到了直布罗陀，克拉克就满不在乎地说，“马德里发生的事是经过精心策划的”，还说“没有（连说了两遍‘没有’）任何泄密”。他声称，这件事有效地证明了，西班牙人和德国人均认同了他的假身份。克拉克的怪异显然强化了他从事秘密工作的能力，而这段小插曲好像并没影响到他的地位，因为他回到开罗，在战略欺诈工作中仍然干得有声有色。同时，汉密尔顿·斯托克斯担心他的处境已经十分危险，而霍尔总是无一例外地指责那些对秘密情报局出言不逊的宣传。如果此时换作彼时的话，秘密情报局哪有不知道克拉克会突然涉足秘密活动之理？
霍尔对秘密情报局的态度是矛盾的：一方面希望秘密活动的数量越少越好，以免影响到与主权国家的关系；另一方面又支持某些方面的活动（特别是反间谍活动），主张高效开拓一线人员的才能。这也反映了大使们对情报活动的共同态度。1941年末期，孟西斯打算（很明显是霍尔的想法）提高驻西班牙签证工作人员的能力，以监视穿越大西洋来自欧洲的可疑人员，围绕此问题，孟西斯、霍尔、外交部和汉密尔顿·斯托克斯等人之间爆发了争吵。但是当汉密尔顿·斯托克斯不明智地透露出，霍尔拒绝考虑以大使馆作掩护多安排些秘密情报局人员，伦敦对其大为恼怒。对此，大使坦然宣称：“经过了（1940年9月的护照管理官事件）克莱尔和克拉克这样一些小插曲之后，我就对伦敦的秘密情报局失去了信任。”1942年1月，霍尔声称“很明显，形形色色的秘密情报局特工都在心理战中成了德国人利用的工具”，完全是像小贩一样在沿街叫卖“轰动事件”。他建议亚历山大·卡多根通读一遍秘密情报局特工最近的报告，“以此审核他们是否有用”。然而，外交部认为，最近从西班牙返回的情报报告“相当出色，一点也不耸人听闻”。彼得·洛克斯利（卡多根的私人秘书）认为，霍尔这些天一门心思地“想着法子对抗秘密情报局”，况且“他目前对秘密情报局的指责也有失公允”。卡多根肯定地告诉霍尔，在过去一个月里，秘密情报局的报告总体上讲“客观而准确”。[394]
同年晚些时候，秘密情报局取得了一次显著的成功。借助特工网络和无线电情报，秘密情报局最终使德军用于监测盟国通过直布罗陀海峡船只的红外线监视系统（代号“波登”）失效。1942年5月以后，霍尔利用秘密情报局和海军部获得的有关波登的情报使佛朗哥陷入尴尬、颜面尽失，只好命令停止参与轴心国在西班牙和西属摩洛哥组织的整个行动。到1942年12月，孟西斯高兴地告诉外交部的彼得·洛克斯利，他已经从“最机密情报来源”（无线电情报）处获悉，霍尔在10月20日的抗议已经“对西班牙产生了很大的影响”，这导致了波登的拆除。[395]
在葡萄牙的情报挑战与西班牙类似，只是刚开始时受到人员调配问题的困扰。因为在西班牙，秘密情报局的目标包括：监视德国第五纵队的活动，建立万一德军入侵的留守谍报网，以及向德占法国境内渗透等，尽管另外一个重要目标是意大利。然而在1940年6月，秘密情报局派出一位前银行家与军情五处官员去协助一项秘密情报局的单人行动时，这名官员在到达后的前三个月一直抱怨里斯本安全水平太低（虽然不无理由）。最后，孟西斯逐渐对他失去了耐心。“战争正在上演，”他于9月写道，“必定要冒些风险，泄密的问题必须退居其次。”孟西斯的话好像起了作用。11月的时候，这名特工便报告称，他已经在葡萄牙建立了一条间谍路线，人、信件和包裹都可以通过偷渡出入西班牙边界。1941年2月，一名叫做拉尔夫·贾维斯的情报局五处官员，被派去接管签证官职位与组建反间谍部门。贾维斯和他那体弱多病的新助手处得并不融洽，因此在1941年6月，换成了菲利普·琼斯做他的助手。
1940年至1942年间，秘密情报局葡萄牙工作小组虽然没有从意大利获得任何重大情报，却设法建成了一个覆盖范畴合理的观察进出该国船只活动的监视网。里斯本也是跨大西洋“船只监察员组织”的一个主要基地，该组织于1941年由纽约的威廉姆·斯蒂芬森创办。“监察员”就安插在中立国家船只的船员当中，他们的工作是上报任何可疑的情况。通过综合利用无线电情报和五处提供的情报，到了1942年，贾维斯实现了覆盖葡萄牙全境几乎所有的敌军情报监视网，包括旨在从里斯本盟国水兵那里获取船只情报而建立的德国海滨组织。里斯本基地准备了一份记载德国海滨组织违法活动的卷宗，由大使递交给了葡萄牙总理萨拉查，结果该组织遭到了查禁。尽管在当地取得了这些成就，但伦敦方面对里斯本基地的工作整体上并不满意。孟西斯在1942年4月指示琼斯：“要舍得删除那些有关经济和反间谍的多余而累赘的材料，集中报告重要情报，即武装部队和意大利。”5月份，克劳德·丹齐告诉孟西斯最重要的需求是发展一个能“监视第二十三国（西班牙）西北港口的组织”。再者，英国大使认为琼斯同反萨拉查组织走得太近，（据丹齐说）并把他的一些政治报告称为“垃圾”，因此决定将其调离。1942年12月，琼斯遂被替换了。[396]
秘密情报局在伊比利亚的一些工作同军情九处有关联。军情九处成立于1939年12月，是陆军情报局下属的一个部门。其工作是提供一个组织来帮助英国人逃离战俘营；开发技术手段来协助被困在敌军防线之后的军人免于被捕。1940年春夏的军事惨败导致上千名英国士兵被抓，其余士兵穿过边境逃入中立的瑞士或西班牙境内寻求庇护。如果加上在敌方领空被击落的盟军飞行员，这个数量还要大些。军情九处在敌占区——荷兰、比利时和法国北部等地迅速形成了初期的逃跑路线。在情况不太危急的情况下，也着手在维希政权控制的法国南部区域采取类似的行动。这项工作是抵抗占领运动最早的形式之一，在很大程度上取决于广大民众和少数英勇的英国军人的热情，例如苏格兰锡福斯高地人陆军中尉伊恩·加罗，为了在法国建立一个健全、高效的情报网络，他谢绝了穿越比利牛斯山脉逃跑的机会。
有关这些活动的消息不可避免地传到了秘密情报局耳里。一家从事这项工作的颇有权威的组织说，孟西斯于1940年8月6日与军情九处处长碰面，“提出建立一条从马赛到西班牙的逃跑路线”。不幸的是，孟西斯的约见日记（本身就记得很稀疏）中没有该会议的记录；但毫无疑问，秘密情报局很早就对这些逃跑路线有着强烈的兴趣。这些路线从低地国家开始，穿过法国的德占区和非德占地区，越过法国边境，最后进入中立的西班牙[397]。人员或情报均可通过这条路线传递。秘密情报局这边的工作由克劳德·丹齐牵头，对于这些行动，他仍然保持了他惯有的苛刻观点，常常给人这样一种印象：在营救英国人员的问题上，只要他介入了此事，就不容其他政府部门插手欧洲大陆事务。他雇用了一小部分军情九处在册官员，比如，J.M.兰利（吉米）和艾雷·尼夫（后来成为保守党议员，被爱尔兰恐怖分子谋杀），后者亲历过逃离，且在伦敦处理组织事务上表现出了娴熟技巧和敏锐性。还有一些别的秘密情报局的或军情九处的官员，比如唐纳德·达令和迈克尔·克里斯韦尔，他们专事于监视西班牙、葡萄牙和直布罗陀逃跑路线的终点。
军情九处吸引了许多不同凡响的人物，从勇敢过人的男女间谍，例如比利时人阿尔伯特——玛丽·格里斯（“帕特·奥利力”）和安德烈·德容，行为卑劣的英国叛徒哈罗德·科尔，他的叛变夺去了大约五十名帮助逃亡人士的生命。大量的工作是由男人、女人，有时候是孩子来完成的。他们从事着极其危险的活动，提供安全房屋，充当交通员，运送盟军人员穿越敌方领地和守卫森严的边界。德国安全部门对这个组织就像对待任何一个秘密情报局情报网一样，往往十分严厉，对任何被逮捕人员实施的惩罚同对那些因从事特工活动而被捕的人员的惩罚同等严重。
