杰布非常明白，如果特别行动处想要有效运作，“与C友好合作”是非常必要的。他承认潜在的利益冲突，注意到“一个计划极有可能对颠覆活动有利，但对获取情报不利”，并且还会存在运输以及交通资源的竞争。为了减轻这些不利，在《C[孟西斯]和D[纳尔逊]协议》（1940年9月15日由杰布起草）中，杰布在协议开头就规定，特别行动处的密码通讯需要通过秘密情报局，由特别行动处收集的情报需要转交给秘密情报局。招聘特工行动时，须经秘密情报局的批准。所有这些规定在日后的几年里引起了秘密情报局和特别行动处的摩擦。而且，在多尔顿、杰布、纳尔逊、科林·格宾斯中校（曾任行动处处长）富有活力的领导下，特别行动处的成倍扩张加剧了两者间的摩擦。在那段时间，至少在一开始，秘密情报局并未取得什么成就。
在1940年和1941年初，秘密情报局和特别行动处之间的和谐关系，差不多都是由孟西斯的联络官卡斯洛普上校（一位由于多发性硬化症而坐轮椅的患者，曾经在第一次世界大战中获得陆军十字勋章）和一贯恭谦、主张分权的弗兰克·纳尔逊之间维系的。然而，特别行动处却抱怨里斯本的越界事件（这个实际上是克劳德·丹齐的错。他为寻求与特别行动处的合作，允许他们与当地秘密情报局的一位特工联系）。同时，秘密情报局抱怨特别行动处一位官员在斯德哥尔摩的冒险行为，他们计划的破坏活动危及秘密情报局在芬兰的联络关系，并带来无线电情报泄密的风险。杰布、纳尔逊和孟西斯每周开一次会议，但到1941年4月底的时候，海军情报局的戈弗雷上将在他的备忘录中权衡了秘密情报局和特别行动处之间的利益划分。他强调，海军的行动极大地依赖于秘密情报局提供的情报，并且断言特别行动处创建的“未受过专业训练的人员”组成的破坏组织损害了秘密情报局在好几个国家的行动，他要求总参谋长直接负责具体落实一条总体原则：“搜集敌方情报和对搜集情报方式的保护必须优先于其他破坏性活动。”但是孟西斯按照他自己的方式——不是寻求上级主管部门来裁决，而是接受克劳德·丹齐提出的建议：在两边组织首领给予他“完全信任”的条件下，由丹齐在两个机构内部进行仲裁。
丹齐由于一直不善于团队合作而名声在外。但在1941年5月1日，他出乎意料地交给孟西斯一份独具慧眼且极具建设性的备忘录，一举扭转了昔日的形象。“我们必须面对事实，”他写道，“特别行动处以惊人的速度存在并发展着，在财政方面，似乎没有任何阻碍因素。不论我们是否愿意，他们从某种意义上说确实变成了竞争对手。”比如在通讯、物资、交通方面的竞争，尤其是在有潜力的特工数量有限的情况下。“既然我们不能遏制它的发展，不如让我们一起为了工作和战争而和谐共事。所以，我建议合作。”孟西斯和纳尔逊接受了丹齐的建议：两大组织各地区各部门的领导应该保持经常的密切联系来“解决问题以达到共同满意”，而任何无法解决的分歧应该交给丹齐来做最后决定[357]。两个组织的友好关系也得益于空军准将阿奇·博伊尔（1939年秘密情报局局长的空军部候选人）的协助。1941年6月直到战争结束，他被任命并一直担任特别行动处的情报与安全分处处长。9月，他和丹齐共同负责管理从秘密情报局到特别行动处的情报传递。秘密情报局的档案记录里有许多证据表明博伊尔受到了秘密情报局的尊敬和信任，并且与孟西斯、丹齐、维维安的关系都非常融洽。最重要的是，他能够将许多冲突消除在襁褓中。有的问题，包括军事行动的代码，好像一直都没有出现过纰漏。“确认为秘密情报局预留了希腊字母表、汽车品牌、宝石名称、大型猎物的名称、水果名称或者各种颜色做代码，”博伊尔在1941年11月告诉丹齐，“我已经放弃了将水果作为特别行动处的行动代码……我明白您会向秘密情报局建议其他类别，比如音乐家或诗人的姓名，因此我会避开这些名字。”
但是并非一切都是甜蜜和光明的。1941年末，特别行动处建议两个组织在西非的活动由特别行动处提名的一个人选来负责。孟西斯的参谋长，雷克斯·霍华德“完全不赞同这个提议”。他写道，秘密情报局“是一个历史悠久的组织，而特别行动处不过像蘑菇一样迅速成长罢了”。虽然在美国和马耳他由秘密情报局官员担任联合代表，但是反过来当然不行：“我认为，允许特别行动处在任何领域来管理秘密情报局行动的原则都是错误的。”通讯方面存在许多问题，并引起了甘比尔——帕里在12月8日的纪要中尖锐地批评，他强烈地感觉到：“我们必须面对向特别行动处完全摊牌，我们要不完全控制他们的通讯，包括产品制造、设备供给、训练、行动准备，要么我们与他们完全分道扬镳，让他们自己沉溺于自己的泥沼里。”就在1941年圣诞之前，丹齐援引西非争端指责特别行动处“缺乏诚信”，并不再担任两个组织间的协调人。[358]
1942年1月，甘比尔——帕里再提出这种争执，抱怨特别行动处不断要求增加独立的无线通讯。他写道：“它总是提到这一点，他们打算给遍布全世界的成百上千的机构都配备无线电设备，尤其是欧洲的机构。”2月，甘比尔——帕里称特别行动处的通讯规划是“浪费的、不安全的、愚蠢的和非常危险的”。最后，也许是想要摆脱这杯毒酒，孟西斯同意特别行动处广泛地管理自己的无线电通讯。纳尔逊显然非常高兴。3月27日，他给孟西斯一则手写的便条，表示接受这一新的安排：“亲爱的斯图尔特[原文如此]，非常感谢你！”其他一些活动在秘密情报局中造成了恐慌，包括“镐”行动——特别行动处打算凭借此次行动让苏联情报人员潜入西欧。1942年2月，直到卡斯洛普掌握了被泄露的特别行动处关于此事的报告之后，孟西斯才初次得知此事，他特别提醒特别行动处须事先取得外交部的批准，然后再与秘密情报局就此事进行磋商。
1942年2月，赛尔伯恩取代休·道尔顿成为经济战略大臣（对特别行动处负责），赛尔伯恩是一个各方面都较为温和的人。从一开始，赛尔伯恩就担心特别行动处和秘密情报局之间的摩擦，于是将问题汇报给安东尼·艾登（1942年12月被任命为外交大臣），显然艾登当时还没有意识到这个问题。通过纳尔逊，赛尔伯恩给艾登写了封信，在信中，他强调了他与孟西斯和丹齐之间的友好关系，但同时也把秘密情报局对特别行动处的总体态度归纳为：“拖延而不是加速其正常扩展。”他表明，秘密情报局起初只把特别行动处看做是一个“非常无能和可笑的一帮外行结合起来的组织，如果它不保持安静，有可能会危害到秘密情报局”。而现在，秘密情报局已经将特别行动处看做是“如果不予快速抑制，会成为危险的对手”，“并最终抑制秘密情报局”。这是因为，“在许多方面我们已经超过了他们，并且已经证明了我们是一个更高效的组织”。尽管如此，他继续说道（也许有一点不诚实）：“特别行动处想阻碍秘密情报局的发展，这是非常愚蠢和可悲的，这是最不可能发生的事情。”赛尔伯恩也与格拉德温·杰布商量，杰布支持纳尔逊对特别行动处的职业能力所做的辩护。杰布认为，秘密情报局过度沉溺于“倚老卖老”的心态，并强调两个组织之间真诚的双向合作很有必要，还建议任命“一位具有崇高地位的中间人士”为两个组织的协调人。[359]
赛尔伯恩将这份提议呈递至内阁，但是孟西斯一如既往地强烈反对秘密情报局听从任何外部的仲裁。他主张，他们所需要的是“优先权的最终法案，并且被两个组织所接受”。然而他明确表示，这样的决定真的只能有一个结局：“如果特别行动处被确定拥有优先权，那么情报工作肯定会受到损害。如果我拥有优先权，我认为这不一定会对特别行动处带来多少妨碍。”在此同时，赛尔伯恩正竭力争取内阁在这两个组织之间做出裁定。参谋长联席会议成员提议：将两个组织合并，由一个单独的行政首长按照参谋长联席会议“总体指示”来实施领导，但须规定向外交部咨询。这对于外交部会是极其讨厌的事，因为在外交部内部对此事存有争议（孟西斯支持这种观点），由亚历山大·卡多根每隔一星期主持的会议就能弥合双方的各种分歧[360]？赛尔伯恩和参谋长联席会议的共同努力，其实就是“一战”时期三军情报部门企图从外交部手里夺取对秘密情报局控制权的一种回声。战争无可避免地激化了军事行动情报和政治情报之间的紧张关系。到了40年代初，这种紧张关系又因特别行动处的存在进一步加剧，其迅猛发展的势头与打击敌人的能力——在众人翘首以盼英国的军事胜利之时——显然使得秘密情报局默默无闻、黯然失色。
虽然如此，但在为争取独立和控制权的白厅战役中，秘密情报局和外交部能将军队和特别行动处提出的挑战化险为夷。实际上，秘密情报局与特别行动处之间的关系一直没有正式确定，这对秘密情报局非常有利。内阁既没有解决这个问题，也没有通过任何孟西斯曾建议过的“优先权的最终法案”。但是，外交部以其典型现成的官僚政治优越性，在与那些还不够老到的文职军官们企图改变秘密情报局地位的较量过程中，毕竟棋高一筹。1942年5月，纳尔逊因积劳而辞职，取而代之的是更重礼节、更果断的查尔斯·汉布罗，在此之后，秘密情报局与特别行动处的关系继续以一种相对和睦的关系发展。然而，紧张趋势继续影响双方关系，有证据表明，双方在伦敦至少有过好几次努力，以协同工作。
1942年7月，汉布罗抱怨说，秘密情报局提供给特别行动处的情报不足，孟西斯予以反驳。他写道：“在过去一段时间，你的地区部门每个星期都派官员到他们在本局的对口部门……在某些情况下，所有的文件都交由他们自己处理……我认为在这种情况下，没有任何一个组织能像我们一样表现得如此大方慷慨。”尽管孟西斯（或许可以理解）用不着过分强调这一点，但是汉布罗大度地让步了。经与他的手下磋商之后，他发现他们终究都证实孟西斯“关于我们在不同地区与国家的部门间的彼此接触已有改善的印象”。他补充道：“我很感谢你和情报局局长助理[丹齐]。”
不管秘密情报局和特别行动处之间的日常工作关系如何，到1942年底，英国外交部坚决认为，战争结束后英国特别行动处没有存在的必要。从本质上讲，这是对以英国外交部为主体的更进一步主张。卡多根在12月22日给汉布罗的信中说：“我的国务大臣认为，一旦战争结束，欧洲可容不下两个英国秘密组织。他也认为那之后不应再有任何不向外交大臣负责的英国地下组织。”卡多根承认，“英国特别行动处可能不一定会在我们签署停战协议后马上解散”，但是，“世界各地的战争都结束时，凡可以继续为政府工作的特别行动处的任何代表，只要是从事军方公开工作的，可调往陆军部；如果从事地下工作的，则调往秘密情报局”。尽管特别行动处奋力抵抗这一结局，但事实只能如此。
