20世纪30年代，同时来自德国、意大利和日本这三个大国的潜在挑战而摆在英国战略决策者们面前的“可怕局面”，给秘密情报局以及陆海空三军带来了影响，造成了困惑。尽管休·辛克莱爵士努力告诫秘密情报局上下要牢记这一威胁，但是英国政府没有这样的政治意愿，他也根本没有资金来施展拳脚。毫无疑问，秘密情报局的主要力量自然还是集中在德国身上，但这就意味着——相对而言，至少在德国征服北欧与西欧、1940年6月意大利参战以及1941年12月日本参战从而无法改变局势之前——它无法顾及其在地中海、中东（无论发生什么情况，都希望看到英国的盟友——法国能从该地区脱身）和更为遥远的亚洲战场的情报活动。
东南欧
1939年到1940年间，政府和军方对秘密情报局的要求越来越高，使得机构资源几乎不堪重负。显然，要保持（如果还说不上扩大）秘密情报局对东南欧的情报覆盖能力，情报局要加紧物色派驻该地区的合格官员。随着纳粹分别于1938年和1939年开进奥地利和捷克斯洛伐克，在这两个国家的情报站也被迫关闭了（秘密情报局代表的身份掩护被揭穿了）。1938年2月，威尔弗里德·欣德尔作为试用人员被派往布拉格站增援。但是欣德尔原来是新闻记者，没有情报工作经验。三个月后，他的布拉格上司哈罗德·吉布森虽然发现他因为德语不好而影响了表现，但还是推荐他为永久雇员，同时建议他“在独立开展工作之前还要接受进一步的指导”。然而，欣德尔在被迫离开布拉格后，于1939年4月被任命为驻布达佩斯的护照管理官和情报站站长，原站长因无法胜任工作而被辞掉了。1939年9月，一位有着短暂情报工作生涯的官员加入了他的工作，此人于1929年到1930年间曾受雇于秘密情报局，在里加任护照管理官的助手。但他显然没做好这份工作，情报局之后再没给他安排其他工作。然而，1939年，他又重出江湖，因被认为适合“在组织里做一些从属工作”，他再次受聘协助柏林的护照管理工作。欣德尔在布达佩斯办事处有6个秘书和1个无线电报员协助他工作。该情报站有21个有底薪的情报员（其他人是“论功取酬”），其中有两人在1939年秋得到了来自经济战略部的资助。
秘密情报局在布加勒斯特、贝尔格莱德以及索非亚都有情报站，只是规模略小一些。布加勒斯特情报站的代表是哈罗德·吉布森的亲兄弟阿奇，其掩护身份是《泰晤士报》记者。1939年夏末，他有1个秘书、1个无线电报员和14个主要特工，这些特工大多处于试用期。贝尔格莱德情报站站长以前是殖民地警察，于1936年11月受聘协助柏林站的工作，1939年9月被调到南斯拉夫。同年底，为了帮助建立针对德国和意大利军队动向的情报站，在萨格勒布成立一个情报分站，该市地理位置便捷（当然还考虑到其他因素），有利于询问由意大利过来的特工。在东南欧，最大的情报活动在雅典。在这里，护照管理官和情报站站长拥有超过12名文职人员和70位预支薪水的特工（这些人的薪金为每月从1英镑到200英镑不等，大多数人的薪金为每月10-20英镑）。1949年早期，卡斯伯特·鲍尔比上尉（之前做过水手，1938年加入秘密情报局，后晋升为中东情报站站长），在评价雅典情报站的工作时说，“必须用与众不同的角度来看待”情报站，因为“可以毫不夸张地讲，在同希腊人打交道时，充当秘密情报局的特工是一份很正规的职业。在这种情况下，想让特工拿一份工钱又要做一些额外的工作，势必非常困难。因此，如果你想要更多的情报，你就必须支付高薪”。[398]
从战争伊始至1940年夏天，情报站的主要任务是提供该地区的政治和经济情报。政治情报是为了巩固英国保护中立的巴尔干集团国家的政策，这些国家有可能会联合起来抵制轴心国的进犯；经济情报是为了加强对德国的经济封锁，英国的战略家们对此较为乐观，认为经济封锁可能会削弱德国的军事实力[399]。布加勒斯特情报站与伦敦方面就发展一个潜在的新情报员的往来函电反映出了战争早期究竟需要什么样的情报。1939年夏，阿奇·吉布森报告说，当地的一位医疗用品推销员是个非常不错的苗子，因为他可以合法出入德国。但英国政府并不只想要旧情报。“关于农村的一般观察报告，以及当地医生和药剂师之间的流言飞语都是无用的，”他们在电报里如此说，“德国的行动情报必须是直接或者间接来自德国的组织内部，而且情报必须要具体，每个情报都要清楚地注明下线。”经济战略部也对所需情报做了诠释，他们需要的是“进入与运出德国的货物数量和详细资料”，并要求分列通过铁路和多瑙河运输的货物情况。伦敦对来自罗马尼亚的政治情报评价并不太高，说吉布森自己招募的人员“大多是当地的新闻记者”，“材料写了不少”，但“总而言之，他们的付出毫无价值可言。他们的情报很少有正确的，通常是错得离谱。他们的下线既模糊又暧昧。我们只能说他们的情报毫无用处”。1940年2月，吉布森报告说，与德国在布达佩斯的新闻出版顾问赫尔曼·冯·里根进行了一次接触，认为其有潜力可挖，值得期待。伦敦的戴维·富特曼警告说（他无疑对芬洛事件仍耿耿于怀）：“战争时期，我们四位代表中任何一位（甚至还有一人没有正式的身份）与德国公使馆的高级官员进行私人会面，都是件非常敏感的事情。其结果或许有两个，要么大获成功，要么一败涂地。”后来有情报证实，里根是一个“纳粹情报员和宣传员”。他很可能是想打入秘密情报局。吉布森也很快接到通知与此人“中断联络”。1939年至1940年期间，劳伦斯·格兰德的D处制订了对向德国输出的罗马尼亚石油和其他战略性物质补给线实施破坏行动的计划。该行动包括对位于布加勒斯特北部的普洛耶什帝油田直接下手（德国战前20%所需石油都是由该油田提供），和在铁门河段阻断多瑙河。在这里，多瑙河横断喀尔巴阡山脉激流而下，沿着罗马尼亚和南斯拉夫边境形成了一个绵延三英里的峡谷。格兰德在当地的首席专家朱利叶斯·哈诺（此人有一个很鲜明的代号“恺撒”）和英国维克建筑施工承包公司在贝尔格莱德的代表，共同设计了一个炸毁峡谷上峭壁的方案。因这个行动引起了当地警察的警觉，又建议于1940年5月由D处的人装扮成船员，弄沉满载水泥和铁屑的驳船。这预计会使多瑙河阻塞三个月。哈诺在其他方面也很活跃。1940年2月，英国驻索非亚公使乔治·伦德尔抱怨说，哈诺已经在保加利亚费尽心思地寻找至少一个当地英国社区的成员去“德国船只上安置炸弹，以及有可能的话，拔除铁路线”。带着外交官对秘密情报工作惯有的怀疑，伦德尔写道，这令他“满心忧虑，他感到，像这样不负责的特工事先不给我打招呼就在这里东窜西跳，干的事情会彻底毁了我们拼死拼活建立起来的政治地位”。在第一次世界大战期间，伦德尔曾在雅典服役。每当他想到“像康普顿·麦肯齐这种人在上次战争期间在希腊干下的那些令人扼腕的事情，就令他更加感到不安”。[400]
尽管格兰德本人对D处取得的成绩大加赞赏（这些成就是他在汉基接受调查期间取得的），但在1939年至1940年间，不管是D处还是后来的特别行动处，都没有对扰乱德国战略补给线起太多的作用。尽管法国沦陷后政治气候更加恶劣，人们几乎普遍认为英国也难免战败，但秘密情报局成功地在东南欧建立了一些情报基地。这其中一部分甚至在1941年夏德国控制了整个该地区后存活了下来。德国的胜利带给秘密情报局双重影响。好的一面是加深了与捷克斯洛伐克、波兰和法国等一些战败的同盟国家的协作关系。在匈牙利，秘密情报局获得了一些有用的情报，这要部分归功于哈罗德·吉布森与捷克斯洛伐克情报局局长弗兰蒂泽克·莫拉韦齐的密切联络。1940年，布加勒斯特的情报站获准雇用一位先前替法国情报局工作的线人。他是一位出色的敌后潜伏特工。直到1944年2月被捕前，他一直在工作，甚至在1943年至1944年期间，秘密情报局还为他配备了一名波兰的报务员。他维持着一个富有成效的谍报网（代号为“雌山羊”），其中包括法国、希腊、瑞士和罗马尼亚籍人士、天主教牧师、商人、石油公司员工、警察所长和一位罗马尼亚总参谋部的眼线。一位同时代的人记载道：“虽然他天生不利，长得一副舞台上典型特工的模样，但他还是开始在战场上工作。”他“微微有点驼背，长着一副凶相”，“几乎不用化装就能演好任何剧院里的特工角色”。但是，“事实上，他拥有所有成功的一流特工所共有的优良品质。他勇敢无畏、足智多谋，又有极强的保密意识。为了替他争取一枚军功勋章，孟西斯告诉英国外交部，‘他在陆军部的眼里是本局4个最优秀与最可靠的特工之一’”。一位同事指出：“英国勋章对于一位外国人是非常重要的，战争结束时，或假如在战争结束前他被迫离开敌国领土的话，他都可以向英国政府出示这枚勋章。”[401]
情报局希望在贝尔格莱德挖掘南斯拉夫线人来获取奥地利和捷克斯洛伐克的情报，到1940年，这一工作毫无进展。但1941年春，秘密情报局和特别行动处密切合作，动员他们在该国政界和军事部门的联系人暗中协助1941年3月27日该国发生的政变。这次政变废黜了亲轴心国的摄政王——保罗王子，使其政府成为一个亲同盟国的政府。像在其他地方一样，该行动利用了秘密情报局安全可靠的无线电通讯发送来自当地受困军队的求救信号。比如在3月初，阿奇·吉布森发送了一份来自斯托亚洛维奇将军请求英国部队支援的电报。斯托亚洛维奇将军是南斯拉夫作战部副部长，是英国军队的“老熟人”。要是没有这份电报，“他们就完全不能有效抵挡住德国的进攻”。这次政变是英国宣传机关的一次伟大胜利，却为时甚短，因为这次政变导致了德国对南斯拉夫和希腊的入侵。但这次秘密情报局能够给贝尔格莱德提出警告。1941年5月5日上午10点20分，孟西斯利用无线电报（虽然把它伪装成人工来源的情报）给吉布森发了一条信息：“通知南斯拉夫总参谋部，我们从非常可靠的情报员那里获悉，德国将于明早6点发动进攻。”事实上，入侵开始于早上5点15分。[402]
战争的头几个月，如同在巴尔干半岛其他地方一样，秘密情报局在希腊的情报活动也是有关政治、军事、经济和特别行动的大杂烩。1940年2月，雅典情报站站长抱怨，他迫切地需要经济方面的情报，这种情报的匮乏正在危害着“在我们看来”更为重要的有关军队的情报工作。自从意大利1939年春天侵略了阿尔巴尼亚，并且威胁要在该地区继续推进后，当地对军队情报的需求也越来越大。他按照计划在多德卡尼斯群岛安插了特工（这些特工通过土耳其发回情报）。1940年4月，伦敦电告希腊、贝尔格莱德和马耳他情报站，催促他们向意大利的亚得里亚各海港增派“轮番守候”的特工，以监视远征军的运输工具以及部队的集结情况。与此同时，雅典情报站也与希腊的秘密警察建立了卓有成效的关系。他们开始为情报局提供大量有关德国在该国的活动情报。1940年6月意大利参战后，他们正确预测了德国将对希腊发起进攻（果然在10月末实施了），并准备好了撤退和驻守的计划。在伦敦的鲍尔比指出，也许可以在“与多德卡尼斯隔海相望”的中立国土耳其建立情报站，他同时还说，在科孚、佩特雷、克里特岛、萨洛尼卡和萨摩斯岛的特工都配备了无线电台。
