1941年春，秘密情报局增派情报五处官员肯尼思·本顿做汉密尔顿·斯托克斯的副手，此人的加盟推动了秘密情报局在西班牙的工作。但是，由于丹齐和伦敦的瓦伦丁·维维安之间互存芥蒂，本顿的任务变得复杂起来：前者指示本顿集中发展跨法国——西班牙边境的通信网络和留守西班牙后方的情报网络；后者却命令他全身心投入反间谍工作。在经过了一番令人气恼的条件交换之后，确认由汉密尔顿·斯托克斯全面负责秘密情报局在西班牙的活动，而本顿则主要负责在马德里以南地区的发展工作及西班牙全国的反间谍工作。同时，希尔加思（他连升两级做了秘密情报局驻西班牙代表）已经建立起了他自己的反间谍系统，代号为“世纪”，目标锁定为德国对停泊在西班牙港口的英国船只进行破坏的企图。最终，这个系统还是发挥了一些积极作用。到1941年初夏，汉密尔顿·斯托克斯已变得慎重而乐观，他报告称，经过数月的耐心而艰难的工作，他逐渐使萨梅尔·霍尔重新建立起了对秘密情报局的信心。
但好景不长，有两起备受瞩目的事件打破了这种和谐。第一是克莱尔案件。1949年早期，一个名为“保罗·刘易斯·克莱尔”的法国海军军官，在法国沦陷后转移到了英国皇家海军，后被秘密情报局O处斯洛克姆指挥官招募，协助管理法国海域的海上秘密情报活动。到了7月，克莱尔在西班牙边境被捕，很明显他是想越境到维希法国去。后来，正如7月23日霍尔发给伦敦的电报所言，克莱尔找到了维希法国驻马德里的海军武官，并向他“泄露了许多秘密情报局在西班牙和其他地方的秘密”。由于“法国大使馆正在尽一切可能把他送到维希法国去”，霍尔因此面临着两难境地：“一是抓捕或者干掉他，并且不惜冒势必将外交使团牵连进去的风险；二是任凭他带着会摧毁我们当前在西班牙的情报组织或对其他地方情报组织造成更大破坏的情报去法国。”由于克莱尔第二天就会来大使馆取他的英国护照，霍尔希望马上得到指示。在秘密情报局总部，弗兰克·斯洛克姆提议，让希尔加思“采取一切可能的措施，阻止克莱尔”。他还建议，与特别行动处接洽，“看看有没有可能采取措施在西班牙或者法国阻止克莱尔”。他很想知道，“是否可以通过绑架他的妻子，或者其他家庭成员，迫使克莱尔就范”。孟西斯确信他是叛徒（希尔加思后来说，克莱尔已经承认了自己的变节行为），也清楚他掌握有破坏性的情报，至少包括法国北部一个特工网的身份材料。他说，如果能够阻止克莱尔，“考虑到他有可能还想了解更多的情报，这样就有可能通过陆路把他带到直布罗陀，那里会有汽车等着把他接到马德里，”他补充道，“将安排直布罗陀行动。”
后来发生的事可以通过一系列的电报来追踪，其中大都是由汉密尔顿·斯托克斯“专门发给局长”的。7月25日上午10点，他报告称，“我和YN（希尔加思）一道，已经将克莱尔引诱到了大使馆，他毫不怀疑。今晚就将给他注射吗啡，然后用车运他去直布罗陀”。下午6点13分传来了好消息：绑架行动“圆满成功”。孟西斯起草了一份回电，指示直布罗陀情报站，克莱尔“一到，立即逮捕，以叛国罪予以指控，并严加看守，有了机会再押送回国。无论怎样都不能让他再次逃脱”。但通知在第二天一大早就取消了。因为“51000”（秘密情报局驻摩洛哥代表，当时正在直布罗陀情报站）通知汉密尔顿·斯托克斯，由于在运输过程中的关照过度，“货物运抵本镇时已完全破毁”。51000称，“当晚将悄悄处理掉废弃物……损失固然令人遗憾，但我想这算是不幸中的万幸了”。几天后，51000在一份急件中解释说，在驱车南行的途中，倒霉的克莱尔苏醒了过来，便开始“呼救，引起了许多人的注意”。看押他的人只得“用左轮手枪敲击他的头”，他就这么死了。“这可糟透了，”霍尔对安东尼·艾登写道，“根本不了解情况，却凭空地要求我们在他前往法国的途中将他截住。这表明，秘密情报局对在一个到处都是德国盖世太保的半敌对国家该如何工作一无所知。因为这不仅对我们个人而言风险极大，而且对这项任务来说，风险更大。好在我们已经摆脱了他——他已经死了。”尽管秘密情报局存在过失——孟西斯坦然承认，当初不应该把克莱尔派到西班牙——但这样的批评难以服众。霍尔本人提出绑架克莱尔，的确是冒险之举。他后来对卡多根说：“要不是汉密尔顿·斯托克斯工作效率高，克莱尔现在可能已经在维希法国向德国泄露我们所有的秘密了。”霍尔完全不顾汉密尔顿·斯托克斯本人就是一名秘密情报局特工的事实，声称“我们在此再一次拯救了秘密情报局，让其免受灭顶之灾”。[391]
这一事件也导致了一些令人尴尬的负面政治反应。德国和维希法国驻马德里的外交官们都在向西班牙外交部抱怨，8月12日“法国之声”广播电台播放了一则有关这件事的报道，声称当汽车经过“安达卢西亚一个小村子”时，车里的囚犯“大喊大叫，试图吸引人们的注意……（但是）英国人申明说，‘别担心，他只是一个发了疯的大使馆工作人员，我们正带他去疗养所’”。两天后，伦敦《每日电讯报》以“纳粹虚构绑架案”为题，报道说“关于‘英国秘密情报特工在西班牙强盗似的绑架了一名法国人’，纯属纳粹宣传部门的奇思妙想”。事实上，德国的报道相当准确，但一名外交部门官员认为“《每日电讯报》做得很好，毫无疑问，别的报纸都会采取同样的立场”。孟西斯对这一看法大加赞同[392]。对这件事有一套官方的说法，正如1942年7月海军情报部指挥官伊恩·佛莱明告诉英国红十字会的那样，1941年8月11日，克莱尔搭乘的帝国赫斯特号在返回英国的途中被敌机击沉，克莱尔失踪了，“据信是溺水而亡”。战争结束后，为了保护秘密情报局，“无论奖赏叛徒的家眷让人有多么难受”，情报局决定向克莱尔的妻子支付一笔抚恤金。正如瓦伦丁·维维安对这件事的会议记录所描述的那样——“无论如何‘纸是包不住火的’，但是在这件事上，我们不应该主动惹火上身，因为一旦真相大白，我们会输得很惨”。
对秘密情报局在西班牙的工作构成威胁和干扰的第二件事，是关于达德利·弗兰格尔·克拉克中校。他从1940年秋末，就一直负责管理位于开罗的盟军中东总司令部的一个战略欺诈部门。他用《泰晤士报》的战地记者的假身份做掩护，指望在秘密情报局的帮助下，与关系人取得联系，以帮助他完成战略欺诈工作。他先拜访了汉密尔顿·斯托克斯，一段时间后又去了里斯本和马德里。1941年10月17日，就像英国大使馆在第二天向伦敦报告的那样，他“在马德里的一条主要街道上被捕，当时还戴着乳罩，穿成一个女人的样子”。起初他告诉西班牙警方，他“是一个小说家，想研究男人在大街上对女人的反应”。后来他又声称，事实上，“他当时正要给一位住在直布罗陀的女士送衣服去，穿在身上只是想搞一下恶作剧”。大使馆方面补充道，“这和事实完全不符，衣服和鞋子正好是他的尺码”[393]。秘密情报局拦截到的一份马德里发往柏林的电话新闻报告称，“伦敦《泰晤士报》驻马德里记者弗兰格尔·克拉克”被捕，鉴于“这段时期局面异乎寻常”以及“英国特工的工作方式”，被发现时，他“扮作一个女人”。“克拉克”的“脚异常的大，而且明显具有……”在这里电话被一段“无法破译的文字”打断了，十分吊人胃口。由于孟西斯很担心这件事可能造成情报泄露，汉密尔顿·斯托克斯在答复其忧心忡忡的电报时报告说，虽然警方倾向于认为克拉克是一个“同性恋”，但是德国介入了这件事并声称他是个特工。好在10月21日克拉克就获释了，当天晚上就被大使馆带到了直布罗陀。
