琼斯团队在痛失琼斯和科吉亚之后重新振作和组织起来。尽管1943年3月他们又遭受一次大围捕，但是直到他们的团长“艾伦”于4月15日被捕，他们仍然继续给马耳他情报站提供非常重要的军事情报。艾伦是一名英国人，他是被住在他公寓楼下的一个意大利人告发的。当警察闻讯赶来追捕他的时候，他从二楼的窗户跳下去，摔坏了腿，所以很快就被逮住了。根据后来的报告：“在他被捕的时候他的真实身份依然无人知晓，如果不是因为他没有注意到自己化装上的一点小瑕疵，他可能能以他自编的一个西班牙小偷的身份侥幸逃脱。”他本来是把他的头发染成黑色，但由于没有再次染色，“发根上可以看到新长出的红色的头发，而发梢又是油黑的”。1943年5月轴心国军队在突尼斯投降之后，莫里斯这样总结迪克·琼斯团队的表现：他们展示出了“过高的‘士气’”和“过低的安全意识”。“这个团队的‘集体精神’”就是“他们无比英勇、不惧危险的精神，就是这些可敬可爱的特质吸引了很多成员的加入。但另一方面来讲，正是他们的这种无所畏惧（也可以说是过于轻率）和对团队精神的错误理解以及对美好生活的憧憬，导致了他们最终的毁灭……因为他们所从事的工作的性质，盲目自信就如胆小懦弱一样是致命的缺陷。”莫里斯在这个经历中吸取了“两个重要的教训”：（1）一个出色的领导的巨大作用；（2）盲目自信和缺乏安全防范意识的必然后果。
在其他地方，被人发现的代价同样是惨痛的。1942年11月轴心国军队占领了科西嘉岛之后，许多秘密情报局的特工也从北非秘密潜入这座岛屿。1943年4月，两名来自“奥本”团队的特工在等候与一艘潜水艇会合的时候被意大利军队逮捕了。其中一名特工是出生在英国的比利时商船官员，名叫盖伊·维斯崔特（化名是“维鲁格”），他负责制订该岛的防御计划和报告一些英语情报。捕获他的意大利兵对他进行了残酷虐待。一名法国同僚报告说：“尽管他经历了长达3个月的严厉审讯和残酷拷打，他都没有泄露任何信息。”整整两周时间他被逼着用他的尿壶来盛饭。他的右脚脚踝受伤了，他的手指甲、脚指甲被扯了下来，他的胸前全是烟头的烫伤。最终，他在6月被执行了枪决。伦敦方面在接下来的10月份收到的一个报告称，他当时右手放在胸口并告诉那些士兵“瞄准一点”，然后举起他的左手用法语喊道：“大不列颠万岁！”“他英勇就义。”[444]
火炬行动对法属北非的入侵不仅促使德国向突尼斯派遣军队，也促使他们进驻未被占领的法国。这对维希政权及其对法属海外领地的统治（就如它以前那样）都是一个致命的破坏。随后的几个月时间是一段艰难的时期，因为不确定到底该由谁来领导如今以“好战的法国人”而著称的国家。1940年丘吉尔把他的赞成票投给了夏尔·戴高乐，但是美国对他持怀疑态度，他们更看好维希政府，而且美国在西方对大战的主要贡献是在北非。海军上将让·达兰是维希政权任命的法国武装部队的总司令，他于1942年11月11日提出停战之后，美军总司令德怀特·D.艾森豪威尔认可了他作为法属北非政治领袖的地位。这一行动让反德国法西斯的戴高乐派难以接受。而且在后方，在法国沦陷时成为战俘的亨利·吉罗将军在1942年春天从德国逃回维希，他作为反轴心国军队的法国领袖（特别是在一群美国人心目中）登上了历史舞台。
阿尔及利亚是从轴心国军队的控制下解放出来的第一个法国宗主地区（这是法国人自己认定的），停战之后，政治和军事中心就被转移到了阿尔及利亚的首都阿尔及尔，艾森豪威尔把他的总部设在那里。吉罗将军的部队在秘密情报局协助下乘一艘英国潜艇偷偷从法国南部撤离，于11月9日抵达阿尔及尔。到11月12日为止，秘密情报局在那里建立了一个代号为“橙子”的办公场地，孟西斯在伦敦敦促它提供消息：“我们尤其希望了解吉罗和艾森豪威尔的关系以及吉罗对待达兰的态度和达兰对事态发展的倾向性。”两天后，阿尔及尔方面报告说美军在支持达兰，因为他们想通过他使维希政权的支持者们到盟国的阵营里来。同时，吉罗“也不甘心”只能悄悄地躲在暗处，吉罗的工作人员被报告说“他们完全清楚如果达兰能劝服48名[美军]登陆者认同他的观点的话，这[对吉罗的计划来说]是致命的硬伤”。11月17日，成功离开法国的情报二局局长路易·里韦和他的空军情报专家乔治斯·罗尼抵达了阿尔及尔。孟西斯要求“橙子”使里韦确信“他的到达是真正大快人心的好事”。瓦伦丁·维维安很明显想使法国的通信联络由秘密情报局单独操作，所以他告知阿尔及尔方面他正打算派出百老汇空军情报局局长温特博特姆去与罗尼会面。“让他去试着劝服罗尼和里韦，”维维安接着说，“以此避开特别行动处以及其他新成立的情报站。”（也许这对在阿尔及尔设立一个分处的战略事务办公室来说也是一个参考）“我们相信，他们会忠于总是一如既往地在各个方面都帮助他们的老朋友。”孟西斯是如此的渴望让法军不受特别行动处的控制，所以在1943年1月由他本人亲自向里韦发了一条口信，告知他，因为“我们之前的联盟（法国沦亡之前）所从事的破坏活动都‘与我没有干系’，特别行动处的一名高级官员不久将访问北非，我想让你们知道他们绝对与S.R.[情报]无关，绝对无关。我绝不允许以此为目的来使用我的特工和组织，因为这必将带来灾难”。
罗尼认为情报二局在法国和低地国家（荷兰、比利时、卢森堡三国）仍然有“相当多的可能性”。这表明他们可能会在伦敦设立一个联络机构，温特博特姆抵达阿尔及尔之后，罗尼和保罗·派罗伊来到伦敦待了10天时间，在那儿度过了1942年的圣诞节。他们在此会见了大部分秘密情报局的高级指挥官。派罗伊回想起丹齐似乎“很奇怪”（“是个总爱打听的家伙”），孟西斯虽然说话总是带着一股领导的口吻，但对丹齐特别尊敬。这两位法国人还会见了看上去十分友善的戴高乐情报局的局长安德烈·德瓦林，并同他就合作行动的问题进行了一些初步的探讨[445]。孟西斯“最终的愿望”是“与好战的法军联合起来建立一个合作部门”。虽然他也清楚“这肯定不是轻易就能办到的”，因为在有些时候就算是法国不同部门之间要实现真正的合作也很不容易。同时秘密情报局还必须与德瓦林的中央情报行动局和里韦的组织以各种独立实体的形式进行合作。海军上将达兰在1942年圣诞平安夜被一名极端右翼的反纳粹法国保皇主义者刺杀，这一事件简化了当时的政治形势，使得戴高乐于1943年间逐渐掌管了统治大权。吉罗也淡出了历史舞台。到1943年冬天，里韦的组织也与自由法国的中央情报行动局合二为一了。
意大利
1942年驻守在意大利的这段时间被证明是秘密情报局非常艰难的时期。一名在突尼斯由安德烈·穆尼耶招募的意大利籍犹太兵在马耳他接受了无线通信的训练，他乘一艘潜艇在西西里岛的西海岸登陆。他开始发报时，“我们用提检查问题的方式[报务员用事先设定好的答案告知我们对方是否处于胁迫之中]发现他已经被敌军所控制了”。达德利·克拉克并没有因此中断与他的联系，而是把他作为火炬行动开始之前他引以为傲的非常成功的欺骗行动的一部分。他给这位特工发送“问题和警告”，暗示他西西里岛是比北非更重要的一个目标。第二项行动涉及两名意大利籍的前战俘乘潜艇在托斯卡纳区的里窝那附近海岸登陆的事情。他们称他们有反法西斯朋友来接应，能够装扮成休假中的士兵，为此他们还被提供了一些假文件。但是据负责他们这个案例的官员回忆称：“他们俩是一对无忧无虑的乐天派，之后我们再也没有收到任何有关他们的消息。”这很好地证明了卡斯伯特·鲍尔比在1941年1月的预测。他说，在被俘的意大利军队中招募特工“只能被看做一项对遣送他们回国十分有利的计划”。[446]
到1943年春天，轴心国军队在北非的失败只不过是时间早晚的问题了（投降条约于5月13日制定出来），把特工带进意大利的压力日趋紧迫。4月18日，伦敦通知阿尔及尔“鉴于意大利南部的重要性，你们必须把此作为你们的首要任务”。但十天后，阿尔及尔的回答是：因为前景不容乐观，“以我们目前的经验，要找到乐意进入意大利及其领岛的合适的意大利特工实在不易”。他们也征询过第二局的意见，后者也“认为他们的成功几乎为零”。西西里岛及意大利大陆南部都处于严密的安全监控中，这时采取行动的话将十分冒险。“训练有素的意大利特工一直以来就很稀缺，而且这一情况很可能还将持续下去，因此若是让他们在激烈的战斗中伤亡惨重的话，显得很不合时宜。”科西嘉岛的奥本间谍网过去一直以来都被要求潜入撒丁岛获取情报，“现在实际上已经被破坏掉了”。但是也有一点值得庆幸，阿尔及尔对突尼斯的招募前景持“比较乐观”的态度，捕获到那些“真正爱国的意大利特工将为我们的胜利增加不少筹码，即使少数的这些特工也能抵过抓获很多的叛国者和其他怪异之人”。
5月初孟西斯派出他新任命的副局长詹姆斯·马歇尔——康沃尔爵士去现场视察情况。也许马歇尔——康沃尔推荐的最重要的一个人就是才华出众的年轻军官约翰·布鲁斯·洛克哈特，他被委派去帮助突尼斯脱离险境。这个年轻人和平时期是毕业于圣安德鲁斯大学的一名教师，是曾在大革命时期在俄国服役的罗伯特·布鲁斯·洛克哈特的外甥，还是一名出色的（室内）网球手，不过他是在1942年1月才被招募进秘密情报局的。在卷入中东地区的反间谍和双面特工行动之前，他曾在开罗耗费了一些时间研究德国的战斗序列，以及（他多年后回忆说的）在高加索山脉地区用了“六周不可思议的时间”“与一辆别克汽车，一袋金币和满腔的希望为伴”，组织了几支敌后小分队以防止德军从山区攻入。
1943年6月，因为战场地域上的转移，孟西斯把鲍尔比和局部秘密情报局的总部从开罗转移至阿尔及尔。在阿尔及尔，他奉命要“保证英国和盟国工作人员之间的所有联络”。但是这和其他很多事情一样，说起来容易做起来难。法国已经在阿尔及尔建立了他们的政府办公地点，很不情愿把他们的行动要求上报给伦敦。美国也喜欢完全按他们自己的意愿行事，不愿受制于人。6月初，鲍尔比就在担心，如果不与秘密情报局保持适当联络的话，战略事务办公室“肯定会求助特别行动处”来管理他们自己的特工。他报告说，设在阿尔及尔的盟国总部的情报当局“十分渴望”与战略事务办公室、特别行动处以及“其他感兴趣的组织”进行亲密合作，例如达德利·克拉克的军队诈骗分队、反间谍组织和秘密情报局。鲍尔比称：“我与美国人在中东共同工作的那段经历，不管怎么说，表面上都必须看起来与他们是完全合作的……如果在任何方面有稍微退缩的话，就如同在一场比赛上他们占了我们的上风，这让我觉得我们会因此遭受损失。”虽然如此的评论听上去有些愤世嫉俗，鲍尔比仍然在强调合作的重要性。“我很乐意肯定的是，”他说道，“所有北非的军事行动和情报活动都是在完全均等的基础上开展的，这在总部已是人所共知的事情。最不幸的是，像我们这样的一个组织，虽然极不情愿与人合作，但仍然不能按照北非的总司令们精心设计的思路来行事。”7月，孟西斯在伦敦与战略事务办公室的多诺万上校进行磋商。他强调了“与美国进行友好合作以及整合我们的物力资源、训练和交通能力的必要性”，他还命令鲍尔比（与法国代表）建立一个委员会以处理相关问题。
保持盟国之间的良好合作关系毫无疑问将有助于加强秘密情报局的良好声誉，这个声誉是由情报局在突尼斯提供了高质量军事情报所奠定的基础。秘密情报局有一支团队是附属于亚历山大第十五集团军的（其代号为“一号情报小分队”）。自1943年7月9日至10日盟军进攻西西里岛开始，事态发展十分迅速，虽然它没能利用任何现成的特工情报网络，但仍然再现了秘密情报局在北非的表现。敌军于8月17日停止了在西西里岛的抵抗。7月底之前，在开罗的约翰·梯格已经提出，秘密情报局的目标应该是在行动之前，“我们应该通过意大利调查奥地利”。一旦在意大利大陆建立起情报站，“其最基本的职责之一”就是要突破奥地利和德国南部。
