”，也是“秘密情报局迄今为止很难做出正确评估的行动”。乍看之下，每个人都会下意识地对这个不受欢迎的工作感到畏缩，因为对他们来说，有些事宁愿一辈子都不知道最好。然而，汉基为这种“不太光彩的行径”提供了一条经典论据：如果敌人这样做，我们也非得如此。他写道，德国人“开展的阴谋破坏活动和类似的秘密活动效率极高。除非我们自己想处于被动不利的位置，我们不可避免地要以其人之道还治其人之身”。
汉基指出宣传和破坏活动应交付于第九处。就“大规模的破坏活动”而言，“现在评论第九处的效率还为时尚早。因为到现在为止，我们已制订的主要行动计划还没有付诸实行”。汉基又相当含糊其辞地补充道：“当受命在短时间内为特别行动拟订方案时，情报九处就表现出了灵活性与应变能力。”“在对多瑙河和波兰的铁道，特别是在加西利亚，成功实施了一些‘有价值的’小规模破坏活动。在那些地方，德国、罗马尼亚和俄罗斯之间的通讯受到了很大的遏制。”然而，他又提到情报九处和陆军部军事情报研究所之间的摩擦，并因此建议孟西斯与陆军情报局的负责人确保两组织之间要“精诚合作，互相交换意见”。说到宣传，汉基觉得自己的“处境很微妙”。尽管格兰德，显然还有孟西斯，坚持说秘密情报局有责任继续生产和分发宣传资料，汉基还是觉得这项工作应让外交部来做，而秘密情报局只需负责“敌国和俄罗斯”的发行工作。很明显，汉基对格兰德手下一些持不同意见的人也有担忧。为了确保“外交部和秘密情报局对彼此充分地理解”，大家建议每周都要举行一次会议；“如果遇上任何双方都不能共同解决的难题”，就上报汉基，由汉基亲自来解决。
而汉基在制作任何类型的决策报告时遇到的难题是：大部分提交上来让他决断的事——比如说与三大军事部门的联络问题——实际上都是他在询问情况时就一并处理了的问题。孟西斯作为局长开始了机构的重组工作。汉基谈到，在人事任命上，孟西斯的工作“严重地超负荷了。因为他一边是秘密情报局的负责人，一边又是刚刚任命的‘布莱奇利庄园’战时情报站的领导人”。但是，“现在已经采取重大措施来为他卸去部分担子”。维维安上校已经被确定为布莱奇利庄园的负责人和秘密情报局的“副局长”[原文如此]。对于这个任命，汉基认为他“完全可以胜任”。“以前许多直接向孟西斯汇报工作的部门”现在由克劳德·丹齐接手，其中包括由伦敦管理的所有特工，以及意大利和瑞士的情报站。丹齐一边继续负责以瑞典为基地的Z组织，一边回到伦敦担任局长助理。1940年2月，雷克斯·霍华德成为孟西斯的首席参谋官。但是这之后，秘密情报局就没有系统地改组，而这种和平时期便已摇摇欲坠的组织结构在基本没改变的情况下进入了战争。这也恰恰反映了决策的极度僵化：只是为了满足一些即时的、短期的需求，在创建组织时仅考虑与个人专长和爱好相结合，而不是出于对秘密情报局的作用和需求冷静而理智的分析。
完成汉基要求的报告后，孟西斯希望有一段喘息的时间。在这期间，他想定下心来，开拓秘密情报局的工作以满足战时的需求。但是，他的愿望注定要落空，因为德国军队戏剧般地开进斯堪的纳维亚、荷兰和法国，这再一次把秘密情报局置于重压之下。1940年4月9日，德国法西斯入侵丹麦和挪威，并以迅雷不及掩耳之势占领了丹麦，以及挪威的大部分地区。4月23日，空军大臣塞缪尔·霍尔爵士——惟一当过秘密情报局官员的内阁大臣——写信告诉汉基：“我们没有收到过秘密情报局和其他情报部门有关德国入侵挪威的情报，这一事实让人颇为担忧。”霍尔说到，空军情报局有报告提到4日至7日一直有“异常状况”出现；并且这些报告“确实”也交到了海军部和陆军部。霍尔说，应当利用联合情报委员会去核对“那些从空军部和其他部门交来的报告”，并对“要递呈给战时内阁和参谋部的大量情报”进行分析。这就出现了两个问题：情报部门的情报截获以及情报处理。对于这两个问题，汉基做了快速的回复，他让孟西斯对前一种情况提出评论；与此同时他告诉霍尔，他同意由联合情报委员会进行更全面的情报评估。然而，作为对霍尔所在部门巧妙而隐晦的讽刺，他又说到，就情报评估而言，评估从其他情报来源处（如外交渠道和空军侦查处）得到的情报，“一直都是三军情报部门的工作”。他回忆道，“在过去的前几个月里，我们就不断收到”德国军队在波罗的海国家的港口集结的“警讯”。但是，他又担心“我们的军事当局从来没有把德国可能对丹麦和挪威发动进攻当成一回事儿”。[342]
第二天，孟西斯就去见汉基，并向他提交一份报告，“表明相关情报早就是现成的，而且是在德国入侵斯堪的纳维亚之前转送来的”。汉基“对此印象深刻”，于是转交给霍尔。“依我所见，”汉基说，“秘密情报局提交了一份铁证。总的来说，这正是你想要得到的详尽而明确的情报。”他指出，秘密情报局不承担“评估分析其所提交情报的责任，那可是三军情报部门的工作……秘密情报局将情报交给三军情报部门首脑后，即完成了任务”。汉基直言道：三军情报局局长必须保证计划与行动的负责人获得正确形式的情报。他很怀疑这就是“问题的症结所在”。这样，汉基又把责任推到了霍尔的部门身上。然而，汉基毕竟已是一个上了年纪的白厅官员；他没有必要得罪一个同僚部长。“可能是，”他说道，“情报工作与行动工作还没有充分地衔接好。”因此，他坚决支持霍尔“对情报进行评估的想法”。[343]
不过，汉基还是十分担心情报处理这项工作。因此，他认为应当向首相内维尔·张伯伦提出这个问题。他又把孟西斯的那份报告呈交给贺瑞斯·威尔逊爵士，声称尽管绝大部分情报已交到海军情报局，“据我回忆，我们并没有从海军部得到任何警告”。汉基重申道：“鉴别分析情报不是秘密情报处的分内之事。他们的工作仅仅是把情报递交给各军部情报部门的负责人，而后者的工作才是对情报进行分析和鉴别，然后交付给各相关部门。”因此，他总结道，“秘密情报局已经很好地完成了他们的工作”。然后，汉基和威尔逊就这个问题和首相张伯伦展开了讨论。首相同意，如果可能，应指令联合情报分委会保持“情报是一个针对行动所需的具有连续性与连贯性的完整故事”。[344]
不管首相内维尔·张伯伦对联合情报分委会的工作做出了什么指示，5月10日德国入侵荷兰、比利时、卢森堡和法国之后，欧洲大陆事态的进一步发展成为压倒一切的因素。就在同一天，张伯伦辞去首相一职。温斯顿·丘吉尔接替他的位置。丘吉尔的“旺盛精力”将改变英国的战争努力方向。丘吉尔一上台便把政府工作的中心转到抵抗法西斯侵略战争上来。他把德斯蒙德·莫顿从经济战略部抽调到唐宁街十号，任命他负责秘密情报局与首相丘吉尔本人之间的“直接联络”工作，这无疑体现了他对自己一直青睐的情报工作的重视[345]。1940年6月3日，莫顿参加了一个被称之为秘密情报委员会的第一次会议，与会的还有卡多根、汉基、陆海空三军情报局的负责人、孟西斯、劳合勋爵（殖民事务大臣）和格拉温德·杰布。这次会议的议题，一是由于德国控制了从挪威北部到英吉利海峡的海岸线，因而有必要对“秘密情报局进行重组”；二是由于预计到意大利即将参战（实际参战日期是在6月10日），需要重新讨论“秘密情报局继续开展活动的方式”。从相当粗略的会议记录来看，会议的中心内容主要还是孟西斯对秘密情报局在战时的表现所进行的辩护：
孟西斯上校陈述了与在德国后方从挪威最北部到比利时所建各情报组织的联络问题。他接着又说到了在波罗的海国家的港口以及在芬兰和瑞典的情报站的工作情况；还有已经完成在伊比利亚半岛情报站的整固工作。最后，他还提到了在意大利、希腊和土耳其新建的情报站。
接下来大家向孟西斯提了各种问题，主要是关于情报呈交的方式、如何转给相关的权力机构、截获的情报的准确用途以其与其他情报相关联的方式，以及联合情报分委会的职能等等。一些讨论还引发了“如果英国被侵略，则秘密情报局如何发挥其作用”的思考。[346]
情报工作的协调合作以及情报的处理显然是很重要的事。对此，汉基早就打算按照他的建议每月举行一次会议来处理这些事务。但是，秘密情报委员会的工作明显还未步入正轨。直到八个月以后，也就是1941年5月，才召开了第二次会议；而这也是这一年惟一的一次会议。其实，这一计划在一开始就失败了，因为秘密情报局的传统就是不愿牵扯进官方的报告机制。这不仅仅是出于方便的考虑（尽管确实也很方便），也是因为秘密情报局不愿意轻易授人以柄，让政府部门动辄就对其工作进行指责。当然，还有出于安全因素的考虑。惟有尽可能少地抛头露面才能保护秘密情报局的完整健全与价值，哪怕是在政府内部也不行。因此，秘密情报局就只能通过常规的与非正式的会议和联络来满足客户部门的需求。而问题在于，由于缺乏对机构与个人进行界定，怎样才能兼顾安全性和秘密情报局的职能与更为庞大的政府官僚体制有效地协同一致、相得益彰——这是任何时期的秘密情报部门都不可避免的问题。
