出人意料的是，这些提议完全没能被秘密情报局内部所接受。维维安草拟了一封回信（可惜未能在档案里保存下来），他并未指望孟西斯“会对此表示同意，因为我的言语过于犀利”。然而孟西斯5月11日的回函并无讽刺之意，只是细致地、坦诚地并坚决地回绝了皮特里的提议。信件开头他即以夸张的口吻解读皮特里提议的主旨所在：“把秘密情报局的第五处并入军情五处的话，你作为军情五处的处长将享有对第五处所有职能至高无上的控制权。”孟西斯接下来引用的是军情五处文件里的话：而且皮特里还将拥有“传递情报和发出指令的权力，而这在所有的地方情报机构都被认为是应该取消的安全局的职能”。他对军情五处在他们没有经验的外国地区执行精密的反间谍行动的能力表示高度怀疑。他和外交部都不同意第五处的这种调整，因为该处传递的情报的意义绝不仅仅在于安全。而且孟西斯“作为政府代码与密码学校的校长，非常清楚在总体上保护该部门情报安全对国家利益的重要性。他如果放弃处理情报输出部分的责任”，或“放弃对海外双十特工控制的一切措施”，都是很不合理的，因为秘密情报局对海外行动的危险性和环境的了解都优于军情五处。孟西斯认为过去提出的合并秘密情报局和军情五处的建议（例如1927年和1931年）还有逻辑合理性，“但是现在这个建议却完全没有”。他还认为分离的危险性被夸大了，“足够的联系和坚强的意志就是最好的解决方法”。
皮特里并没有就此罢休。在其6月5日的回信中，他用稍显讽刺的口吻纠正孟西斯对他的提议理解有失偏颇的地方：他并没有提出他将享有对第五处各项职能的绝对领导，而仅仅是倡导“把反间谍活动纳入统一的指挥之下”。他提出了一些颇有参考价值的新论点。直到一年前他还写道，五处“不过只有为数不多的几个官员，而且该处处境十分危险”。因此该处应大力利用军情五处的成员：“难道我们会让他们用某种超出我们的理解力和能力的机密方式来单独处理反间谍情报的成果吗？”他观察到，秘密情报局和特别行动处都因为德军的侵入，“在过去的数月里，有大量的特工在欧洲大陆上牺牲了”。他断言秘密情报局“因为行动所限，没有能力提供足够的反间谍情报资料，而且因为忽略了反间谍活动，造成行动的失败，因此形成了恶性循环”。他很庆幸过去对秘密情报局和军情五处合并提议的否决。他说就其自己而言，他并不赞成完全合并，因为他“并不相信作为人类我们在管理大型组织的时候能体现出更大的优越性”，这一理由显得有些古怪且相当具有争议性。他向孟西斯保证军情五处“决不可能影响到您对政府代码与密码学校的权威领导”，他强调“既然ISOS中途拦截情报对我部门的意义如此重大，您应该预料得到我们就如其他任何人一样十分重视维护它的安全”。皮特里告诉孟西斯他打算把此事以安全执行局局长的身份上报给斯温顿勋爵。
皮特里诉诸更高权力机构的举动是希望以此劝说孟西斯作出一定让步。他在6月28日的信中写道：“我们之间往来的信件肯定已经消除了我们之间的误会，并让我们双方都得以宣泄。”孟西斯随后明智地选择与皮特里进行一次“非正式谈话”，并表示对该事件作了“非常认真的思考”，最终作出让步，他承认“你原提议的基本出发点还是合乎逻辑的”。虽然孟西斯出于礼貌地承认需要“一个统一的部门来专门负责研究敌方秘密情报机构的行动以及负责协调和指挥应对他们的行动计划”，他仍然无法接受“这一统一的反间谍部门要从我的组织中分离出去而合并进军情五处”。他的提议是成立一个“联合处”。1942年秋天举行了一场意义重大的讨论，涉及这个联合处该如何操作的一些细节问题，其中就包括把这一新部门设置在何地的截然不同观点的大讨论，孟西斯希望把它设置在位于圣奥尔本斯的第五处的基地所在地，而皮特里则坚持应将其设置在伦敦市中心。但是联合处一直都未曾建立起来，直到10月份，这两个机构才不过正式达成协议每两周举行一次联络会议，但即便如此，几个月后这些联络会议也渐渐取消了。
皮特里和孟西斯在紧密合作这一原则上达成一致，而且孟西斯态度的转变也似乎在证明，他在给皮特里的第一封信中所提到的“足够的联系和坚强的意志就是最好的解决方法”。而且在实际操作中，除了偶尔出现一些机构间的较量之外，第五处和军情五处（b）的官员们其实自始至终都或多或少令人满意地表现出合作的倾向。例如罗伯特·塞西尔就曾说道：“军情五处从一开始就完全享有使用ISOS所有相关资料的权力，他们在工作中合作得很好，这获得的第一手证据（虽然其来源不是很确定）就是合作富有成效的有利证明。”自1942年年底开始，秘密情报局和军情五处的关系得到了显著的改善，特别是在1943年7月五处办公地点从圣奥尔本斯搬到圣詹姆斯的赖德大街之后，因为这一搬迁对两个机构间人员的相互交流起到了极大的推动作用。
这是一封斯图尔特·孟西斯致外交部的彼得·洛克斯利的信，拒绝其提出的将后来被认定为苏联特工的金·菲尔比调离秘密情报局的要求。此信件表现了菲尔比是多么受他上司的信任与赞赏。
到1943年年底，五处下设了六个主要的地区性分处——金·菲尔比任尤其重要的伊比利亚分处的处长——各分处在世界各地负责相应地区的反间谍活动。除此以外，还有四个专业分处：一个专门处理和分析政府代码与密码学校的资料；另一个负责双面特工的行动；第三个负责与相关各机构建立审查制度方面的联系；最后一个负责检查（战时一项重要的革新）和安排在英国进出境的特工。政府代码与密码学校利用ISOS来帮助收集敌方情报组织和个人的详细信息，而且这些信息都是经过仔细核实的。德国情报人员的档案已为陆军作战使用而准备完毕。至于双面特工，一般来说，如果他们是在英国国内的英国陆军基地活动，则属于军情五处的管辖范畴；若是总在国外行动的话，则由秘密情报局负责。在实际操作中，它是由秘密情报局与军情五处的联合力量来支撑的，这一联合力量又受伦敦的双十委员会，开罗的三十委员会和开始基地在阿尔及尔后又在意大利的卡塞塔的四十委员会的制约。这些委员会总的来说有相同的任务，例如为相关的双面特工提供“食物”或“一些微不足道的”情报，让他们传递给敌军，这些情报可能是假的，可能是真的，也可能似是而非，需要十分谨慎地辨别判断。委员会还要负责调整双面特工在其所在地区的行动计划，实施欺骗计划以及通过研究敌军提供给双面特工的调查表（夹在其他很多东西中的），为应对敌军计划及目的做好准备。
北非
在回顾秘密情报局1942年间的表现之后，F.H.欣斯利注意到情报局取得了全面显著的进步，特别是在中东和地中海地区尤其如此。在这一年年底之前，他写道：“秘密情报局最终被认为是在这一战区当中[442]‘一个严肃的情报机构’。”卡斯伯特·鲍尔比和约翰·梯格总是受哈罗德·亚历山大爵士（中东地区的总司令）的邀请，参加他那独特而奢华的晨会，而且还被介绍给在中东地区的内阁级别的国务大臣，澳大利亚人R.G.凯西。因为秘密情报局能够提供越来越多的无线电情报，这自然使得其地位得以提升，但这些情报的获得还是离不开非常重要的人工情报，特别是突尼斯地区已成为北非轴心国军队的最后一个堡垒，因为英美联军自1942年11月的登陆行动开始已从西方步步挺进，同时英联邦的军队也从东穿过利比亚向西挺进。
自1942年11月起，突尼斯的迪克·琼斯网络系统提供了大量的情报信息。琼斯最开始把他在突尼斯国家监狱里的狱友组织起来，所以到了11月14日他被释放的那一天，他能够立即开始行动。现存的一台秘密情报局的无线电发报机是隐匿在突尼斯仅有的一台，他就是用这台发报机与秘密情报局驻马耳他总部的部长托尼·莫里斯取得联系。11月20日莫里斯向伦敦方面报告说琼斯已经“组织了一支20人（重复‘20人’）左右的反德国法西斯的戴高乐派的队伍，他们是跟随他从监狱里出来的”。他的这支队伍意志坚定，拥有武器和其他破坏工具。“他们一旦接到命令，能即刻作出反应，另外还有其他很多人也准备加入。”仅仅三个小时之后，伦敦方面回复说：“无论什么情况，都不能让琼斯参加任何破坏行动，请务必让78号（即琼斯）清楚他必须牢记自己的职责是搜集情报，这在当下这个关键时期至关重要。”但是他们也询问，只要琼斯自己不以任何方式参与破坏行动或是作出一些不明智行为的话，这支队伍能否由特别行动处加以庇护。当莫里斯报告说突尼斯没有任何特别行动处的组织时，伦敦方面的语气稍显缓和了：“尽管维持情报工作至关重要”，但“非我们自己人组织的破坏活动我们当然还是欢迎的”。其实这就是在为琼斯和他在突尼斯的队伍的破坏活动开绿灯：“尽管是在进行主动的军事行动，我们认为最后一招还是让身临危险的成员学会判断如何协助以打败敌人。”
回顾琼斯团队的工作，一位特工是这样总结的：他们的行动能提供敌军及其后勤供给的兵力、组织情况、武器装备和所在位置的“一般信息”；提供海上和空中的交通信息，包括“到岸货物的吨数和性质”；告知“有关轰炸的结果，特别是对本土士兵的士气的损害和影响”的信息。其提供的详细信息可由1942年11月底在阿尔及尔新成立的秘密情报站传递的报告加以说明：“例如汽油仓库的情况是：设在比塞大海运站钟塔对面的码头，也设在恩克大道通往费舍里的树林里和西迪·阿哈姆德大道到塞卜拉湾处，还设在比塞大至马特尔至费里维尔铁路汇合处西南方向两公里的一个路口。”琼斯自己在本月的晚些时候用无线电通信首次报告了德国重达56吨的犹如怪兽的“猛虎”坦克的入侵，他的这个情报是在突尼斯行动的五个团队（全部包括50名男女成员）中最重要且最富有成效的一个。他们行动的巅峰时期是1943年1月的第一和第二周，那时他们的报告“实际上涵盖了敌军行动的每一个步骤，包括敌军的意图和法国的政治倾向”。“出于安全的考虑，提供的军事方面如空运和海运方面的情报是真正大量的，”莫里斯后来报道，“限制信息量无限的增多是很有必要的。”事实上，有一个阶段，马耳他情报站一天就要给多达30份的报告解码。这些突尼斯特工富有成效的工作帮助秘密情报局提高了其在军队的声誉。“经过最初的被冷落之后，”一位官员在1944年2月这样告知肯尼斯·科恩，“我们突尼斯团队所提供的情报在军事行动方面是如此地有价值，以至于第一集团军完全依赖我们每日发给他们的信号。”
琼斯间谍网络的广度和工作热忱导致了敌军安全系统的瓦解，这一点被一名名叫马蒂的巡官所发现，其实他的真实身份是混进法国警察局的一名纳粹秘密警察。发生在1943年1月的一系列拘捕把警方的注意力引向了吉恩·科吉亚，这位25岁的青年曾经是一名医学院的学生，担任过安德烈·穆尼耶网络组的一名成员，随后跟着琼斯工作。科吉亚在比塞大被捕后，被带到突尼斯接受审讯。“在等候声名狼藉的马蒂的时候”，虽然他还戴着手铐，却逃出来又找到琼斯。随后的一个月琼斯和科吉亚两人化装成阿拉伯人，试图跨过河流到达盟军占领的领地，但一场交火之后他们被敌军捕获，科吉亚的肩膀还负了重伤。他们这批犯人在2月23日被带回突尼斯，“科吉亚被匆忙带往马蒂的办公室，他的伤口急需处理但无人理会”。一名被认为是效忠纳粹党卫军的意大利籍警官这样向戴高乐警察描述当时发生的事情：“虽然科吉亚筋疲力尽，流失了大量的鲜血，他仍然表现得非常镇定，经过漫漫长夜的审讯和拷打，他依然十分坚定勇敢而没有泄漏任何消息。他的表现真正惹恼了马蒂和他的下属们，穷凶极恶的马蒂最终被他惹火而失去了控制，他用一支连发左轮手枪直射向科吉亚的颈部，结束了他的生命。”这位意大利警官说当时在场的一名德国纳粹党卫军的官员都“无法容忍那个场面而离开了，宣称这些是‘俄国式手段’”。琼斯想方设法让抓他的人相信他实际上是一名英国官员，被带到了德国，在一个富有同情心的德国“阿布维尔”少校的帮助下，他最终获得了正式战俘的身份。在与著名的反纳粹牧师迪特里希·潘霍华为邻、在监狱牢房里过了一些日子之后，他最终死在著名的科尔迪茨堡。[443]
